COEVOL Coévolution Multi-Echelles
Les systèmes vivants sont fortement intégrés, avec une multitude de niveaux d'organisation, allant des échelles moléculaires et intracellulaires aux écosystèmes. Les organismes complexes sont eux-mêmes des consortiums de macro et micro-organismes, qui travaillent avec leur hôte pour construire un individu. Pourtant, chacun de ces organismes peut fonctionner et évoluer à court terme selon sa propre logique, éventuellement en conflit avec d'autres niveaux supérieurs ou inférieurs, ou avec d'autres échelles de temps. L'idée autrefois répandue parmi les évolutionnistes selon laquelle la sélection naturelle aboutit à des organismes parfaitement adaptés à leur environnement est maintenant gravement compromise. Non seulement parce que, comme l'explique la reine rouge à Alice, il faut courir sans relâche pour garder sa place dans un environnement changeant, ou parce que l'histoire évolutive passée et le hasard limitent les possibilités d'adaptation actuelle, mais aussi parce que différents niveaux de sélection ont des intérêts qui sont généralement difficiles à concilier.
La coévolution multi-échelles repose les questions classiques de la biologie évolutive
Un exemple particulièrement intéressant est la question de la source des variations héréditaires. Le phénotype des organismes dans une population est influencé non seulement par les variations de leurs génomes nucléaires et mitochondriaux, dont la dynamique fait l'objet de la génétique des populations, mais aussi de plus en plus manifestement par le consortium de microbes et d'éléments génétiques qui constituent son microbiome et son virome. L'hologénome désigne cet assemblage complexe de matériels génétiques, qui obéissent à différentes règles de transmission et à différentes stratégies évolutives. La capacité des symbiotes à manipuler les phénotypes hôtes ou à interférer les uns avec les autres influence la dynamique évolutive de tous les acteurs d'une manière qui est encore mal comprise. De plus, de nouvelles questions se posent, comme l'importance de la co-adaptation dans ces systèmes et leurs conséquences sur le maintien de systèmes biologiques cohésifs.
- La symbiose: une réponse et une source de sélection divergente
En utilisant une variété d'approches combinant évolution expérimentale, données génomiques, fonctionnelles, phénotypiques et comportementales, nous visons à tester si la symbiose facilite la diversification et à caractériser les processus microévolutifs sous-jacents.
- Réseaux écologiques de transfert horizontal de gènes
Nous développons des méthodes originales de détection des transferts de gènes et nous étudions les facteurs qui influencent les voies de transfert de gènes chez les microbes mais aussi chez les insectes.
- L'interaction entre la symbiose, l'infection et l'immunité et ses conséquences évolutives
Nous essayons de comprendre l'interaction intime des hôtes avec des agents pathogènes, des symbiotes et des éléments transposables et comment elle affecte le phénotype étendu de l'hôte.
- Hérédité transgénérationnel et changements d'environnement
Nous essayons de déchiffrer les mécanismes moléculaires qui sous-tendent l'adaptation rapide à l'environnement et de tester l'hérédité transgénérationnel des traits de forme physique.
- Conflits intragénomiques et démographie
Nous développons des modèles pour tester si les changements dans la démographie de l'hôte affectent la dynamique des éléments transposables.
- Le déterminisme de la convergence phénotypique
Nous étudions les bases génomiques de l'évolution phénotypique convergente en particulier dans le cas de l'adaptation des animaux et des plantes à l'augmentation de la température et à la diminution de l'eau.
- Réconcilier l'arbre de vie
Nous développons des méthodes phylogénétiques pour «réconcilier» les histoires de gènes / espèces ou d'hôtes / symbiotes. Et nous utilisons ces méthodes pour explorer la majeure partie des espèces éteintes ou non décrites et l'histoire de l'association des microbes symbiotiques avec leurs hôtes.
- Intégrer les méthodes
Les méthodes que nous utilisons pour aborder les questions soulevées par la co-évolution multi-échelles vont de la théorie, de la modélisation et de la simulation à l'analyse de big data, en laboratoire (notamment sur les insectes), et dans une moindre mesure, aux activités de terrain.
- Implication de la recherche, responsabilité des chercheurs et sciences citoyennes
De par nos recherches (dont certaines ont des conséquences immédiates sur la santé, l'agriculture et l'écologie) et nos préoccupations sur la responsabilité des scientifiques dans la société, nous nous engageons à promouvoir une recherche «implicative». La position implicative signifie que nous essayons de travailler sur le lien entre science et société, non seulement à travers une communication unidirectionnelle, appliquant ou expliquant notre science, mais aussi en favorisant des discussions précoces avec les citoyens sur des projets de recherche, qui peuvent influencer nos orientations de recherche.
Publications
Affichage des publications 271 à 300 sur 766 au total
Hooked on Wolbachia
Peer Community In Evolutionary Biology .
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voir la publicationMaxTiC: Fast Ranking Of A Phylogenetic Tree By Maximum Time Consistency With Lateral Gene Transfers
DOI: 10.1101/127548
Autre publication
voir la publicationAdaptation-adaptabilité : comprendre la réponse adaptative avec pour objectif de la prédire
Prospectives de l’Institut Ecologie et environnement du CNRS : compte-rendu des journées des 22, 23 et 24 février 2017, CNRS, Bordeaux, CNRS . : 127-141
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationIntegrative modeling of gene and genome evolution roots the archaeal tree of life
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 114 ( 23 ) : E4602-E4611
Article dans une revue
voir la publicationIdentification of misexpressed genetic elements in hybrids between Drosophila-related species
Scientific Reports . 7 : 40618
DOI: 10.1038/srep40618
Article dans une revue
voir la publicationLess effective selection leads to larger genomes
Genome Research . 27 : 1016-1028
Article dans une revue
voir la publicationHow Long Does Wolbachia Remain on Board?
Molecular Biology and Evolution . 34 ( 5 ) : 1183 - 1193
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voir la publicationImpact of Wolbachia on oxidative stress sensitivity in the parasitic wasp Asobara japonica
PLoS ONE . 5 : 10
Article dans une revue
voir la publicationDating with transfers
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques .
Acte de congrès
voir la publicationDiploid male production correlates with genetic diversity in the parasitoid wasp Venturia canescens : a genetic approach with new microsatellite markers
Ecology and Evolution . 6 ( 18 ) : 6721 - 6734
DOI: 10.1002/ece3.2370
Article dans une revue
voir la publicationPopulation genetics of the Asian tiger mosquito Aedes albopictus, an invasive vector of human diseases
Heredity . 117 ( 3 ) : 125-34
DOI: 10.1038/hdy.2016.35
Article dans une revue
voir la publicationHow and how much does RAD-seq bias genetic diversity estimates?
BMC Evolutionary Biology . 16 : 240
Article dans une revue
voir la publicationAncestral Reconstruction: Theory and Practice
Encyclopedia of Evolutionary Biology . : 70–77
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationHorizontal Gene Transfer and the History of Life
Cold Spring Harbor Perspectives in Biology . 8 ( 4 ) : 1312 - 1319
Article dans une revue
voir la publicationNucleotide, gene and genome evolution : a score to bind them all
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques .
Acte de congrès
voir la publicationGenome Rearrangements on both Gene Order and Intergenic Regions
WABI 2016 . 9838 : 162-173
Acte de congrès
voir la publicationFrancisella IglG protein and the DUF4280 proteins: PAAR-like proteins in non-canonical Type VI secretion systems?
Microbial Cell . 3 ( 11 ) : 576-578
Article dans une revue
voir la publicationComment la reconstruction de génomes ancestraux peut aider à l'assemblage de génomes actuels
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques .
Acte de congrès
voir la publicationSENCA: A Multilayered Codon Model to Study the Origins and Dynamics of Codon Usage
Genome Biology and Evolution . 8 : 2427-41
DOI: 10.1093/gbe/evw165
Article dans une revue
voir la publicationAdditional heritable virus in the parasitic wasp Leptopilina boulardi: prevalence, transmission and phenotypic effects
Journal of General Virology . 97 : 523-535
DOI: 10.1099/jgv.0.000360
Article dans une revue
voir la publicationSNP calling from RNA-seq data without a reference genome: identification, quantification, differential analysis and impact on the protein sequence
Nucleic Acids Research .
DOI: 10.1093/nar/gkw655
Article dans une revue
voir la publicationInfluence of oxidative homeostasis on bacterial density and cost of infection in Drosophila–Wolbachia symbioses
Journal of Evolutionary Biology . 29 : 1211-1222
DOI: 10.1111/jeb.12863
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voir la publicationGene Acquisitions from Bacteria at the Origins of Major Archaeal Clades Are Vastly Overestimated
Molecular Biology and Evolution . 33 ( 2 ) : 305 - 310
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voir la publicationEfficient gene tree correction guided by genome evolution
PLoS ONE . 11 ( 8 ) : e0159559 (22 pages)
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voir la publicationWolbachia -mediated protection against viruses in the invasive pest Drosophila suzukii
Insect Molecular Biology . 25 ( 5 ) : 595-603
DOI: 10.1111/imb.12245
Article dans une revue
voir la publicationWolbachia in European Populations of the Invasive Pest Drosophila suzukii: Regional Variation in Infection Frequencies
PLoS ONE . 11 ( 1 ) : e0147766
Article dans une revue
voir la publicationThe draft genome sequence of the rice weevil Sitophilus oryzae as a model to explore the host-symbiont interactions in a nascent stage of endosymbiosis
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM) .
Poster
voir la publicationLifemap: Exploring the Entire Tree of Life
PLoS Biology . 14 ( 12 )
Article dans une revue
voir la publicationRiboDB database: a comprehensive resource for prokaryotic systematics
Molecular Biology and Evolution . 33 ( 8 ) : 2170--2172
Article dans une revue
voir la publicationIn silico experimental evolution provides independent and challenging benchmarks for comparative genomics
Journées ouvertes Biologie Informatique Mathématiques . : 79-82
Acte de congrès
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