Statistics and Modelling for Health Sciences

Biostatistics Health Group

Subtil Fabien

Maître de conférences - praticien hospitalier

UCBL

Address: 162 avenue Lacassagne
69424 LYON cedex 03

Tel: 33 04 72 11 52 38

Email

Activité de recherche

Recherche actuelle

Identification de profils de trajectoires typiques dans les études cliniques ou épidémiologiques

Une trajectoire est constituée par les mesures longitudinales d’un biomarqueur chez un individu. L’identification de profils typiques de trajectoire permet de classer les individus, et d’avoir une meilleure connaissance de l’hétérogénéité naturelle entre les patients. Le lien entre les groupes de trajectoire et le pronostique peut ensuite être recherché, ainsi que des facteurs prédisposant à l’appartenance à un groupe donné.
Deux travaux principaux ont été menés dans cette thématique de recherche.

Application à la recherche de facteurs cliniques prédisant la réponse à un traitement antihypertenseur
Recherche des facteurs de réponse au traitement lorsque la réponse est évaluée par des mesures répétées de pression artérielle. Travail réalisé en partenariat avec le Pr Gueyffier de l’équipe EMET.

Adaptation des méthodes à des biomarqueurs binaires ou résultant d’un comptage
Participation aux tâches 3 (KmlCov) et 5 (KmlVar) de l’ANR IDOL (responsable : C. Genolini, Bordeaux ; financement obtenu en 2012).
Travail fondamental d’adaptation des méthodes usuelles de classification de trajectoires à des biomarqueurs binaires ou résultant d’un comptage.

 

 

Projets de recherche

Utilisation des trajectoires typiques pour établir le diagnostic précoce de maladies

Utilisation de la méthodologie d’identification de trajectoires typiques pour évaluer la capacité d’un biomarqueur longitudinal à établir un diagnostic précoce. L’application portera sur l’analyse des variations de β-HCG suite à un premier curetage de mole hydatiforme pour le diagnostic d’échec du curetage.

Prise en compte des conséquences cliniques dans le choix des tests diagnostiques

Le choix d’un test diagnostique (ou de son seuil) repose très fréquemment sur l’analyse de sa courbe ROC. Le succès de cet outil en a fait oublier la non prise en compte de la prévalence et des conséquences cliniques des erreurs de classement (maladie non détectée ou traitement à tort). Ces paramètres impactent pourtant grandement le bénéfice espéré en population de la stratégie diagnostique.
Le travail de recherche visera à adapter de façon simple les courbes ROC pour prendre en compte ces deux facteurs. L’objectif est que cet outil aussi populaire en recherche clinique soit désormais, par des modifications simples, utilisé de façon rationnelle en termes de prise de décision médicale.

Etablissement de seuils pour la médecine personnalisée

La médecine personnalisée repose sur des biomarqueurs qui orientent le choix de la stratégie de traitement. Aujourd’hui, les seuils de décision associés à ces biomarqueurs tiennent compte du caractère répondeur ou non du patient au traitement, mais rarement de la qualité de vie. La thématique de recherche portera sur les méthodes de prise en compte de l’état de santé futur d’un patient dans le choix du seuil optimal d’un biomarqueur prédictif, et sur l’intérêt de la prise en compte de ce paramètre.

 

 

Activités d'enseignement

Enseignements au sein du Master Santé Publique

- M2 UE " Modéle linéaire et linéaires généralisé " : TD.
- M2 UE " Inférence Fréquentiste et Bayésienne, Paramétrique et non Paramétrique " : cours et TD sur les méthodes d’estimations en situation de paramètres multiples.
- M2 UE " Modélisation diagnostique et pronostique. Propriétés prédictives des modèles " : cours/TD
- M2 UE " Modèles linéaires et linéaires généralisés à effets mixtes " : cours/TD
- M2 UE " Méthodes statistiques pour les essais cliniques " : cours/TD

 

Enseignements au sein de l’INSA de Lyon


- 4ème année, module " Modèle linéaire généralisé " : cours.
- 5ème année, module " Statistique bayésienne et applications " : cours et TD/TP.

Enseignements au sein de la Faculté de Médecine Lyon Sud Charles Mérieux

- PASS, UE " Evaluation des méthodes d’analyse appliquées aux sciences de la vie et de la santé " : cours et ED.

- PASS, UE " Projet d'études " .
- FGSM 2, UE " Biomédecine quantitative " : cours.

- DFGSM1, UE "Formation générale à la recherche" : cours.

- Conférences d’internat pour la préparation à l’ECN.

Formation LBBE

Formation continue sur l'inférence bayésienne

Publications

Display of 1 to 30 publications on 55 in total

Fluconazole in hypercalciuric patients with increased 1,25(OH)(2)D levels: the prospective, randomized, placebo-controlled, double-blind FLUCOLITH trial

A. Bertholet-Thomas, A. Portefaix, S. Flammier, C. Dhelens, F. Subtil, L. Dubourg...

Trials . 23 ( 1 ) : 499

DOI: 10.1186/s13063-022-06302-z

Journal article

see the publication

[Adherence to recommendations after comprehensive geriatric assessment by mobile geriatric team during 500 home visits]

A. Pauget, N. Jomard, A. Termoz, F. Subtil, V. Chambard, B. Galamand...

Geriatrie Et Psychologie Neuropsychiatrie Du Vieillissement . 20 ( 2 ) : 208-216

DOI: 10.1684/pnv.2022.1036

Journal article

see the publication

Prognosis of Old Intensive Care COVID-19 Patients at a Glance: The Senior COVID Study

C. H. Vacheron, L. Bitker, F. Thiolliere, F. Subtil, P. Ábrahám, V. Collange...

Turkish Journal of Anaesthesiology and Reanimation . 50 ( Supp1 ) : S57-s61

DOI: 10.5152/tjar.2022.21321

Journal article

see the publication

Senior-COVID-Rea Cohort Study: A Geriatric Prediction Model of 30-day Mortality in Patients Aged over 60 Years in ICU for Severe COVID-19

C. Falandry, L. Bitker, P. Abraham, F. Subtil, V. Collange, B. Balança...

Aging and disease . 13 ( 2 ) : 614-623

DOI: 10.14336/ad.2021.1004

Journal article

see the publication

Risk factors associated with day-30 mortality in patients over 60 years old admitted in ICU for severe COVID-19: the Senior-COVID-Rea Multicentre Survey protocol

C. Falandry, A. Malapert, M. Roche, F. Subtil, J. Berthiller, C. Boin...

BMJ Open . 11 ( 7 ) : e044449

DOI: 10.1136/bmjopen-2020-044449

Journal article

see the publication

Adherence to cysteamine in nephropathic cystinosis: A unique electronic monitoring experience for a better understanding. A prospective cohort study: CrYSTobs

S. Gaillard, L. Roche, S. Lemoine, G. Deschênes, D. Morin, C. Vianey-Saban...

Pediatric Nephrology . 36 ( 3 ) : 581-589

DOI: 10.1007/s00467-020-04722-0

Journal article

see the publication

Prevalence of obesity among adult inpatients with COVID-19 in France

C. Caussy, F. Pattou, F. Wallet, C. Simon, S. Chalopin, C. Telliam...

The Lancet. Diabetes & Endocrinology . 8 ( 7 ) : 562-564

DOI: 10.1016/s2213-8587(20)30160-1

Journal article

see the publication

Collaboration between academics, small pharmaceutical company and patient organizations in the development of a new formulation of cysteamine in nephropathic cystinosis: A successful story

Ségolène Gaillard, Laurent Roche, Georges Deschênes, Denis E. J. Morin, Christine Vianey-Saban, Cécile Acquaviva-Bourdain...

Thérapie . 75 ( 2 ) : 169--173

DOI: 10.1016/j.therap.2020.02.008

Journal article

see the publication

Endoscopic mucosal resection with anchoring of the snare tip: multicenter retrospective evaluation of effectiveness and safety

Mathieu Pioche, Timothée Wallenhorst, Hugo Lepetit, Vincent Lépilliez, Jérôme Rivory, Romain Legros...

Endoscopy International Open . 07 : E1496 - E1502

DOI: 10.1055/a-0990-9068

Journal article

see the publication

Bench Assessment of the Effect of a Collapsible Tube on the Efficiency of a Mechanical Insufflation-Exsufflation Device

Romain Lachal, Bruno Louis, Fabien Subtil, Claude Guérin

Respiratory Care . 64 ( 7 ) : 752 - 759

DOI: 10.4187/respcare.06478

Journal article

see the publication

A Bayesian method to estimate the optimal threshold of a marker used to select patients' treatment

Yoann Blangero, Muriel Rabilloud, René Ecochard, Fabien Subtil

Statistical Methods in Medical Research . : 096228021882139

Journal article

see the publication

A simplified table using validated diagnostic criteria is effective to improve characterization of colorectal polyps: the CONECCT teaching program

Martin Fabritius, Jean-Michel Gonzalez, Aymeric Becq, Xavier Dray, Emmanuel Coron, Lucie Brenet-Defour...

Endoscopy International Open . 07 ( 10 ) : E1197-E1206

DOI: 10.1055/a-0962-9737

Journal article

see the publication

Obinutuzumab and ibrutinib induction therapy followed by a minimal residual disease-driven strategy in patients with chronic lymphocytic leukaemia (ICLL07 FILO): a single-arm, multicentre, phase 2 trial

Anne-Sophie Michallet, Marie-Sarah Dilhuydy, Fabien Subtil, Valérie Rouillé, Béatrice Mahé, Kamel Laribi...

The Lancet Haematology . 6 ( 9 ) : e470-e479

DOI: 10.1016/S2352-3026(19)30113-9

Journal article

see the publication

Botulinum toxin for the treatment of hypercontractile esophagus: Results of a double‐blind randomized sham‐controlled study

Adrien Choné, Pietro Familiari, Burkhard von Rahden, Pankaj Desai, Haruhiro Inoue, Yuto Shimamura...

Neurogastroenterology & Motility . 31 ( 5 ) : e13587

DOI: 10.1111/nmo.13587

Journal article

see the publication

Multicenter Evaluation of Clinical Efficacy and Safety of Per-Oral Endoscopic Myotomy in Children

A. Chone, P. Familiari, B. Von Rahden, P. Desai, H. Inoue, Y. Shimamura...

Journal of Pediatric Gastroenterology and Nutrition .

DOI: 10.1097/mpg.0000000000002432

Journal article

see the publication

Compositional and mechanical properties of growing cortical bone tissue: a study of the human fibula

Emmanuelle Lefevre, Delphine Farlay, Yohann Barla, Fabien Subtil, Uwe Wolfram, Sébastien Rizzo...

Scientific Reports .

Journal article

see the publication

A 40 months follow-up of Ebola virus disease survivors in Guinea (Postebogui) reveals long-term detection of Ebola viral Ribonucleic Acid in semen and breast milk

Alpha Kabinet Keita, Nicole Vidal, Abdoulaye Touré, Mamadou Saliou Kalifa Diallo, N'Fally Magassouba, Sylvain Baize...

Open Forum Infectious Diseases . 6 ( 12 ) : ofz482

DOI: 10.1093/ofid/ofz482

Journal article

see the publication

Effect of Optimal Medical Therapy at Discharge in Patients With Reperfused ST-Segment Elevation Myocardial Infarction on 1-Year Mortality (from the Regional RESCUe Registry)

Danka Tomasevic, Carlos El Khoury, Fabien Subtil, Pierre-Yves Dubien, Thomas Bochaton, Patrice Serre...

American Journal of Cardiology . 121 ( 4 ) : 403-409

DOI: 10.1016/j.amjcard.2017.11.002

Journal article

see the publication

Unequal intra-group variance in trajectory classification

Amna Klich, René Ecochard, Fabien Subtil

Statistics in Medicine . 37 ( 28 ) : 4155-4166

DOI: 10.1002/sim.7921

Journal article

see the publication

Les patients scoliotiques ont-ils un besoin de traitement orthodontique augmenté ? Une étude comparative sur 104 cas

Camille Servant, Emmanuelle Garnier, Fabien Subtil, Sarah Gebeile-Chauty

Orthodontie Française . 89 ( 4 ) : 355-363

DOI: 10.1051/orthodfr/2018028

Journal article

see the publication

Prevalence of iron deficiency in patients aged 75 years or older with heart failure

Paul Mini, Marc Bonnefoy, Fabien Subtil, Michel Chuzeville

Journal of Geriatric Cardiology . 15 ( 11 ) : 382-686

DOI: 10.11909/j.issn.1671-5411.2018.11.005

Journal article

see the publication

On-Demand Sildenafil as a Treatment for Raynaud Phenomenon

Matthieu Roustit, Joris Giai, Olivier Gaget, Charles Khouri, Myriam Mouhib, Adrien Lotito...

Annals of Internal Medicine . 169 ( 10 ) : 694

DOI: 10.7326/M18-0517

Journal article

see the publication

Geriatric analysis from PRODIGE 20 randomized phase II trial evaluating bevacizumab + chemotherapy versus chemotherapy alone in older patients with untreated metastatic colorectal cancer

T. Aparicio, O. Bouché, E. Francois, F. Retornaz, E. Barbier, J. Taieb...

European Journal of Cancer . 97 : 16-24

DOI: 10.1016/j.ejca.2018.03.030

Journal article

see the publication

Dynamics of Ebola RNA Persistence in Semen: A Report From the Postebogui Cohort in Guinea

Fabien Subtil, Charlotte Delaunay, Alpha Kabinet Keita, Mamadou Saliou Sow, Abdoulaye Touré, Sandrine Leroy...

Clinical Infectious Diseases . 64 ( 12 ) : 1788 - 1790

DOI: 10.1093/cid/cix210

Journal article

see the publication

Cementless lateralized stems in primary THA: Mid-term survival and risk factors for failure in 172 stems

Cyril Courtin, Anthony Viste, Fabien Subtil, Olivier Catin, Romain Desmarchelier, Michel-Henri Fessy

Orthopaedics & Traumatology: Surgery & Research . 103 ( 1 ) : pp. 15-19

DOI: 10.1016/j.otsr.2016.10.011

Journal article

see the publication

Vancomycin treatment is a risk factor for vancomycin-nonsusceptible Staphylococcus capitis sepsis in preterm neonates

Marine Butin, Jean-Philippe Rasigade, F. Subtil, Patricia Martins-Simões, C. Pralong, A.-M. Freydière...

Clinical Microbiology and Infection . 23 ( 11 ) : 839-844

DOI: 10.1016/j.cmi.2017.03.022

Journal article

see the publication

Ibrutinib in very elderly patients with relapsed/refractory chronic lymphocytic leukemia: A real-world experience of 71 patients treated in France: A study from the French Innovative Leukemia Organization (FILO) group

Sophie Michallet, Arnaud Campidelli, Helene Lequeu, Marie-Sarah Dilhuydy, Olivier Tournilhac, Luc-Matthieu Fornecker...

American Journal of Hematology . 92 ( 6 ) : E105 - E107

DOI: 10.1002/ajh.24715

Journal article

see the publication

A bench evaluation of fraction of oxygen in air delivery and tidal volume accuracy in home care ventilators available for hospital use

L. Baboi, Fabien Subtil, C. Guerin

Journal of Thoracic Disease . 8 ( 12 ) : 3639-3647

DOI: 10.21037/jtd.2016.12.64

Journal article

see the publication

Le médecin généraliste face à la prise en charge de « l’allergie au médicament » : un éclairage sur la pratique actuelle en région Rhône-Alpes, et perspectives d’amélioration

V.-A. Huynh, E. Lungoci, Audrey Nosbaum, Florence Hacard, F. Subtil, Jean-François Nicolas...

Revue francaise d'allergologie . 56 ( 5 ) : 401-406

DOI: 10.1016/j.reval.2016.02.007

Journal article

see the publication

Early diagnosis of gestational trophoblastic neoplasia based on trajectory classification with compartment modeling

C. Burny, Muriel Rabilloud, F. Golfier, J. Massardier, T. Hajri, A. M. Schott...

BMC Medical Research Methodology . 16 : 3

DOI: 10.1186/s12874-015-0106-y

Journal article

see the publication