COEVOL Coévolution Multi-Echelles
Les systèmes vivants sont fortement intégrés, avec une multitude de niveaux d'organisation, allant des échelles moléculaires et intracellulaires aux écosystèmes. Les organismes complexes sont eux-mêmes des consortiums de macro et micro-organismes, qui travaillent avec leur hôte pour construire un individu. Pourtant, chacun de ces organismes peut fonctionner et évoluer à court terme selon sa propre logique, éventuellement en conflit avec d'autres niveaux supérieurs ou inférieurs, ou avec d'autres échelles de temps. L'idée autrefois répandue parmi les évolutionnistes selon laquelle la sélection naturelle aboutit à des organismes parfaitement adaptés à leur environnement est maintenant gravement compromise. Non seulement parce que, comme l'explique la reine rouge à Alice, il faut courir sans relâche pour garder sa place dans un environnement changeant, ou parce que l'histoire évolutive passée et le hasard limitent les possibilités d'adaptation actuelle, mais aussi parce que différents niveaux de sélection ont des intérêts qui sont généralement difficiles à concilier.
La coévolution multi-échelles repose les questions classiques de la biologie évolutive
Un exemple particulièrement intéressant est la question de la source des variations héréditaires. Le phénotype des organismes dans une population est influencé non seulement par les variations de leurs génomes nucléaires et mitochondriaux, dont la dynamique fait l'objet de la génétique des populations, mais aussi de plus en plus manifestement par le consortium de microbes et d'éléments génétiques qui constituent son microbiome et son virome. L'hologénome désigne cet assemblage complexe de matériels génétiques, qui obéissent à différentes règles de transmission et à différentes stratégies évolutives. La capacité des symbiotes à manipuler les phénotypes hôtes ou à interférer les uns avec les autres influence la dynamique évolutive de tous les acteurs d'une manière qui est encore mal comprise. De plus, de nouvelles questions se posent, comme l'importance de la co-adaptation dans ces systèmes et leurs conséquences sur le maintien de systèmes biologiques cohésifs.
- La symbiose: une réponse et une source de sélection divergente
En utilisant une variété d'approches combinant évolution expérimentale, données génomiques, fonctionnelles, phénotypiques et comportementales, nous visons à tester si la symbiose facilite la diversification et à caractériser les processus microévolutifs sous-jacents.
- Réseaux écologiques de transfert horizontal de gènes
Nous développons des méthodes originales de détection des transferts de gènes et nous étudions les facteurs qui influencent les voies de transfert de gènes chez les microbes mais aussi chez les insectes.
- L'interaction entre la symbiose, l'infection et l'immunité et ses conséquences évolutives
Nous essayons de comprendre l'interaction intime des hôtes avec des agents pathogènes, des symbiotes et des éléments transposables et comment elle affecte le phénotype étendu de l'hôte.
- Hérédité transgénérationnel et changements d'environnement
Nous essayons de déchiffrer les mécanismes moléculaires qui sous-tendent l'adaptation rapide à l'environnement et de tester l'hérédité transgénérationnel des traits de forme physique.
- Conflits intragénomiques et démographie
Nous développons des modèles pour tester si les changements dans la démographie de l'hôte affectent la dynamique des éléments transposables.
- Le déterminisme de la convergence phénotypique
Nous étudions les bases génomiques de l'évolution phénotypique convergente en particulier dans le cas de l'adaptation des animaux et des plantes à l'augmentation de la température et à la diminution de l'eau.
- Réconcilier l'arbre de vie
Nous développons des méthodes phylogénétiques pour «réconcilier» les histoires de gènes / espèces ou d'hôtes / symbiotes. Et nous utilisons ces méthodes pour explorer la majeure partie des espèces éteintes ou non décrites et l'histoire de l'association des microbes symbiotiques avec leurs hôtes.
- Intégrer les méthodes
Les méthodes que nous utilisons pour aborder les questions soulevées par la co-évolution multi-échelles vont de la théorie, de la modélisation et de la simulation à l'analyse de big data, en laboratoire (notamment sur les insectes), et dans une moindre mesure, aux activités de terrain.
- Implication de la recherche, responsabilité des chercheurs et sciences citoyennes
De par nos recherches (dont certaines ont des conséquences immédiates sur la santé, l'agriculture et l'écologie) et nos préoccupations sur la responsabilité des scientifiques dans la société, nous nous engageons à promouvoir une recherche «implicative». La position implicative signifie que nous essayons de travailler sur le lien entre science et société, non seulement à travers une communication unidirectionnelle, appliquant ou expliquant notre science, mais aussi en favorisant des discussions précoces avec les citoyens sur des projets de recherche, qui peuvent influencer nos orientations de recherche.
Publications
Affichage des publications 571 à 600 sur 768 au total
High Genetic Differentiation between the M and S Molecular Forms of Anopheles gambiae in Africa
PLoS ONE . 3 : 1-7
Article dans une revue
voir la publicationYou can`t keep a good parasite down: evolution of a male-killer suppressor uncovers cytoplasmic incompatibility
Evolution international journal of organic evolution . 62 : 1258-1263
Article dans une revue
voir la publicationExploring the Solution Space of Sorting by Reversals, with Experiments and an Application to Evolution
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics . 5 ( 3 ) : 348-356
DOI: 10.1109/TCBB.2008.16
Article dans une revue
voir la publicationPrecise detection of rearrangement breakpoints in mammalian chromosomes
: 26
Rapport
voir la publicationPrédiction de synténies dans le génome ancestral des amniotes
Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématiques, JOBIM 2008 . : 141-148
Acte de congrès
voir la publicationPerfect DCJ rearrangement
RECOMB-CG: Comparative Genomics . LNCS ( 5267 ) : 158-169
Acte de congrès
voir la publicationAdvances on Stochastic Local Search Algorithms for the Genomic Median Problem
International Conference on Metaheuristics and Nature Inspired Computing (META) . 4872 : 266-276
Acte de congrès
voir la publicationMultichromosomal Genome Median and Halving Problems
International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI) . 5251 : 1-13
Acte de congrès
voir la publicationA Methodological Framework for the Reconstruction of Contiguous Regions of Ancestral Genomes and Its Application to Mammalian Genomes
PLoS Computational Biology . 4 : 391-410
Article dans une revue
voir la publicationSorting Signed Permutations by Reversal (Reversal Sequence) 2004; Tannier Sagot
incollection . -- : 860-863
Article dans une revue
voir la publicationThe heterochromatic copies of the LTR retrotransposons as a record of the genomic events that have shaped the Drosophila melanogaster genome
Gene . 411 : 87-93
Article dans une revue
voir la publicationLosing helena: The extinction of a drosophila line-like element
BMC Genomics . 9 : 1-11
Article dans une revue
voir la publicationIn response to comment on ‘A congruence index for testing topological similarity between trees’
Bioinformatics . 25 ( 1 ) : 150--151
Article dans une revue
voir la publicationIntense transpositional activity of insertion sequences in an ancient obligate endosymbiont
Molecular Biology and Evolution . 25 ( 9 ) : 1889-1896
Article dans une revue
voir la publicationIs symbiosis evolution influenced by the pleiotropic role of programmed cell death in immunity an development ?
Insect Symbiosis . 3 : 57-76
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationMesophilic crenarchaeota: proposal for a third archaeal phylum, the Thaumarchaeota.
Nature Reviews Microbiology . 6 ( 3 ) : 245-252
DOI: 10.1038/nrmicro1852
Article dans une revue
voir la publicationAccounting for horizontal gene transfers explains conflicting hypotheses regarding the position of aquificales in the phylogeny of Bacteria
BMC Evolutionary Biology . 8 : 272-272
Article dans une revue
voir la publicationNon-homogeneous models of sequence evolution in the Bio++ suite of libraries and programs
BMC Evolutionary Biology . 8:255 : 31-42
Article dans une revue
voir la publicationPhylogenetic Characterization and Prevalence of “Spirobacillus cienkowskii ” a Red-Pigmented Spiral-Shaped Bacterial Pathogen of Freshwater Daphnia Species
Applied and Environmental Microbiology . 74 : 1575-1582
Article dans une revue
voir la publicationThe effects of multiple infections on the expression and evolution of virulence in a daphnia-endoparasite system
Evolution - International Journal of Organic Evolution . 62-7 : 1700-1711
Article dans une revue
voir la publicationSpeciation in fungi
Fungal Genetics and Biology . 45 ( 6 ) : 791--802
Article dans une revue
voir la publicationDémasquage des gènes spécifiques d'une espèce génomique du complexeAgrobacterium tumefaciens par AFLP et multicapteur à ADN
7. Colloque national du Bureau des Ressources Génétiques . 7
Acte de congrès
voir la publicationDealing with incongruence in phylogenomic analyses
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . -- : 1233-1241
Article dans une revue
voir la publicationPrecise detection of rearrangement breakpoints in mammalian chromosomes
BMC Bioinformatics . 9 ( 1 ) : 286
Article dans une revue
voir la publicationReactive Stochastic Local Search Algorithms for the Genomic Median Problem
European Conference on Evolutionary Computation in Combinatorial Optimization (EvoCOP) . 4972 : 266-276
Acte de congrès
voir la publicationA Methodological Framework for the Reconstruction of Contiguous Regions of Ancestral Genomes and its Application to Mammalian Genomes
: 26
Rapport
voir la publicationMating system and recombination affect molecular evolution in four Triticeae species
Genetics Research . 90 : 97-109
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voir la publicationMating system and recombination affect molecular evolution in four Triticeae species
Genetics Research . 90 ( 1 ) : 97-109
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voir la publicationParallel Adaptations to High Temperatures in the Archean Eon
Nature . 456 ( 7224 ) : 942-945
DOI: 10.1038/nature07393
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