COEVOL Coévolution Multi-Echelles
Les systèmes vivants sont fortement intégrés, avec une multitude de niveaux d'organisation, allant des échelles moléculaires et intracellulaires aux écosystèmes. Les organismes complexes sont eux-mêmes des consortiums de macro et micro-organismes, qui travaillent avec leur hôte pour construire un individu. Pourtant, chacun de ces organismes peut fonctionner et évoluer à court terme selon sa propre logique, éventuellement en conflit avec d'autres niveaux supérieurs ou inférieurs, ou avec d'autres échelles de temps. L'idée autrefois répandue parmi les évolutionnistes selon laquelle la sélection naturelle aboutit à des organismes parfaitement adaptés à leur environnement est maintenant gravement compromise. Non seulement parce que, comme l'explique la reine rouge à Alice, il faut courir sans relâche pour garder sa place dans un environnement changeant, ou parce que l'histoire évolutive passée et le hasard limitent les possibilités d'adaptation actuelle, mais aussi parce que différents niveaux de sélection ont des intérêts qui sont généralement difficiles à concilier.
La coévolution multi-échelles repose les questions classiques de la biologie évolutive
Un exemple particulièrement intéressant est la question de la source des variations héréditaires. Le phénotype des organismes dans une population est influencé non seulement par les variations de leurs génomes nucléaires et mitochondriaux, dont la dynamique fait l'objet de la génétique des populations, mais aussi de plus en plus manifestement par le consortium de microbes et d'éléments génétiques qui constituent son microbiome et son virome. L'hologénome désigne cet assemblage complexe de matériels génétiques, qui obéissent à différentes règles de transmission et à différentes stratégies évolutives. La capacité des symbiotes à manipuler les phénotypes hôtes ou à interférer les uns avec les autres influence la dynamique évolutive de tous les acteurs d'une manière qui est encore mal comprise. De plus, de nouvelles questions se posent, comme l'importance de la co-adaptation dans ces systèmes et leurs conséquences sur le maintien de systèmes biologiques cohésifs.
- La symbiose: une réponse et une source de sélection divergente
En utilisant une variété d'approches combinant évolution expérimentale, données génomiques, fonctionnelles, phénotypiques et comportementales, nous visons à tester si la symbiose facilite la diversification et à caractériser les processus microévolutifs sous-jacents.
- Réseaux écologiques de transfert horizontal de gènes
Nous développons des méthodes originales de détection des transferts de gènes et nous étudions les facteurs qui influencent les voies de transfert de gènes chez les microbes mais aussi chez les insectes.
- L'interaction entre la symbiose, l'infection et l'immunité et ses conséquences évolutives
Nous essayons de comprendre l'interaction intime des hôtes avec des agents pathogènes, des symbiotes et des éléments transposables et comment elle affecte le phénotype étendu de l'hôte.
- Hérédité transgénérationnel et changements d'environnement
Nous essayons de déchiffrer les mécanismes moléculaires qui sous-tendent l'adaptation rapide à l'environnement et de tester l'hérédité transgénérationnel des traits de forme physique.
- Conflits intragénomiques et démographie
Nous développons des modèles pour tester si les changements dans la démographie de l'hôte affectent la dynamique des éléments transposables.
- Le déterminisme de la convergence phénotypique
Nous étudions les bases génomiques de l'évolution phénotypique convergente en particulier dans le cas de l'adaptation des animaux et des plantes à l'augmentation de la température et à la diminution de l'eau.
- Réconcilier l'arbre de vie
Nous développons des méthodes phylogénétiques pour «réconcilier» les histoires de gènes / espèces ou d'hôtes / symbiotes. Et nous utilisons ces méthodes pour explorer la majeure partie des espèces éteintes ou non décrites et l'histoire de l'association des microbes symbiotiques avec leurs hôtes.
- Intégrer les méthodes
Les méthodes que nous utilisons pour aborder les questions soulevées par la co-évolution multi-échelles vont de la théorie, de la modélisation et de la simulation à l'analyse de big data, en laboratoire (notamment sur les insectes), et dans une moindre mesure, aux activités de terrain.
- Implication de la recherche, responsabilité des chercheurs et sciences citoyennes
De par nos recherches (dont certaines ont des conséquences immédiates sur la santé, l'agriculture et l'écologie) et nos préoccupations sur la responsabilité des scientifiques dans la société, nous nous engageons à promouvoir une recherche «implicative». La position implicative signifie que nous essayons de travailler sur le lien entre science et société, non seulement à travers une communication unidirectionnelle, appliquant ou expliquant notre science, mais aussi en favorisant des discussions précoces avec les citoyens sur des projets de recherche, qui peuvent influencer nos orientations de recherche.
Publications
Affichage des publications 121 à 150 sur 675 au total
The Toxin–Antidote Model of Cytoplasmic Incompatibility: Genetics and Evolutionary Implications
Trends in Genetics . 35 ( 3 ) : 175-185
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voir la publicationTanglegrams Are Misleading for Visual Evaluation of Tree Congruence
Molecular Biology and Evolution . 36 ( 1 ) : 174-176
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voir la publicationGene tree reconciliation including transfers with replacement is NP-hard and FPT
Journal of Combinatorial Optimization . 38 ( 2 ) : 502–544
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voir la publicationGene tree species tree reconciliation with gene conversion
Journal of Mathematical Biology . 78 ( 6 ) : 1981–2014
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voir la publicationGC-biased gene conversion conceals the prediction of the nearly neutral theory in avian genomes
Genome Biology . 20 ( 1 )
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voir la publicationCAARS: comparative assembly and annotation of RNA-Seq data
Bioinformatics . 35 ( 13 ) : 2199-2207
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voir la publicationDetecting adaptive convergent amino acid evolution
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 374 ( 1777 ) : 1-11
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voir la publicationWidespread Wolbachia infection in an insular radiation of damselflies (odonata, coenagrionidae)
Scientific Reports .
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voir la publicationGene transfers can date the tree of life
Nature Ecology & Evolution . 2 ( 5 ) : 904-909
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voir la publicationTick-Bacteria Mutualism Depends on B Vitamin Synthesis Pathways
Current Biology - CB . 28 ( 12 ) : 1896 - 1902.e5
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voir la publicationCancer Is Not (Only) a Senescence Problem
Trends in Cancer . 4 ( 3 ) : 169 - 172
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voir la publicationAbundance of Bemisia tabaci Gennadius (Hemiptera: Aleyrodidae) and its parasitoids on vegetables and cassava plants in Burkina Faso (West Africa)
Ecology and Evolution . 8 ( 12 ) : 6091-6103
DOI: 10.1002/ece3.4078
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voir la publicationBack and forth Wolbachia transfers reveal efficient strains to control spotted wing drosophila populations
Journal of Applied Ecology . 55 ( 5 ) : 2408-2418
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voir la publicationThe somatic piRNA pathway controls germline transposition over generations
Nucleic Acids Research . 46 ( 18 ) : 9524 - 9536
DOI: 10.1093/nar/gky761
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voir la publicationComparing 16S rDNA amplicon sequencing and hybridization capture for pea aphid microbiota diversity analysis
BMC Research Notes . 11 ( 1 ) : 461
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voir la publicationFlower flies (Diptera, Syrphidae) of French Polynesia, with the description of two new species
European Journal of Taxonomy . ( 448 ) : 1-37
DOI: 10.5852/ejt.2018.448
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voir la publicationCoexistence of two sympatric cryptic bat species in French Guiana: insights from genetic, acoustic and ecological data
BMC Evolutionary Biology . 18 ( 1 )
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voir la publicationCoexistence de deux espèces cryptiques de chauves-souris en Guyane française : apprentissages à partir de la génétique de l’acoustique et de l’écologie
Plume de Naturalistes . 2 : 169-190
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voir la publicationCo-occurrence among three divergent plant-castrating fungi in the same Silene host species
Molecular Ecology . 27 ( 16 ) : 3357 - 3370
DOI: 10.1111/mec.14805
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voir la publicationGearing up to handle the mosaic nature of life in the quest for orthologs
Bioinformatics . 34 ( 2 ) : 323-329
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voir la publicationPopulation specific dynamics and selection patterns of transposable element insertions in European natural populations
Molecular Ecology . : 1-17
DOI: 10.1111/mec.14963
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voir la publicationStress affects the epigenetic marks added by natural transposable element insertions in Drosophila melanogaster
Scientific Reports . 8 ( 1 ) : 1-10
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voir la publicationInvolvement of a host Cathepsin L in symbiont-induced cell death
MicrobiologyOpen . 7 ( 5 )
DOI: 10.1002/mbo3.632
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voir la publicationUnbiased Estimate of Synonymous and Nonsynonymous Substitution Rates with Nonstationary Base Composition
Molecular Biology and Evolution . 35 ( 3 ) : 734-742
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voir la publicationRecPhyloXML: a format for reconciled gene trees
Bioinformatics . 34 ( 21 ) : 3646-3652
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voir la publicationOvertraining often results in topologically incorrect species trees with maximum likelihood methods
DOI: 10.1101/140780
Pré-publication
voir la publicationA behavior-manipulating virus relative as a source of adaptive genes for parasitoid wasps
Pré-publication
voir la publicationDeciphering the behaviour manipulation imposed by a virus on its parasitoid host: insights from a dual transcriptomic approach
Parasitology . 145 ( 14 ) : 1979-1989
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voir la publicationImpact of pest management practices on the frequency of insecticide resistance alleles in Bemisia tabaci (Hemiptera: Aleyrodidae) populations in three countries of West Africa
Crop Protection . 104 : 86 - 91
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