COEVOL Coévolution Multi-Echelles
Les systèmes vivants sont fortement intégrés, avec une multitude de niveaux d'organisation, allant des échelles moléculaires et intracellulaires aux écosystèmes. Les organismes complexes sont eux-mêmes des consortiums de macro et micro-organismes, qui travaillent avec leur hôte pour construire un individu. Pourtant, chacun de ces organismes peut fonctionner et évoluer à court terme selon sa propre logique, éventuellement en conflit avec d'autres niveaux supérieurs ou inférieurs, ou avec d'autres échelles de temps. L'idée autrefois répandue parmi les évolutionnistes selon laquelle la sélection naturelle aboutit à des organismes parfaitement adaptés à leur environnement est maintenant gravement compromise. Non seulement parce que, comme l'explique la reine rouge à Alice, il faut courir sans relâche pour garder sa place dans un environnement changeant, ou parce que l'histoire évolutive passée et le hasard limitent les possibilités d'adaptation actuelle, mais aussi parce que différents niveaux de sélection ont des intérêts qui sont généralement difficiles à concilier.
La coévolution multi-échelles repose les questions classiques de la biologie évolutive
Un exemple particulièrement intéressant est la question de la source des variations héréditaires. Le phénotype des organismes dans une population est influencé non seulement par les variations de leurs génomes nucléaires et mitochondriaux, dont la dynamique fait l'objet de la génétique des populations, mais aussi de plus en plus manifestement par le consortium de microbes et d'éléments génétiques qui constituent son microbiome et son virome. L'hologénome désigne cet assemblage complexe de matériels génétiques, qui obéissent à différentes règles de transmission et à différentes stratégies évolutives. La capacité des symbiotes à manipuler les phénotypes hôtes ou à interférer les uns avec les autres influence la dynamique évolutive de tous les acteurs d'une manière qui est encore mal comprise. De plus, de nouvelles questions se posent, comme l'importance de la co-adaptation dans ces systèmes et leurs conséquences sur le maintien de systèmes biologiques cohésifs.
- La symbiose: une réponse et une source de sélection divergente
En utilisant une variété d'approches combinant évolution expérimentale, données génomiques, fonctionnelles, phénotypiques et comportementales, nous visons à tester si la symbiose facilite la diversification et à caractériser les processus microévolutifs sous-jacents.
- Réseaux écologiques de transfert horizontal de gènes
Nous développons des méthodes originales de détection des transferts de gènes et nous étudions les facteurs qui influencent les voies de transfert de gènes chez les microbes mais aussi chez les insectes.
- L'interaction entre la symbiose, l'infection et l'immunité et ses conséquences évolutives
Nous essayons de comprendre l'interaction intime des hôtes avec des agents pathogènes, des symbiotes et des éléments transposables et comment elle affecte le phénotype étendu de l'hôte.
- Hérédité transgénérationnel et changements d'environnement
Nous essayons de déchiffrer les mécanismes moléculaires qui sous-tendent l'adaptation rapide à l'environnement et de tester l'hérédité transgénérationnel des traits de forme physique.
- Conflits intragénomiques et démographie
Nous développons des modèles pour tester si les changements dans la démographie de l'hôte affectent la dynamique des éléments transposables.
- Le déterminisme de la convergence phénotypique
Nous étudions les bases génomiques de l'évolution phénotypique convergente en particulier dans le cas de l'adaptation des animaux et des plantes à l'augmentation de la température et à la diminution de l'eau.
- Réconcilier l'arbre de vie
Nous développons des méthodes phylogénétiques pour «réconcilier» les histoires de gènes / espèces ou d'hôtes / symbiotes. Et nous utilisons ces méthodes pour explorer la majeure partie des espèces éteintes ou non décrites et l'histoire de l'association des microbes symbiotiques avec leurs hôtes.
- Intégrer les méthodes
Les méthodes que nous utilisons pour aborder les questions soulevées par la co-évolution multi-échelles vont de la théorie, de la modélisation et de la simulation à l'analyse de big data, en laboratoire (notamment sur les insectes), et dans une moindre mesure, aux activités de terrain.
- Implication de la recherche, responsabilité des chercheurs et sciences citoyennes
De par nos recherches (dont certaines ont des conséquences immédiates sur la santé, l'agriculture et l'écologie) et nos préoccupations sur la responsabilité des scientifiques dans la société, nous nous engageons à promouvoir une recherche «implicative». La position implicative signifie que nous essayons de travailler sur le lien entre science et société, non seulement à travers une communication unidirectionnelle, appliquant ou expliquant notre science, mais aussi en favorisant des discussions précoces avec les citoyens sur des projets de recherche, qui peuvent influencer nos orientations de recherche.
Publications
Affichage des publications 121 à 150 sur 633 au total
Managing cold tolerance and quality of mass-produced Drosophila suzukii flies to facilitate the application of biocontrol through incompatible and sterile insect techniques
Third FAO–IAEA International Conference on Area-wide Management of Insect Pests .
Poster
voir la publicationA newly evolved W(olbachia) sex chromosome in pillbug!
Peer Community in Evolutionary Biology .
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voir la publicationHooked on Wolbachia
Peer Community in Evolutionary Biology .
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voir la publicationThe All-Rounder Sodalis: A New Bacteriome-Associated Endosymbiont of the Lygaeoid Bug Henestaris halophilus (Heteroptera: Henestarinae) and a Critical Examination of Its Evolution
Genome Biology and Evolution . 9 ( 10 ) : 2893-2910
DOI: 10.1093/gbe/evx202
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voir la publicationThe genomic sequence of Exiguobacterium chiriqhucha str. N139 reveals a species that thrives in cold waters and extreme environmental conditions
PeerJ . 5 : e3162
DOI: 10.7717/peerj.3162
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voir la publicationSelf and Nonself from a Genomic Perspective: Transposable Elements
Evolutionary Biology: Self/Nonself Evolution, Species and Complex Traits Evolution, Methods and Concepts . 2 ( 5 ) : 111-128
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voir la publicationAdaptation-adaptabilité : comprendre la réponse adaptative avec pour objectif de la prédire
Prospectives de l’Institut Ecologie et environnement du CNRS : compte-rendu des journées des 22, 23 et 24 février 2017, CNRS, Bordeaux, CNRS . : 127-141
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationIntegrative modeling of gene and genome evolution roots the archaeal tree of life
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 114 ( 23 ) : E4602-E4611
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voir la publicationTranscriptomic signatures shaped by cell proportions shed light on comparative developmental biology
Genome Biology . 18 : 29
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voir la publicationComparative Methods for Reconstructing Ancient Genome Organization
Comparative Genomics: Methods and Protocols . : 343 - 362
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationTransposable Element Misregulation Is Linked to the Divergence between Parental piRNA Pathways in Drosophila Hybrids
Genome Biology and Evolution . 9 ( 6 ) : 1450-1470
DOI: 10.1093/gbe/evx091
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voir la publicationTransposable Element Misregulation Is Linked to the Divergence between Parental piRNA Pathways in Drosophila Hybrids
Genome Biology and Evolution . 9 ( 6 ) : 1450 - 1470
DOI: 10.1093/gbe/evx091
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voir la publicationAlgorithms for computing the double cut and join distance on both gene order and intergenic sizes
Algorithms for Molecular Biology . 12 : 16 (11 pages)
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voir la publicationResolution and reconciliation of non-binary gene trees with transfers, duplications and losses
Bioinformatics . 33 ( 7 ) : 980-987
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voir la publicationIdentification of misexpressed genetic elements in hybrids between Drosophila-related species
Scientific Reports . 7 : 40618
DOI: 10.1038/srep40618
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voir la publicationMareyMap online: A user-friendly web application and database service for estimating recombination rates using physical and genetic maps
Genome Biology and Evolution . 9 ( 10 ) : 2506-2509
DOI: 10.1093/gbe/evx178
Article dans une revue
voir la publicationLess effective selection leads to larger genomes
Genome Research . 27 : 1016-1028
Article dans une revue
voir la publicationDeCoSTAR: Reconstructing the ancestral organization of genes or genomes using reconciled phylogenies
Genome Biology and Evolution . 9 ( 5 ) : 1312-1319
DOI: 10.1093/gbe/evx069
Article dans une revue
voir la publicationAncestral Genome Estimation Reveals the History of Ecological Diversification in Agrobacterium
Genome Biology and Evolution . 9 ( 12 ) : 3413 - 3431
DOI: 10.1093/gbe/evx255
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voir la publicationSONIFICATION OF PHYLOGENETIC TREES: LISTENING TO EVOLUTION
Journées d'Informatique Musicale (JIM) 2017 .
Acte de congrès
voir la publicationPitfalls in supermatrix phylogenomics
European Journal of Taxonomy . 283 : 1-25
DOI: 10.5852/ejt.2017.283
Article dans une revue
voir la publicationHigh-Throughput Sequencing of Transposable Element Insertions Suggests Adaptive Evolution of the Invasive Asian Tiger Mosquito Towards Temperate Environments
Molecular Ecology . 26 ( 15 ) : 1-14
DOI: 10.1111/mec.14184
Article dans une revue
voir la publicationHow Long Does Wolbachia Remain on Board?
Molecular Biology and Evolution . 34 ( 5 ) : 1183 - 1193
Article dans une revue
voir la publicationA DNA barcode-based survey of terrestrial arthropods in the Society Islands of French Polynesia: host diversity within the SymbioCode Project
European Journal of Taxonomy . 272 : 1-13
DOI: 10.5852/ejt.2017.272
Article dans une revue
voir la publicationThe global impact of Wolbachia on mitochondrial diversity and evolution
Journal of Evolutionary Biology .
Article dans une revue
voir la publicationTEtools facilitates big data expression analysis of transposable elements and reveals an antagonism between their activity and that of piRNA genes
Nucleic Acids Research . 45 : 13
DOI: 10.1093/nar/gkw953
Article dans une revue
voir la publicationTOWARDS UNSTEADY APPROACH FOR FUTURE FLUTTER CALCULATIONS
International Conference on Innovation in High Performance Sailing Yachts - INNOV'SAIL 2017 .
Acte de congrès
voir la publicationControl of the crystal habit and magnetic properties of Co nanoparticles through the stirring rate
CrystEngComm . 19 ( 25 ) : 3476-3484
Article dans une revue
voir la publicationSusceptibility of MED-Q1 and MED-Q3 Biotypes of Bemisia tabaci (Hemiptera: Aleyrodidae) Populations to Essential and Seed Oils
Journal of Economic Entomology . 110 ( 3 ) : 1031 - 1038
DOI: 10.1093/jee/tox100
Article dans une revue
voir la publicationImpact of Wolbachia on oxidative stress sensitivity in the parasitic wasp Asobara japonica
PLoS ONE . 5 : 10
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