Affichage des résultats 561 à 580 sur 7281 au total
Apres une introduction aux modeles de Hawkes multivaries, j'expliquerai en detail en quoi ces processus peuvent etre pertinents pour modeliser les distances evitees ou favorisees entre motifs (ou elements regulateurs de la transcription) le long de la chaine d'ADN, mais aussi pour modeliser les interactions entre trains de potentiels d'action en neurosciences. Apres avoir explique quels sont les principaux moyens pour estimer de maniere parametrique dans ces modeles les fonctions d'interaction, je detaillerai comment s'affranchir d'hypotheses parametriques sur ces fonctions et obtenir une methode statistique qui s'adapte aux donnees sans que l'on ait aucune hypothese majeure a faire. Je finirai en expliquant que l'on peut tester que ces modeles sont valides sur les donnees en question.
Francisella tularensis is a Gram-negative bacterium causing tularemia in humans. This zoonotic agent can infect a wide range of hosts including amoebae, arthropods and mammals. The ability of Francisella to cause disease is linked to its ability to replicate within host cells. Upon phagocytosis by macrophages, Francisella escapes from the phagosome to reach the host cytosol where it can replicate to very high numbers. I will present both the virulence factors controlling the intracellular life cycle and the host factors that detect Francisella in the host cytosol leading to the mounting of an efficient immune response.
En apparence, il s'agit d'une question relativement simple dont on attend une réponse tout aussi simple. Dans le langage courant, ou en tout cas médiatique, la question est parfois posée sous la forme « le cancer aujourd'hui, une épidémie ? ». Le mode de vie actuel, les modifications environnementales, les expositions à des sources polluantes multiples alimentent, de manière légitime, les craintes de la population. Le vieillissement de la population induit également une augmentation du nombre de personnes atteintes de cancer, ce qui accentue la perception, réelle ou supposée, de la maladie : on rappelle que le cancer est, depuis 2004, la première cause de décès en France. Il n'existe pas de réponse universelle à la question initiale, pour de multiples raisons. La première réponse, d'ordre technique, est qu'il n'existe, pour répondre à la question, que des données observationnelles. Il n'est de ce fait pas aisé de faire le lien entre une cause et un effet. Or, parler de risque, au sens scientifique du terme, suppose la mise en évidence de facteurs de risque. Une seconde raison est que le cancer est une maladie qui a des composantes très différentes, et dont les causes possibles sont la résultante de différents facteurs (maladie multifactorielle). Une autre façon d'aborder cette question serait de décliner la problématique en trois questions : quel est le risque d'avoir un cancer (question initiale), le risque d'avoir un diagnostic de cancer (cas des localisations à forte prévalence), le risque de décéder d'un cancer. Notre exposé n'aura pas pour objectif de fournir une réponse définitive à la question posée mais plutôt de fournir des indications sur la difficulté d'y répondre. Les données du registre du cancer de l'Isère, mais aussi d'autres registres ainsi que les estimations nationales d'incidence et de mortalité serviront de support à la présentation.
-
-
-
We study a poorly characterized bacterial gender of the Planctomycetes phylum, Gemmata obscuriglobus. Planctomycetes are major players in the global nitrogen and carbon cycles and are uniquely capable of anaerobic ammonium oxidation (a globally important nitrogen transformation). Within that phylum, the bacteria of the gender Gemmata are particularly interesting due to their complex intracellular membranous organization that is sustained by proteins showing similarity to the eukaryotic equivalent ones and their capability to internalize fully folded proteins in a process reminiscent of eukaryotic endocytosis (Lohnienne et al., 2010).We use a combination of computational, molecular biology, and electron-microscopy to first, decipher the peculiar biology of the Planctomycetes and second, to understand their contribution to eukaryotic origin. Computationally, we use structure to push the limits of sequence homology detection. Amongst other tools, we use protein architecture correlation to detect potential relationship between distantly related proteins (Santarella-Mellwig et al. PLoS Biol. 2010).
-
The distribution of fitness effect of new mutations is central to many questions in evolutionary biology such as: what type of genetic variation enables sustained evolution, does adaptation to a given environment entails systematically a cost in different environments, what forces maintain phenotypic and molecular variation we observe in extant populations, etc. Fitness landscapes link the (phenotypic) effect of a new mutation and its fitness consequences. I will present recent work geared at inferring distribution of fitness effects and more broadly the properties of fitness landscapes underlying adaptation. I will consider empirical data bearing both on phenotypic evolution in experimental populations and patterns of molecular variation in natural populations.
-
La répartition spatiale d'une espèce est une combinaison des effets de variables environnementales et des activités humaines. Selon leur position géographique, les groupes d'individus d'une espèce sont soumis à des conditions différentes qui influencent notamment leur probabilité de présence et leur biomasse. La répartition des différents groupes d'individus et la connectivité entre ces groupes peuvent avoir une influence primordiale sur la dynamique spatiale et temporelle de la population. La modélisation des habitats potentiels relie des biomasses observées avec les facteurs environnementaux par corrélation, grâce à des modèles linéaires généralisés (GLM) ou des modèles additifs généralisés (GAM). La modélisation permet de s'affranchir de l'observation complète d'une zone d'étude en prédisant la répartition des espèces sur les zones non observées si les facteurs environnementaux sont disponibles. La répartition spatiale des biomasses peut ensuite être couplée à un modèle de cycle de vie pour estimer la dynamique de population. La carte de répartition des laminaires en mer d'Iroise sera utilisée comme exemple de modélisation des habitats potentiels en statistiques fréquentistes. Ces cartes seront utilisées pour la gestion des stocks de laminaires, espèce récoltée pour ses alginates très utilisés en cosmétique. Un point important de cette étude est de faciliter l'interprétation des résultats par les gestionnaires tout en intégrant les effets de l'incertitude de prédiction sur cette interprétation. Le modèle de cycle de vie de la sole commune en Manche Est illustrera l'intégration (1) d'un modèle de dispersion larvaire pour la distribution des larves entre les nourriceries, (2) d'un modèle d'habitat potentiel pour la répartition des juvéniles dans ces nourriceries, et (3) d'un modèle de population (non spatialisé) pour les adultes soumis à la pression de pêche, dans le cadre d'un modèle hiérarchique bayésien. Ce modèle vise notamment à comparer l'importance relative des mortalités naturelles par rapport aux mortalités d'origine anthropique (dégradation des habitats juvéniles, pêche). Il pourrait aussi être utilisé pour l'évaluation du stock.
-
Jean-Charles Cadoret, Françoise Meisch, Vahideh Hassan-Zadeh, Isabelle Luyten, Claire Guillet, L. Duret, Hadi Quesneville, Marie-Noëlle Prioleau
Jean-François Gout, Laurent Duret, Daniel Kahn
Jean-François Gout, Daniel Kahn, Laurent Duret
C. Tessereau, M. Leone, M. Buisson, L. Duret, O. M. Sinilnikova, S. Mazoyer
Sèverine Bérard, Coralie Gallien, Bastien Boussau, Gergely J Szöllosi, Vincent Daubin, Eric Tannier
Thomas Bigot, Vincent Daubin, Florent Lassalle, Guy Perrière