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Fitness Landscapes & Dynamics of Adaptation: what can we infer from patterns of phenotypic and molecular evolution?
The distribution of fitness effect of new mutations is central to many questions in evolutionary biology such as: what type of genetic variation enables sustained evolution, does adaptation to a given environment entails systematically a cost in different environments, what forces maintain phenotypic and molecular variation we observe in extant populations, etc. Fitness landscapes link the (phenotypic) effect of a new mutation and its fitness consequences. I will present recent work geared at inferring distribution of fitness effects and more broadly the properties of fitness landscapes underlying adaptation. I will consider empirical data bearing both on phenotypic evolution in experimental populations and patterns of molecular variation in natural populations.
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Transferts horizontaux d'éléments transposables
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Small changes in the big picture: genetic fine-tuning of transcriptome variation across human populations
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Modélisation de la répartition spatiale d'une espèce marine et intégration à l'échelle de son cycle de vie. Exemples de la distribution des laminaires en Bretagne et de la modélisation spatialisée du cycle de vie de la sole en Manche.
La répartition spatiale d'une espèce est une combinaison des effets de variables environnementales et des activités humaines. Selon leur position géographique, les groupes d'individus d'une espèce sont soumis à des conditions différentes qui influencent notamment leur probabilité de présence et leur biomasse. La répartition des différents groupes d'individus et la connectivité entre ces groupes peuvent avoir une influence primordiale sur la dynamique spatiale et temporelle de la population. La modélisation des habitats potentiels relie des biomasses observées avec les facteurs environnementaux par corrélation, grâce à des modèles linéaires généralisés (GLM) ou des modèles additifs généralisés (GAM). La modélisation permet de s'affranchir de l'observation complète d'une zone d'étude en prédisant la répartition des espèces sur les zones non observées si les facteurs environnementaux sont disponibles. La répartition spatiale des biomasses peut ensuite être couplée à un modèle de cycle de vie pour estimer la dynamique de population. La carte de répartition des laminaires en mer d'Iroise sera utilisée comme exemple de modélisation des habitats potentiels en statistiques fréquentistes. Ces cartes seront utilisées pour la gestion des stocks de laminaires, espèce récoltée pour ses alginates très utilisés en cosmétique. Un point important de cette étude est de faciliter l'interprétation des résultats par les gestionnaires tout en intégrant les effets de l'incertitude de prédiction sur cette interprétation. Le modèle de cycle de vie de la sole commune en Manche Est illustrera l'intégration (1) d'un modèle de dispersion larvaire pour la distribution des larves entre les nourriceries, (2) d'un modèle d'habitat potentiel pour la répartition des juvéniles dans ces nourriceries, et (3) d'un modèle de population (non spatialisé) pour les adultes soumis à la pression de pêche, dans le cadre d'un modèle hiérarchique bayésien. Ce modèle vise notamment à comparer l'importance relative des mortalités naturelles par rapport aux mortalités d'origine anthropique (dégradation des habitats juvéniles, pêche). Il pourrait aussi être utilisé pour l'évaluation du stock.
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Function and molecular evolution of genes involved in zygote formation inninsects
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Presentation de mon parcoursn-
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Differential retention of metabolic genes following whole-genome duplication
Jean-François Gout, Laurent Duret, Daniel Kahn
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The relationship among gene expression, the evolution of gene dosage, and the rate of protein evolution
Jean-François Gout, Daniel Kahn, Laurent Duret
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Efficient RNA Isoform Identification and Quantification from RNA-Seq Data with Network Flows
Elsa Bernard, Laurent Jacob, Julien Mairal, Jean-Philippe Vert
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A convex formulation for joint RNA isoform detection and quantification from multiple RNA-seq samples
Elsa Bernard, Laurent Jacob, Julien Mairal, Eric Viara, Jean-Philippe Vert
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Correcting gene expression data when neither the unwanted variation nor the factor of interest are observed
Laurent Jacob, J. A. Gagnon-Bartsch, T. P. Speed
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Convolutional Kernel Networks for Graph-Structured Data
Dexiong Chen, Laurent Jacob, Julien Mairal
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DNA physical properties determine nucleosome occupancy from yeast to fly.
Vincent Miele, Cédric Vaillant, Yves d'Aubenton-Carafa, Claude Thermes, Thierry Grange
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Three distinct sub-nuclear populations of HMG-I protein of different properties revealed by co-localization image analysis
C. Amirand, Alain Viari, J.P. Ballini, Human Rezaei, Nathalie Beaujean, D. Jullien, Emmanuel Käs, P. Debey
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Integration of data and methods for genome analysis.
Patrick Durand, Claudine Médigue, Anne Morgat, Yves Vandenbrouck, Alain Viari, François Rechenmann
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Comparative genomic analysis of three strains of Ehrlichia ruminantium reveals an active process of genome size plasticity
R. Frutos, Alain Viari, C. Ferraz, Anne Morgat, S. Eychenie, Y. Kandassamy, I. Chantal, Abdelkrim Bensaïd, Eric Coissac, N. Vachiery, J. Demaille, David Martinez
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Comparative Genomics of Three Strains of Ehrlichia ruminantium: A Review.
R. Frutos, Alain Viari, C. Ferraz, Abdelkrim Bensaïd, Anne Morgat, F. Boyer, Eric Coissac, N. Vachiery, J. Demaille, David Martinez
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GenoLink: a graph-based querying and browsing system for investigating the function of genes and proteins
Patrick Durand, Laurent Labarre, Alain Meil, Jean-Louis Divo1, Yves Vandenbrouck, Alain Viari, Jérôme Wojcik
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Reconstruction of switching thresholds in piecewise-affine models of genetic regulatory networks
Samuel Drulhe, Giancarlo Ferrari-Trecate, Hidde de Jong, Alain Viari
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Differential strain-specific diagnosis of the heartwater agent: Ehrlichia ruminantium
N. Vachiery, G. Maganga, T. Lefrancois, Y. Kandassamy, F. Stachurski, H. Adakal, C. Ferraz, Anne Morgat, Abdelkrim Bensaïd, Eric Coissac, F. Boyer, J. Demaille, Alain Viari, David Martinez, R. Frutos