COEVOL Coévolution Multi-Echelles
Les systèmes vivants sont fortement intégrés, avec une multitude de niveaux d'organisation, allant des échelles moléculaires et intracellulaires aux écosystèmes. Les organismes complexes sont eux-mêmes des consortiums de macro et micro-organismes, qui travaillent avec leur hôte pour construire un individu. Pourtant, chacun de ces organismes peut fonctionner et évoluer à court terme selon sa propre logique, éventuellement en conflit avec d'autres niveaux supérieurs ou inférieurs, ou avec d'autres échelles de temps. L'idée autrefois répandue parmi les évolutionnistes selon laquelle la sélection naturelle aboutit à des organismes parfaitement adaptés à leur environnement est maintenant gravement compromise. Non seulement parce que, comme l'explique la reine rouge à Alice, il faut courir sans relâche pour garder sa place dans un environnement changeant, ou parce que l'histoire évolutive passée et le hasard limitent les possibilités d'adaptation actuelle, mais aussi parce que différents niveaux de sélection ont des intérêts qui sont généralement difficiles à concilier.
La coévolution multi-échelles repose les questions classiques de la biologie évolutive
Un exemple particulièrement intéressant est la question de la source des variations héréditaires. Le phénotype des organismes dans une population est influencé non seulement par les variations de leurs génomes nucléaires et mitochondriaux, dont la dynamique fait l'objet de la génétique des populations, mais aussi de plus en plus manifestement par le consortium de microbes et d'éléments génétiques qui constituent son microbiome et son virome. L'hologénome désigne cet assemblage complexe de matériels génétiques, qui obéissent à différentes règles de transmission et à différentes stratégies évolutives. La capacité des symbiotes à manipuler les phénotypes hôtes ou à interférer les uns avec les autres influence la dynamique évolutive de tous les acteurs d'une manière qui est encore mal comprise. De plus, de nouvelles questions se posent, comme l'importance de la co-adaptation dans ces systèmes et leurs conséquences sur le maintien de systèmes biologiques cohésifs.
- La symbiose: une réponse et une source de sélection divergente
En utilisant une variété d'approches combinant évolution expérimentale, données génomiques, fonctionnelles, phénotypiques et comportementales, nous visons à tester si la symbiose facilite la diversification et à caractériser les processus microévolutifs sous-jacents.
- Réseaux écologiques de transfert horizontal de gènes
Nous développons des méthodes originales de détection des transferts de gènes et nous étudions les facteurs qui influencent les voies de transfert de gènes chez les microbes mais aussi chez les insectes.
- L'interaction entre la symbiose, l'infection et l'immunité et ses conséquences évolutives
Nous essayons de comprendre l'interaction intime des hôtes avec des agents pathogènes, des symbiotes et des éléments transposables et comment elle affecte le phénotype étendu de l'hôte.
- Hérédité transgénérationnel et changements d'environnement
Nous essayons de déchiffrer les mécanismes moléculaires qui sous-tendent l'adaptation rapide à l'environnement et de tester l'hérédité transgénérationnel des traits de forme physique.
- Conflits intragénomiques et démographie
Nous développons des modèles pour tester si les changements dans la démographie de l'hôte affectent la dynamique des éléments transposables.
- Le déterminisme de la convergence phénotypique
Nous étudions les bases génomiques de l'évolution phénotypique convergente en particulier dans le cas de l'adaptation des animaux et des plantes à l'augmentation de la température et à la diminution de l'eau.
- Réconcilier l'arbre de vie
Nous développons des méthodes phylogénétiques pour «réconcilier» les histoires de gènes / espèces ou d'hôtes / symbiotes. Et nous utilisons ces méthodes pour explorer la majeure partie des espèces éteintes ou non décrites et l'histoire de l'association des microbes symbiotiques avec leurs hôtes.
- Intégrer les méthodes
Les méthodes que nous utilisons pour aborder les questions soulevées par la co-évolution multi-échelles vont de la théorie, de la modélisation et de la simulation à l'analyse de big data, en laboratoire (notamment sur les insectes), et dans une moindre mesure, aux activités de terrain.
- Implication de la recherche, responsabilité des chercheurs et sciences citoyennes
De par nos recherches (dont certaines ont des conséquences immédiates sur la santé, l'agriculture et l'écologie) et nos préoccupations sur la responsabilité des scientifiques dans la société, nous nous engageons à promouvoir une recherche «implicative». La position implicative signifie que nous essayons de travailler sur le lien entre science et société, non seulement à travers une communication unidirectionnelle, appliquant ou expliquant notre science, mais aussi en favorisant des discussions précoces avec les citoyens sur des projets de recherche, qui peuvent influencer nos orientations de recherche.
Publications
Affichage des publications 301 à 330 sur 749 au total
Reconstruction of an ancestral Yersinia pestis genome and comparison with an ancient sequence
BMC Genomics . 16 ( Suppl 10 ) : S9
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voir la publicationMoments of genome evolution by Double Cut-and-Join
BMC Bioinformatics . 16 ( Suppl 14 ) : S7
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voir la publicationDetection of genetically isolated entities within the Mediterranean species of Bemisia tabaci: new insights into the systematics of this worldwide pest
Pest Management Science . 71 ( 3 ) : 452-458
DOI: 10.1002/ps.3834
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voir la publicationParasite-Parasite Interactions in the Wild: How To Detect Them?
Trends in Parasitology .
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voir la publicationSpodoptera frugiperda (Lepidoptera: Noctuidae) host-plant variants: two host strains or two distinct species?
Genetica . 143 ( 3 ) : 305-316
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voir la publicationDe novo assembly and annotation of the Asian tiger mosquito (Aedes albopictus) repeatome with dnaPipeTE from raw genomic reads and comparative analysis with the yellow fever mosquito (Aedes aegypti).
Genome Biology and Evolution . 7 ( 4 ) : 1192-205
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voir la publicationDe novo assembly and annotation of the Asian tiger mosquito (Aedes albopictus) repeatome with dnaPipeTE from raw genomic reads and comparative analysis with the yellow fever mosquito (Aedes aegypti)
Genome Biology and Evolution . 7 ( 4 ) : 1192-1205
DOI: 10.1093/gbe/evv050
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voir la publicationSex and evolution
Handbook of Evolutionary Thinking in the Sciences . 978-94-017-9013-0 : 499--507
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationDegeneration of the Nonrecombining Regions in the Mating-Type Chromosomes of the Anther-Smut Fungi
Molecular Biology and Evolution . 32 ( 4 ) : 928-943
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voir la publicationGC-Content evolution in bacterial genomes: The biased gene conversion hypothesis expands
PLoS Genetics . 11 ( 2 ) : 1-20
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voir la publicationKaryotype and Gene Order Evolution from ReconstructedExtinct Ancestors Highlight Contrasts in Genome Plasticity ofModern Rosid Crops
Genome Biology and Evolution . 7 ( 3 ) : 735-749
DOI: 10.1093/gbe/evv014
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voir la publicationFoundations of Coding: Compression, Encryption, Error-Correction
978-1-118-88144-6 : 376
Ouvrage
voir la publicationThe chemistry of negotiation: Rhythmic, glycan-driven acidification in a symbiotic conversation
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 112 ( 2 ) : 566 - 571
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voir la publicationWeighted Statistical Binning: Enabling Statistically Consistent Genome-Scale Phylogenetic Analyses
PLoS ONE . 10 ( 6 ) : e0129183
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voir la publicationAssessing Approaches for Inferring Species Trees from Multi-Copy Genes
Systematic Biology . 64 ( 2 ) : 325-339
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voir la publicationAncestral gene synteny reconstruction improves extant species scaffolding
BMC Genomics . 16 ( Suppl 10 ) : S11
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voir la publicationProbabilistic modeling of the evolution of gene synteny within reconciled phylogenies
BMC Bioinformatics . 16 ( Suppl 14 ) : S5
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voir la publicationGenome-scale phylogenetic analysis finds extensive gene transfer among fungi
Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences (1934–1990) . 370 : 20140335 (11 pages)
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voir la publicationNuclear and cytoplasmic differentiation among Mediterranean populations of Bemisia tabaci : testing the biological relevance of cytotypes
Pest Management Science . 70 ( 10 ) : 1503-1513
DOI: 10.1002/ps.3792
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voir la publicationNuclear and cytoplasmic differentiation among Mediterranean populations of Bemisia tabaci : testing the biological relevance of cytotypes
Pest Management Science . 70 ( 10 ) : 1503-1513
DOI: 10.1002/ps.3792
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voir la publicationThe Genome of Cardinium cBtQ1 Provides Insights into Genome Reduction, Symbiont Motility, and Its Settlement in Bemisia tabaci
Genome Biology and Evolution . 6 ( 4 ) : 1013-1030
DOI: 10.1093/gbe/evu077
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voir la publicationVariable expression levels detected in the Drosophila effectors of piRNA biogenesis
Gene . 537 ( 1 ) : 149-153
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voir la publicationProbabilistic Graphical Model Representation in Phylogenetics
Systematic Biology . 63 ( 5 ) : 753-771
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voir la publicationHost Control of Insect Endogenous Retroviruses: Small RNA Silencing and Immune Response
Viruses . 6 : 4447-4464
DOI: 10.3390/v6114447
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voir la publicationWolbachia Divergence and the Evolution of Cytoplasmic Incompatibility in Culex pipiens
PLoS ONE . 9 ( 1 ) : e87336
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voir la publicationPhylogeny of the class Actinobacteria revisited in the light of complete genomes. The orders 'Frankiales' and Micrococcales should be split into coherent entities: proposal of Frankiales ord. nov., Geodermatophilales ord. nov., Acidothermales ord. nov. an
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 64 ( Pt 11 ) : 3821-32
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voir la publicationCounting and sampling SCJ small parsimony solutions
Theoretical Computer Science . 552 : 83-98
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voir la publicationA Genome-Wide Survey of Genetic Instability by Transposition in Drosophila Hybrids
PLoS ONE . 9 : 87 - 87
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voir la publicationCould interallelic interactions be a key to the epigenetic aspects of fitness-trait inbreeding depression?
Heredity . 112 : 219-20
DOI: 10.1038/hdy.2013.80
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voir la publicationFungal evolutionary genomics provides insight into the mechanisms of adaptive divergence in eukaryotes
Molecular Ecology . 23 ( 4 ) : 753-773
DOI: 10.1111/mec.12631
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