Chercheur en études de futurs, spécialisé sur les liens sciences sociétés
(après des recherches en mathématiques, informatique, biologie, histoire, et des enseignements de éthique de la recherche)
Environnements de Recherches :
- Botascopia (soutenu par l'ANR Sciences avec et pour la société, "Flores", par l'ANR "Flowers", et par le PEPR "Agroécologie et Numérique", projet Cobreeding)
- Evoluthon (soutenu par l'ANR Evoluthon)
- Santé commune, soutenu par Shapemed
Enseignements :
- Cours Ethique de la Recherche en video (Master et Doctorat), Video 1 et Video 2, Intégrité Scientifique Partie 1, Partie 2, Partie 3
- Cours Ethique de la Recherche en diapos
Conférences et ateliers :
- Les rôles de la Recherche dans l'Anthropocène (université ouverte)
- Les effets rebond de la bioinformatique (M2, séminaire de recherches)
- Se réapproprier la production de connaissance, et les outils de propriété intellectuelle disponibles (site usageright)
- Les lieux d'anticipation
- La disparition des technologies et la convivialité
- Atelier Sciences Environnements Sociétés
Responsabilités - Animations :
- Responsable de l'équipe Inria Semis
- Membre du comité scientifique de la boutique des sciences
- Co-fondateur et éditeur de Peer Community in Mathematical and Computational Biology
- Membre de la "Formation spécialisée de site" du centre Inria de Lyon, comité dédié aux conditions de travail
- Fabrique des Questions Simples, laboratoire incubateur de recherches dans l'anthropocène
- Conseil scientifique pour le jeu "empreinte du numérique" par l'arbre des connaissances
Publications
Affichage des publications 91 à 120 sur 123 au total
Cassis: detection of genomic rearrangement breakpoints.
Bioinformatics . 26 ( 15 ) : 1897-8
Article dans une revue
voir la publicationRECOMB Satellite Workshop on Comparative Genomics
8. Annual RECOMB Satellite Workshop on Comparative Genomics . 978-3-642-16181-0 : 303
Guided genome halving: provably optimal solutions provide good insights into the preduplication ancestral genome of Saccharomyces cerevisiae.
Pacific Symposium on Biocomputing . 15 : 21-30
Acte de congrès
voir la publicationAnalysis of fine-scale mammalian evolutionary breakpoints provides new insight into their relation to genome organisation
BMC Genomics . 10 ( 1 ) : 335
Article dans une revue
voir la publicationComputation of Perfect DCJ Rearrangement Scenarios with Linear and Circular Chromosomes
Journal of Computational Biology . 16 ( 10 ) : 1287-1309
Article dans une revue
voir la publicationFootprints of Inversions at Present and Past Pseudoautosomal Boundaries in Human Sex Chromosomes
Genome Biology and Evolution . 1(1) : 56-66
Article dans une revue
voir la publicationYeast Ancestral Genome Reconstructions: The Possibilities of Computational Methods
RECOMB International Workshop on Comparative Genomics . 5817 : 1-12
Acte de congrès
voir la publicationPrediction of Contiguous Regions in the Amniote Ancestral Genome
ISBRA 2009, 5th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications, . 5542
Acte de congrès
voir la publicationMultichromosomal median and halving problems under different genomic distances
BMC Bioinformatics . 10 ( 1 ) : 120
Article dans une revue
voir la publicationExploring the Solution Space of Sorting by Reversals, with Experiments and an Application to Evolution
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics . 5 ( 3 ) : 348-356
DOI: 10.1109/TCBB.2008.16
Article dans une revue
voir la publicationPrecise detection of rearrangement breakpoints in mammalian chromosomes
: 26
Rapport
voir la publicationPrédiction de synténies dans le génome ancestral des amniotes
Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques, JOBIM 2008 . : 141-148
Acte de congrès
voir la publicationPerfect DCJ rearrangement
RECOMB-CG: Comparative Genomics . LNCS ( 5267 ) : 158-169
Acte de congrès
voir la publicationAdvances on Stochastic Local Search Algorithms for the Genomic Median Problem
International Conference on Metaheuristics and Nature Inspired Computing (META) . 4872 : 266-276
Acte de congrès
voir la publicationMultichromosomal Genome Median and Halving Problems
International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI) . 5251 : 1-13
Acte de congrès
voir la publicationA Methodological Framework for the Reconstruction of Contiguous Regions of Ancestral Genomes and Its Application to Mammalian Genomes
PLoS Computational Biology . 4 : 391-410
Article dans une revue
voir la publicationSorting Signed Permutations by Reversal (Reversal Sequence) 2004; Tannier Sagot
incollection . -- : 860-863
Article dans une revue
voir la publicationReactive Stochastic Local Search Algorithms for the Genomic Median Problem
European Conference on Evolutionary Computation in Combinatorial Optimization (EvoCOP) . 4972 : 266-276
Acte de congrès
voir la publicationA Methodological Framework for the Reconstruction of Contiguous Regions of Ancestral Genomes and its Application to Mammalian Genomes
: 26
Rapport
voir la publicationPrecise detection of rearrangement breakpoints in mammalian chromosomes
BMC Bioinformatics . 9 ( 1 ) : 286
Article dans une revue
voir la publicationThéorie des Codes : compression, cryptage, correction
9782100506927 : 352
Ouvrage
voir la publicationThe solution space of sorting by reversals
3rd International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (ISBRA 2007) . 4463 : 293-304
Acte de congrès
voir la publicationEvolution under Reversals: Parsimony and Conservation of Common Intervals
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics . 4 : 301-309
Article dans une revue
voir la publicationAdvances on sorting by reversals
Discrete Applied Mathematics . 155 : 881-888
Article dans une revue
voir la publicationEffective Stochastic Local Search Algorithms for the Genomic Median Problem
Doctoral Symposium on Engineering Stochastic Local Search Algorithms (SLS-DS) . : 1-5
Acte de congrès
voir la publicationPerfect sorting by reversals
International Computing and Combinatorics Conference . 3595 : 42-51
DOI: 10.1007/11533719_7
Acte de congrès
voir la publicationOn Metric Generators of Graphs
Mathematics of Operations Research . 29 : 383-393
Article dans une revue
voir la publicationSorting by reversals in subquadratic time
Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM) . 3109 : 1-13
Acte de congrès
voir la publication