COEVOL Coévolution Multi-Echelles
Les systèmes vivants sont fortement intégrés, avec une multitude de niveaux d'organisation, allant des échelles moléculaires et intracellulaires aux écosystèmes. Les organismes complexes sont eux-mêmes des consortiums de macro et micro-organismes, qui travaillent avec leur hôte pour construire un individu. Pourtant, chacun de ces organismes peut fonctionner et évoluer à court terme selon sa propre logique, éventuellement en conflit avec d'autres niveaux supérieurs ou inférieurs, ou avec d'autres échelles de temps. L'idée autrefois répandue parmi les évolutionnistes selon laquelle la sélection naturelle aboutit à des organismes parfaitement adaptés à leur environnement est maintenant gravement compromise. Non seulement parce que, comme l'explique la reine rouge à Alice, il faut courir sans relâche pour garder sa place dans un environnement changeant, ou parce que l'histoire évolutive passée et le hasard limitent les possibilités d'adaptation actuelle, mais aussi parce que différents niveaux de sélection ont des intérêts qui sont généralement difficiles à concilier.
La coévolution multi-échelles repose les questions classiques de la biologie évolutive
Un exemple particulièrement intéressant est la question de la source des variations héréditaires. Le phénotype des organismes dans une population est influencé non seulement par les variations de leurs génomes nucléaires et mitochondriaux, dont la dynamique fait l'objet de la génétique des populations, mais aussi de plus en plus manifestement par le consortium de microbes et d'éléments génétiques qui constituent son microbiome et son virome. L'hologénome désigne cet assemblage complexe de matériels génétiques, qui obéissent à différentes règles de transmission et à différentes stratégies évolutives. La capacité des symbiotes à manipuler les phénotypes hôtes ou à interférer les uns avec les autres influence la dynamique évolutive de tous les acteurs d'une manière qui est encore mal comprise. De plus, de nouvelles questions se posent, comme l'importance de la co-adaptation dans ces systèmes et leurs conséquences sur le maintien de systèmes biologiques cohésifs.
- La symbiose: une réponse et une source de sélection divergente
En utilisant une variété d'approches combinant évolution expérimentale, données génomiques, fonctionnelles, phénotypiques et comportementales, nous visons à tester si la symbiose facilite la diversification et à caractériser les processus microévolutifs sous-jacents.
- Réseaux écologiques de transfert horizontal de gènes
Nous développons des méthodes originales de détection des transferts de gènes et nous étudions les facteurs qui influencent les voies de transfert de gènes chez les microbes mais aussi chez les insectes.
- L'interaction entre la symbiose, l'infection et l'immunité et ses conséquences évolutives
Nous essayons de comprendre l'interaction intime des hôtes avec des agents pathogènes, des symbiotes et des éléments transposables et comment elle affecte le phénotype étendu de l'hôte.
- Hérédité transgénérationnel et changements d'environnement
Nous essayons de déchiffrer les mécanismes moléculaires qui sous-tendent l'adaptation rapide à l'environnement et de tester l'hérédité transgénérationnel des traits de forme physique.
- Conflits intragénomiques et démographie
Nous développons des modèles pour tester si les changements dans la démographie de l'hôte affectent la dynamique des éléments transposables.
- Le déterminisme de la convergence phénotypique
Nous étudions les bases génomiques de l'évolution phénotypique convergente en particulier dans le cas de l'adaptation des animaux et des plantes à l'augmentation de la température et à la diminution de l'eau.
- Réconcilier l'arbre de vie
Nous développons des méthodes phylogénétiques pour «réconcilier» les histoires de gènes / espèces ou d'hôtes / symbiotes. Et nous utilisons ces méthodes pour explorer la majeure partie des espèces éteintes ou non décrites et l'histoire de l'association des microbes symbiotiques avec leurs hôtes.
- Intégrer les méthodes
Les méthodes que nous utilisons pour aborder les questions soulevées par la co-évolution multi-échelles vont de la théorie, de la modélisation et de la simulation à l'analyse de big data, en laboratoire (notamment sur les insectes), et dans une moindre mesure, aux activités de terrain.
- Implication de la recherche, responsabilité des chercheurs et sciences citoyennes
De par nos recherches (dont certaines ont des conséquences immédiates sur la santé, l'agriculture et l'écologie) et nos préoccupations sur la responsabilité des scientifiques dans la société, nous nous engageons à promouvoir une recherche «implicative». La position implicative signifie que nous essayons de travailler sur le lien entre science et société, non seulement à travers une communication unidirectionnelle, appliquant ou expliquant notre science, mais aussi en favorisant des discussions précoces avec les citoyens sur des projets de recherche, qui peuvent influencer nos orientations de recherche.
Publications
Affichage des publications 361 à 390 sur 768 au total
Reductive genome evolution at both ends of bacterial population size spectrum
Nature Reviews Microbiology . 12 ( 12 ) : 841-850
DOI: 10.1038/nrmicro3331
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voir la publicationRibosomal proteins: Toward a next generation standard for prokaryotic systematics?
Molecular Phylogenetics and Evolution . 75 : 103 - 117
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voir la publicationSingle acquisition of protelomerase gave rise to speciation of a large and diverse clade within the Agrobacterium/Rhizobium supercluster characterized by the presence of a linear chromid
Molecular Phylogenetics and Evolution . 73 : 202-207
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voir la publicationA Bayesian Method for Analyzing Lateral Gene Transfer
Systematic Biology . 63 ( 3 ) : 409 - 420
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voir la publicationEvidence for Widespread Positive and Negative Selection in Coding and Conserved Noncoding Regions of Capsella grandiflora
PLoS Genetics . 10 ( 9 )
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voir la publication“One code to find them all”: a perl tool to conveniently parse RepeatMasker output files
Mobile DNA . 5 : 13
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voir la publicationThe Drosophila Su(var)3–7 Gene Is Required for Oogenesis and Female Fertility, Genetically Interacts with piwi and aubergine, but Impacts Only Weakly Transposon Silencing
PLoS ONE . 9 ( 5 ) : e96802
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voir la publicationGenomic regions harboring insecticide resistance-associated Cyp genes are enriched by transposable element fragments carrying putative transcription factor binding sites in two sibling Drosophila species
Gene . 537 ( 1 ) : 93-99
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voir la publicationThe oxidative environment: a mediator of interspecies communication that drives symbiosis evolution
Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences . 281 ( 1785 ) : 20133112 - 20133112
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voir la publicationA model symbiosis reveals a role for sheathed-flagellum rotation in the release of immunogenic lipopolysaccharide
eLife . 3
DOI: 10.7554/eLife.01579
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voir la publicationThe dual nature of haemocyanin in the establishment and persistence of the squid - vibrio symbiosis
Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences . 281 ( 1785 ) : 20140504
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voir la publicationExposure to hycanthone alters chromatin structure around specific gene functions and specific repeats in Schistosoma mansoni.
Frontiers in Genetics . 5 : 207
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voir la publicationSpecific Activation of an I-Like Element in Drosophila Interspecific Hybrids
Genome Biology and Evolution . 6 : 1806 - 1817
DOI: 10.1093/gbe/evu141
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voir la publicationThe Genome of Cardinium cBtQ1 Provides Insights into Genome Reduction, Symbiont Motility, and Its Settlement in Bemisia tabaci
Genome Biology and Evolution . 6 ( 4 ) : 1013-1030
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voir la publicationThe sublethal effects of deltamethrin on Trichogramma behaviors during the exploitation of host patches
Science of the Total Environment . 447 : 274-279
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voir la publicationThe influence of male wing shape on mating success in Drosophila melanogaster
Animal Behaviour . 85 : 1217--1223
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voir la publicationDistribution of endosymbiotic reproductive manipulators reflects invasion process and not reproductive system polymorphism in the little fire ant Wasmannia auropunctata
PLoS ONE . 8 ( 3 ) : e58467
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voir la publicationThe molecular signal for the adaptation to cold temperature during early life on Earth
Biology Letters . 9 ( 5 ) : 20130608
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voir la publicationOn the genetic architecture of cytoplasmic incompatibility: inference from phenotypic data
The American Naturalist . 182 ( 1 ) : 15-24
DOI: 10.1086/670612
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voir la publicationIs RAD-seq suitable for phylogenetic inference? An in silico assessment and optimization
Ecology and Evolution . 3 ( 4 ) : 846-852
DOI: 10.1002/ece3.512
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voir la publicationIdentification de complexes protéine-protéine par combinaison de classifieurs. Application à Escherichia coli
EGC 2013 - 13eme conférence Francophone sur l'Extraction et la Gestion des Connaissances . E.24 : 419-430
Acte de congrès
voir la publicationL'ADN, mémoire numérique du vivant
Pour la science . : 102-108
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voir la publicationLateral Gene Transfer from the Dead.
Systematic Biology . 62 ( 3 ) : 386-397
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voir la publicationContrasted evolutionary constraints on secreted and non-secreted proteomes of selected Actinobacteria
BMC Genomics . 14 ( 1 )
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voir la publicationLateral gene transfer, rearrangement, reconciliation
BMC Bioinformatics . 14 ( Suppl 15 ) : S4
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voir la publicationThéorie des Codes : compression, cryptage, correction, 2e edition
9782100599110 : 384
Ouvrage
voir la publicationThe genome of the medieval Black Death agent (extended abstract)
Pré-publication
voir la publicationGene tree correction guided by orthology
BMC Bioinformatics . 14 ( Suppl 15 ) : S5
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voir la publicationDuplication, Rearrangement and Reconciliation: A Follow-Up 13 Years Later
Models and Algorithms for Genome Evolution . 19 : 47-62
Chapitre d'ouvrage
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