COEVOL Coévolution Multi-Echelles
Les systèmes vivants sont fortement intégrés, avec une multitude de niveaux d'organisation, allant des échelles moléculaires et intracellulaires aux écosystèmes. Les organismes complexes sont eux-mêmes des consortiums de macro et micro-organismes, qui travaillent avec leur hôte pour construire un individu. Pourtant, chacun de ces organismes peut fonctionner et évoluer à court terme selon sa propre logique, éventuellement en conflit avec d'autres niveaux supérieurs ou inférieurs, ou avec d'autres échelles de temps. L'idée autrefois répandue parmi les évolutionnistes selon laquelle la sélection naturelle aboutit à des organismes parfaitement adaptés à leur environnement est maintenant gravement compromise. Non seulement parce que, comme l'explique la reine rouge à Alice, il faut courir sans relâche pour garder sa place dans un environnement changeant, ou parce que l'histoire évolutive passée et le hasard limitent les possibilités d'adaptation actuelle, mais aussi parce que différents niveaux de sélection ont des intérêts qui sont généralement difficiles à concilier.
La coévolution multi-échelles repose les questions classiques de la biologie évolutive
Un exemple particulièrement intéressant est la question de la source des variations héréditaires. Le phénotype des organismes dans une population est influencé non seulement par les variations de leurs génomes nucléaires et mitochondriaux, dont la dynamique fait l'objet de la génétique des populations, mais aussi de plus en plus manifestement par le consortium de microbes et d'éléments génétiques qui constituent son microbiome et son virome. L'hologénome désigne cet assemblage complexe de matériels génétiques, qui obéissent à différentes règles de transmission et à différentes stratégies évolutives. La capacité des symbiotes à manipuler les phénotypes hôtes ou à interférer les uns avec les autres influence la dynamique évolutive de tous les acteurs d'une manière qui est encore mal comprise. De plus, de nouvelles questions se posent, comme l'importance de la co-adaptation dans ces systèmes et leurs conséquences sur le maintien de systèmes biologiques cohésifs.
- La symbiose: une réponse et une source de sélection divergente
En utilisant une variété d'approches combinant évolution expérimentale, données génomiques, fonctionnelles, phénotypiques et comportementales, nous visons à tester si la symbiose facilite la diversification et à caractériser les processus microévolutifs sous-jacents.
- Réseaux écologiques de transfert horizontal de gènes
Nous développons des méthodes originales de détection des transferts de gènes et nous étudions les facteurs qui influencent les voies de transfert de gènes chez les microbes mais aussi chez les insectes.
- L'interaction entre la symbiose, l'infection et l'immunité et ses conséquences évolutives
Nous essayons de comprendre l'interaction intime des hôtes avec des agents pathogènes, des symbiotes et des éléments transposables et comment elle affecte le phénotype étendu de l'hôte.
- Hérédité transgénérationnel et changements d'environnement
Nous essayons de déchiffrer les mécanismes moléculaires qui sous-tendent l'adaptation rapide à l'environnement et de tester l'hérédité transgénérationnel des traits de forme physique.
- Conflits intragénomiques et démographie
Nous développons des modèles pour tester si les changements dans la démographie de l'hôte affectent la dynamique des éléments transposables.
- Le déterminisme de la convergence phénotypique
Nous étudions les bases génomiques de l'évolution phénotypique convergente en particulier dans le cas de l'adaptation des animaux et des plantes à l'augmentation de la température et à la diminution de l'eau.
- Réconcilier l'arbre de vie
Nous développons des méthodes phylogénétiques pour «réconcilier» les histoires de gènes / espèces ou d'hôtes / symbiotes. Et nous utilisons ces méthodes pour explorer la majeure partie des espèces éteintes ou non décrites et l'histoire de l'association des microbes symbiotiques avec leurs hôtes.
- Intégrer les méthodes
Les méthodes que nous utilisons pour aborder les questions soulevées par la co-évolution multi-échelles vont de la théorie, de la modélisation et de la simulation à l'analyse de big data, en laboratoire (notamment sur les insectes), et dans une moindre mesure, aux activités de terrain.
- Implication de la recherche, responsabilité des chercheurs et sciences citoyennes
De par nos recherches (dont certaines ont des conséquences immédiates sur la santé, l'agriculture et l'écologie) et nos préoccupations sur la responsabilité des scientifiques dans la société, nous nous engageons à promouvoir une recherche «implicative». La position implicative signifie que nous essayons de travailler sur le lien entre science et société, non seulement à travers une communication unidirectionnelle, appliquant ou expliquant notre science, mais aussi en favorisant des discussions précoces avec les citoyens sur des projets de recherche, qui peuvent influencer nos orientations de recherche.
Publications
Affichage des publications 481 à 510 sur 749 au total
Yeast ancestral genome reconstructions: the possibilities of computational methods II.
Journal of Computational Biology . 17 ( 9 ) : 1097-112
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voir la publicationPalaeogenomics of plants: synteny-based modelling of extinct ancestors.
Trends in Plant Science . 15 ( 9 ) : 479-87
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voir la publicationComparative genomics : international workshop, RECOMB-CG 2010, Ottawa, Canada, October 9-11, 2010 : proceedings
International Workshop on Comparative Genomics . 978-3-642-16180-3
Le génome aux ordres des mathématiciens
La Recherche . 439 : 54-56
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voir la publicationDo variable compensatory mechanisms explain the polymorphism of the dependence phenotype in the Asobara tabida-wolbachia association?
Evolution - International Journal of Organic Evolution . 64 ( 10 ) : 2969-79
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voir la publicationAN INTEGRATIVE TEST OF THE DEAD-END HYPOTHESIS OF SELFING EVOLUTION IN TRITICEAE (POACEAE)
Evolution - International Journal of Organic Evolution . 64 ( 10 ) : no - no
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voir la publicationGenes devoid of full-length transposable element insertions are involved in development and in the regulation of transcription in human and closely related species.
Journal of Molecular Evolution . 71 ( 3 ) : 180-91
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voir la publicationPrevalence of a virus inducing behavioural manipulation near species range border
Molecular Ecology . 19(14) : 2995-3007
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voir la publicationThe transmission efficiency of tomato yellow leaf curl virus by the whitefly Bemisia tabaci is correlated with the presence of a specific symbiotic bacterium species.
Journal of Virology . 84 ( 18 ) : 9310-7
DOI: 10.1128/JVI.00423-10
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voir la publicationEndosymbiont metacommunities, mtDNA diversity and the evolution of the Bemisia tabaci (Hemiptera: Aleyrodidae) species complex.
Molecular Ecology . 19 ( 19 ) : 4365-4378
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voir la publicationÉvolution des interactions entre espèces
Biologie évolutive . : 533-616
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationIntragenomic conflict in populations infected by Parthenogenesis Inducing Wolbachia ends with irreversible loss of sexual reproduction.
BMC Evolutionary Biology . 10 : 229
Article dans une revue
voir la publicationThe origin of eukaryotes and their relationship with the Archaea: are we at a phylogenomic impasse?
Nature Reviews Microbiology . 8 ( 10 ) : 743-753
DOI: 10.1038/nrmicro2426
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voir la publicationCassis: detection of genomic rearrangement breakpoints.
Bioinformatics . 26 ( 15 ) : 1897-8
Article dans une revue
voir la publicationRECOMB Satellite Workshop on Comparative Genomics
8. Annual RECOMB Satellite Workshop on Comparative Genomics . 978-3-642-16181-0 : 303
RECONSTRUCTING ORIGINS OF LOSS OF SELF-INCOMPATIBILITY AND SELFING IN NORTH AMERICAN ARABIDOPSIS LYRATA: A POPULATION GENETIC CONTEXT
Evolution - International Journal of Organic Evolution . 64 ( 12 ) : 3495 - 3510
Article dans une revue
voir la publicationReconstructing origins of loss of self-incompatibility and selfing in North American Arabidopsis lyrata: a population genetic context
Evolution - International Journal of Organic Evolution . 64 : 3495-3510
Article dans une revue
voir la publicationJumping genes and epigenetics: Towards new species.
Gene . 454 ( 1-2 ) : 1-7
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voir la publicationGuided genome halving: provably optimal solutions provide good insights into the preduplication ancestral genome of Saccharomyces cerevisiae.
Pacific Symposium on Biocomputing . 15 : 21-30
Acte de congrès
voir la publicationTheory and examples of reciprocal influence between hosts and pathogens, from short-term to long term interactions: coevolution, cospeciation and pathogen speciation following host shifts
Host-Pathogen Interactions: Genetics, Immunology, and Physiology . 978-1608762866
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationComputing the likelihood of sequence segmentation under Markov modelling
Pré-publication
voir la publicationEvolution and manipulation of parasitoid eggload
Evolution - International Journal of Organic Evolution . 63 ( 11 ) : 2974-2984
Article dans une revue
voir la publicationA new case of Wolbachia dependence in the genus Asobara: evidence for parthenogenesis induction in Asobara japonica
Heredity . 103 ( 3 ) : 248-256
DOI: 10.1038/hdy.2009.63
Article dans une revue
voir la publicationMolecular detection and identification of Rickettsia endosymbiont in different biotypes of Bemisia tabaci
Clinical Microbiology and Infection . -- : 1-2
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voir la publicationA Mixture Model and a Hidden Markov Model to Simultaneously Detect Recombination Breakpoints and Reconstruct Phylogenies
Evolutionary Bioinformatics . 5 : 67-79
DOI: 10.4137/EBO.S2242
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voir la publicationGenomes as documents of evolutionary history
Trends in Ecology & Evolution . 1192 : 1-9
Article dans une revue
voir la publicationIdentification of a polymorphic collagen-like protein in the crustacean bacteria Pasteuria ramosa
Research in Microbiology . 160 : 792-799
Article dans une revue
voir la publicationGenomic environment influences the dynamics of the tirant LTR retrotransposon in Drosophila
FASEB Journal . 23 : 54-62
Article dans une revue
voir la publicationInfra- and Transspecific Clues to Understanding the Dynamics of Transposable Elements
genome dyn stab . -- : 115-123
Article dans une revue
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