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Amortized Õ(|V|) -Delay Algorithm for Listing Chordless Cycles in Undirected Graphs
22th Annual European Symposium on Algorithms . 8737 : 418-429
Acte de congrès
voir la publicationA polynomial delay algorithm for the enumeration of bubbles with length constraints in directed graphs and its application to the detection of alternative splicing in RNA-seq data
Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI) .
Acte de congrès
voir la publicationTelling Stories Fast
12th International Symposium Experimental Algorithms (SEA) . 7933 : 200-211
Acte de congrès
voir la publicationPredicting the proteins of Angomonas deanei, Strigomonas culicis and their respective endosymbionts reveals new aspects of the trypanosomatidae family
PLoS ONE . 8 ( 4 ) : e60209
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voir la publicationOn the genetic architecture of cytoplasmic incompatibility: inference from phenotypic data
The American Naturalist . 182 ( 1 ) : 15-24
DOI: 10.1086/670612
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voir la publication« ArthropodaCyc » : une collection de bases de données enrichies à l’aide de CycADS pour étudier et comparer le métabolisme des arthropodes.
17. Colloque de Biologie de l’Insecte - CBI-2013 .
Poster
voir la publicationNew developments in KisSplice: Combining local and global transcriptome assemblers to decipher splicing in RNA-seq data
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM) .
Acte de congrès
voir la publicationEndosymbiosis in trypanosomatids: the genomic cooperation between bacterium and host in the synthesis of essential amino acids is heavily influenced by multiple horizontal gene transfers
BMC Evolutionary Biology . 13 ( 1 ) : 190
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voir la publicationBiosynthesis of vitamins and cofactors in bacterium-harbouring trypanosomatids depends on the symbiotic association as revealed by genomic analyses
PLoS ONE . 8 ( 11 ) : e79786
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voir la publicationShort and long-term genome stability analysis of prokaryotic genomes
BMC Genomics . 14 ( 1 ) : 309
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voir la publicationEfficient Bubble Enumeration in Directed Graphs
String Processing and Information Retrieval (SPIRE) . 7608 : 118-129
Acte de congrès
voir la publicationMinimum ratio cover of matrix columns by extreme rays of its induced cone
Proceedings of the Second international Symposium on Combinatorial Optimization (ISCO) . 7422 : 165--177
Acte de congrès
voir la publicationSampling solution traces for the problem of sorting permutations by signed reversals
Algorithms for Molecular Biology . 7 ( 1 ) : 18
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voir la publicationKISSPLICE: de-novo calling alternative splicing events from RNA-seq data
BMC Bioinformatics . 13 ( Suppl 6 ) : S5
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voir la publicationNavigating the unexplored seascape of pre-miRNA candidates in single-genome approaches.
Bioinformatics . 28 ( 23 ) : 3034-3041
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voir la publicationThe CycADS annotation database system to support the development and update of enriched BioCyc databases. Development of ad hoc BioCyc DB : AcypiCyc, ArthopodaCyc
5. Réunion Réseau BAPOA .
Poster
voir la publicationMod/Resc Parsimony Inference: Theory and application
Information and Computation . 213 : 23-32
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voir la publicationAlgorithms and complexity of enumerating minimal precursor sets in genome-wide metabolic networks.
Bioinformatics . 28 ( 19 ) : 2474-2483
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voir la publicationThe CycADS annotation database system to support the development and update of enriched BioCyc databases. Development of ad hoc BioCyc DB : AcypiCyc, ArthopodaCyc
13. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques . 978-2-7261-1301-1 : Pagination multiple
Acte de congrès
voir la publicationTelling stories: Enumerating maximal directed acyclic graphs with a constrained set of sources and targets
Theoretical Computer Science . 457 : 1--9
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voir la publicationExploration of the core metabolism of symbiotic bacteria
BMC Genomics . 13 ( 1 ) : 438
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voir la publicationBRASERO: A resource for benchmarking RNA secondary structure comparison algorithms
Advances in Bioinformatics . 2012 : 1-5
DOI: 10.1155/2012/893048
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voir la publicationStructural and dynamical analysis of biological networks.
Briefings in Functional Genomics and Proteomics . 14 : 309
DOI: 10.1093/bfgp/els030
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voir la publication“ArthropodaCyc”: a BioCyc database powered by CycADS to study and compare the metabolism of arthropods
5. Annual Arthropod Genomics Symposium “Arthropod Genomics 2011: Exploring Diversity, Relating Similarity” . : 33 p.
Poster
voir la publicationMetabolic network comparison of bacteria in the context of symbiosis
Otto Warburg International Summer School and Research Symposium on Evolutionary Genomics .
Acte de congrès
voir la publicationRNA-seq without a reference genome: a comparison of the mapping and the assembly approaches
JOBIM .
Acte de congrès
voir la publicationTelling Stories
ICALP 2011 satellite workshop: Graph Algorithms and Applications (GA) .
Acte de congrès
voir la publicationkisSplice, détection d'évènements d'épissages alternatifs dans les données RNA-seq
: 12
Rapport
voir la publicationArthropodaCyc: a BioCyc database powered by CycADS to study and compare the metabolism of arthropods
5th Annual Arthropod Genomics Symposium "Arthropod Genomics 2011: Exploring Diversity, Relating Similarity" .
Acte de congrès
voir la publicationClose 3D proximity of evolutionary breakpoints argues for the notion of spatial synteny
BMC Genomics . 12 ( 1 ) : 303
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