COEVOL Coévolution Multi-Echelles
Les systèmes vivants sont fortement intégrés, avec une multitude de niveaux d'organisation, allant des échelles moléculaires et intracellulaires aux écosystèmes. Les organismes complexes sont eux-mêmes des consortiums de macro et micro-organismes, qui travaillent avec leur hôte pour construire un individu. Pourtant, chacun de ces organismes peut fonctionner et évoluer à court terme selon sa propre logique, éventuellement en conflit avec d'autres niveaux supérieurs ou inférieurs, ou avec d'autres échelles de temps. L'idée autrefois répandue parmi les évolutionnistes selon laquelle la sélection naturelle aboutit à des organismes parfaitement adaptés à leur environnement est maintenant gravement compromise. Non seulement parce que, comme l'explique la reine rouge à Alice, il faut courir sans relâche pour garder sa place dans un environnement changeant, ou parce que l'histoire évolutive passée et le hasard limitent les possibilités d'adaptation actuelle, mais aussi parce que différents niveaux de sélection ont des intérêts qui sont généralement difficiles à concilier.
La coévolution multi-échelles repose les questions classiques de la biologie évolutive
Un exemple particulièrement intéressant est la question de la source des variations héréditaires. Le phénotype des organismes dans une population est influencé non seulement par les variations de leurs génomes nucléaires et mitochondriaux, dont la dynamique fait l'objet de la génétique des populations, mais aussi de plus en plus manifestement par le consortium de microbes et d'éléments génétiques qui constituent son microbiome et son virome. L'hologénome désigne cet assemblage complexe de matériels génétiques, qui obéissent à différentes règles de transmission et à différentes stratégies évolutives. La capacité des symbiotes à manipuler les phénotypes hôtes ou à interférer les uns avec les autres influence la dynamique évolutive de tous les acteurs d'une manière qui est encore mal comprise. De plus, de nouvelles questions se posent, comme l'importance de la co-adaptation dans ces systèmes et leurs conséquences sur le maintien de systèmes biologiques cohésifs.
- La symbiose: une réponse et une source de sélection divergente
En utilisant une variété d'approches combinant évolution expérimentale, données génomiques, fonctionnelles, phénotypiques et comportementales, nous visons à tester si la symbiose facilite la diversification et à caractériser les processus microévolutifs sous-jacents.
- Réseaux écologiques de transfert horizontal de gènes
Nous développons des méthodes originales de détection des transferts de gènes et nous étudions les facteurs qui influencent les voies de transfert de gènes chez les microbes mais aussi chez les insectes.
- L'interaction entre la symbiose, l'infection et l'immunité et ses conséquences évolutives
Nous essayons de comprendre l'interaction intime des hôtes avec des agents pathogènes, des symbiotes et des éléments transposables et comment elle affecte le phénotype étendu de l'hôte.
- Hérédité transgénérationnel et changements d'environnement
Nous essayons de déchiffrer les mécanismes moléculaires qui sous-tendent l'adaptation rapide à l'environnement et de tester l'hérédité transgénérationnel des traits de forme physique.
- Conflits intragénomiques et démographie
Nous développons des modèles pour tester si les changements dans la démographie de l'hôte affectent la dynamique des éléments transposables.
- Le déterminisme de la convergence phénotypique
Nous étudions les bases génomiques de l'évolution phénotypique convergente en particulier dans le cas de l'adaptation des animaux et des plantes à l'augmentation de la température et à la diminution de l'eau.
- Réconcilier l'arbre de vie
Nous développons des méthodes phylogénétiques pour «réconcilier» les histoires de gènes / espèces ou d'hôtes / symbiotes. Et nous utilisons ces méthodes pour explorer la majeure partie des espèces éteintes ou non décrites et l'histoire de l'association des microbes symbiotiques avec leurs hôtes.
- Intégrer les méthodes
Les méthodes que nous utilisons pour aborder les questions soulevées par la co-évolution multi-échelles vont de la théorie, de la modélisation et de la simulation à l'analyse de big data, en laboratoire (notamment sur les insectes), et dans une moindre mesure, aux activités de terrain.
- Implication de la recherche, responsabilité des chercheurs et sciences citoyennes
De par nos recherches (dont certaines ont des conséquences immédiates sur la santé, l'agriculture et l'écologie) et nos préoccupations sur la responsabilité des scientifiques dans la société, nous nous engageons à promouvoir une recherche «implicative». La position implicative signifie que nous essayons de travailler sur le lien entre science et société, non seulement à travers une communication unidirectionnelle, appliquant ou expliquant notre science, mais aussi en favorisant des discussions précoces avec les citoyens sur des projets de recherche, qui peuvent influencer nos orientations de recherche.
Publications
Affichage des publications 151 à 180 sur 766 au total
Combining sterile and incompatible insect techniques for the population suppression of Drosophila suzukii
Journal of Pest Science . 93 ( 2 ) : 647 - 661
Article dans une revue
voir la publicationHow consistent is RAD‐seq divergence with DNA‐barcode based clustering in insects?
Molecular Ecology Resources . 20 ( 5 ) : 1294-1298
Article dans une revue
voir la publicationAncestral Genome Organization as a Diagnosis Tool for Phylogenomics
Phylogenetics in the Genomic Era . : 2.5:1--2.5:19
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationHomology-Free Detection of Transposable Elements Unveils Their Dynamics in Three Ecologically Distinct Rhodnius Species
Genes . 11 ( 2 ) : 170
Article dans une revue
voir la publicationStress & Symbiosis: Heads or Tails?
Frontiers in Ecology and Evolution . : 1-9
Article dans une revue
voir la publicationY chromosome makes fruit flies die younger
Peer Community In Evolutionary Biology . : 100105
Autre publication
voir la publicationDGINN, an automated and highly-flexible pipeline for the detection of genetic innovations on protein-coding genes
Nucleic Acids Research . 48 ( 18 ) : e103-e103
DOI: 10.1093/nar/gkaa680
Article dans une revue
voir la publicationA behavior-manipulating virus relative as a source of adaptive genes for Drosophila parasitoids
Molecular Biology and Evolution . 37 ( 10 ) : 2791-2807
Article dans une revue
voir la publicationExperimental evolution of virulence and associated traits in a Drosophila melanogaster - Wolbachia symbiosis
Peer Community In Evolutionary Biology . : e9
DOI: 10.24072/pcjournal.9
Article dans une revue
voir la publicationInsects and incest: Sib‐mating tolerance in natural populations of a parasitoid wasp
Molecular Ecology . 29 ( 3 ) : 596-609
DOI: 10.1111/mec.15340
Article dans une revue
voir la publicationTransposable elements in Drosophila
Mobile DNA . 11 ( 1 )
Article dans une revue
voir la publicationA transposon story : from TE content to TE dynamic invasion of Drosophila genomes using the single-molecule sequencing technology from Oxford Nanopore
Cells . 9 ( 8 ) : 1776
DOI: 10.3390/cells9081776
Article dans une revue
voir la publicationViral infection impacts transposable element transcript amounts in Drosophila
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 117 ( 22 ) : 12249-12257
Article dans une revue
voir la publicationSyndrome de Klinefelter, rôle du chromosome Y dans l’espérance de vie humaine ?
36ème Congrès de la Société Française d'Endocrinologie (SFE Marseille 2020) . 81 ( 4 ) : 194
Acte de congrès
voir la publicationWolbachia host shifts: routes, mechanisms, constraints and evolutionary consequences
Biological Reviews .
DOI: 10.1111/brv.12663
Article dans une revue
voir la publicationL’épistémologie des sciences biologiques et géologiques : une occasion d’enseigner l’incertitude ?
Raisons éducatives . N°24
Article dans une revue
voir la publicationGenome Evolution: Mutation Is the Main Driver of Genome Size in Prokaryotes
Current Biology . 30 ( 19 ) : R1083-R1085
Article dans une revue
voir la publicationEvolutionary superscaffolding and chromosome anchoring to improve Anopheles genome assemblies
BMC Biology . 18 ( 1 ) : 1-20
Article dans une revue
voir la publicationDrosophila suzukii oxidative stress response involves Jheh gene cluster but not transposable elements
Pré-publication
voir la publicationBiological Invasion: The Influence of the Hidden Side of the (Epi)Genome
Functional Ecology . 34 ( 2 ) : 385-400
Article dans une revue
voir la publicationChromosomal resolution reveals symbiotic virus colonization of parasitic wasp genomes
Pré-publication
voir la publicationSome evolutionary insights into an accidental homing endonuclease passage from mitochondria to the nucleus
Peer Community In Evolutionary Biology . : 100101
Autre publication
voir la publicationDéveloppement d’approches métabolomiques pour étudier la contribution des symbiotes à l’exploitation et à la spécialisation de niche de Bemisia tabaci, insecte invasif ravageur de cultures
Journées d’échanges - Fédération BioEnvironnement et Santé .
Poster
voir la publicationHigh frequency of horizontal transfer in Jockey families (LINE order) of drosophilids
Mobile DNA . 10 ( 1 )
Article dans une revue
voir la publicationTransposable element dynamics and regulation in a major crop pest: Sitophilus oryzae.
Congrès national sur les éléments transposables .
Poster
voir la publicationDiscovering the link between insect symbiosis and transposable elements.
Crossroads between transposons and gene regulation .
Poster
voir la publicationInfluence of bacterial symbionts on host niche and ecological diversification: a metabolic approach in a whitefly model.
Auvergne Rhône-Alpes Regional Workshop on Microbiome .
Poster
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