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Publications

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Meta-transcriptomics reveals stress adaptation processes in microbial communities differing in exposure history

Floriane Larras, Elise Billoir, Stefan Lips, Stephan Schreiber, Philippe Veber, Marie Laure Delignette-Muller...

"Ecology and Evolution: New perspectives and societal challenges" SFE2-GfÖ-EEF joint meeting, International conference on ecological sciences .

Acte de congrès

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Daptomycin Physiology-Based Pharmacokinetic Modeling to Predict Drug Exposure and Pharmacodynamics in Skin and Bone Tissues

Romain Garreau, Damien Montange, Antoine Grillon, François Jehl, Tristan Ferry, Laurent Bourguignon...

Clinical Pharmacokinetics . 61 ( 10 ) : 1443-1456

DOI: 10.1007/s40262-022-01168-5

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Implementation of Model-Based Dose Adjustment of Tobramycin in Adult Patients with Cystic Fibrosis

Jérémy Reverchon, Vianney Tuloup, Romain Garreau, Viviane Nave, Sabine Cohen, Philippe Reix...

Pharmaceutics . 14 ( 8 ) : 1750

DOI: 10.3390/pharmaceutics14081750

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Calculs d’inférence dans les arbres phylogénétiques

Laurent Guéguen

Modèles et méthodes pour l’évolution biologique . 9781789480696 : 177-202

DOI: 10.51926/ISTE.9069.ch7

Chapitre d'ouvrage

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Seventeen Cases of Daptomycin-Induced Eosinophilic Pneumonia in a Cohort of Patients Treated for Bone and Joint Infections: Proposal for a New Algorithm

Truong-Thanh Pham, Romain Garreau, Fabien Craighero, Vincent Cottin, Benoît Ben Said, Sylvain Goutelle...

Open Forum Infectious Diseases . 9 ( 11 ) : ofac577

DOI: 10.1093/ofid/ofac577

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Diverse aging rates in ectothermic tetrapods provide insights for the evolution of aging and longevity

Beth Reinke, Hugo Cayuela, Fredric J. Janzen, Jean-François Lemaître, Jean-Michel Gaillard, A. Michelle Lawing...

Science . 376 ( 6600 ) : 1459-1466

DOI: 10.1126/science.abm0151

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Mutations in the non-coding RNU4ATAC gene affect the homeostasis and function of the Integrator complex

Fatimat Almentina Ramos Shidi, Audric Cologne, Marion Delous, Alicia Besson, Audrey Putoux, Anne-Louise Leutenegger...

Nucleic Acids Research .

DOI: 10.1093/nar/gkac1182

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Geometric programming to Solve Optimal Concentrations of Metabolites and Enzymes in Constraint-based modelling

Sabine Peres, Marc Dinh, Vincent Fromion

International Conference on System Biology .

Acte de congrès

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Special Issue on “Frontiers in Connecting Steady-State and Dynamic Approaches for Modelling Cell Metabolic Behavior”

Sabine Peres, Mario Jolicoeur

Processes . 10 ( 8 ) : 1612

DOI: 10.3390/pr10081612

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Hybrid metabolic modeling to identify new control strategies of living organisms

Sabine Peres

Hybrid models and methods in systems medicine .

Acte de congrès

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Mod ́elisation m ́etabolique pour identifier de nouvelles strat ́egies de contrˆole des organismes vivants

Sabine Peres

Meetochondrie .

Acte de congrès

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Genomic characterization of viruses associated with the parasitoid Anagyrus vladimiri (Hymenoptera: Encyrtidae)

Yehuda Izraeli, David Lepetit, Shir Atias, Netta Mozes-Daube, Gal Wodowski, Oded Lachman...

Journal of General Virology . 103 ( 12 )

DOI: 10.1099/jgv.0.001810

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Influence of bacterial symbionts on host niche and ecological diversification: an integrative approach in a whitefly model

Sylvain Benhamou, Isabelle Rahioui, Hélène Henri, Pedro da Silva, Hubert Charles, Abdelaziz Heddi...

XXVI International Congress of Entomology .

Poster

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Influence of secondary symbionts on host plant utilization and selection in the whitefly Bemisia tabaci.

Sylvain Benhamou, Isabelle Rahioui, Hélène Henri, Zainab Belgaidi, Hubert Charles, Pedro da Silva...

10th congress of the International Symbiosis Society (ISS) - 3rd International Conference on Holobionts (joint meeting) .

Poster

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Role of symbionts in insects' ecological diversification: cytotype influences exploitation of an unfavorable host plant in the sap-feeder Bemisia tabaci (Hemiptera: Aleyrodidae).

Sylvain Benhamou, Isabelle Rahioui, Zainab Belgaidi, Hélène Henri, Hubert Charles, Pedro da Silva...

Rencontres du Groupe Régional de Recherche en Microbiologie des Interactions (G-RREMI) 2022 .

Poster

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Predicted Impacts of Booster, Immunity Decline, Vaccination Strategies, and Non-Pharmaceutical Interventions on COVID-19 Outcomes in France

Simon Pageaud, Anne Eyraud-Loisel, Jean-Pierre Bertoglio, Alexis Bienvenüe, Nicolas Leboisne, Catherine Pothier...

Vaccines . 10 ( 12 ) : 2033

DOI: 10.3390/vaccines10122033

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Analyses of symbiotic bacterial communities in the plant pest Bemisia tabaci reveal high prevalence of Candidatus Hemipteriphilus asiaticus on the African continent

Laurence Mouton, Hélène Henri, Rahim Romba, Zainab Belgaidi, Olivier Gnankiné, Fabrice Vavre

Peer Community Journal . 2 ( e20 )

DOI: 10.24072/pcjournal.103

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Diversity and evolution of pigment types in marine $Synechococcus$ cyanobacteria

Théophile Grébert, Laurence Garczarek, Vincent Daubin, Florian Humily, Dominique Marie, Morgane Ratin...

Genome Biology and Evolution . 14 ( 4 ) : evac035

DOI: 10.1093/gbe/evac035

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Organ-specific accumulation of cadmium and zinc in Gammarus fossarum exposed to environmentally relevant metal concentrations

Ophélia Gestin, Christelle Lopes, Nicolas Delorme, Laura Garnero, Olivier Geffard, Thomas Lacoue-Labarthe

Environmental Pollution . 308 : 119625

DOI: 10.1016/j.envpol.2022.119625

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Decline in telomere length with increasing age across nonhuman vertebrates: A meta‐analysis

Florentin Remot, Victor Ronget, Hannah Froy, Benjamin Rey, Jean‐michel Gaillard, Daniel Nussey...

Molecular Ecology . 31 ( 23 ) : 5917-5932

DOI: 10.1111/mec.16145

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Adaptation to host cell environment during experimental evolution of Zika virus

Vincent Grass, Emilie Hardy, Kassian Kobert, Soheil Rastgou Talemi, Elodie Décembre, Coralie Guy...

Communications Biology . 5 ( 1 ) : 1115

DOI: 10.1038/s42003-022-03902-y

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Evaluation of methods to detect shifts in directional selection at the genome scale

Louis Duchemin, Vincent Lanore, Philippe Veber, Bastien Boussau

DOI: 10.1101/2022.06.22.497174

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Nucleotide Usage Biases Distort Inferences of the Species Tree

Rui Borges, Bastien Boussau, Gergely Szöllősi, Carolin Kosiol

DOI: 10.1093/gbe/evab290

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Polymorphism‐aware estimation of species trees and evolutionary forces from genomic sequences with RevBayes

Rui Borges, Bastien Boussau, Sebastian Höhna, Ricardo Pereira, Carolin Kosiol

Methods in Ecology and Evolution . 13 ( 11 ) : 2339-2346

DOI: 10.1111/2041-210X.13980

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Relative Time Constraints Improve Molecular Dating

Gergely Szöllõsi, Sebastian Höhna, Tom Williams, Dominik Schrempf, Vincent Daubin, Bastien Boussau

Systematic Biology . 71 ( 4 ) : 797-809

DOI: 10.1093/sysbio/syab084

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Maternally transferred thyroid hormones and life‐history variation in birds

Bin‐yan Hsu, Veli‐matti Pakanen, Winnie Boner, Blandine Doligez, Tapio Eeva, Ton Groothuis...

Journal of Animal Ecology . 91 ( 7 ) : 1489-1506

DOI: 10.1111/1365-2656.13708

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Telomeres, the loop tying cancer to organismal life‐histories

Beata Ujvari, Nynke Raven, Thomas Madsen, Marcel Klaassen, Antoine Dujon, Aaron Schultz...

Molecular Ecology . 31 ( 23 ) : 6273-6285

DOI: 10.1111/mec.16488

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Improvements in Estimating Bioaccumulation Metrics in the Light of Toxicokinetic Models and Bayesian Inference

Aude Ratier, Christelle Lopes, Sandrine Charles

Archives of Environmental Contamination and Toxicology . 83 ( 4 ) : 339-348

DOI: 10.1007/s00244-022-00947-2

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Vers une représentation sonore des arbres phylogénétiques

Arthur Paté, Henri Boutin, Damien de Vienne

16ème Congrès Français d'Acoustique, CFA2022 .

Acte de congrès

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Fluconazole in hypercalciuric patients with increased 1,25(OH)(2)D levels: the prospective, randomized, placebo-controlled, double-blind FLUCOLITH trial

A. Bertholet-Thomas, A. Portefaix, S. Flammier, C. Dhelens, F. Subtil, L. Dubourg...

Trials . 23 ( 1 ) : 499

DOI: 10.1186/s13063-022-06302-z

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