COEVOL Coévolution Multi-Echelles
Les systèmes vivants sont fortement intégrés, avec une multitude de niveaux d'organisation, allant des échelles moléculaires et intracellulaires aux écosystèmes. Les organismes complexes sont eux-mêmes des consortiums de macro et micro-organismes, qui travaillent avec leur hôte pour construire un individu. Pourtant, chacun de ces organismes peut fonctionner et évoluer à court terme selon sa propre logique, éventuellement en conflit avec d'autres niveaux supérieurs ou inférieurs, ou avec d'autres échelles de temps. L'idée autrefois répandue parmi les évolutionnistes selon laquelle la sélection naturelle aboutit à des organismes parfaitement adaptés à leur environnement est maintenant gravement compromise. Non seulement parce que, comme l'explique la reine rouge à Alice, il faut courir sans relâche pour garder sa place dans un environnement changeant, ou parce que l'histoire évolutive passée et le hasard limitent les possibilités d'adaptation actuelle, mais aussi parce que différents niveaux de sélection ont des intérêts qui sont généralement difficiles à concilier.
La coévolution multi-échelles repose les questions classiques de la biologie évolutive
Un exemple particulièrement intéressant est la question de la source des variations héréditaires. Le phénotype des organismes dans une population est influencé non seulement par les variations de leurs génomes nucléaires et mitochondriaux, dont la dynamique fait l'objet de la génétique des populations, mais aussi de plus en plus manifestement par le consortium de microbes et d'éléments génétiques qui constituent son microbiome et son virome. L'hologénome désigne cet assemblage complexe de matériels génétiques, qui obéissent à différentes règles de transmission et à différentes stratégies évolutives. La capacité des symbiotes à manipuler les phénotypes hôtes ou à interférer les uns avec les autres influence la dynamique évolutive de tous les acteurs d'une manière qui est encore mal comprise. De plus, de nouvelles questions se posent, comme l'importance de la co-adaptation dans ces systèmes et leurs conséquences sur le maintien de systèmes biologiques cohésifs.
- La symbiose: une réponse et une source de sélection divergente
En utilisant une variété d'approches combinant évolution expérimentale, données génomiques, fonctionnelles, phénotypiques et comportementales, nous visons à tester si la symbiose facilite la diversification et à caractériser les processus microévolutifs sous-jacents.
- Réseaux écologiques de transfert horizontal de gènes
Nous développons des méthodes originales de détection des transferts de gènes et nous étudions les facteurs qui influencent les voies de transfert de gènes chez les microbes mais aussi chez les insectes.
- L'interaction entre la symbiose, l'infection et l'immunité et ses conséquences évolutives
Nous essayons de comprendre l'interaction intime des hôtes avec des agents pathogènes, des symbiotes et des éléments transposables et comment elle affecte le phénotype étendu de l'hôte.
- Hérédité transgénérationnel et changements d'environnement
Nous essayons de déchiffrer les mécanismes moléculaires qui sous-tendent l'adaptation rapide à l'environnement et de tester l'hérédité transgénérationnel des traits de forme physique.
- Conflits intragénomiques et démographie
Nous développons des modèles pour tester si les changements dans la démographie de l'hôte affectent la dynamique des éléments transposables.
- Le déterminisme de la convergence phénotypique
Nous étudions les bases génomiques de l'évolution phénotypique convergente en particulier dans le cas de l'adaptation des animaux et des plantes à l'augmentation de la température et à la diminution de l'eau.
- Réconcilier l'arbre de vie
Nous développons des méthodes phylogénétiques pour «réconcilier» les histoires de gènes / espèces ou d'hôtes / symbiotes. Et nous utilisons ces méthodes pour explorer la majeure partie des espèces éteintes ou non décrites et l'histoire de l'association des microbes symbiotiques avec leurs hôtes.
- Intégrer les méthodes
Les méthodes que nous utilisons pour aborder les questions soulevées par la co-évolution multi-échelles vont de la théorie, de la modélisation et de la simulation à l'analyse de big data, en laboratoire (notamment sur les insectes), et dans une moindre mesure, aux activités de terrain.
- Implication de la recherche, responsabilité des chercheurs et sciences citoyennes
De par nos recherches (dont certaines ont des conséquences immédiates sur la santé, l'agriculture et l'écologie) et nos préoccupations sur la responsabilité des scientifiques dans la société, nous nous engageons à promouvoir une recherche «implicative». La position implicative signifie que nous essayons de travailler sur le lien entre science et société, non seulement à travers une communication unidirectionnelle, appliquant ou expliquant notre science, mais aussi en favorisant des discussions précoces avec les citoyens sur des projets de recherche, qui peuvent influencer nos orientations de recherche.
Publications
Affichage des publications 121 à 150 sur 651 au total
An attempt to select non-genetic variation in resistance to starvation and reduced chill coma recovery time in Drosophila melanogaster
Journal of Experimental Biology . 221 ( 23 ) : jeb186254
DOI: 10.1242/jeb.186254
Article dans une revue
voir la publicationThe somatic piRNA pathway controls germline transposition over generations
Nucleic Acids Research . 46 ( 18 ) : 9524 - 9536
DOI: 10.1093/nar/gky761
Article dans une revue
voir la publicationTransposable Element Dynamics in an Invasive Species
Congrès National des Éléments Transposables (CNET 2018) .
Acte de congrès
voir la publicationSex gap in aging and longevity: can sex chromosomes play a role?
Biology of Sex Differences . 9 ( 1 ) : 1-14
Article dans une revue
voir la publicationAbundance of Bemisia tabaci Gennadius (Hemiptera: Aleyrodidae) and its parasitoids on vegetables and cassava plants in Burkina Faso (West Africa)
Ecology and Evolution . 8 ( 12 ) : 6091-6103
DOI: 10.1002/ece3.4078
Article dans une revue
voir la publicationBack and forth Wolbachia transfers reveal efficient strains to control spotted wing drosophila populations
Journal of Applied Ecology . 55 ( 5 ) : 2408-2418
Article dans une revue
voir la publicationImpact of pest management practices on the frequency of insecticide resistance alleles in Bemisia tabaci (Hemiptera: Aleyrodidae) populations in three countries of West Africa
Crop Protection . 104 : 86 - 91
Article dans une revue
voir la publicationModeling trophic dependencies and exchanges among insects’ bacterial symbionts in a host-simulated environment
BMC Genomics . 19 : 402
Article dans une revue
voir la publicationSterile insect technique and Wolbachia symbiosis as potential tools for the control of the invasive species Drosophila suzukii
Journal of Pest Science . 91 ( 2 ) : 489-503
Article dans une revue
voir la publicationInsects and incest: sib-mating tolerance in natural populations of a parasitoid wasp
Peer Community in Evolutionary Biology .
Article dans une revue
voir la publicationThe Importance of Revisiting Legionellales Diversity
Trends in Parasitology . 34 ( 12 ) : 1027 - 1037
Article dans une revue
voir la publicationTick-Bacteria Mutualism Depends on B Vitamin Synthesis Pathways
Current Biology - CB . 28 ( 12 ) : 1896 - 1902.e5
Article dans une revue
voir la publicationCancer Is Not (Only) a Senescence Problem
Trends in Cancer . 4 ( 3 ) : 169 - 172
Article dans une revue
voir la publicationDeciphering the behaviour manipulation imposed by a virus on its parasitoid host: insights from a dual transcriptomic approach
Parasitology .
Article dans une revue
voir la publicationExploring host-symbiont interactions through whole genome sequencing of the rice weevil Sitophilus oryzae
Immuninv 2017 .
Acte de congrès
voir la publicationKinematics of the Local Universe XIV. Measurements from the 21 cm line and the HI mass function from a homogeneous catalog gathered with the Nançay radio telescope
Astronomy and Astrophysics - A&A . 599 : A104 (33 pages)
Article dans une revue
voir la publicationObligate dependence does not preclude changing partners in a Russian dolls symbiotic system
Peer Community in Evolutionary Biology . : 1-2
Article dans une revue
voir la publicationMaxTiC: Fast Ranking Of A Phylogenetic Tree By Maximum Time Consistency With Lateral Gene Transfers
DOI: 10.1101/127548
Autre publication
voir la publicationManaging cold tolerance and quality of mass-produced Drosophila suzukii flies to facilitate the application of biocontrol through incompatible and sterile insect techniques
Third FAO–IAEA International Conference on Area-wide Management of Insect Pests .
Poster
voir la publicationA newly evolved W(olbachia) sex chromosome in pillbug!
Peer Community in Evolutionary Biology .
Article dans une revue
voir la publicationHooked on Wolbachia
Peer Community in Evolutionary Biology .
Article dans une revue
voir la publicationThe All-Rounder Sodalis: A New Bacteriome-Associated Endosymbiont of the Lygaeoid Bug Henestaris halophilus (Heteroptera: Henestarinae) and a Critical Examination of Its Evolution
Genome Biology and Evolution . 9 ( 10 ) : 2893-2910
DOI: 10.1093/gbe/evx202
Article dans une revue
voir la publicationThe genomic sequence of Exiguobacterium chiriqhucha str. N139 reveals a species that thrives in cold waters and extreme environmental conditions
PeerJ . 5 : e3162
DOI: 10.7717/peerj.3162
Article dans une revue
voir la publicationSelf and Nonself from a Genomic Perspective: Transposable Elements
Evolutionary Biology: Self/Nonself Evolution, Species and Complex Traits Evolution, Methods and Concepts . 2 ( 5 ) : 111-128
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationAdaptation-adaptabilité : comprendre la réponse adaptative avec pour objectif de la prédire
Prospectives de l’Institut Ecologie et environnement du CNRS : compte-rendu des journées des 22, 23 et 24 février 2017, CNRS, Bordeaux, CNRS . : 127-141
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationIntegrative modeling of gene and genome evolution roots the archaeal tree of life
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 114 ( 23 ) : E4602-E4611
Article dans une revue
voir la publicationTranscriptomic signatures shaped by cell proportions shed light on comparative developmental biology
Genome Biology . 18 : 29
Article dans une revue
voir la publicationComparative Methods for Reconstructing Ancient Genome Organization
Comparative Genomics: Methods and Protocols . : 343 - 362
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationTransposable Element Misregulation Is Linked to the Divergence between Parental piRNA Pathways in Drosophila Hybrids
Genome Biology and Evolution . 9 ( 6 ) : 1450 - 1470
DOI: 10.1093/gbe/evx091
Article dans une revue
voir la publicationAlgorithms for computing the double cut and join distance on both gene order and intergenic sizes
Algorithms for Molecular Biology . 12 : 16 (11 pages)
Article dans une revue
voir la publication