Publications
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Playing hide and seek with repeats in local and global de novo transcriptome assembly of short RNA-seq reads
Algorithms for Molecular Biology . 12 ( 1 ) : 2
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voir la publicationHow Long Does Wolbachia Remain on Board?
Molecular Biology and Evolution . 34 ( 5 ) : 1183 - 1193
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voir la publicationA Combinatorial Algorithm for Microbial Consortia Synthetic Design
Scientific Reports .
DOI: 10.1038/srep29182
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voir la publicationMetabolic Investigation of the Mycoplasmas from the Swine Respiratory Tract
JOBIM 2016 .
Poster
voir la publicationInsights on the virulence of swine respiratory tract mycoplasmas through genome-scale metabolic modeling
BMC Genomics . 17 ( 1 ) : 353
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voir la publicationSNP calling from RNA-seq data without a reference genome: identification, quantification, differential analysis and impact on the protein sequence
Nucleic Acids Research .
DOI: 10.1093/nar/gkw655
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voir la publicationDegreeCox – a network-based regularization method for survival analysis
BMC Bioinformatics . 17 ( Suppl 16 ) : 109-121
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voir la publicationEnumeration of minimal stoichiometric precursor sets in metabolic networks
Algorithms for Molecular Biology . 11 ( 1 ) : 25
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voir la publicationRobustness of the Parsimonious Reconciliation Method in Cophylogeny
Lecture Notes in Computer Science . 9702 : 12
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voir la publicationComputing and Listing st-Paths in Subway Networks
CSR 2016 - 11th International Computer Science Symposium in Russia . 9691 : 102-116
Acte de congrès
voir la publicationIntroduction to the Special Theme - Tackling Big Data in the Life Sciences
Autre publication
voir la publicationMultiPus: Conception de communautés microbiennes pour la production de composés d'intérêt
Jobim .
Poster
voir la publicationOn Maximal Chain Subgraphs and Covers of Bipartite Graphs
Combinatorial Algorithms - 27th International Workshop, IWOCA 2016 . 9843 : 137-150
Acte de congrès
voir la publicationMycoplasma non-coding RNA: identification of small RNAs and targets
BMC Genomics . 23 : 1289 - 26
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voir la publicationMeDuSa: A multi-draft based scaffolder.
Bioinformatics . : pii: btv171 [Epub ahead of print]
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voir la publicationA polynomial delay algorithm for the enumeration of bubbles with length constraints in directed graphs
Algorithms for Molecular Biology . : 10
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voir la publicationMitochondrial respiration and genomic analysis provide insight into the influence of the symbiotic bacterium on host trypanosomatid oxygen consumption.
Parasitology . 142 ( 2 ) : 352-362
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voir la publicationGenome reduction and potential metabolic complementation of the dual endosymbionts in the whitefly Bemisia tabaci
BMC Genomics . 16 : 226
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voir la publicationTwo Host Clades, Two Bacterial Arsenals: Evolution through Gene Losses in Facultative Endosymbionts.
Genome Biology and Evolution . 7 ( 3 ) : 839-855
DOI: 10.1093/gbe/evv030
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voir la publicationIncremental complexity of a bi-objective hypergraph transversal problem
Fundamentals of Computation Theory (FCT2015) . 9210 : 202-213
Acte de congrès
voir la publicationEUCALYPT: efficient tree reconciliation enumerator
Algorithms for Molecular Biology . 10 ( 1 ) : 11
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voir la publicationMirinho: An efficient and general plant and animal pre-miRNA predictor for genomic and deep sequencing data
BMC Bioinformatics . 16 ( 1 ) : 179
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voir la publicationCophylogeny Reconstruction via an Approximate Bayesian Computation
Systematic Biology . 64 ( 3 ) : 416-431
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voir la publicationAnnotating arthropods genome to study and compare their metabolism: the ArthropodaCyc collection of Cyc databases powered by CycADS
13. European Conference on Computational Biology (ECCB) . : 1 p.
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voir la publicationAmortized Õ(\textbarV)-Delay Algorithm for Listing Chordless Cycles in Undirected Graphs
Lecture Notes in Computer Science . 8737 : 418-429
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voir la publicationEfficiently listing bounded length st-paths
Twenty-Fifth International Workshop on Combinatorial Algorithms (IWOCA 2014) . : in press
Acte de congrès
voir la publicationNavigating in a Sea of Repeats in RNA-seq without Drowning
WABI 2014 - 14th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics . 8701 : 82-96
Acte de congrès
voir la publicationRime: Repeat identification
Discrete Applied Mathematics . 163 ( 3 ) : 275–286
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voir la publicationTelling metabolic stories to explore metabolomics data: a case study on the yeast response to cadmium exposure
Bioinformatics . 30 ( 1 ) : 61-70
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voir la publicationAmortized Õ(|V|) -Delay Algorithm for Listing Chordless Cycles in Undirected Graphs
22th Annual European Symposium on Algorithms . 8737 : 418-429
Acte de congrès
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