COEVOL Coévolution Multi-Echelles
Equipe Génétique et Evolution des Interactions
Vavre Fabrice
Directeur de recherche
CNRS
Qui suis-nous ? Qui sommes-je ?
Ces deux étranges questions définissent parfaitement mes intérêts de recherche. J'étudie les relations interspécifiques, notamment les interactions symbiotiques, en utilisant comme modèle les interactions entre arthropodes et bactéries transmises principalement verticalement (de la mère à la descendance). L'objectif est de comprendre la dynamique de cet individu chimère, les facteurs qui orientent ces interactions vers le conflit ou la coopération, et leurs conséquences sur le phénotype étendu de l'individu et l'évolution de chacun des partenaires. La subtilité de ces interactions, qui naviguent continuellement entre intérêts égoïstes et partagés, est particulièrement importante à considérer et à intégrer dans l'étude à la mode de l'holobionte et du microbiote. Ce thème général est actuellement structuré autour de 3 projets principaux :
La co-adaptation au sein des holobiontes. Dans le cadre du projet ANR Hmicmac, nous cherchons, avec Laurence Mouton, à tester l'hypothèse selon laquelle les interactions hôte-microbiote devraient conduire à une co-adaptation entre les partenaires. Cette hypothèse est testée à l'aide d'une approche d’évolution expérimentale basée sur des situations où ces possibles co-adaptations sont initialement cassées puis laissées libres d'évoluer à nouveau. Cette approche est menée sur l'aleurode Bemisia tabaci et ses bactéries symbiotiques au LBBE, et est comparée à des expériences similaires menées sur le puceron du pois. Ce projet implique également les laboratoires IGEPP (Rennes) et BF2I (Lyon).
Réponse des symbioses au stress. Dans le cadre du projet RESIST (ANR JCJC, coord. Natacha Kremer, LBBE), nous cherchons à tester si la symbiose est un moteur ou une barrière à l'adaptation à de nouveaux stress environnementaux. Nous utilisons l'association entre Drosophila melanogaster et Wolbachia (souche wMelPop), qui est soumise à des stress ponctuels ou chroniques avec soit un agent pro-oxydant (l'herbicide paraquat), soit le virus C, soit les deux simultanément.
Dynamique des interactions symbiotiques obligatoires chez les tiques. Dans le cadre du projet MICROM (ANR, coord. O. Duron, MIVEGEC), nous cherchons à comprendre le pourquoi et le comment des remplacements récurrents des symbiotes nutritionnels obligatoires chez les tiques. En effet, ces arthropodes hématophages stricts dépendent de symbiotes nutritionnels leur apportant des vitamines B. Cependant, de multiples événements de remplacement ont eu lieu au cours de l'évolution des tiques. Les futurs travaux au LBBE seront consacrés à la génomique comparative des symbiotes de différentes espèces de tiques.
Enfin, dans le cadre de plusieurs projets (SBP MicroBeHave, 2 thèses CIFRE, une ANR et un projet région), nous avons développé avec Julien Varaldi et Natacha Kremer, en collaboration avec le laboratoire BF2I et la société Izinovation, un nouveau projet sur les punaises de lit, un ravageur ré-émergent du fait de sa résistance aux insecticides, strictement hématophage et totalement dépendant de symbiotes du genre Wolbachia pour l'apport en vitamines B. Nos travaux visent à caractériser les mécanismes génétiques de résistance et à mieux comprendre le dialogue génétique et métabolique entre l'insecte et son symbiote.
Développement des approches "One Health" à Lyon
Au-delà de ces aspects scientifiques, je suis également impliqué dans la construction de l'écosystème de recherche lyonnais sur les approches One Health. Cela m'a conduit à diriger le projet de plateforme Symbiotron pendant plus de 10 ans, et depuis 2021 à coordonner le projet Equipex+ Infectiotron, récemment financé et porté par l'Université Lyon 1. Ce projet vise à développer un ensemble d'outils coordonnés pour le développement opérationnel de projets sur les maladies infectieuses depuis leur environnement naturel jusqu'au laboratoire, avec un accent particulier sur les pathogènes de niveau 3. Je suis également activement impliqué dans la mise en œuvre et le développement du projet SHAPE-Med@Lyon, également coordonnée par l'Université de Lyon 1, et en particulier pour le développement de l'Institut Transdisciplinaire de Santé de Lyon.
Publications
Affichage des publications 31 à 60 sur 101 au total
Spodoptera frugiperda (Lepidoptera: Noctuidae) host-plant variants: two host strains or two distinct species?
Genetica . 143 ( 3 ) : 305-316
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voir la publicationParasite-Parasite Interactions in the Wild: How To Detect Them?
Trends in Parasitology .
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voir la publicationThe Genome of Cardinium cBtQ1 Provides Insights into Genome Reduction, Symbiont Motility, and Its Settlement in Bemisia tabaci
Genome Biology and Evolution . 6 ( 4 ) : 1013-1030
DOI: 10.1093/gbe/evu077
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voir la publicationMicrobial impacts on insect evolutionary diversification: from patterns to mechanisms
Current Opinion in Insect Science . 4 : 29--34
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voir la publicationEpidemiology of asexuality induced by the endosymbiotic Wolbachia across phytophagous wasp species: host plant specialization matters.
Molecular Ecology Notes . 23 ( 9 ) : 2362-2375
DOI: 10.1111/mec.12737
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voir la publicationSigns of Neutralization in a Redundant Gene Involved in Homologous Recombination in Wolbachia Endosymbionts
Genome Biology and Evolution . 10 ( 6 ) : 2654-2664
DOI: 10.1093/gbe/evu207
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voir la publicationManipulation of arthropod sex determination by endosymbionts: diversity and molecular mechanisms
Sexual Development . : 59-73
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voir la publicationThe Genome of Cardinium cBtQ1 Provides Insights into Genome Reduction, Symbiont Motility, and Its Settlement in Bemisia tabaci
Genome Biology and Evolution . 6 ( 4 ) : 1013-1030
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voir la publicationDistribution of endosymbiotic reproductive manipulators reflects invasion process and not reproductive system polymorphism in the little fire ant Wasmannia auropunctata
PLoS ONE . 8 ( 3 ) : e58467
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voir la publicationDistribution of Bemisia tabaci (Homoptera: Aleyrodidae) biotypes and their associated symbiotic bacteria on host plants in West Africa
Insect conservation and diversity . 6 ( 3 ) : 411 - 421
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voir la publicationEndosymbiont diversity among sibling weevil species competing for the same resource
BMC Evolutionary Biology . 13 : 28
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voir la publicationInteractions et rétroactions : rôle de leur écologie et de leur évolution dans le fonctionnement des écosystèmes.
Prospectives de l’Institut Ecologie et Environnement du CNRS .
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationBiotype status and resistance to neonicotinoids and carbosulfan in Bemisia tabaci (Hemiptera: Aleyrodidae) in Burkina Faso, West Africa
International Journal of Pest Management . 59 ( 2 ) : 95-102
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voir la publicationInfluence of the virus LbFV and of Wolbachia in a host-parasitoid interaction.
PLoS ONE . 7 ( 4 ) : 1-10
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voir la publicationComplete Genome Sequence of "Candidatus Portiera aleyrodidarum" BT-QVLC, an Obligate Symbiont That Supplies Amino Acids and Carotenoids to Bemisia tabaci.
Journal of Bacteriology . 194 ( 23 ) : 6654-6655
DOI: 10.1128/JB.01793-12
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voir la publicationEvolution and control of host-microbe symbiosis in arthropods: an RNAseq-based transcriptomic analysis
7. International Wolbachia conference . 978-2-911320-44-6
Acte de congrès
voir la publicationMaking (good) use of Wolbachia: what the models say.
Current Opinion in Microbiology . 15 ( 3 ) : 263-8
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voir la publicationInfluence of Wolbachia on host gene expression in an obligatory symbiosis.
BMC Microbiology . 12 ( Suppl 1 ) : 1-16
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voir la publicationDoes a parthenogenesis-inducing Wolbachia induce vestigial cytoplasmic incompatibility?
The Science of Nature Naturwissenschaften . 98 ( 3 ) : 175-80
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voir la publicationRNA-seq without a reference genome: a comparison of the mapping and the assembly approaches
JOBIM .
Acte de congrès
voir la publicationBacterial symbionts in insects or the story of communities affecting communities.
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 366 ( 1569 ) : 1389-400
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voir la publicationIntraspecific specialization of the generalist parasitoid Cotesia sesamiae revealed by polyDNAvirus polymorphism and associated with different Wolbachia infection.
Molecular Ecology . 20 ( 5 ) : 959-71
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voir la publicationEndosymbionts of arthropods and nematodes: allies to fight infectious diseases?
Médecine/Sciences . 27 ( 11 ) : 953-958
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voir la publicationDo variable compensatory mechanisms explain the polymorphism of the dependence phenotype in the Asobara tabida-wolbachia association?
Evolution - International Journal of Organic Evolution . 64 ( 10 ) : 2969-79
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voir la publicationÉvolution des interactions entre espèces
Biologie évolutive . : 533-616
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationIntragenomic conflict in populations infected by Parthenogenesis Inducing Wolbachia ends with irreversible loss of sexual reproduction.
BMC Evolutionary Biology . 10 : 229
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voir la publicationThe transmission efficiency of tomato yellow leaf curl virus by the whitefly Bemisia tabaci is correlated with the presence of a specific symbiotic bacterium species.
Journal of Virology . 84 ( 18 ) : 9310-7
DOI: 10.1128/JVI.00423-10
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voir la publicationEndosymbiont metacommunities, mtDNA diversity and the evolution of the Bemisia tabaci (Hemiptera: Aleyrodidae) species complex.
Molecular Ecology . 19 ( 19 ) : 4365-4378
Article dans une revue
voir la publicationA new case of Wolbachia dependence in the genus Asobara: evidence for parthenogenesis induction in Asobara japonica
Heredity . 103 ( 3 ) : 248-256
DOI: 10.1038/hdy.2009.63
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voir la publicationMolecular detection and identification of Rickettsia endosymbiont in different biotypes of Bemisia tabaci
Clinical Microbiology and Infection . -- : 1-2
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