COEVOL Coévolution Multi-Echelles
Les systèmes vivants sont fortement intégrés, avec une multitude de niveaux d'organisation, allant des échelles moléculaires et intracellulaires aux écosystèmes. Les organismes complexes sont eux-mêmes des consortiums de macro et micro-organismes, qui travaillent avec leur hôte pour construire un individu. Pourtant, chacun de ces organismes peut fonctionner et évoluer à court terme selon sa propre logique, éventuellement en conflit avec d'autres niveaux supérieurs ou inférieurs, ou avec d'autres échelles de temps. L'idée autrefois répandue parmi les évolutionnistes selon laquelle la sélection naturelle aboutit à des organismes parfaitement adaptés à leur environnement est maintenant gravement compromise. Non seulement parce que, comme l'explique la reine rouge à Alice, il faut courir sans relâche pour garder sa place dans un environnement changeant, ou parce que l'histoire évolutive passée et le hasard limitent les possibilités d'adaptation actuelle, mais aussi parce que différents niveaux de sélection ont des intérêts qui sont généralement difficiles à concilier.
La coévolution multi-échelles repose les questions classiques de la biologie évolutive
Un exemple particulièrement intéressant est la question de la source des variations héréditaires. Le phénotype des organismes dans une population est influencé non seulement par les variations de leurs génomes nucléaires et mitochondriaux, dont la dynamique fait l'objet de la génétique des populations, mais aussi de plus en plus manifestement par le consortium de microbes et d'éléments génétiques qui constituent son microbiome et son virome. L'hologénome désigne cet assemblage complexe de matériels génétiques, qui obéissent à différentes règles de transmission et à différentes stratégies évolutives. La capacité des symbiotes à manipuler les phénotypes hôtes ou à interférer les uns avec les autres influence la dynamique évolutive de tous les acteurs d'une manière qui est encore mal comprise. De plus, de nouvelles questions se posent, comme l'importance de la co-adaptation dans ces systèmes et leurs conséquences sur le maintien de systèmes biologiques cohésifs.
- La symbiose: une réponse et une source de sélection divergente
En utilisant une variété d'approches combinant évolution expérimentale, données génomiques, fonctionnelles, phénotypiques et comportementales, nous visons à tester si la symbiose facilite la diversification et à caractériser les processus microévolutifs sous-jacents.
- Réseaux écologiques de transfert horizontal de gènes
Nous développons des méthodes originales de détection des transferts de gènes et nous étudions les facteurs qui influencent les voies de transfert de gènes chez les microbes mais aussi chez les insectes.
- L'interaction entre la symbiose, l'infection et l'immunité et ses conséquences évolutives
Nous essayons de comprendre l'interaction intime des hôtes avec des agents pathogènes, des symbiotes et des éléments transposables et comment elle affecte le phénotype étendu de l'hôte.
- Hérédité transgénérationnel et changements d'environnement
Nous essayons de déchiffrer les mécanismes moléculaires qui sous-tendent l'adaptation rapide à l'environnement et de tester l'hérédité transgénérationnel des traits de forme physique.
- Conflits intragénomiques et démographie
Nous développons des modèles pour tester si les changements dans la démographie de l'hôte affectent la dynamique des éléments transposables.
- Le déterminisme de la convergence phénotypique
Nous étudions les bases génomiques de l'évolution phénotypique convergente en particulier dans le cas de l'adaptation des animaux et des plantes à l'augmentation de la température et à la diminution de l'eau.
- Réconcilier l'arbre de vie
Nous développons des méthodes phylogénétiques pour «réconcilier» les histoires de gènes / espèces ou d'hôtes / symbiotes. Et nous utilisons ces méthodes pour explorer la majeure partie des espèces éteintes ou non décrites et l'histoire de l'association des microbes symbiotiques avec leurs hôtes.
- Intégrer les méthodes
Les méthodes que nous utilisons pour aborder les questions soulevées par la co-évolution multi-échelles vont de la théorie, de la modélisation et de la simulation à l'analyse de big data, en laboratoire (notamment sur les insectes), et dans une moindre mesure, aux activités de terrain.
- Implication de la recherche, responsabilité des chercheurs et sciences citoyennes
De par nos recherches (dont certaines ont des conséquences immédiates sur la santé, l'agriculture et l'écologie) et nos préoccupations sur la responsabilité des scientifiques dans la société, nous nous engageons à promouvoir une recherche «implicative». La position implicative signifie que nous essayons de travailler sur le lien entre science et société, non seulement à travers une communication unidirectionnelle, appliquant ou expliquant notre science, mais aussi en favorisant des discussions précoces avec les citoyens sur des projets de recherche, qui peuvent influencer nos orientations de recherche.
Publications
Affichage des publications 541 à 570 sur 698 au total
The solution space of sorting by reversals
3rd International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (ISBRA 2007) . 4463 : 293-304
Acte de congrès
voir la publicationEvolution under Reversals: Parsimony and Conservation of Common Intervals
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics . 4 : 301-309
Article dans une revue
voir la publicationAdvances on sorting by reversals
Discrete Applied Mathematics . 155 : 881-888
Article dans une revue
voir la publicationThéorie des Codes : compression, cryptage, correction
9782100506927 : 352
Ouvrage
voir la publicationGrinding up wheat: A massive loss of nucleotide diversity since domestication
Molecular Biology and Evolution . 24 ( 7 ) : 1506-1517
Article dans une revue
voir la publicationThe effects of age at mating on female life-history traits in a seed beetle
Behavioral Ecology . 18 : 551-555
Article dans une revue
voir la publicationHorizontal Gene Transfer Regulation in Bacteria as a ‘‘Spandrel'' of DNA Repair Mechanisms
PLoS ONE . 2 ( 10 ) : e1055-e1066
Article dans une revue
voir la publicationA congruence index for testing topological similarity between trees
Bioinformatics . 23 ( 23 ) : 3119--3124
Article dans une revue
voir la publicationMareyMap: an R-based tool with graphical interface for estimating recombination rates
Bioinformatics . 23 : 2188-2189
Article dans une revue
voir la publicationThe Sublethal Effects of Pesticides on Beneficial Arthropods
Annual Review of Entomology . 52 : 81-106
Article dans une revue
voir la publicationInteraction between host genotype and environmental conditions affects bacterial density in Wolbachia symbiosis
Biology Letters . 3 : 210-213
Article dans une revue
voir la publicationReverse Arrangement of rRNA Subunits in the Microsporidium Glugoides intestinalis
Journal of Eukaryotic Microbiology . 54 : 83-85
Article dans une revue
voir la publicationInsertion polymorphism of transposable elements and population structure of Anopheles gambiae M and S molecular forms in Cameroon
Molecular Ecology . 16 : 441-452
Article dans une revue
voir la publicationDisrupting the timing of Wolbachia-induced male-killing
Biology Letters . 3 : 154-156
Article dans une revue
voir la publicationWhen can host shifts produce congruent host and parasite phylogenies? A simulation approach
Journal of Evolutionary Biology . 20 ( 4 ) : 1428--1438
Article dans une revue
voir la publicationComparative genomics and the evolution of prokaryotes
Trends in Microbiology . 15 : 135-141
Article dans une revue
voir la publicationGenome characteristics of facultatively symbiotic Frankia sp. strains reflect host range and host plant biogeography
Genome Research . 17 : 7-15
DOI: 10.1101/gr.5798407
Article dans une revue
voir la publicationGrinding up wheat: a massive loss of nucleotide diversity since domestication
Molecular Biology and Evolution . 24 : 1506-1517
Article dans une revue
voir la publicationMitspieler der Evolution
Spektrum der Wissenschaft . S44 : 44-49
Article dans une revue
voir la publicationEffective Stochastic Local Search Algorithms for the Genomic Median Problem
Doctoral Symposium on Engineering Stochastic Local Search Algorithms (SLS-DS) . : 1-5
Acte de congrès
voir la publicationImpacts d’événements démographiques et sélectifs sur la diversité des plantes cultivées: apports de l’analyse du polymorphisme alliée à la théorie de la coalescence
Actes du BRG . 6 : 243-257
Article dans une revue
voir la publicationA Markovian Approach for the Analysis of the Gene Structure
Prague stringology conference . 19 ( 1 ) : 19-35
Acte de congrès
voir la publicationA computational prediction of isochores based on hidden Markov models
Gene . 385 : 41-49
Article dans une revue
voir la publicationArtifical transfer and morphological description of virus particles associated with superparasitism behaviour in a parasitoid wasp.
Journal of Insect Physiology . 52 ( 11-12 ) : 1202-1212
Article dans une revue
voir la publicationSuperparasitism evolution: adaptation or manipulation?
The American Naturalist . 167 ( 1 ) : E1-E22
DOI: 10.1086/498398
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voir la publicationThe virus infecting the parasitoid Leptopilina boulardi exerts a specific action on superparasitism behaviour
Parasitology . 132 : 747-756
Article dans une revue
voir la publicationEfficient Likelihood Computations with Nonreversible Models of Evolution
Systematic Biology . 55 ( 5 ) : 756-768
Article dans une revue
voir la publicationOngoing loss of the tirant transposable element in natural populations of Drosophila simulans
Gene . 375 : 54-62
Article dans une revue
voir la publicationDifferences in genome size between closely related species: the Drosophila melanogaster species subgroup.
Molecular Biology and Evolution . 23 ( 1 ) : 162-7
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