COEVOL Coévolution Multi-Echelles

Equipe Le Cocon

Tannier Eric

Directeur de recherche

INRIA

Adresse : 43 bd du 11 novembre 1918
69622 VILLEURBANNE cedex

Tél : 33 04 26 23 44 74

Courriel

Chercheur en biologie computationnelle, évolution, liens sciences-sociétés, permaculture

 

Recherches :

- Thèses de Alexandre Laverré (avec Anouk Necsulea), Théo Tricou (avec Damien de Vienne), Hugo Menet (avec Vincent Daubin)

- Action exploratoire "Community Garden Book" (équipe projet Inria Beagle)

- Fabrique des Questions Simples, laboratoire incubateur de recherches dans l'anthropocène

 

Enseignements :

- Cours M1 bioinformatique MADG

- Cours Ethique en video (Master et Doctorat), Video 1 et Video 2, Intégrité Scientifique Partie 1, Partie 2, Partie 3

- Cours Ethique en diapos

- Atelier Sciences Environnements Sociétés

 

Responsabilités - Animations :

- Membre du comité scientifique de la Plateforme Resetis

- Membre du comité scientifique de la boutique des sciences

- Co-fondateur et éditeur de Peer Community in Mathematical and Computational Biology

Publications

Affichage des publications 61 à 90 sur 123 au total

Lateral gene transfer, rearrangement, reconciliation

Murray Patterson, Gergely Szöllősi, Vincent Daubin, Eric Tannier

BMC Bioinformatics . 14 ( Suppl 15 ) : S4

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Gene tree correction guided by orthology

Manuel Lafond, Magali Semeria, Krister M. Swenson, Eric Tannier, Nadia El-Mabrouk

BMC Bioinformatics . 14 ( Suppl 15 ) : S5

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Duplication, Rearrangement and Reconciliation: A Follow-Up 13 Years Later

Cedric Chauve, Nadia El-Mabrouk, Laurent Gueguen, Magali Semeria, Eric Tannier

Models and Algorithms for Genome Evolution . 19 : 47-62

Chapitre d'ouvrage

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L'ADN, mémoire numérique du vivant

Vincent Daubin, Simon Penel, Eric Tannier

Pour la science . : 102-108

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Efficient Exploration of the Space of Reconciled Gene Trees.

Gergely J Szöllosi, Wojciech Rosikiewicz, Bastien Boussau, Eric Tannier, Vincent Daubin

Systematic Biology . 62 ( 6 ) : 901-912

DOI: 10.1093/sysbio/syt054

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Genome-scale coestimation of species and gene trees.

Bastien Boussau, Gergely J Szöllosi, L. Duret, Manolo Gouy, Eric Tannier, Vincent Daubin

Genome Research . 23 ( 2 ) : 323-330

DOI: 10.1101/gr.141978.112

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Models and Algorithms for Genome Evolution

Cedric Chauve, Nadia El-Mabrouk, Eric Tannier

978-1-4471-5297-2 : 318

Ouvrage

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Phylogenetic modeling of lateral gene transfer reconstructs the pattern and relative timing of speciations.

Gergely J Szöllosi, Bastien Boussau, Sophie S Abby, Eric Tannier, Vincent Daubin

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 109 ( 43 ) : 17513-17518

DOI: 10.1073/pnas.1202997109

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Preserving Inversion Phylogeny Reconstruction

Matthias Bernt, Kun-Mao Chao, Jyun-Wei Kao, Martin Middendorf, Eric Tannier

WABI 2012 - 12th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics . : 1-13

DOI: 10.1007/978-3-642-33122-0_1

Acte de congrès

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Linearization of ancestral multichromosomal genomes

Ján Maňuch, Murray Patterson, Roland Wittler, Cedric Chauve, Eric Tannier

BMC Bioinformatics . 13 ( Suppl 19 ) : S11

DOI: 10.1186/1471-2105-13-S19-S11

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Evolution of gene neighborhoods within reconciled phylogenies

Sèverine Bérard, Coralie Gallien, Bastien Boussau, Gergely J Szöllosi, Vincent Daubin, Eric Tannier

Bioinformatics . 28 ( 18 ) : i382-i388

DOI: 10.1093/bioinformatics/bts374

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Lateral gene transfer as a support for the tree of life.

Sophie S Abby, Eric Tannier, Manolo Gouy, Vincent Daubin

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 109 ( 13 ) : 4962-4967

DOI: 10.1073/pnas.1116871109

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HDR - Evolution combinatoire Algorithmique des chromosomes

Eric Tannier

incollection . -- : 54-56

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Mapping ancestral genomes with massive gene loss: a matrix sandwich problem.

Haris Gavranović, Cedric Chauve, Jérôme Salse, Eric Tannier

Bioinformatics . 27 ( 13 ) : i257-65

DOI: 10.1093/bioinformatics/btr224

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L'époque romantique contre la peine de mort

Eric Tannier

incollection . -- : 54-56

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Preface : Satellite Workshop on Comparative Genomics Research in Computational Molecular Biology (RECOMB-CG 2010)

Eric Tannier

Journal of Computational Biology . 18(9) : 1-3

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Evolution Combinatoire, Algorithmique des Chromosomes

Eric Tannier

HDR

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L'époque romantique contre la peine de mort

Eric Tannier

978-613-1-56487-1 : 176

Ouvrage

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Ancestral grass karyotype reconstruction unravels new mechanisms of genome shuffling as a source of plant evolution.

Florent Murat, Jian-Hong Xu, Eric Tannier, Michael Abrouk, Nicolas Guilhot, Caroline Pont...

Genome Research . 20 ( 11 ) : 1545-57

DOI: 10.1101/gr.109744.110

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Yeast ancestral genome reconstructions: the possibilities of computational methods II.

Cedric Chauve, Haris Gavranovic, Aida Ouangraoua, Eric Tannier

Journal of Computational Biology . 17 ( 9 ) : 1097-112

DOI: 10.1089/cmb.2010.0092

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Palaeogenomics of plants: synteny-based modelling of extinct ancestors.

Michael Abrouk, Florent Murat, Caroline Pont, Joachim Messing, Scott Jackson, Thomas Faraut...

Trends in Plant Science . 15 ( 9 ) : 479-87

DOI: 10.1016/j.tplants.2010.06.001

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Comparative genomics : international workshop, RECOMB-CG 2010, Ottawa, Canada, October 9-11, 2010 : proceedings

Eric Tannier

International Workshop on Comparative Genomics . 978-3-642-16180-3

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Detecting lateral gene transfers by statistical reconciliation of phylogenetic forests

Sophie S. Abby, Eric Tannier, Manolo Gouy, Vincent Daubin

BMC Bioinformatics . 11 ( 324 ) : 13

DOI: 10.1186/1471-2105-11-324

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Le génome aux ordres des mathématiciens

Eric Tannier

La Recherche . 439 : 54-56

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Comparative Genomics

Eric Tannier

incollection . 6938 : 1-12

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