Statistics and Modelling for Health Sciences

Biostatistics Health Group

Subtil Fabien

Maître de conférences - praticien hospitalier

UCBL

Address: 162 avenue Lacassagne
69424 LYON cedex 03

Tel: 33 04 72 11 52 38

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Activité de recherche

Recherche actuelle

Identification de profils de trajectoires typiques dans les études cliniques ou épidémiologiques

Une trajectoire est constituée par les mesures longitudinales d’un biomarqueur chez un individu. L’identification de profils typiques de trajectoire permet de classer les individus, et d’avoir une meilleure connaissance de l’hétérogénéité naturelle entre les patients. Le lien entre les groupes de trajectoire et le pronostique peut ensuite être recherché, ainsi que des facteurs prédisposant à l’appartenance à un groupe donné.
Deux travaux principaux ont été menés dans cette thématique de recherche.

Application à la recherche de facteurs cliniques prédisant la réponse à un traitement antihypertenseur
Recherche des facteurs de réponse au traitement lorsque la réponse est évaluée par des mesures répétées de pression artérielle. Travail réalisé en partenariat avec le Pr Gueyffier de l’équipe EMET.

Adaptation des méthodes à des biomarqueurs binaires ou résultant d’un comptage
Participation aux tâches 3 (KmlCov) et 5 (KmlVar) de l’ANR IDOL (responsable : C. Genolini, Bordeaux ; financement obtenu en 2012).
Travail fondamental d’adaptation des méthodes usuelles de classification de trajectoires à des biomarqueurs binaires ou résultant d’un comptage.

 

 

Projets de recherche

Utilisation des trajectoires typiques pour établir le diagnostic précoce de maladies

Utilisation de la méthodologie d’identification de trajectoires typiques pour évaluer la capacité d’un biomarqueur longitudinal à établir un diagnostic précoce. L’application portera sur l’analyse des variations de β-HCG suite à un premier curetage de mole hydatiforme pour le diagnostic d’échec du curetage.

Prise en compte des conséquences cliniques dans le choix des tests diagnostiques

Le choix d’un test diagnostique (ou de son seuil) repose très fréquemment sur l’analyse de sa courbe ROC. Le succès de cet outil en a fait oublier la non prise en compte de la prévalence et des conséquences cliniques des erreurs de classement (maladie non détectée ou traitement à tort). Ces paramètres impactent pourtant grandement le bénéfice espéré en population de la stratégie diagnostique.
Le travail de recherche visera à adapter de façon simple les courbes ROC pour prendre en compte ces deux facteurs. L’objectif est que cet outil aussi populaire en recherche clinique soit désormais, par des modifications simples, utilisé de façon rationnelle en termes de prise de décision médicale.

Etablissement de seuils pour la médecine personnalisée

La médecine personnalisée repose sur des biomarqueurs qui orientent le choix de la stratégie de traitement. Aujourd’hui, les seuils de décision associés à ces biomarqueurs tiennent compte du caractère répondeur ou non du patient au traitement, mais rarement de la qualité de vie. La thématique de recherche portera sur les méthodes de prise en compte de l’état de santé futur d’un patient dans le choix du seuil optimal d’un biomarqueur prédictif, et sur l’intérêt de la prise en compte de ce paramètre.

 

 

Activités d'enseignement

Enseignements au sein du Master Santé Publique

- M2 UE " Modéle linéaire et linéaires généralisé " : TD.
- M2 UE " Inférence Fréquentiste et Bayésienne, Paramétrique et non Paramétrique " : cours et TD sur les méthodes d’estimations en situation de paramètres multiples.
- M2 UE " Modélisation diagnostique et pronostique. Propriétés prédictives des modèles " : cours/TD
- M2 UE " Modèles linéaires et linéaires généralisés à effets mixtes " : cours/TD
- M2 UE " Méthodes statistiques pour les essais cliniques " : cours/TD

 

Enseignements au sein de l’INSA de Lyon


- 4ème année, module " Modèle linéaire généralisé " : cours.
- 5ème année, module " Statistique bayésienne et applications " : cours et TD/TP.

Enseignements au sein de la Faculté de Médecine Lyon Sud Charles Mérieux

- PASS, UE " Evaluation des méthodes d’analyse appliquées aux sciences de la vie et de la santé " : cours et ED.

- PASS, UE " Projet d'études " .
- FGSM 2, UE " Biomédecine quantitative " : cours.

- DFGSM1, UE "Formation générale à la recherche" : cours.

- Conférences d’internat pour la préparation à l’ECN.

Formation LBBE

Formation continue sur l'inférence bayésienne

Publications

Display of 31 to 60 publications on 163 in total

Use of endoscopic submucosal dissection or full-thickness resection device to treat residual colorectal neoplasia after endoscopic resection: a multicenter historical cohort study

Clara Yzet, Yann Le Baleur, Jérémie Albouys, Jérémie Jacques, Paul Doumbe-Mandengue, Maximilien Barret...

Endoscopy . 55 ( 11 ) : 1002-1009

DOI: 10.1055/a-2116-9930

Journal article

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Cross-cultural adaptation of the CRS-PRO questionnaire into French

Maxime Fieux, Florent Carsuzaa, Jeremy Charriot, Justin Michel, Fabien Subtil, Leigh Sowerby...

Journal of Otolaryngology - Head and Neck Surgery . 52 ( 1 ) : 77

DOI: 10.1186/s40463-023-00683-0

Journal article

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Kinetics of functional recovery after foot and ankle surgery. Comparison of EFAS and SF36 scores

Tiphaine Chausse, Tanguy Ledru, Fabien Subtil, Yves Tourné, Michel-Henri Fessy, Jean-Luc Besse

Orthopaedics & Traumatology: Surgery & Research . : 103637

DOI: 10.1016/j.otsr.2023.103637

Journal article

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Coordinated prospective follow-up of Lynch syndrome is able to detect the majority of incident cancers

Pierre Lafeuille, Laura Calavas, Nicolas Benech, Naouele Raby, Fabien Subtil, Mathieu Pioche...

Digestive and Liver Disease .

DOI: 10.1016/j.dld.2023.03.016

Journal article

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Real‐life challenges using personalized prognostic scoring systems in acute myeloid leukemia

Anne Calleja, Michael Loschi, Laurent Bailly, Adeline Morisot, Alice Marceau, Lionel Mannone...

Cancer Medicine . 12 ( 5 ) : 5656-5660

DOI: 10.1002/cam4.5408

Journal article

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Distinct Immune Reconstitution Profiles Captured by Immune Functional Assays at 6 Months Post Allogeneic Hematopoietic Stem Cell Transplantation

William Mouton, Anne Conrad, Vincent Alcazer, Mathilde Boccard, Maxime Bodinier, Guy Oriol...

Transplantation and Cellular Therapy . 29 ( 2 ) : 94.e1-94.e13

DOI: 10.1016/j.jtct.2022.10.025

Journal article

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Diagnostic endoscopic submucosal dissection for colorectal lesions with suspected deep invasion

Adrien Patenotte, Clara Yzet, Timothée Wallenhorst, Fabien Subtil, Sarah Leblanc, Marion Schaefer...

Endoscopy . 55 ( 02 ) : 192-197

DOI: 10.1055/a-1866-8080

Journal article

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Peripheral but not axial muscle mass is associated with early mortality in bone metastatic lung cancer patients at diagnosis

Célia Dandache, Cyrille Confavreux, Antoine Gavoille, Emmanuel Massy, Lauriane Chambard, Julien Rambaud...

Joint Bone Spine . : 105613

DOI: 10.1016/j.jbspin.2023.105613

Journal article

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Performance of 11 Host Biomarkers Alone or in Combination in the Diagnosis of Late-Onset Sepsis in Hospitalized Neonates: The Prospective EMERAUDE Study

Sylvie Pons, Sophie Trouillet-Assant, Fabien Subtil, Fatima Abbas-Chorfa, Elise Cornaton, Amélie Berthiot...

Biomedicines . 11 ( 6 ) : 1703

DOI: 10.3390/biomedicines11061703

Journal article

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Investigating the Long-term Effect of Pregnancy on the Course of Multiple Sclerosis Using Causal Inference

Antoine Gavoille, Fabien Rollot, Romain Casey, Marc Debouverie, Emmanuelle Le Page, Jonathan Ciron...

Neurology . 100 ( 12 ) : e1296-e1308

DOI: 10.1212/WNL.0000000000206774

Journal article

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Performance of 11 host biomarkers alone or in combination in the diagnosis of late-onset sepsis in hospitalized neonates: the prospective EMERAUDE study

Sylvie Pons, Sophie Trouillet-Assant, Fabien Subtil, Fatima Abbas-Chorfa, Elise Cornaton, Amélie Berthiot...

Research Square - Preprint .

DOI: 10.21203/rs.3.rs-2285630/v1

Journal article

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Prognosis of Old Intensive Care COVID-19 Patients at a Glance: The Senior COVID Study

Charles-Hervé Vacheron, Laurent Bitker, Fabrice Thiolliére, Fabien Subtil, Paul Abraham, Vincent Collange...

Turkish Journal of Anaesthesiology and Reanimation . 50 ( Supp1 ) : S57-S61

DOI: 10.5152/TJAR.2022.21321

Journal article

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Diagnostic endoscopic submucosal dissection for colorectal lesions with suspected deep invasion

Adrien Patenotte, Clara Yzet, Timothée Wallenhorst, Fabien Subtil, Sarah Leblanc, Marion Schaefer...

Endoscopy . 55 ( 02 ) : 192-197

DOI: 10.1055/a-1866-8080

Journal article

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Senior-COVID-Rea Cohort Study: A Geriatric Prediction Model of 30-day Mortality in Patients Aged over 60 Years in ICU for Severe COVID-19

Claire Falandry, Laurent Bitker, Paul Abraham, Fabien Subtil, Vincent Collange, Baptiste Balança...

Aging and disease . 13 ( 2 ) : 614

DOI: 10.14336/AD.2021.1004

Journal article

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What is the effectiveness and safety of mirtazapine versus escitalopram in alleviating cancer-associated poly-symptomatology (the MIR-P study)? A mixed-method randomized controlled trial protocol

Guillaume Economos, Marine Alexandre, Elise Perceau-Chambard, Laurent Villeneuve, Fabien Subtil, Julie Haesebaert...

BMC Palliative Care . 21 ( 1 ) : 84

DOI: 10.1186/s12904-022-00976-7

Journal article

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Endoscopic submucosal dissection combined with clip for closure of gastrointestinal fistulas including those refractory to previous therapy

Pierre Lafeuille, Timothée Wallenhorst, Alexandru Lupu, Jérémie Jacques, Thomas Lambin, Marine Camus...

Endoscopy . 54 ( 07 ) : 700-705

DOI: 10.1055/a-1641-7938

Journal article

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Décollement des attaches orthodontiques : évaluation du facteur temps et du type de dent

Pierre Dingreville, Vanessa Valran, Fabien Subtil, Sarah Gebeile-Chauty

L' Orthodontie francaise . 93 ( 4 ) : 401-418

DOI: 10.1684/orthodfr.2022.106

Journal article

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RCP dédiée à l’onco-gériatrie : décisions et suivi à quatre mois

Alice Schwartz, Pascale Mere, Fabien Subtil, Hélène Labrosse, Fadila Farsi, Laure Guittard...

Bulletin du Cancer . 109 ( 6 ) : 659-669

DOI: 10.1016/j.bulcan.2022.01.014

Journal article

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Management and Outcome of COVID-19 Positive and Negative Patients in French Emergency Departments During the First COVID-19 Outbreak: A Prospective Controlled Cohort Study

Marion Douplat, Antoine Gavoille, Fabien Subtil, Julie Haesebaert, Laurent Jacquin, Guillaume Durand...

Western Journal of Emergency Medicine . 23 ( 6 ) : 897-906

DOI: 10.5811/westjem.2022.7.57135

Journal article

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Impact of smoking cessation on healing after foot and ankle surgery

Anouk Rozinthe, Quentin Ode, Fabien Subtil, Michel-Henri Fessy, Jean-Luc Besse

Orthopaedics & Traumatology: Surgery & Research . 108 ( 7 ) : 103338

DOI: 10.1016/j.otsr.2022.103338

Journal article

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Changes over time in anxiety, depression, and stress symptoms among healthcare workers in French emergency departments during the first COVID-19 outbreak

Marion Douplat, Anne Termoz, Fabien Subtil, Julie Haesebaert, Laurent Jacquin, Guillaume Durand...

Journal of Affective Disorders . 316 : 194-200

DOI: 10.1016/j.jad.2022.08.028

Journal article

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General practice and associated health conditions in patients aged 65 years or over.

Fabien Subtil

Gériatrie et psychologie & neuropsychiatrie du vieillissement .

DOI: 10.1684/pnv.2022.1015

Journal article

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Performance Evaluation of Host Biomarker Combinations for the Diagnosis of Serious Bacterial Infection in Young Febrile Children: A Double-Blind, Multicentre, Observational Study

Aurélie Portefaix, Sylvie Pons, Antoine Ouziel, Romain Basmaci, Philippe Rebaud, Marie-Caroline Delafay...

Journal of Clinical Medicine . 11 ( 21 ) : 6563

DOI: 10.3390/jcm11216563

Journal article

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Endoscopic characterization of colorectal neoplasia with different published classifications: comparative study involving CONECCT classification

Paul Bonniaud, Jérémie Jacques, Thomas Lambin, Jean-Michel Gonzalez, Xavier Dray, Emmanuel Coron...

Endoscopy International Open . 10 ( 01 ) : E145 - E153

DOI: 10.1055/a-1613-5328

Journal article

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SMAD2/3 mediate oncogenic effects of TGF-β in the absence of SMAD4

Adrien Bertrand-Chapel, Cassandre Caligaris, Tanguy Fenouil, Clara Savary, Sophie Aires, Sylvie Martel...

Communications Biology . 5 ( 1 ) : 1068

DOI: 10.1038/s42003-022-03994-6

Journal article

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Effects of opioid-free anesthesia on postoperative morphine consumption after bariatric surgery

Jean Berlier, Jean-François Carabalona, Hugo Tête, Yves Bouffard, Mary-Charlotte Le-Goff, Valérie Cerro...

Journal of Clinical Anesthesia . 81 : 110906

DOI: 10.1016/j.jclinane.2022.110906

Journal article

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Sporadic nonfunctional pancreatic neuroendocrine tumors: Risk of lymph node metastases and aggressiveness according to tumor size: A multicenter international study

Julie Perinel, Gennaro Nappo, Alessandro Zerbi, Charlotte Heidsma, Elisabeth J.M. Nieveen van Dijkum, Ho Seong Han...

Surgery . 172 ( 3 ) : 975-981

DOI: 10.1016/j.surg.2022.04.013

Journal article

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Fluconazole in hypercalciuric patients with increased 1,25(OH)(2)D levels: the prospective, randomized, placebo-controlled, double-blind FLUCOLITH trial

A. Bertholet-Thomas, A. Portefaix, S. Flammier, C. Dhelens, F. Subtil, L. Dubourg...

Trials . 23 ( 1 ) : 499

DOI: 10.1186/s13063-022-06302-z

Journal article

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[Adherence to recommendations after comprehensive geriatric assessment by mobile geriatric team during 500 home visits]

A. Pauget, N. Jomard, A. Termoz, F. Subtil, V. Chambard, B. Galamand...

Gériatrie et psychologie & neuropsychiatrie du vieillissement . 20 ( 2 ) : 208-216

DOI: 10.1684/pnv.2022.1036

Journal article

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Prognosis of Old Intensive Care COVID-19 Patients at a Glance: The Senior COVID Study

C. H. Vacheron, L. Bitker, F. Thiolliere, F. Subtil, P. Ábrahám, V. Collange...

Turkish Journal of Anaesthesiology and Reanimation . 50 ( Supp1 ) : S57-s61

DOI: 10.5152/tjar.2022.21321

Journal article

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