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Publications

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Distinct evolutionary trajectories of SARS-CoV-2-interacting proteins in bats and primates identify important host determinants of COVID-19

Marie Cariou, Léa Picard, Laurent Guéguen, Stéphanie Jacquet, Andrea Cimarelli, Oliver Fregoso...

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 119 ( 35 )

DOI: 10.1073/pnas.2206610119

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Extreme mitochondrial DNA divergence underlies genetic conflict over sex determination

Patrice David, Cyril Degletagne, Nathanaelle Saclier, Aurel Jennan, Philippe Jarne, Sandrine Plénet...

Current Biology . 32 ( 10 ) : 2325-2333.e1-e6

DOI: 10.1016/j.cub.2022.04.014

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Senior-COVID-Rea Cohort Study: A Geriatric Prediction Model of 30-day Mortality in Patients Aged over 60 Years in ICU for Severe COVID-19

C. Falandry, L. Bitker, P. Abraham, F. Subtil, V. Collange, B. Balança...

Aging and disease . 13 ( 2 ) : 614-623

DOI: 10.14336/ad.2021.1004

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Interpretation of the results of Q fever ELISA tests in domestic ruminants : a user-friendly Shiny appli-cation based on latent class models in a Bayesian framework

T. Lurier, Marie Laure Delignette-Muller, Elsa Jourdain, Florence Ayral, Elodie Rousset

ESCCAR International congress on Rickettsiae and 9th Meeting of the European Society for Chlamydia Research (ESCR) .

Acte de congrès

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Impacts des produits phytopharmaceutiques sur la biodiversité et les services écosystémiques. Synthèse de l’expertise scientifique collective

Sophie Leenhardt, Laure Mamy, Stéphane Pesce, Wilfried Sanchez, Anne Laure Achard, Marcel Amichot...

: 136 p.

DOI: 10.17180/gfkj-e861

Rapport

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Upper upper Albian (Mortoniceras rostratum Zone) cephalopods from Clansayes (Drôme, south-eastern France).

Romain Jattiot, Jens Lehmann, Benjamin Latutrie, Amane Tajika, Emmanuelle Vennin, Pauline Vuarin...

Acta Geologica Polonica . 72 ( 2 ) : 187-233

DOI: 10.24425/agp.2021.139308

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Evaluation using latent class models of the diagnostic performances of three ELISA tests commercialized for the serological diagnosis of Coxiella burnetii infection in domestic ruminants

Thibaut Lurier, Elodie Rousset, Patrick Gasqui, Carole Sala, Clément Claustre, David Abrial...

ESCCAR International congress on Rickettsiae and 9th Meeting of the European Society for Chlamydia Research (ESCR) . : #231

Poster

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Coxiella burnetii within- and between-herd true seroprevalence assessment in domestic ruminants in France accounting for diagnostic uncertainty with latent class

T. Lurier, Elodie Rousset, Carole Sala, Kristel Gache, Marie Laure Delignette-Muller, Elsa Jourdain...

ESCCAR International congress on Rickettsiae and 9th Meeting of the European Society for Chlamydia Research (ESCR) . : #232

Poster

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Telomeres as a sentinel of population decline in the context of global warming

Jean-François Lemaître Lemaître, Jean-Michel Gaillard, Eric Gilson

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 119 ( 35 )

DOI: 10.1073/pnas.2211349119

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FAIR data pipeline: provenance-driven data management for traceable scientific workflows

Sonia Natalie Mitchell, Andrew Lahiff, Nathan Cummings, Jonathan Hollocombe, Bram Boskamp, Ryan Field...

Philosophical Transactions of the Royal Society A: Mathematical, Physical and Engineering Sciences . 380 ( 2233 ) : 20210300

DOI: 10.1098/rsta.2021.0300

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Complex model calibration through emulation, a worked example for a stochastic epidemic model

Michael Dunne, Hossein Mohammadi, Peter Challenor, Rita Borgo, Thibaud Porphyre, Ian Vernon...

Epidemics . 39 : 100574

DOI: 10.1016/j.epidem.2022.100574

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Exact Bayesian inference of epidemiological parameters from mortality data: application to African swine fever virus

David Ewing, Christopher Pooley, Kokouvi Gamado, Thibaud Porphyre, Glenn Marion

Journal of the Royal Society Interface . 19 ( 188 )

DOI: 10.1098/rsif.2022.0013

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Species-Specific Molecular Barriers to SARS-CoV-2 Replication in Bat Cells

Sophie-Marie Aicher, Felix Streicher, Maxime Chazal, Delphine Planas, Dongsheng Luo, Julian Buchrieser...

Journal of Virology . 96 ( 14 )

DOI: 10.1128/jvi.00608-22

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Deciphering the morphological variation and its ontogenetic dynamics in the Late Devonian conodont Icriodus alternatus

Catherine Girard, Anne-Lise Charruault, Thomas Gluck, Carlo Corradini, Sabrina Renaud

Fossil Record . 25 ( 1 ) : 25-41

DOI: 10.3897/fr.25.80211

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New perspectives on the calculation of bioaccumulation metrics for active substances in living organisms

Aude Ratier, Christelle Lopes, Gauthier Multari, Vanessa Mazerolles, Patrice Carpentier, Sandrine Charles

Integrated Environmental Assessment and Management . 18 : 10-18

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COVID-19 outbreaks in nursing homes: A strong link with the coronavirus spread in the surrounding population, France, March to July 2020

Muriel Rabilloud, Benjamin Riche, Jean-François Étard, Mad-Hélénie Elsensohn, Nicolas Voirin, Thomas Bénet...

PLoS ONE . 17 ( 1 ) : e0261756

DOI: 10.1371/journal.pone.0261756

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Selected and simplified FDI criteria for assessment of restorations

Christina Maillet, Franck Decup, Emmanuelle Dantony, Jean Iwaz, Charlène Chevalier, François Gueyffier...

Journal of Dentistry . 122 : 104109

DOI: 10.1016/j.jdent.2022.104109

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Efficiently sparse listing of classes of optimal cophylogeny reconciliations

Yishu Wang, Marie-France Sagot, Arnaud Mary, Blerina Sinaimeri

Algorithms for Molecular Biology . 17 ( 1 ) : 1-16

DOI: 10.1186/s13015-022-00206-y

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Totoro: Identifying Active Reactions During the Transient State for Metabolic Perturbations

Mariana Galvão Ferrarini, Irene Ziska, Ricardo Andrade, Alice Julien-Laferrière, Louis Duchemin, Roberto Marcondes César...

Frontiers in Genetics . 13 : 1-12

DOI: 10.3389/fgene.2022.815476

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Cancer risk across mammals

Orsolya Vincze, Fernando Colchero, Jean-François Lemaître Lemaître, Dalia Conde, Samuel Pavard, Margaux Bieuville...

Nature . 601 ( 7892 ) : 263-267

DOI: 10.1038/s41586-021-04224-5

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Labile sex expression in angiosperm species with sex chromosomes

Jos Käfer, Marcos Méndez, Sylvain Mousset

Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 377 ( 1850 )

DOI: 10.1098/rstb.2021.0216

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Pulled Diversification Rates, Lineages-Through-Time Plots, and Modern Macroevolutionary Modeling

Andrew J. Helmstetter, Sylvain Glémin, Jos Käfer, Rosana Zenil-Ferguson, Hervé Sauquet, Hugo J de Boer...

Systematic Biology . 71 ( 3 ) : 758-773

DOI: 10.1093/sysbio/syab083

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Recent Bioinformatic Progress to Identify Epigenetic Changes Associated to Transposable Elements

Emmanuelle Lerat

Frontiers in Genetics . 13

DOI: 10.3389/fgene.2022.891194

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Harvesting can stabilise population fluctuations and buffer the impacts of extreme climatic events

Bart Peeters, Vidar Grøtan, Marlène Gamelon, Vebjørn Veiberg, Aline m. Lee, John Fryxell...

Ecology Letters . 25 ( 4 ) : 863-875

DOI: 10.1111/ele.13963

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An appraisal of graph embeddings for comparing trophic network architectures

Christophe Botella, Stéphane Dray, Catherine Matias, Vincent Miele, Wilfried Thuiller

Methods in Ecology and Evolution . 13 ( 1 ) : 203-216

DOI: 10.1111/2041-210X.13738

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From Wolbachia genomics to phenotype: molecular models of cytoplasmic incompatibility must account for the multiplicity of compatibility types

Alice Namias, Mathieu Sicard, Mylène Weill, Sylvain Charlat

Current Opinion in Insect Science . 49 : 78-84

DOI: 10.1016/j.cois.2021.12.005

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The oxidative cost of helping and its minimization in a cooperative breeder.

Rita Covas, Sophie Lardy, Liliana R. Silva, Benjamin Rey, André C. Ferreira, Franck Theron...

Behavioral Ecology . 33 ( 3 ) : 504-517

DOI: 10.1093/beheco/arab152

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