Statistics and Modelling for Health Sciences
Subtil Fabien
Maître de conférences - praticien hospitalier
UCBL
Tel: 33 04 72 11 52 38
Activité de recherche
Recherche actuelle
Identification de profils de trajectoires typiques dans les études cliniques ou épidémiologiques
Une trajectoire est constituée par les mesures longitudinales d’un biomarqueur chez un individu. L’identification de profils typiques de trajectoire permet de classer les individus, et d’avoir une meilleure connaissance de l’hétérogénéité naturelle entre les patients. Le lien entre les groupes de trajectoire et le pronostique peut ensuite être recherché, ainsi que des facteurs prédisposant à l’appartenance à un groupe donné.
Deux travaux principaux ont été menés dans cette thématique de recherche.
Application à la recherche de facteurs cliniques prédisant la réponse à un traitement antihypertenseur
Recherche des facteurs de réponse au traitement lorsque la réponse est évaluée par des mesures répétées de pression artérielle. Travail réalisé en partenariat avec le Pr Gueyffier de l’équipe EMET.
Adaptation des méthodes à des biomarqueurs binaires ou résultant d’un comptage
Participation aux tâches 3 (KmlCov) et 5 (KmlVar) de l’ANR IDOL (responsable : C. Genolini, Bordeaux ; financement obtenu en 2012).
Travail fondamental d’adaptation des méthodes usuelles de classification de trajectoires à des biomarqueurs binaires ou résultant d’un comptage.
Projets de recherche
Utilisation des trajectoires typiques pour établir le diagnostic précoce de maladies
Utilisation de la méthodologie d’identification de trajectoires typiques pour évaluer la capacité d’un biomarqueur longitudinal à établir un diagnostic précoce. L’application portera sur l’analyse des variations de β-HCG suite à un premier curetage de mole hydatiforme pour le diagnostic d’échec du curetage.
Prise en compte des conséquences cliniques dans le choix des tests diagnostiques
Le choix d’un test diagnostique (ou de son seuil) repose très fréquemment sur l’analyse de sa courbe ROC. Le succès de cet outil en a fait oublier la non prise en compte de la prévalence et des conséquences cliniques des erreurs de classement (maladie non détectée ou traitement à tort). Ces paramètres impactent pourtant grandement le bénéfice espéré en population de la stratégie diagnostique.
Le travail de recherche visera à adapter de façon simple les courbes ROC pour prendre en compte ces deux facteurs. L’objectif est que cet outil aussi populaire en recherche clinique soit désormais, par des modifications simples, utilisé de façon rationnelle en termes de prise de décision médicale.
Etablissement de seuils pour la médecine personnalisée
La médecine personnalisée repose sur des biomarqueurs qui orientent le choix de la stratégie de traitement. Aujourd’hui, les seuils de décision associés à ces biomarqueurs tiennent compte du caractère répondeur ou non du patient au traitement, mais rarement de la qualité de vie. La thématique de recherche portera sur les méthodes de prise en compte de l’état de santé futur d’un patient dans le choix du seuil optimal d’un biomarqueur prédictif, et sur l’intérêt de la prise en compte de ce paramètre.
Activités d'enseignement
Enseignements au sein du Master Santé Publique
M2 UE " Modéle linéaire et linéaires généralisé " : TD. M2 UE " Inférence Fréquentiste et Bayésienne, Paramétrique et non Paramétrique " : cours et TD sur les méthodes d’estimations en situation de paramètres multiples. M2 UE " Modélisation diagnostique et pronostique. Propriétés prédictives des modèles " : cours/TD M2 UE " Modèles linéaires et linéaires généralisés à effets mixtes " : cours/TD M2 UE " Méthodes statistiques pour les essais cliniques " : cours/TD
Enseignements au sein de l’INSA de Lyon
4ème année, module " Modèle linéaire généralisé " : cours. 5ème année, module " Statistique bayésienne et applications " : cours et TD/TP.
Enseignements au sein de la Faculté de Médecine Lyon Sud Charles Mérieux
PASS, UE " Evaluation des méthodes d’analyse appliquées aux sciences de la vie et de la santé " : cours et ED.
PASS, UE " Projet d'études " . FGSM 2, UE " Biomédecine quantitative " : cours.
DFGSM1, UE "Formation générale à la recherche" : cours.
Conférences d’internat pour la préparation à l’ECN.
Formation LBBE
Formation continue sur l'inférence bayésienne
Publications
Display of 1 to 30 publications on 164 in total
Histological prediction and choice of the best resection strategy in front of a colorectal lesion > 2 cm: prospective comparison of endoscopic characterization, non-targeted and targeted biopsies
Surgical Endoscopy .
Journal article
see the publicationThe prevalence of small intestine bacterial overgrowth in irritable bowel syndrome is much higher with lactulose than glucose breath test: Results of a retrospective monocentric study
Clinics and Research in Hepatology and Gastroenterology . 48 ( 9 ) : 102482
Journal article
see the publicationValue of green sign and chicken skin aspects for detecting malignancy of colorectal neoplasia in a prospective characterization study
Endoscopy International Open . 12 ( 07 ) : E924-E931
DOI: 10.1055/a-2350-9631
Journal article
see the publicationEfficacy of pharmacological interventions for ADHD: protocol for an updated systematic review and dose–response network meta-analysis
Systematic Reviews . 13 ( 1 ) : 256
Journal article
see the publicationCost-effectiveness of endovascular thrombectomy for acute ischemic stroke with established large infarct in Germany: a decision tree and Markov model
Journal of Neurointerventional Surgery . 193 : jnis-2024-021837
Journal article
see the publicationMental Health Consequences of the COVID‐19 Outbreak Among Emergency Department Healthcare Workers
BioMed Research International . 2024 ( 1 )
DOI: 10.1155/2024/8871959
Journal article
see the publicationFacteurs influençant la date d’arrivée du jeune patient au cabinet d’orthodontie : une étude sur 456 cas
L' Orthodontie francaise . 95 ( 2 ) : 153-168
Journal article
see the publicationLong‐term psycho‐traumatic consequences of the COVID‐19 health crisis among emergency department healthcare workers
Stress and Health . 40 ( 5 ) : e087444
DOI: 10.1002/smi.3478
Journal article
see the publicationSPIDOL study protocol for the assessment of intrathecal ziconotide antalgic efficacy for severe refractory neuropathic pain due to spinal cord lesions
Trials . 25 ( 1 ) : 595
Journal article
see the publicationEndovascular thrombectomy for acute ischaemic stroke with established large infarct (TENSION): 12-month outcomes of a multicentre, open-label, randomised trial
The Lancet Neurology . 23 ( 9 ) : 883-892
Journal article
see the publicationReal-World efficacy and safety of combination nivolumab plus ipilimumab for Untreated, Unresectable, pleural Mesothelioma: The Meso-Immune (GFPC 04–2021) trial
Lung Cancer . 194 : 107866
Journal article
see the publicationAccurate height and length estimation in hospitalized children not fulfilling WHO criteria for standard measurement: a multicenter prospective study
European Journal of Pediatrics . 183 ( 10 ) : 4275-4286
Journal article
see the publicationBioreactance assessment of cardiac output lacks reliability for the follow-up of patients with pulmonary hypertension
PLoS ONE . 19 ( 5 ) : e0298727
Journal article
see the publicationTraction-assisted endoscopic submucosal dissection for resection of ileocecal valve neoplasia: a French retrospective multicenter case series
Endoscopy .
DOI: 10.1055/a-2316-4910
Journal article
see the publicationSystematic Resection of the Visible Scar After Incomplete Endoscopic Resection of Rectal Neuroendocrine Tumors
The American Journal of Gastroenterology . 119 ( 2 ) : 378-381
Journal article
see the publicationFeasibility of a screening and prevention procedure for risks associated with dysphagia in older patients in geriatric units: the DYSPHAGING pilot study protocol
BMJ Open . 14 ( 4 ) : e081333
Journal article
see the publicationCorrelation between antifungal clinical practices and a new clinical decision support system ANTIFON-CLIC® for the treatment of invasive candidiasis: a retrospective multicentre study
Journal of Antimicrobial Chemotherapy . 79 ( 6 ) : 1407-1412
DOI: 10.1093/jac/dkae118
Journal article
see the publicationSafety and Patient-Reported outcomes of atezolizumab plus chemotherapy with or without bevacizumab in stage IIIB/IV non-squamous non-small cell lung cancer with EGFR mutation, ALK rearrangement or ROS1 fusion progressing after targeted therapies (GFPC 06-
Lung Cancer . 193 : 107843
Journal article
see the publicationRisk factors for laryngeal lesions in adult acute respiratory distress syndrome: A STROBE-compliant French case-control study
European Annals of Otorhinolaryngology, Head and Neck Diseases .
Journal article
see the publicationComprehensive Ophthalmological Evaluation in Atopic Dermatitis
Dermatology . : 1-9
DOI: 10.1159/000536233
Journal article
see the publicationASO Visual Abstract: The Need of Centralization for Small Intestinal Neuroendocrine Tumor Surgery—A Cohort Study from the GTE-Endocan-RENATEN Network, the CentralChirSINET Study
Annals of Surgical Oncology . 31 ( 2 ) : 1144-1145
Journal article
see the publicationSurvival and modelled cancer antigen-125 ELIMination rate constant K score in ovarian cancer patients in first-line before poly(ADP-ribose) polymerase inhibitor era: A Gynaecologic Cancer Intergroup meta-analysis
European Journal of Cancer . 191
Journal article
see the publicationThe Need for Centralization for Small Intestinal Neuroendocrine Tumor Surgery: A Cohort Study from the GTE-Endocan-RENATEN Network, the CentralChirSINET Study
Annals of Surgical Oncology . 30 ( 13 ) : 8528-8541
Journal article
see the publicationSurgery of primary lung carcinoid tumors at metastatic stage: A national study from the French Group of Endocrine Tumors ( GTE ) and ENDOCAN‐RENATEN network
Journal of Neuroendocrinology . 35 ( 10 )
DOI: 10.1111/jne.13331
Journal article
see the publicationSurgery of primary lung carcinoid tumors at metastatic stage: A national study from the French Group of Endocrine Tumors ( GTE ) and ENDOCAN‐RENATEN network
Journal of Neuroendocrinology . 35 ( 10 )
DOI: 10.1111/jne.13331
Journal article
see the publicationClustering of trajectories with mixed effects classification model: Inference taking into account classification uncertainties
Statistics in Medicine . 42 ( 25 ) : 4570-4581
DOI: 10.1002/sim.9876
Journal article
see the publicationMental health in hospitals: A cross-sectional study of the representations of professionals in a French university hospital
Archives des Maladies Professionnelles et de L'Environnement . 84 ( 3 ) : 101703
Journal article
see the publicationAtezolizumab with or without bevacizumab and platinum-pemetrexed in patients with stage IIIB/IV non-squamous non-small cell lung cancer with EGFR mutation, ALK rearrangement or ROS1 fusion progressing after targeted therapies: A multicentre phase II open-
European Journal of Cancer . 183 : 38-48
Journal article
see the publicationEndovascular thrombectomy for acute ischaemic stroke with established large infarct: multicentre, open-label, randomised trial
The Lancet . 402 ( 10414 ) : 1753-1763
Journal article
see the publicationGFPC 06-2018 : étude de phase II, multicentrique, ouverte et non randomisée évaluant l’association sel de platine-pémétrexed-atézolizumab (±bévacizumab) pour les patients atteints d’un cancer du poumon non à petites cellules non épidermoïde
27e Congrès de Pneumologie de Langue Française . 15 ( 1 ) : 35-36
Conference paper
see the publication