Equipe Ecoépidémiologie Evolutionniste
Membres
Stagiaire
UCBL
Professeure des universités
UCBL
Tél : 33 04 72 43 13 37
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Thématiques de recherche
Notre équipe mène des recherches dans plusieurs domaines (démographie, écologie comportementale, génétique, épidémiologie et variabilité biologique, développements méthodologiques).
Dynamique et évolution des maladies infectieuses dans les populations naturelles
L’idée fondatrice de notre groupe de recherche est de combiner différentes approches (suivis de systèmes hôtes-parasites sur le terrain, modélisation mathématique) pour analyser les maladies infectieuses sous de multiples perspectives (écologie, évolution, épidémiologie, microbiologie, santé publique), en intégrant différents niveaux d’organisation (du gène à la communauté d’hôtes) et des aspects complexes (longévité des hôtes, comportements, structures des populations et des communautés, interactions entre agents infectieux) qui sont souvent exclus de la recherche de facteurs explicatifs possibles. Nous cherchons à comprendre la dynamique des agents infectieux, leurs modes de transmission, leur impact sur les populations hôtes, à identifier les hôtes les plus susceptibles d’être affectés et les circonstances dans lesquelles ces agents infectieux sont capables de franchir les barrières d’espèces.
Nous nous intéressons à un large éventail de systèmes hôtes-parasites, comme les rétrovirus chez les mandrills, les maladies hémorragiques des lapins et lièvres, la myxomatose chez le lapin, les principales maladies des chats, la grippe, les maladies infectieuses émergentes (e.g., hantavirus). Plus récemment, nous développons des études sur les interactions entre les chauves-souris et leurs virus.
Les travaux sur le modèle chauves-souris – virus portent sur plusieurs aspects : l’organisation des populations et des communautés en zone tempérée (France métropolitaine) et sous les tropiques (Guyane, Gabon), l’hybridation entre espèces, les déterminants génétiques et moléculaires des interactions chauves-souris – virus, les modalités de franchissement de la barrière d’espèce, les implications pour leur conservation.
Les projets de recherche en métropole sont construits avec les associations de naturalistes. Nous bénéficions d’un réseau de bénévoles à large échelle géographique.
- Film documentaire : "L'écho du Grand Rhinolophe" (produit par P. Cottaz).
https://vimeo.com/435059221/7a3f18d6ba
Développements méthodologiques
Analyse de données temporelles de suivi de maladies infectieuses
L’analyse de données issues du suivi des maladies infectieuses constitue un défi méthodologique pour plusieurs raisons. Tout d’abord, le changement de statut infectieux d’un hôte dépend du statut des autres hôtes (à cause de la contamination, créant ainsi de la dépendance statistique entre les individus d’un même échantillon), celui-ci étant inconnu chez les individus non observés. Ensuite, le changement de statut des individus dans le temps obéit à un processus dynamique dont l’analyse implique l’utilisation de modèles adaptés (par exemple, de type markovien). Notre équipe s’intéresse donc à l’utilisation de ces modèles dynamique-statistiques pour analyser comment certains facteurs (comportementaux, météorologiques, etc.) affectent la diffusion de maladies infectieuses.
Analyse de données complexes en écologie
Les suivis en écologie, bien que standardisés autant que possible, présentent une complexité bien plus grande que les recherches en conditions contrôlées. Ainsi, même si de nombreux outils ont déjà été développés pour répondre aux besoins de l’écologie, il est fréquent de devoir soit ajuster les outils existants au cas par cas, soit d’en développer des nouveaux. Une thématique importante de notre équipe est donc le développement d’outils « sur mesure » s’ajustant au mieux à la spécificité de nos jeux de données.
Une implication forte dans le développement de l’interdisciplinarité à Lyon
Étude des maladies infectieuses à différents niveaux d’organisation : Le LabEx Ecofect
“Eco-evolutionary dynamics of infectious diseases”.
Co-Direction (D Pontier & FL Cosset) du LabEx Ecofect (http://ecofect.universite-lyon.fr/)
Ecofect a comme objectifs (i) de développer des recherches interdisciplinaires innovantes concernant la dynamique écologique et évolutive des maladies infectieuses, en favorisant le rapprochement conceptuel entre la microbiologie et l’immunologie d’un côté, l’écologie et l’évolution de l’autre ; et (ii) de construire de nouveaux ponts entre la recherche fondamentale en éco-infectiologie et la recherche médicale avec l’objectif d’accélérer le processus de transfert de connaissances vers les aspects opérationnels : diagnostic et thérapeutique, prévention (vaccins), gestion du risque infectieux, etc.
Application des sciences de l’évolution à la médecine : DU « Biologie de l’Évolution et Médecine »
Co-direction (D Pontier & L Perino) du DU (http://bem-univ.fr/)
La médecine a enregistré des succès extraordinaires depuis deux siècles (auscultation, vaccination, antibiotiques, anesthésie, chirurgie, etc.) grâce aux avancées de la biologie et à un ensemble de progrès conceptuels et technologiques. Il reste un domaine qui n’a pas encore été intégré à la médecine (humaine et vétérinaire), ce sont les sciences de l’évolution. Pour la première fois, la faculté de médecine de Lyon et le LabEx Ecofect se sont rapprochés pour développer un enseignement de sciences de l’évolution destiné à l’ensemble des spécialités médicales, en créant un diplôme universitaire (DU) intitulé « Biologie de l’Évolution et Médecine », le premier de ce type en France. Notre objectif est de développer une communauté à l’interface entre médecine et sciences de l’évolution.
- Vidéo de présentation : https://vimeo.com/212734930
Publications
Affichage des publications 1 à 30 sur 185 au total
The effects of climate on bat morphology across space and time
Ecography .
DOI: 10.1002/ecog.07663
Article dans une revue
voir la publicationLa diversification de la protéine kinase R contribue à la spécificité des interactions entre chauves–souris et virus
Comptes Rendus. Biologies . 348 : 35 - 41
DOI: 10.5802/crbiol.170
Article dans une revue
voir la publicationEuropean distribution and intramuscular pathogenicity of divergent lyssaviruses West Caucasian bat virus and Lleida bat lyssavirus
iScience . 28 ( 2 ) : 111738
Article dans une revue
voir la publicationThe Influence of Age, Sex, and Season on Hematological Parameters in a Captive Population of Former Laboratory Chimpanzees (Pan troglodytes)
American Journal of Primatology . 87
DOI: 10.1002/ajp.23703
Article dans une revue
voir la publicationSex Differences in Lifespan, Ageing and Health in the Living World
The Biodemography of Ageing and Longevity . ( 1 ) : 162-189
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationAssessment of the Risks of Zoonotic Infection at the Primatology Centre of the Interdisciplinary Medical Research Centre of Franceville in Gabon
Journal of Medical Primatology . 53 ( 5 )
DOI: 10.1111/jmp.12741
Article dans une revue
voir la publicationUsing a dynamical model to study the impact of a toxoid vaccine on the evolution of a bacterium: The example of diphtheria
Ecological Modelling . 487 : 110569
Article dans une revue
voir la publicationExperimental infection of Artibeus lituratus bats and no detection of Zika virus in neotropical bats from French Guiana, Peru, and Costa Rica suggests a limited role of bats in Zika transmission
PLoS Neglected Tropical Diseases . 17 ( 7 ) : e0010439
Article dans une revue
voir la publicationStaphylococcus aureus Host Spectrum Correlates with Methicillin Resistance in a Multi-Species Ecosystem
Microorganisms . 11 ( 2 ) : 393
Article dans une revue
voir la publicationPopulation designations in biomedical research: limitations and perspectives
HLA: Immune Response Genetics . 101 ( 1 ) : 3-15
DOI: 10.1111/tan.14852
Article dans une revue
voir la publicationCoexistence between Humans and ‘Misunderstood’ Domestic Cats in the Anthropocene: Exploring Behavioural Plasticity as a Gatekeeper of Evolution
Animals . 12 ( 13 ) : 1717
DOI: 10.3390/ani12131717
Article dans une revue
voir la publicationSeroprevalence and incidence of Puumala orthohantavirus in its bank vole (Myodes glareolus) host population in northeastern France: Between-site and seasonal variability
Epidemics . 40 : 100600
Article dans une revue
voir la publicationSpecies delineation and genetic structure of two Chaerephon species ( C. pusillus and C. leucogaster ) on Madagascar and the Comoro archipelago
Ecology and Evolution . 12 ( 12 ) : e9566
DOI: 10.1002/ece3.9566
Article dans une revue
voir la publicationAdaptive duplication and genetic diversification of protein kinase R contribute to the specificity of bat-virus interactions
Science Advances . 8 ( 47 )
Article dans une revue
voir la publicationSpecies-Specific Molecular Barriers to SARS-CoV-2 Replication in Bat Cells
Journal of Virology . 96 ( 14 )
DOI: 10.1128/jvi.00608-22
Article dans une revue
voir la publicationSurgical Treatment of Oesophagostomum spp. Nodular Infection in a Chimpanzee at the CIRMF Primatology Center, Gabon
Case Reports in Veterinary Medicine . 2021 : 6617416
DOI: 10.1155/2021/6617416
Article dans une revue
voir la publicationeDNA metabarcoding reveals a core and secondary diets of the greater horseshoe bat with strong spatio-temporal plasticity
Environmental DNA . 3 ( 1 ) : 277-296
DOI: 10.1002/edn3.167
Article dans une revue
voir la publicationMobilisation de la FRB par les pouvoirs publics français sur les liens entre Covid-19 et biodiversité
: 63 pages
Rapport
voir la publicationThe Link Between Covid-19 and Biodiversity: A Report Commissioned by the French Public Authorities
: 60
Rapport
voir la publicationVenezuelan Equine Encephalitis Complex Alphavirus in Bats, French Guiana
Emerging Infectious Diseases . 27 ( 4 )
Article dans une revue
voir la publicationPuumala Virus Variants Circulating in Forests of Ardennes, France: Ten Years of Genetic Evolution
Pathogens . 10 ( 9 ) : 1164
Article dans une revue
voir la publicationSurvival and cause-specific mortality of European wildcat (Felis silvestris) across Europe
Biological Conservation . 261 : 109239
Article dans une revue
voir la publicationGenetic inference of the mating system of free-ranging domestic dogs
Behavioral Ecology . 32 : 646 - 656
Article dans une revue
voir la publicationSurgical Treatment of Oesophagostomum spp. Nodular Infection in a Chimpanzee at the CIRMF Primatology Center, Gabon
Case Reports in Veterinary Medicine . 2021
DOI: 10.1155/2021/6617416
Article dans une revue
voir la publicationRapid Evolution of HERC6 and Duplication of a Chimeric HERC5/6 Gene in Rodents and Bats Suggest an Overlooked Role of HERCs in Mammalian Immunity
Frontiers in Immunology . 11
Article dans une revue
voir la publicationIn silico and empirical evaluation of twelve metabarcoding primer sets for insectivorous diet analyses
Ecology and Evolution . : 1-23
DOI: 10.1002/ece3.6362
Article dans une revue
voir la publicationThe Link Between Covid-19 and Biodiversity : A Report Commissioned by the French Public Authorities
: 54 pages
Rapport
voir la publicationBacterial Transformation Buffers Environmental Fluctuations through the Reversible Integration of Mobile Genetic Elements
mBio . 11 ( 2 ) : e02443-19
Article dans une revue
voir la publicationMobilisation de la FRB par les pouvoirs publics français sur les liens entre Covid-19 et biodiversité
: 57 pages
Rapport
voir la publication