COEVOL Coévolution Multi-Echelles
Les systèmes vivants sont fortement intégrés, avec une multitude de niveaux d'organisation, allant des échelles moléculaires et intracellulaires aux écosystèmes. Les organismes complexes sont eux-mêmes des consortiums de macro et micro-organismes, qui travaillent avec leur hôte pour construire un individu. Pourtant, chacun de ces organismes peut fonctionner et évoluer à court terme selon sa propre logique, éventuellement en conflit avec d'autres niveaux supérieurs ou inférieurs, ou avec d'autres échelles de temps. L'idée autrefois répandue parmi les évolutionnistes selon laquelle la sélection naturelle aboutit à des organismes parfaitement adaptés à leur environnement est maintenant gravement compromise. Non seulement parce que, comme l'explique la reine rouge à Alice, il faut courir sans relâche pour garder sa place dans un environnement changeant, ou parce que l'histoire évolutive passée et le hasard limitent les possibilités d'adaptation actuelle, mais aussi parce que différents niveaux de sélection ont des intérêts qui sont généralement difficiles à concilier.
La coévolution multi-échelles repose les questions classiques de la biologie évolutive
Un exemple particulièrement intéressant est la question de la source des variations héréditaires. Le phénotype des organismes dans une population est influencé non seulement par les variations de leurs génomes nucléaires et mitochondriaux, dont la dynamique fait l'objet de la génétique des populations, mais aussi de plus en plus manifestement par le consortium de microbes et d'éléments génétiques qui constituent son microbiome et son virome. L'hologénome désigne cet assemblage complexe de matériels génétiques, qui obéissent à différentes règles de transmission et à différentes stratégies évolutives. La capacité des symbiotes à manipuler les phénotypes hôtes ou à interférer les uns avec les autres influence la dynamique évolutive de tous les acteurs d'une manière qui est encore mal comprise. De plus, de nouvelles questions se posent, comme l'importance de la co-adaptation dans ces systèmes et leurs conséquences sur le maintien de systèmes biologiques cohésifs.
- La symbiose: une réponse et une source de sélection divergente
En utilisant une variété d'approches combinant évolution expérimentale, données génomiques, fonctionnelles, phénotypiques et comportementales, nous visons à tester si la symbiose facilite la diversification et à caractériser les processus microévolutifs sous-jacents.
- Réseaux écologiques de transfert horizontal de gènes
Nous développons des méthodes originales de détection des transferts de gènes et nous étudions les facteurs qui influencent les voies de transfert de gènes chez les microbes mais aussi chez les insectes.
- L'interaction entre la symbiose, l'infection et l'immunité et ses conséquences évolutives
Nous essayons de comprendre l'interaction intime des hôtes avec des agents pathogènes, des symbiotes et des éléments transposables et comment elle affecte le phénotype étendu de l'hôte.
- Hérédité transgénérationnel et changements d'environnement
Nous essayons de déchiffrer les mécanismes moléculaires qui sous-tendent l'adaptation rapide à l'environnement et de tester l'hérédité transgénérationnel des traits de forme physique.
- Conflits intragénomiques et démographie
Nous développons des modèles pour tester si les changements dans la démographie de l'hôte affectent la dynamique des éléments transposables.
- Le déterminisme de la convergence phénotypique
Nous étudions les bases génomiques de l'évolution phénotypique convergente en particulier dans le cas de l'adaptation des animaux et des plantes à l'augmentation de la température et à la diminution de l'eau.
- Réconcilier l'arbre de vie
Nous développons des méthodes phylogénétiques pour «réconcilier» les histoires de gènes / espèces ou d'hôtes / symbiotes. Et nous utilisons ces méthodes pour explorer la majeure partie des espèces éteintes ou non décrites et l'histoire de l'association des microbes symbiotiques avec leurs hôtes.
- Intégrer les méthodes
Les méthodes que nous utilisons pour aborder les questions soulevées par la co-évolution multi-échelles vont de la théorie, de la modélisation et de la simulation à l'analyse de big data, en laboratoire (notamment sur les insectes), et dans une moindre mesure, aux activités de terrain.
- Implication de la recherche, responsabilité des chercheurs et sciences citoyennes
De par nos recherches (dont certaines ont des conséquences immédiates sur la santé, l'agriculture et l'écologie) et nos préoccupations sur la responsabilité des scientifiques dans la société, nous nous engageons à promouvoir une recherche «implicative». La position implicative signifie que nous essayons de travailler sur le lien entre science et société, non seulement à travers une communication unidirectionnelle, appliquant ou expliquant notre science, mais aussi en favorisant des discussions précoces avec les citoyens sur des projets de recherche, qui peuvent influencer nos orientations de recherche.
Publications
Affichage des publications 31 à 60 sur 763 au total
Proteome allocation and the evolution of metabolic cross-feeding
Evolution - International Journal of Organic Evolution .
Article dans une revue
voir la publicationResponse to “On the impact of incomplete taxon sampling on the relative timing of gene transfer events”
PLoS Biology . 22 ( 3 ) : e3002557
Article dans une revue
voir la publicationIdentification and quantification of transposable element transcripts using Long-Read RNA-seq in Drosophila germline tissues
Peer Community Journal . 4 ( e89 )
Article dans une revue
voir la publicationDual control of host actin polymerization by a Legionella effector pair
Cellular Microbiology .
DOI: 10.1155/2024/8896219
Article dans une revue
voir la publicationÉtude des interactions entre la punaise de lit et son symbiote nutritionnel obligatoire, Wolbachia.
G-RREMI 2023 .
Acte de congrès
voir la publicationFeeding, sex, and development shape the relative quantity of Wolbachia, the nutritional obligatory symbiont of bed bugs
REID 2023 .
Poster
voir la publicationFeeding, sex, and development shape the relative quantity of Wolbachia, the nutritional obligatory symbiont of bed bugs
Journée scientifique enjeu « santé globale et bio‐ingénierie » de l'INSA Lyon .
Poster
voir la publicationDynamics of endosymbionts in bed bugs during development
Groupe Régional de Recherche en Microbiologie des Interactions (G-RREMI) .
Poster
voir la publicationFunctional analysis of interactions between bed bugs and their nutritional symbiont Wolbachia
Réseaux écologie des interactions durables (REID) .
Poster
voir la publicationFunctional analysis of interactions between bed bugs and their nutritional symbiont Wolbachia
Congrés INSA santé globale et bioingénierie .
Poster
voir la publicationContribution of TE to the phenotype and plasticity in Drosophila melanogaster
CNET (24th congrès national des éléments transposables) .
Poster
voir la publicationGenomic changes during the evolution of the Coxiella genus along the parasitism-mutualism continuum
Peer Community Journal . 3 : e41
Article dans une revue
voir la publicationThe for gene as one of the drivers of foraging variations in a parasitic wasp
Molecular Ecology . 32 ( 7 ) : 1760-1776
DOI: 10.1111/mec.16834
Article dans une revue
voir la publicationLarval density in the invasive Drosophila suzukii : Immediate and delayed effects on life‐history traits
Ecology and Evolution . 13 ( 8 ) : e10433
DOI: 10.1002/ece3.10433
Article dans une revue
voir la publicationPlant choice for oviposition in the phytophagous insect Bemisia tabaci: cytotype, including symbionts, knows best!
Animal Behaviour . 200 : 147-157
Article dans une revue
voir la publicationLarval density in the invasive Drosophila suzukii : Immediate and delayed effects on life‐history traits
Ecology and Evolution . 13 ( 8 ) : 1760-1776
DOI: 10.1002/ece3.10433
Article dans une revue
voir la publicationThe for gene as one of the drivers of foraging variations in a parasitic wasp
Molecular Ecology . 32 ( 7 ) : 1760-1776
DOI: 10.1111/mec.16834
Article dans une revue
voir la publicationStudy of host-symbionts coevolution in the whitefly Bemisia tabaci: an experimental evolution approach
13e Rencontre du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA) .
Acte de congrès
voir la publicationSecondary symbionts influence feeding and oviposition behavior in the whitefly Bemisia tabaci
XII European Congress of Entomology .
Poster
voir la publicationThe for gene as one of the drivers of foraging variations in a parasitic wasp
Molecular Ecology . 32 ( 7 ) : 1760-1776
DOI: 10.1111/mec.16834
Article dans une revue
voir la publicationA comprehensive evolutionary scenario for the origin and neofunctionalization of the Drosophila speciation gene Odysseus (OdsH)
G3 . 14 ( 3 ) : jkad299
Article dans une revue
voir la publicationAn evolutionary timescale for Bacteria calibrated using the Great Oxidation Event
Pré-publication
voir la publicationEvaluation of Methods to Detect Shifts in Directional Selection at the Genome Scale
Molecular Biology and Evolution . 40 ( 2 )
Article dans une revue
voir la publicationApproche globale des éthiques dans les relations sociétés/nature
: 211-219
Rapport
voir la publicationA major 6 Mb superlocus is involved in pyrethroid resistance in the common bed bug Cimex lectularius
Evolutionary Applications . 16 ( 5 ) : 1012 - 1028
DOI: 10.1111/eva.13550
Article dans une revue
voir la publicationNutritional symbioses in triatomines: who is playing?
Peer Community In Evolutionary Biology . : 100629
Article dans une revue
voir la publicationImpact of Heat Stress on Transposable Element Expression and Derived Small RNAs in Drosophila subobscura
Genome Biology and Evolution . 15 ( 11 ) : evad189
DOI: 10.1093/gbe/evad189
Article dans une revue
voir la publicationLarval density in the invasive Drosophila suzukii : Immediate and delayed effects on life‐history traits
Ecology and Evolution . 13 ( 8 ) : e10433
DOI: 10.1002/ece3.10433
Article dans une revue
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