Equipe Ecoépidémiologie Evolutionniste
Membres
Maître de conférences
UCBL
Tél : 33 04 72 43 13 37
Post-doc
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorant
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Professeure des universités
UCBL
Tél : 33 04 72 43 13 37
Attachée temporaire à l'enseignement et à la recherche
UCBL
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Thématiques de recherche
Notre équipe mène des recherches dans plusieurs domaines (démographie, écologie comportementale, génétique, épidémiologie et variabilité biologique, développements méthodologiques).
Dynamique et évolution des maladies infectieuses dans les populations naturelles
L’idée fondatrice de notre groupe de recherche est de combiner différentes approches (suivis de systèmes hôtes-parasites sur le terrain, modélisation mathématique) pour analyser les maladies infectieuses sous de multiples perspectives (écologie, évolution, épidémiologie, microbiologie, santé publique), en intégrant différents niveaux d’organisation (du gène à la communauté d’hôtes) et des aspects complexes (longévité des hôtes, comportements, structures des populations et des communautés, interactions entre agents infectieux) qui sont souvent exclus de la recherche de facteurs explicatifs possibles. Nous cherchons à comprendre la dynamique des agents infectieux, leurs modes de transmission, leur impact sur les populations hôtes, à identifier les hôtes les plus susceptibles d’être affectés et les circonstances dans lesquelles ces agents infectieux sont capables de franchir les barrières d’espèces.
Nous nous intéressons à un large éventail de systèmes hôtes-parasites, comme les rétrovirus chez les mandrills, les maladies hémorragiques des lapins et lièvres, la myxomatose chez le lapin, les principales maladies des chats, la grippe, les maladies infectieuses émergentes (e.g., hantavirus). Plus récemment, nous développons des études sur les interactions entre les chauves-souris et leurs virus.
Les travaux sur le modèle chauves-souris – virus portent sur plusieurs aspects : l’organisation des populations et des communautés en zone tempérée (France métropolitaine) et sous les tropiques (Guyane, Gabon), l’hybridation entre espèces, les déterminants génétiques et moléculaires des interactions chauves-souris – virus, les modalités de franchissement de la barrière d’espèce, les implications pour leur conservation.
Les projets de recherche en métropole sont construits avec les associations de naturalistes. Nous bénéficions d’un réseau de bénévoles à large échelle géographique.
- Film documentaire : "L'écho du Grand Rhinolophe" (produit par P. Cottaz).
https://vimeo.com/435059221/7a3f18d6ba
Développements méthodologiques
Analyse de données temporelles de suivi de maladies infectieuses
L’analyse de données issues du suivi des maladies infectieuses constitue un défi méthodologique pour plusieurs raisons. Tout d’abord, le changement de statut infectieux d’un hôte dépend du statut des autres hôtes (à cause de la contamination, créant ainsi de la dépendance statistique entre les individus d’un même échantillon), celui-ci étant inconnu chez les individus non observés. Ensuite, le changement de statut des individus dans le temps obéit à un processus dynamique dont l’analyse implique l’utilisation de modèles adaptés (par exemple, de type markovien). Notre équipe s’intéresse donc à l’utilisation de ces modèles dynamique-statistiques pour analyser comment certains facteurs (comportementaux, météorologiques, etc.) affectent la diffusion de maladies infectieuses.
Analyse de données complexes en écologie
Les suivis en écologie, bien que standardisés autant que possible, présentent une complexité bien plus grande que les recherches en conditions contrôlées. Ainsi, même si de nombreux outils ont déjà été développés pour répondre aux besoins de l’écologie, il est fréquent de devoir soit ajuster les outils existants au cas par cas, soit d’en développer des nouveaux. Une thématique importante de notre équipe est donc le développement d’outils « sur mesure » s’ajustant au mieux à la spécificité de nos jeux de données.
Une implication forte dans le développement de l’interdisciplinarité à Lyon
Étude des maladies infectieuses à différents niveaux d’organisation : Le LabEx Ecofect
“Eco-evolutionary dynamics of infectious diseases”.
Co-Direction (D Pontier & FL Cosset) du LabEx Ecofect (http://ecofect.universite-lyon.fr/)
Ecofect a comme objectifs (i) de développer des recherches interdisciplinaires innovantes concernant la dynamique écologique et évolutive des maladies infectieuses, en favorisant le rapprochement conceptuel entre la microbiologie et l’immunologie d’un côté, l’écologie et l’évolution de l’autre ; et (ii) de construire de nouveaux ponts entre la recherche fondamentale en éco-infectiologie et la recherche médicale avec l’objectif d’accélérer le processus de transfert de connaissances vers les aspects opérationnels : diagnostic et thérapeutique, prévention (vaccins), gestion du risque infectieux, etc.
Application des sciences de l’évolution à la médecine : DU « Biologie de l’Évolution et Médecine »
Co-direction (D Pontier & L Perino) du DU (http://bem-univ.fr/)
La médecine a enregistré des succès extraordinaires depuis deux siècles (auscultation, vaccination, antibiotiques, anesthésie, chirurgie, etc.) grâce aux avancées de la biologie et à un ensemble de progrès conceptuels et technologiques. Il reste un domaine qui n’a pas encore été intégré à la médecine (humaine et vétérinaire), ce sont les sciences de l’évolution. Pour la première fois, la faculté de médecine de Lyon et le LabEx Ecofect se sont rapprochés pour développer un enseignement de sciences de l’évolution destiné à l’ensemble des spécialités médicales, en créant un diplôme universitaire (DU) intitulé « Biologie de l’Évolution et Médecine », le premier de ce type en France. Notre objectif est de développer une communauté à l’interface entre médecine et sciences de l’évolution.
- Vidéo de présentation : https://vimeo.com/212734930
Publications
Affichage des publications 1 à 30 sur 73 au total
Species-Specific Molecular Barriers to SARS-CoV-2 Replication in Bat Cells
Journal of Virology . 96 ( 14 )
DOI: 10.1128/jvi.00608-22
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voir la publicationVenezuelan Equine Encephalitis Complex Alphavirus in Bats, French Guiana
Emerging Infectious Diseases . 27 ( 4 )
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voir la publicationA plant-like mechanism coupling m6A reading to polyadenylation safeguards transcriptome integrity and developmental gene partitioning in Toxoplasma
eLife . 10 : e68312
DOI: 10.7554/elife.68312
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voir la publicationPuumala Virus Variants Circulating in Forests of Ardennes, France: Ten Years of Genetic Evolution
Pathogens . 10 ( 9 ) : 1164
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voir la publicationSurvival and cause-specific mortality of European wildcat (Felis silvestris) across Europe
Biological Conservation . 261 : 109239
Article dans une revue
voir la publicationPuumala Virus Variants Circulating in Forests of Ardennes, France: Ten Years of Genetic Evolution
Pathogens . 10 ( 9 ) : 1164
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voir la publicationGenetic inference of the mating system of free-ranging domestic dogs
Behavioral Ecology . 32 : 646 - 656
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voir la publicationSurgical Treatment of Oesophagostomum spp. Nodular Infection in a Chimpanzee at the CIRMF Primatology Center, Gabon
Case Reports in Veterinary Medicine . 2021
DOI: 10.1155/2021/6617416
Article dans une revue
voir la publicationBacterial Transformation Buffers Environmental Fluctuations through the Reversible Integration of Mobile Genetic Elements
mBio . 11 ( 2 ) : e02443-19
Article dans une revue
voir la publicationPathogens Shape Sex Differences in Mammalian Aging
Trends in Parasitology . 36 ( 8 ) : 668-676
Article dans une revue
voir la publicationIntegrating population genetics to define conservation units from the core to the edge of Rhinolophus ferrumequinum western range
Ecology and Evolution . 9 : 2272–12290
DOI: 10.1002/ece3.5714
Article dans une revue
voir la publicationPollen limitation as a main driver of fruiting dynamics in oak populations
Ecology Letters . 22 ( 1 ) : 98-107
DOI: 10.1111/ele.13171
Article dans une revue
voir la publicationAbsence of paramyxovirus RNA in non-human primate sanctuaries and a primatology center in Gabon
Journal of Epidemiological Research . 5 ( 2 ) : 6
DOI: 10.5430/jer.v5n2p6
Article dans une revue
voir la publicationThe m 6 A pathway protects the transcriptome integrity by restricting RNA chimera formation in plants
Life Science Alliance . 2 ( 3 ) : e201900393
Article dans une revue
voir la publicationUAP56 associates with DRM2 and is localized to chromatin in Arabidopsis
FEBS Open Bio . 9 ( 5 ) : 973-985
Article dans une revue
voir la publicationMetabarcoding for the parallel identification of several hundred predators and their prey: Application to bat species diet analysis
Molecular Ecology Resources . 18 ( 3 ) : 474-489
Article dans une revue
voir la publicationCoexistence of two sympatric cryptic bat species in French Guiana: insights from genetic, acoustic and ecological data
BMC Evolutionary Biology . 18 ( 1 )
Article dans une revue
voir la publicationCoexistence de deux espèces cryptiques de chauves-souris en Guyane française : apprentissages à partir de la génétique de l’acoustique et de l’écologie
Plume de Naturalistes . 2 : 169-190
Article dans une revue
voir la publicationSpatio-temporal variation of the greater horseshoe bat (Rhinolophus ferrumequinum) diet in Western France: applications to chirosurveillance and conservation strategies
International Conference on Ecological Sciences (Sfécologie 2018) .
Acte de congrès
voir la publicationThe greater horseshoe bat (Rhinolophus ferrumequinum) diet : Optimisation of arthropods DNA identification in guano samples
International Conference on Ecological Sciences (Sfécologie 2018) .
Acte de congrès
voir la publicationChauves-souris et services écosystémiques : que nous apprend l'ADN contenu dans le guano?
Congrès Ecolo’Tech .
Acte de congrès
voir la publicationA bacterial GW-effector targets Arabidopsis AGO1 to promote pathogenicity and induces Effector-triggered immunity by disrupting AGO1 homeostasis
DOI: 10.1101/215590
Pré-publication
voir la publicationAn R package for analyzing survival using continuous-time open capture-recapture models
Methods in Ecology and Evolution . 7 : 518-528
Article dans une revue
voir la publicationEvidence for ARGONAUTE4–DNA interactions in RNA-directed DNA methylation in plants
Genes and Development . 30 ( 23 ) : 2565-2570
Article dans une revue
voir la publicationThe host specificity of ape malaria parasites can be broken in confined environments
International Journal for Parasitology . 46 ( 11 ) : 737-744
Article dans une revue
voir la publicationQuantifying the role of weather on seasonal influenza
BMC Public Health . 16 : 441
Article dans une revue
voir la publicationParasite-Parasite Interactions in the Wild: How To Detect Them?
Trends in Parasitology .
Article dans une revue
voir la publicationUnknown age in health disorders: A method to account for its cumulative effect and an application to feline viruses interactions.
Epidemics . 11 : 48-55
Article dans une revue
voir la publicationModes of transmission of Simian T-lymphotropic Virus Type 1 in semi-captive mandrills (Mandrillus sphinx)
Veterinary Microbiology . 179 : 155-61
Article dans une revue
voir la publication