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Thèse de Nicolas Girerd le mercredi 17 décembre 2014 à 13 h 30 - salle 109 bâtiment Quai 43 (Doua)
HDR de Ludovic Say - mardi 11 octobre 2011 - 14h00 - Salle du Conseil de l'IUT (Bât B1 - Administration GEA - terminus tram T1
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Les modèles mathématiques basés sur des systèmes d'équations différentielles ont permis des avancées majeures dans l'infection par le VIH au milieu des années 1990 notamment en quantifiant la production et la disparition du virus et des cellules infectées. Depuis des progrès ont été réalisés dans l'estimation des paramètres de ce type de modèle. Concomitamment, la prise en charge des patients infectés par le VIH avec des traitements antirétroviraux et des immuno-interventions est en constante amélioration. Nous présenterons les nouveaux développements et les applications en cours notamment pour l'optimisation des traitements antirétroviraux et le développement clinique des immuno-interventions dont l'interleukine 7.
Thèse de Sylvie CLAPPE le vendredi 14 décembre 2018 à 15 h, salle Fontannes bâtiment Darwin D (La Doua)
Evaluer le bon état des masses d'eau, évaluer les impacts des activités humaines, détecter les polluants émergents à de très faibles doses, et évaluer leurs risques sur le long terme, etc., pour faire face à ces défis, de nouvelles connaissances et des technologies innovantes sont nécessaires. La gestion durable de la ressource en eau et des milieux aquatiques impose de s'appuyer sur des recherches finalisées de haut niveau. La loi sur l'eau et les milieux aquatiques (LEMA) a confié à l'Onema une mission explicite afin de renforcer l'utilisation des connaissances scientifiques et techniques pour éclairer la conception, la mise en œuvre et le suivi des politiques publiques dans le domaine de l'eau par une expertise de haut niveau. L'Onema conduit cette mission avec ses moyens propres et en construisant des partenariats avec les organismes nationaux de recherche. A travers plusieurs exemples de projets de recherche ou d'études menés dans le cadre des conventions partenariales de l'Onema, nous verrons dans quelle mesure les résultats de la recherche appliquée le domaine de l'écotoxicologie peuvent aider à la mise en œuvre de la directive cadre sur l'eau, notamment par le soutien à des travaux permettant de mieux comprendre les phénomènes de transfert des contaminants organiques hydrophobes dans les réseaux trophiques, le soutien à des travaux sur les effets des substances chimiques sur les écosystèmes soumis à des expositions chroniques et multiples pour en tirer des marqueurs d'effets utilisables sur le terrain, etc.
Avec l'introduction des biopuces dans le domaine clinique, certains auteurs ont affrmé que les biomarqueurs issus de l'étude du transcriptome avaient de meilleures capacités prédictives que les biomarqueurs clinico-biologiques connus jusqu'à maintenant. Cependant, les deux types de variables sont dans des situations très différentes ; si la plupart des biomarqueurs cliniques ont été validés, la phase de sélection est encore pleinement d'actualité pour les biomarqueurs transcriptomiques. L'objectif de ce travail a été de quantifier l'optimisme relatif aux variables transcriptomiques d'une part, et aux clinico-biologiques classiques d'autre part, quand les deux types de variables sont introduits dans un même modèle de survie. Le R_ de Kent et O'Quigley a été utilisé à cet effet. Basé sur des simulations, ce travail a permis de montrer comment le processus de sélection introduisait un fort optimisme dans le cas des gènes.Contact : Mme Mariethé CHAUMEIL Inscription gratuite mais obligatoire avant le mardi 24 juin 2008
We consider the issue of estimating causal effects in a dynamic approach based on a multivariate stochastic process representation, which may be called the "stochastic system approach". Conditional and marginal effects can be defined. We focus on the issue of the horizon on which causal influence must be studied, in particular in ageing studies. In ageing studies, one of the most important events that we have to consider is "death". This is why the illness-death model is important in such studies. But "death" is not an event which is on the same footing as other events that can happen to subjects. Even if the vital status is part of the state, it has a very special meaning, in that all the other components of the state are defined only for a living subject. The consequence is that causal influences must be defined on a maximum horizon which is the time of death. We do not say that death has an influence on the other components of the state, but that these other components are not defined after death. For instance if we are interested in dementia, the state can be represented by a bivariate counting process counting dementia and death. However dementia is defined only for a living subject: after death the subject does not exist anymore and cannot be qualified as demented or not demented. When we investigate the causal influence of a factor, we should first look at its causal influence on death, then on its influences on other processes. Cases where a value of a modifiable factor can be preferred to another one will be given. Thus, the stochastic system approach helps clarifying the important issue of assessing causal effects in ageing studies Contact : Mme Mariethé CHAUMEIL Inscription gratuite mais obligatoire (commande sandwichs avant le lundi 16 MARS 2015 Courriel : mariethe.chaumeil@chu-lyon.fr
HDR de Jean-François LEMAITRE le lundi 10 décembre 2018 à 14 h, amphithéâtre CNRS (Villeurbanne)
Le virus Nipah (NiV) est un pathogène émergent responsable d'un nombre élevé de décès chez l'homme en Asie et a été inclus dans le système mondial d'alerte précoce de l'OMS, de l'OIE et de la FAO. Les chauves-souris du genre Pteropus sont le principal réservoir du NiV et sa transmission à l'interface chauve-souris-homme fait intervenir de nombreux facteurs écologiques, environnementaux et socio-culturels. Des approches intégrées sont donc nécessaires pour comprendre et contrôler avec succès le risque d'épidémies. De 2012 à 2016, nous avons combiné des recherches sur l'écologie des chauves-souris (phénologie reproductive, dynamique des populations et alimentation), les perceptions et les pratiques humaines (études ethnographiques et études sur les connaissances, les attitudes et les pratiques) et des études sur la circulation du NiV dans les populations de chauves-souris et humaines (surveillance du virus dans l'urine des chauves-souris et sérologie humaine) afin de mieux comprendre le risque potentiel d'émergence du NiV au Cambodge. Nos résultats suggèrent que le virus circule de façon saisonnière chez les chauves-souris mais n'ont pas révélé de transmission chez les personnes exposées. Nous avons identifié des voies de transmission potentielles vers l'homme, comme des fruits consommés par les chauves-souris et récoltés par l'homme lorsque le NiV circule. Ce qui nous permet de faire des recommandations pour limiter le risque d'émergence du NiV chez l'Homme.
Les arbres permettent de modéliser des situations variées en biologie : l'architecture des plantes ou de leur système racinaire, les lignées cellulaires, ou encore la structure secondaire de l'ARN. Savoir traiter des données arborescentes peut donc permettre de résoudre des questions biologiques. Afin de comparer ces données, on peut munir l'espace des arbres d'une métrique, dite distance d'édition. A l'ère des données massives, le problème est alors de calculer en un temps raisonnable la matrice des distances 2 à 2 de la base de données dont on dispose. Je présenterai une stratégie de compression avec perte des arbres qui permet de résoudre au moins partiellement ce problème de complexité temporelle. Nous verrons que cela a des implications sur l'analyse et la modélisation des architectures de certaines plantes.
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Animal bodies house trillions of bacteria, which can influence host behavior in ways that have far-reaching implications for host ecology and evolution. Recent studies have revealed surprising roles for bacteria in shaping behavior across many animal taxa. But questions remain and recent perspective papers have emphasized the need of studying the interactions between microbiota and host behavior. Although it has long been posited that microbiota can influence host behaviour by affecting chemical cues that animals use to communicate, this purported relationship has only recently received renewed attention owing to the advent of new sequencing technologies. My work takes place into this framework, and I will present various results that link microbiota and odor cues in birds and mammals.Odeurs et microbiote chez les vertébrésDepuis quelques années, le rôle des bactéries dans l'écologie et l'évolution des animaux suscite un grand intérêt théorique. Néanmoins, bien que les bactéries semblent jouer un rôle fondamental dans la valeur adaptative des individus, la communauté scientifique vient tout juste de découvrir l'ampleur de leur diversité et fonctions. En particulier, il a été suggéré que le microbiote pouvait être, en partie, responsable de la production des odeurs corporelles utilisées par les animaux pour communiquer avec leurs conspécifiques. Etant donné l'importance de la communication chimique à travers le règne animal, l'altération des odeurs par le microbiote pourrait être une force qui façonne de nombreux comportements. Cependant, malgré l'intérêt que ce sujet suscite, très peu d'études se sont, jusqu'à présent, penchées sur cette question. Mes travaux de recherches se placent dans ce contexte théorique, et je présenterai différents résultats sur les signaux odeurs et le lien avec le microbiote chez les oiseaux et les mammifères.
Short biography: Biochemistry undergraduate at Oxford, then bioinformatics masters at Imperial College London. Followed by comparative genomics of mosquito immunity PhD also at Imperial. Then OrthoDB-orthology postdoc in Geneva participating in the i5k arthropod genomes initiative, and mosquito comparative genomics Marie Curie fellowship at MIT with return phase back in Geneva. Now assistant professor at the University of Lausanne since September 2017 and Swiss Institute of Bioinformatics Group Leader since 2018.
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