COEVOL Coévolution Multi-Echelles
Les systèmes vivants sont fortement intégrés, avec une multitude de niveaux d'organisation, allant des échelles moléculaires et intracellulaires aux écosystèmes. Les organismes complexes sont eux-mêmes des consortiums de macro et micro-organismes, qui travaillent avec leur hôte pour construire un individu. Pourtant, chacun de ces organismes peut fonctionner et évoluer à court terme selon sa propre logique, éventuellement en conflit avec d'autres niveaux supérieurs ou inférieurs, ou avec d'autres échelles de temps. L'idée autrefois répandue parmi les évolutionnistes selon laquelle la sélection naturelle aboutit à des organismes parfaitement adaptés à leur environnement est maintenant gravement compromise. Non seulement parce que, comme l'explique la reine rouge à Alice, il faut courir sans relâche pour garder sa place dans un environnement changeant, ou parce que l'histoire évolutive passée et le hasard limitent les possibilités d'adaptation actuelle, mais aussi parce que différents niveaux de sélection ont des intérêts qui sont généralement difficiles à concilier.
La coévolution multi-échelles repose les questions classiques de la biologie évolutive
Un exemple particulièrement intéressant est la question de la source des variations héréditaires. Le phénotype des organismes dans une population est influencé non seulement par les variations de leurs génomes nucléaires et mitochondriaux, dont la dynamique fait l'objet de la génétique des populations, mais aussi de plus en plus manifestement par le consortium de microbes et d'éléments génétiques qui constituent son microbiome et son virome. L'hologénome désigne cet assemblage complexe de matériels génétiques, qui obéissent à différentes règles de transmission et à différentes stratégies évolutives. La capacité des symbiotes à manipuler les phénotypes hôtes ou à interférer les uns avec les autres influence la dynamique évolutive de tous les acteurs d'une manière qui est encore mal comprise. De plus, de nouvelles questions se posent, comme l'importance de la co-adaptation dans ces systèmes et leurs conséquences sur le maintien de systèmes biologiques cohésifs.
- La symbiose: une réponse et une source de sélection divergente
En utilisant une variété d'approches combinant évolution expérimentale, données génomiques, fonctionnelles, phénotypiques et comportementales, nous visons à tester si la symbiose facilite la diversification et à caractériser les processus microévolutifs sous-jacents.
- Réseaux écologiques de transfert horizontal de gènes
Nous développons des méthodes originales de détection des transferts de gènes et nous étudions les facteurs qui influencent les voies de transfert de gènes chez les microbes mais aussi chez les insectes.
- L'interaction entre la symbiose, l'infection et l'immunité et ses conséquences évolutives
Nous essayons de comprendre l'interaction intime des hôtes avec des agents pathogènes, des symbiotes et des éléments transposables et comment elle affecte le phénotype étendu de l'hôte.
- Hérédité transgénérationnel et changements d'environnement
Nous essayons de déchiffrer les mécanismes moléculaires qui sous-tendent l'adaptation rapide à l'environnement et de tester l'hérédité transgénérationnel des traits de forme physique.
- Conflits intragénomiques et démographie
Nous développons des modèles pour tester si les changements dans la démographie de l'hôte affectent la dynamique des éléments transposables.
- Le déterminisme de la convergence phénotypique
Nous étudions les bases génomiques de l'évolution phénotypique convergente en particulier dans le cas de l'adaptation des animaux et des plantes à l'augmentation de la température et à la diminution de l'eau.
- Réconcilier l'arbre de vie
Nous développons des méthodes phylogénétiques pour «réconcilier» les histoires de gènes / espèces ou d'hôtes / symbiotes. Et nous utilisons ces méthodes pour explorer la majeure partie des espèces éteintes ou non décrites et l'histoire de l'association des microbes symbiotiques avec leurs hôtes.
- Intégrer les méthodes
Les méthodes que nous utilisons pour aborder les questions soulevées par la co-évolution multi-échelles vont de la théorie, de la modélisation et de la simulation à l'analyse de big data, en laboratoire (notamment sur les insectes), et dans une moindre mesure, aux activités de terrain.
- Implication de la recherche, responsabilité des chercheurs et sciences citoyennes
De par nos recherches (dont certaines ont des conséquences immédiates sur la santé, l'agriculture et l'écologie) et nos préoccupations sur la responsabilité des scientifiques dans la société, nous nous engageons à promouvoir une recherche «implicative». La position implicative signifie que nous essayons de travailler sur le lien entre science et société, non seulement à travers une communication unidirectionnelle, appliquant ou expliquant notre science, mais aussi en favorisant des discussions précoces avec les citoyens sur des projets de recherche, qui peuvent influencer nos orientations de recherche.
Publications
Affichage des publications 421 à 450 sur 749 au total
Evolution of Prokaryotic Pangenomes
Horizontal Gene Transfer in Microorganisms . 978-1-908230-10-2 : 23-32
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationApproximating the number of Double Cut-and-Join scenarios
Theoretical Computer Science . 439 : 30-40
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voir la publicationDisentangling the effects of breakdown of self-incompatibility and transition to selfing in North-American Arabidopsis lyrata
Molecular Ecology . 21 : 1130-1142
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voir la publicationInternational Congress on Transposable Elements (ICTE) 2012 in Saint Malo and the sea of TE stories.
Mobile DNA . 3 ( 1 ) : 17
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voir la publicationTransposon proliferation in an asexual parasitoid.
Molecular Ecology . 21 ( 16 ) : 3898-3906
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voir la publicationANGES: reconstructing ANcestral GEnomeS maps.
Bioinformatics . 28 ( 18 ) : 2388-2390
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voir la publicationLinearization of ancestral multichromosomal genomes
BMC Bioinformatics . 13 ( Suppl 19 ) : S11
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voir la publicationEvolution of gene neighborhoods within reconciled phylogenies
Bioinformatics . 28 ( 18 ) : i382-i388
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voir la publicationLateral gene transfer as a support for the tree of life.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 109 ( 13 ) : 4962-4967
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voir la publicationHigh-quality sequence clustering guided by network topology and multiple alignment likelihood.
Bioinformatics . 28 ( 8 ) : 1078-85
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voir la publicationHigh-resolution melting technology: a new tool for studying the Wolbachia endosymbiont diversity in the field.
Molecular Ecology Resources . 12 ( 1 ) : 75-81
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voir la publicationInfluence of Wolbachia on host gene expression in an obligatory symbiosis.
BMC Microbiology . 12 ( Suppl 1 ) : 1-16
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voir la publicationSurvey of Wolbachia and Its Phage WO in the Uzifly Exorista sorbillans (Diptera: Tachinidae)
Current Microbiology . 63 : 267-272
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voir la publicationCloning of the unculturable parasite Pasteuria ramosa and its Daphnia host reveals extreme genotype-genotype interactions: Cloning reveals extreme host specificity
Ecology Letters . 14 ( 2 ) : 125-131
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voir la publicationEffect of Wolbachia infection and temperature variations on the fecundity of the Uzifly Exorista sorbillans (Diptera: Tachinidae)
Symbiosis . 54 : 151-158
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voir la publicationCharacterisation of a large family of polymorphic collagen-like proteins in the endospore-forming bacterium Pasteuria ramosa
Research in Microbiology . 162 : 701-714
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voir la publicationGenomic Species Are Ecological Species as Revealed by Comparative Genomics in Agrobacterium tumefaciens
Genome Biology and Evolution . 3 ( 3 ) : 762-781
DOI: 10.1093/gbe/evr070
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voir la publicationSide effects of fungicides on the abundance and the species diversity of the natural populations of Drosophila and their hymenopterous parasitoids in orchards
Phytoparasitica . 39 : 429-435
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voir la publicationDoes a parthenogenesis-inducing Wolbachia induce vestigial cytoplasmic incompatibility?
The Science of Nature Naturwissenschaften . 98 ( 3 ) : 175-80
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voir la publicationRNA-seq without a reference genome: a comparison of the mapping and the assembly approaches
JOBIM .
Acte de congrès
voir la publicationDrift and Genome Complexity Revisited
PLoS Genetics . 7 : 1-5
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voir la publicationRickettsia ‘In’ and ‘Out’: Two Different Localization Patterns of a Bacterial Symbiont in the Same Insect Species
PLoS ONE . 6 ( 6 )
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voir la publicationEffect of Wolbachia infection and temperature variations on the fecundity of the Uzifly Exorista sorbillans (Diptera: Tachinidae)
Symbiosis . 54 : 151-158
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voir la publicationEvolvability, epigenetics and transposable elements
Biomolecular concepts . 2 : 333-341
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voir la publicationIsolation and gene flow: inferring the speciation history of European house mice
Molecular Ecology . 20 ( 24 ) : 5248-5264
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voir la publicationModels, algorithms, and programs for phylogeny reconciliation
Briefings in Bioinformatics . 12 ( 5 ) : 392-400
DOI: 10.1093/bib/bbr045
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voir la publicationMultiple Nuclear Gene Phylogenetic Analysis of the Evolution of Dioecy and Sex Chromosomes in the Genus Silene
PLoS ONE . 6 : e21915
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voir la publicationHDR - Evolution combinatoire Algorithmique des chromosomes
incollection . -- : 54-56
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voir la publicationVertical and horizontal transmission drive bacterial invasion
Molecular Ecology . 20 ( 17 ) : 3496 - 3498
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voir la publicationEuclidean nature of phylogenetic distance matrices
Systematic Biology . 60 ( 6 ) : 826--832
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