Publications
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A polynomial delay algorithm for the enumeration of bubbles with length constraints in directed graphs and its application to the detection of alternative splicing in RNA-seq data
Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI) .
Acte de congrès
voir la publicationTelling Stories Fast
12th International Symposium Experimental Algorithms (SEA) . 7933 : 200-211
Acte de congrès
voir la publicationPredicting the proteins of Angomonas deanei, Strigomonas culicis and their respective endosymbionts reveals new aspects of the trypanosomatidae family
PLoS ONE . 8 ( 4 ) : e60209
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voir la publicationOn the genetic architecture of cytoplasmic incompatibility: inference from phenotypic data
The American Naturalist . 182 ( 1 ) : 15-24
DOI: 10.1086/670612
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voir la publication« ArthropodaCyc » : une collection de bases de données enrichies à l’aide de CycADS pour étudier et comparer le métabolisme des arthropodes.
17. Colloque de Biologie de l’Insecte - CBI-2013 .
Poster
voir la publicationNew developments in KisSplice: Combining local and global transcriptome assemblers to decipher splicing in RNA-seq data
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM) .
Acte de congrès
voir la publicationEndosymbiosis in trypanosomatids: the genomic cooperation between bacterium and host in the synthesis of essential amino acids is heavily influenced by multiple horizontal gene transfers
BMC Evolutionary Biology . 13 ( 1 ) : 190
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voir la publicationBiosynthesis of vitamins and cofactors in bacterium-harbouring trypanosomatids depends on the symbiotic association as revealed by genomic analyses
PLoS ONE . 8 ( 11 ) : e79786
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voir la publicationShort and long-term genome stability analysis of prokaryotic genomes
BMC Genomics . 14 ( 1 ) : 309
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voir la publicationMinimum ratio cover of matrix columns by extreme rays of its induced cone
Proceedings of the Second international Symposium on Combinatorial Optimization (ISCO) . 7422 : 165--177
Acte de congrès
voir la publicationSampling solution traces for the problem of sorting permutations by signed reversals
Algorithms for Molecular Biology . 7 ( 1 ) : 18
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voir la publicationKISSPLICE: de-novo calling alternative splicing events from RNA-seq data
BMC Bioinformatics . 13 ( Suppl 6 ) : S5
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voir la publicationEfficient Bubble Enumeration in Directed Graphs
String Processing and Information Retrieval (SPIRE) . 7608 : 118-129
Acte de congrès
voir la publicationThe CycADS annotation database system to support the development and update of enriched BioCyc databases. Development of ad hoc BioCyc DB : AcypiCyc, ArthopodaCyc
5. Réunion Réseau BAPOA .
Poster
voir la publicationNavigating the unexplored seascape of pre-miRNA candidates in single-genome approaches.
Bioinformatics . 28 ( 23 ) : 3034-3041
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voir la publicationThe CycADS annotation database system to support the development and update of enriched BioCyc databases. Development of ad hoc BioCyc DB : AcypiCyc, ArthopodaCyc
13. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques . 978-2-7261-1301-1 : Pagination multiple
Acte de congrès
voir la publicationTelling stories: Enumerating maximal directed acyclic graphs with a constrained set of sources and targets
Theoretical Computer Science . 457 : 1--9
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voir la publicationExploration of the core metabolism of symbiotic bacteria
BMC Genomics . 13 ( 1 ) : 438
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voir la publicationMod/Resc Parsimony Inference: Theory and application
Information and Computation . 213 : 23-32
Article dans une revue
voir la publicationAlgorithms and complexity of enumerating minimal precursor sets in genome-wide metabolic networks.
Bioinformatics . 28 ( 19 ) : 2474-2483
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voir la publicationStructural and dynamical analysis of biological networks.
Briefings in Functional Genomics and Proteomics . 14 : 309
DOI: 10.1093/bfgp/els030
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voir la publicationBRASERO: A resource for benchmarking RNA secondary structure comparison algorithms
Advances in Bioinformatics . 2012 : 1-5
DOI: 10.1155/2012/893048
Article dans une revue
voir la publication“ArthropodaCyc”: a BioCyc database powered by CycADS to study and compare the metabolism of arthropods
5. Annual Arthropod Genomics Symposium “Arthropod Genomics 2011: Exploring Diversity, Relating Similarity” . : 33 p.
Poster
voir la publicationkisSplice, détection d'évènements d'épissages alternatifs dans les données RNA-seq
: 12
Rapport
voir la publicationMetabolic network comparison of bacteria in the context of symbiosis
Otto Warburg International Summer School and Research Symposium on Evolutionary Genomics .
Acte de congrès
voir la publicationRNA-seq without a reference genome: a comparison of the mapping and the assembly approaches
JOBIM .
Acte de congrès
voir la publicationTelling Stories
ICALP 2011 satellite workshop: Graph Algorithms and Applications (GA) .
Acte de congrès
voir la publicationFinding Long and Multiple Repeats with Edit Distance
The Prague Stringology Conference 2011 .
Acte de congrès
voir la publicationArthropodaCyc: a BioCyc database powered by CycADS to study and compare the metabolism of arthropods
5th Annual Arthropod Genomics Symposium "Arthropod Genomics 2011: Exploring Diversity, Relating Similarity" .
Acte de congrès
voir la publicationClose 3D proximity of evolutionary breakpoints argues for the notion of spatial synteny
BMC Genomics . 12 ( 1 ) : 303
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