En tant qu' ingénieure logiciel, mon activité consiste à concevoir, développer, déployer et maintenir des outils d’analyse de données biologiques. Experte du langage et logiciel R, je suis responsable de nombreux packages R disponibles sur CRAN, Bioconductor, GitHub et GitLab et d’applications web développées avec le package shiny. Je suis ponctuellement mais régulièrement associée à des formations et à des modules d'enseignements, et partage, à ces occasions, mes connaissances et mon expérience concernant la reproductibilité de la recherche et les bonnes pratiques de développement.

Ecologie Evolutive

  • ade4 (Multivariate data analysis and graphical display) : CRAN -- GitHub -- book
  • ade4TkGUI (A Tcl/Tk GUI for some basic functions in the ade4 package) : CRAN -- GitHub
  • adegraphics (Graphical functionalities for the representation of multivariate data) : CRAN -- GitHub -- article -- talk
  • CINID (Package on the Curculionidae INstar IDentification) : CRAN -- article
  • Interatrix (Compute Chi-Square Measures with Corrections) : CRAN -- article
  • OnAge (Implements a likelihood ratio test of differential senescence onset between two groups) : CRAN -- web

 

  • Analyse de données issues du International Tiger Studbook et du International and North American Regional Studbooks for Ruffed Lemurs -- article -- article
  • Programme Potenchêne (Gip ECOFOR, BGF) -- article
  • Programme AGEX (ANR-15-CE32-0002-01)  -- article
  • Programme CoCoReCo (ANR JC09-470585) -- article
  • site web d’Enseignements de Statistique en Biologie : http://pbil.univ-lyon1.fr/R/

Ecotoxicologie

Génétique et génomique

  • kissDE (Retrieves Condition-Specific Variants in RNA-Seq Data) : Bioconductor -- GitHub
  • LDcorSV (Linkage Disequilibrium Corrected by the Structure and the Relatedness) : CRAN -- article
  • MareyMap (Estimation of Meiotic Recombination Rates Using Marey Maps) : CRAN -- GitHub -- web -- shiny app -- article
  • Mondrian (A Simple Graphical Representation of the Relative Occurrence and Co-Occurrence of Events) : CRAN -- GitHub -- shiny app

Statistiques

  • fitdistrplus (Help to Fit of a Parametric Distribution to Non-Censored or Censored Data) : CRAN -- web

Services

 

Comité d’organisation et de programme

Formations et enseignements

Jury

  • Concours externe INRA (2019) AI BAP E Assistant.e statisticien.ne
  • Concours externe INRA (2019) IE BAP E Administrateur.trice des systèmes d’information
  • Concours externe CNRS (2017) IE BAP E Développement et déploiement d’applications

Encadrement

  • Eliane Schermer, stage M2 et thèse, Modélisation en écologie (2015-2019)
  • Luka Matsuda, stage L3, Bioinformatique, Statistique et Modélisation (2018)
  • Adrien Bessy, stage M2, Bioinformatique (2015)

Publications

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