COEVOL Coévolution Multi-Echelles

Equipe Le Cocon

Tannier Eric

Directeur de recherche

INRIA

Adresse : 43 bd du 11 novembre 1918
69622 VILLEURBANNE cedex

Tél : 33 04 26 23 44 74

Courriel

Chercheur en études de futurs, spécialisé sur les liens sciences sociétés

(après des recherches en mathématiques, informatique, biologie, histoire, et des enseignements de éthique de la recherche)


Environnements de Recherches :

- Inria, Équipe Semis

- Botascopia (soutenu par l'ANR Sciences avec et pour la société, "Flores", par l'ANR "Flowers", et par le PEPR "Agroécologie et Numérique", projet Cobreeding)

- Evoluthon (soutenu par l'ANR Evoluthon)

- Santé commune, soutenu par Shapemed


Enseignements :

- Cours Ethique de la Recherche en video (Master et Doctorat), Video 1 et Video 2, Intégrité Scientifique Partie 1, Partie 2, Partie 3

- Cours Ethique de la Recherche  en diapos


Conférences et ateliers :

- Les rôles de la Recherche dans l'Anthropocène (université ouverte)

- Les effets rebond de la bioinformatique (M2, séminaire de recherches)

- Se réapproprier la production de connaissance, et les outils de propriété intellectuelle disponibles (site usageright)

- Les lieux d'anticipation

- La disparition des technologies et la convivialité

- Atelier Sciences Environnements Sociétés

- Ateliers Serments doctoraux


Responsabilités - Animations :

- Responsable de l'équipe Inria Semis

- Membre du comité scientifique de la boutique des sciences

- Co-fondateur et éditeur de Peer Community in Mathematical and Computational Biology

- Membre de la "Formation spécialisée de site" du centre Inria de Lyon, comité dédié aux conditions de travail

- Fabrique des Questions Simples, laboratoire incubateur de recherches dans l'anthropocène

- Conseil scientifique pour le jeu "empreinte du numérique" par l'arbre des connaissances

 

 

 

Publications

Affichage des publications 31 à 60 sur 123 au total

Phylogenetic signal from rearrangements in 18 Anopheles species by joint scaffolding extant and ancestral genomes

Yoann Anselmetti, Wandrille Duchemin, Eric Tannier, Cedric Chauve, Sèverine Bérard

BMC Genomics . 19 ( S2 ) : 1-15

DOI: 10.1186/s12864-018-4466-7

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Algorithms for computing the double cut and join distance on both gene order and intergenic sizes

Guillaume Fertin, Géraldine Jean, Eric Tannier

Algorithms for Molecular Biology . 12 : 16 (11 pages)

DOI: 10.1186/s13015-017-0107-y

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Resolution and reconciliation of non-binary gene trees with transfers, duplications and losses

Edwin Jacox, Mathias Weller, Eric Tannier, Celine Scornavacca

Bioinformatics . 33 ( 7 ) : 980-987

DOI: 10.1093/bioinformatics/btw778

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DeCoSTAR: Reconstructing the ancestral organization of genes or genomes using reconciled phylogenies

Wandrille Duchemin, Yoann Anselmetti, Murray Patterson, Yann Ponty, Sèverine Bérard, Cedric Chauve...

Genome Biology and Evolution . 9 ( 5 ) : 1312-1319

DOI: 10.1093/gbe/evx069

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Comparative Methods for Reconstructing Ancient Genome Organization

Yoann Anselmetti, Nina Luhmann, Sèverine Bérard, Eric Tannier, Cedric Chauve

Comparative Genomics: Methods and Protocols . : 343 - 362

DOI: 10.1007/978-1-4939-7463-4_13

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MaxTiC: Fast Ranking Of A Phylogenetic Tree By Maximum Time Consistency With Lateral Gene Transfers

Cédric Chauve, Akbar A Rafiey, Adrian A Davin, Celine Scornavacca, Philippe Veber, Bastien Boussau...

DOI: 10.1101/127548

Autre publication

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Nucleotide, gene and genome evolution : a score to bind them all

Wandrille Duchemin, Vincent Daubin, Eric Tannier

Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques .

Acte de congrès

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Dating with transfers

Adrián Davín, Gergely J Szöllosi, Eric Tannier, Bastien Boussau, Vincent Daubin

Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques .

Acte de congrès

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Genome Rearrangements on both Gene Order and Intergenic Regions

Guillaume Fertin, Géraldine Jean, Eric Tannier

WABI 2016 . 9838 : 162-173

Acte de congrès

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Francisella IglG protein and the DUF4280 proteins: PAAR-like proteins in non-canonical Type VI secretion systems?

Claire Lays, Eric Tannier, Thomas Henry

Microbial Cell . 3 ( 11 ) : 576-578

DOI: 10.15698/mic2016.11.543

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Comment la reconstruction de génomes ancestraux peut aider à l'assemblage de génomes actuels

Yoann Anselmetti, Vincent Berry, Cedric Chauve, Annie Chateau, Eric Tannier, Sèverine Bérard

Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques .

Acte de congrès

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In silico experimental evolution provides independent and challenging benchmarks for comparative genomics

Priscila Biller, Eric Tannier, Guillaume Beslon, Carole Knibbe

Journées ouvertes Biologie Informatique Mathématiques . : 79-82

Acte de congrès

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Comparative Genomics on Artificial Life

Priscila Biller, Carole Knibbe, Guillaume Beslon, Eric Tannier

Computability in Europe . 9709 : 35-44

Acte de congrès

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Efficient gene tree correction guided by genome evolution

Emmanuel Noutahi, Magali Semeria, Manuel Lafond, Jonathan Seguin, Bastien Boussau, Laurent Guéguen...

PLoS ONE . 11 ( 8 ) : e0159559 (22 pages)

DOI: 10.1371/journal.pone.0159559

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Breaking Good: Accounting for Fragility of Genomic Regions in Rearrangement Distance Estimation

Priscila Biller, Laurent Guéguen, Carole Knibbe, Eric Tannier

Genome Biology and Evolution . 8 ( 5 ) : 1427-1439

DOI: 10.1093/gbe/evw083

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Sorting Signed Permutations by Reversal (Reversal Sequence)

Eric Tannier

Encyclopedia of Algorithms . 978-1-4939-2863-7 : 2028-2032

Chapitre d'ouvrage

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Genome rearrangements with indels in intergenes restrict the scenario space

Laurent Bulteau, Guillaume Fertin, Eric Tannier

BMC Bioinformatics . 17 ( Suppl 14 ) : 426 (7 pages)

DOI: 10.1186/s12859-016-1264-6

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Reconstruction of an ancestral Yersinia pestis genome and comparison with an ancient sequence

Wandrille Duchemin, Vincent Daubin, Eric Tannier

BMC Genomics . 16 ( Suppl 10 ) : S9

DOI: 10.1007/978-3-319-19048-8_16

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The inference of gene trees with species trees

Gergely Szöllősi, Eric Tannier, Vincent Daubin, Bastien Boussau

Systematic Biology . 64 ( 1 ) : e42-e62

DOI: 10.1093/sysbio/syu048

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Karyotype and Gene Order Evolution from ReconstructedExtinct Ancestors Highlight Contrasts in Genome Plasticity ofModern Rosid Crops

Florent Murat, Rongzhi R. Zhang, Sébastien Guizard, Haris Gavranovic, Raphael Flores, Delphine Steinbach...

Genome Biology and Evolution . 7 ( 3 ) : 735-749

DOI: 10.1093/gbe/evv014

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Foundations of Coding: Compression, Encryption, Error-Correction

Jean-Guillaume Dumas, Jean-Louis Roch, Eric Tannier, Sébastien Varrette

978-1-118-88144-6 : 376

Ouvrage

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Probabilistic modeling of the evolution of gene synteny within reconciled phylogenies

Magali Semeria, Eric Tannier, Laurent Guéguen

BMC Bioinformatics . 16 ( Suppl 14 ) : S5

DOI: 10.1186/1471-2105-16-S14-S5

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Ancestral gene synteny reconstruction improves extant species scaffolding

Yoann Anselmetti, Vincent Berry, Cedric Chauve, Annie Chateau, Eric Tannier, Sèverine Bérard

BMC Genomics . 16 ( Suppl 10 ) : S11

DOI: 10.1186/1471-2164-16-S10-S11

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Genome-scale phylogenetic analysis finds extensive gene transfer among fungi

G.J. Szollosi, Adrián Arellano Davin, Eric Tannier, Vincent Daubin, Bastien Boussau

Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences (1934–1990) . 370 : 20140335 (11 pages)

DOI: 10.1098/rstb.2014.0335

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Counting and sampling SCJ small parsimony solutions

István Miklós, Sándor Z. Kiss, Eric Tannier

Theoretical Computer Science . 552 : 83-98

DOI: 10.1016/j.tcs.2014.07.027

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Théorie des Codes : compression, cryptage, correction, 2e edition

Jean-Guillaume Dumas, Jean-Louis Roch, Eric Tannier, Sébastien Varrette

9782100599110 : 384

Ouvrage

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Lateral Gene Transfer from the Dead.

Gergely J Szöllosi, Eric Tannier, Nicolas Lartillot, Vincent Daubin

Systematic Biology . 62 ( 3 ) : 386-397

DOI: 10.1093/sysbio/syt003

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The genome of the medieval Black Death agent (extended abstract)

Ashok Rajaraman, Eric Tannier, Cedric Chauve

Pré-publication

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