GECO Génomique Computationnelle et Evolutive

Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive

Equipe Baobab

L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.

BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.

BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.

Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.

Publications

Affichage des publications 1381 à 1402 sur 1402 au total

[Effect of subinhibitory concentrations of antibiotics on the growth level of bacteria].

G. Carret, B Charpe, A Cheruy, Jean-Pierre Flandrois, A. Pavé, C Couix

Pathologie Biologie . 35 ( 5 ) : 483-93

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Bacterial growth measurement using an automated system: Mathematical modelling and analysis of growth kinetics

Jean-Pierre Flandrois, A. Corman, G. Carret, A. Pavé, C. Couix

Annales de l'Institut Pasteur / Microbiologie . 137 ( 1 ) : 133-143

DOI: 10.1016/S0769-2609(86)80102-8

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[Evaluation of the Rapid-ATB system for testing the sensitivity of staphylococci to antibiotics. Comparison with the agar dilution reference method].

P Le Noc, G. Carret, C. Couix, Jean-Pierre Flandrois, J Gayral, J. Robert

Pathologie Biologie . 34 ( 5 Pt 2 ) : 600-3

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Gelatin and collagen binding to Staphylococcus aureus strains.

G. Carret, H. Emonard, G. Fardel, M. Druguet, D. Herbage, Jp Flandrois

Ann Inst Pasteur Microbiol . 136A : 241-245

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Evolution of the primate beta-globin gene region. High rate of variation in CpG dinucleotides and in short repeated sequences between man and chimpanzee

P. Savatier, G. Trabuchet, C. Faure, Y. Chebloune, Manolo Gouy, Ghislain Verdier...

Journal of Molecular Biology . 182 ( 1 ) : 21-29

DOI: 10.1016/0022-2836(85)90024-5

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ACNUC--a portable retrieval system for nucleic acid sequence databases: logical and physical designs and usage

Manolo Gouy, Christian Gautier, M. Attimonelli, C. Lanave, G. Di Paola

Bioinformatics . 1 : 167-172

DOI: 10.1093/bioinformatics/1.3.167

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Molecular evolution of viruses as seen by nucleic acid sequence study

R. Grantham, T. Greenland, S. Louail, Dominique Mouchiroud, J.-L. Prato, Manolo Gouy...

Bulletin de l'Institut Pasteur . 83 : 95-148

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Prédiction des structures secondaires dans les acides nucléiques: aspects algorithmiques et physiques

Manolo Gouy, P. Marliere, C. Papanicolaou, J. Ninio

Biochimie . 67 ( 5 ) : 523-531

DOI: 10.1016/S0300-9084(85)80272-8

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Evolution of the primate β-globin gene region

P. Savatier, G. Trabuchet, C. Faure, Y. Chebloune, M. Gouy, G. Verdier...

Journal of Molecular Biology . 182 ( 1 ) : 21-29

DOI: 10.1016/0022-2836(85)90024-5

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An energy model that predicts the correct folding of both the tRNA and the 5S RNA molecules

C. Papanicolaou, Manolo Gouy, J. Ninio

Nucleic Acids Research . 12 ( 1 ) : 31-44

DOI: 10.1093/nar/12.1Part1.31

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ACNUC: a nucleic acid sequence data base and analysis system

Manolo Gouy, F. Milleret, C. Mugnier, M. Jacobzone, Christian Gautier

Nucleic Acids Research . 12 ( 1 ) : 121-127

DOI: 10.1093/nar/12.1Part1.121

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[Nonparametric approach to the determination of critical diameters. Comparison with conventional methods].

Jean-Pierre Flandrois, G. Carret

Pathologie Biologie . 32 ( 5 Pt 2 ) : 488-91

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Codon usage in bacteria: correlation with gene expressivity

Manolo Gouy, Christian Gautier

Nucleic Acids Research . 10 ( 22 ) : 7055-7074

DOI: 10.1093/nar/10.22.7055

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Codon catalog usage is a genome strategy modulated for gene expressivity

R. Grantham, Christian Gautier, Manolo Gouy, M. Jacobzone, R. Mercier

Nucleic Acids Research . 9 : R43-R74

DOI: 10.1093/nar/9.1.213-b

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Nucleic acid sequences handbook

Christian Gautier, Manolo Gouy, Monique Jacobzone, Richard Grantham

1-2

Ouvrage

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Codon catalog usage and the genome hypothesis

R. Grantham, Christian Gautier, Manolo Gouy, R. Mercier, A. Pave

Nucleic Acids Research . 8 ( 1 ) : R49-R62

DOI: 10.1093/nar/8.1.197-c

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Codon frequencies in 119 individual genes confirm consistent choices of degenerate bases according to genome type

R. Grantham, Christian Gautier, Manolo Gouy

Nucleic Acids Research . 8 ( 9 ) : 1893-1912

DOI: 10.1093/nar/8.9.1893

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Evolution de la résistance aux antibiotiques des agents infectieux en milieu hospitalier

J Fleurette, S Chassignol, A Moulin, A Biron, Jean-Pierre Flandrois

Bulletin de l'Institut national de la sante et de la recherche medicale . 25 ( 5 ) : 963-92

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