Equipe Ecologie Quantitative et Evolutive des Communautés
Membres
Doctorante
UCBL
Professeure des universités
VetAgro-Sup
Tél : 33 04 72 43 27 56
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 27 57
Doctorant
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorant
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorante
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Stagiaire
UCBL
Professeur des universités
UCBL
Tél : 33 04 72 43 27 56
Professeur des universités
UCBL
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 27 56
Attaché temporaire à l'enseignement et à la recherche
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Maîtresse de conférences
UCBL
Tél : 33 04 72 43 29 02
Maître de conférences
UCBL
Tél : 33 04 72 43 29 02
Nos activités de recherche, centrées sur les interactions interspécifiques (écologie des communautés) visent à mieux comprendre les processus écologiques et évolutifs structurant les assemblages d’espèces et la biodiversité à différentes échelles temporelles et spatiales. Notre équipe aborde ces questions majeures à l’aide de modèles biologiques contrastés (communautés de grands mammifères africains, d’insectes, microbiote, plantes) sous 3 angles complémentaires :
- Nos travaux sont fortement ancrés dans le cadre conceptuel de la biologie évolutive en étudiant (i) la diversité des réponses adaptatives mises en œuvre par les organismes face aux pressions sélectives de leur environnement, (ii) leurs conséquences sur la démographie des populations et à terme (iii) la dynamique et la composition des communautés d’espèces.
- Notre recherche est étroitement liée à des questions sociétales de conservation et de gestion de la biodiversité en intégrant à la fois le fonctionnement des systèmes socio-écologiques et le contexte du changement climatique. Nous menons des études expérimentales, gérons et assurons le suivi à long terme de plusieurs réseaux d’observation de communautés.
- La problématique méthodologique occupe également une place centrale dans notre équipe, avec le développement de nouveaux outils de traitement statistique et de modélisation de données écologiques. Cette activité conduit à l’élaboration de méthodes et logiciels que nous développons et distribuons librement.
Les programmes de recherche de l’équipe:
Le fonctionnement des communautés des savanes africaines
Le programme de recherches interdisciplinaires à long terme mené dans la Zone Atelier Hwange, au Zimbabwe, s’intéresse au fonctionnement des communautés animales et végétales au sein du parc national de Hwange et aux interactions entre cette aire protégée et les humains vivant à sa périphérie. Les recherches s’articulent autour de trois axes : (1) Dynamique de la population d’éléphants et effets de celle-ci et de sa gestion sur le fonctionnement du socio-écosystème ; (2) Interactions au sein et entre niveaux trophiques et réponses de ces interactions aux actions de gestion (e.g. chasse sportive, gestion de l’eau) et aux changements climatiques ; (3) Ecologie humaine et mécanismes de coexistence humains-faune sauvage pour une conservation intégrée et un fonctionnement durable du socio-écosystème. Ces recherches sont complétées par des travaux plus récents dans le parc de Hluhluwe-iMfolozi et la réserve de Madikwe, en Afrique du Sud, qui portent sur le rôle des conditions environnementales sur le succès de chasse des grands carnivores africains. Nous travaillons en collaboration étroite avec l’IRL (International Research Lab) Rehabs.
Membres de l’équipe impliqués : Alice Bernard, Laura Lacomme, Aïssa Morin, Lisa Nicvert, Elie Pedarros, Yolan Richard, Marion Valeix*
La reproduction des plantes pérennes : comprendre ses mécanismes et ses conséquences à l'échelle des communautés
La reproduction des plantes pérennes est souvent caractérisée par des fructifications hautement fluctuantes dans le temps et synchronisées à l’échelle de la population (masting). Nos suivis interannuels menés sur les chênes tempérés (Quercus spp), combinés à des travaux de modélisation, visent à mieux comprendre les causes proximales et évolutives du masting et à proposer des scenarii sur le devenir de la régénération des chênaies dans le contexte du changement climatique (Programme ANR ‘FOREPRO’). Le masting a d’importants effets en cascade (dynamiques et assemblage des espèces de plantes pérennes, de consommateurs de graines -insectes, oiseaux, mammifères-, jusqu’à l’épidémiologie de certaines maladies humaines). La modélisation explicite du masting nous permettra alors d’évaluer certaines des conséquences écosystémiques du changement climatique dans les forêts de régions tempérées. Ce programme, piloté par notre équipe, se développe en collaboration avec deux autres équipes du département d’écologie évolutive (Ecoépidémiologie Evolutionniste, Biodémographie Evolutive), trois Universités (Montpellier-CNRS-, Bordeaux-INRAE-, Paris-Saclay) et l’Office National des Forêts.
Membres de l’équipe impliqués : Marie-Claude Bel-Venner*, Emilie Fleurot, Léa Keurinck, Jean Lobry, Samuel Venner
La propagation des gènes d’antibiorésistance chez les bactéries
L’antibiorésistance est reconnue comme l'une des plus grandes menaces actuelles pour la santé humaine, et les éléments génétiques mobiles (MGEs) qui circulent dans les populations et communautés bactériennes en sont les principaux véhicules. Pour comprendre la dynamique et la diversité des MGEs dans les pangénomes bactériens et l’émergence des gènes d’antibiorésistance, nous proposons de dépasser le cadre de la génomique conventionnelle en considérant les pangénomes comme des communautés écologiques complexes. Dans le programme Ab-One, nous mobilisons les concepts et outils développés en écologie des communautés en nous appuyant sur une approche intégrative (suivis de populations/communautés bactériennes évoluant dans des environnements contrastés -approches One-Health-, analyses pangénomiques, expérimentation en microbiologie moléculaire et cellulaire, modélisation mathématique). Ce programme est actuellement centré sur la dynamique des MGEs chez Acinetobacter baumannii, un micro-organisme antibiorésistant classé prioritaire par l'OMS. D’autres approches plus généralistes illustreront la pertinence de ce nouveau cadre conceptuel pour comprendre la dynamique et diversité des MGEs dans les pangénomes bactériens. Ce programme, co-piloté par notre équipe et une équipe du CIRI (Horigene) implique la participation de 9 organismes (6 lyonnais -LBBE, CIRI, MMSB, HCL, LEM, VetAgro Sup-, Institut Pasteur (Paris), LMGM (Toulouse), Robert Koch Institut (Allemagne)).
Membres de l’équipe impliqués : Stéphane Dray, Rémi Tuffet, Samuel Venner*
L’analyse statistique de données écologiques
L’étude de la structure et de la dynamique des assemblages d’espèces et la compréhension des processus qui en sont à l’origine nécessite la collecte de données dont la nature se complexifie avec les développements technologiques pour leur acquisition (e.g. GPS, loggers, imagerie satellite, données moléculaires). Les méthodes d'analyse de ces données offrent de nouvelles perspectives sur les processus écologiques à l'œuvre dans les communautés. Les méthodes d’analyse multivariée permettent ainsi d’analyser les structures spatiales, en intégrant des informations sur les espèces (traits fonctionnels, morphologie, phylogénie), la variation spatio-temporelle des relations espèces-environnement ou sur la diversité de la perception de la relation hommes-aires protégées. Nous modélisons aussi des données multi-’omiques’ de type dose-réponse au sein des communautés afin de mieux comprendre les chemins des effets adverses (Adverse Outcome Pathway) et mieux en apprécier les risques pour l’environnement. Ces innovations méthodologiques sont mises à la disposition de la communauté scientifique à travers le développement, la distribution et la maintenance de logiciels (librairies pour le langage R : ade4 , adegraphics , adephylo , ade4TkGUI , nlstools , fitdistrplus , DRomics , seqinr ).
Membres de l’équipe impliqués : Marie Laure Delignette-Muller, Stéphane Dray*, Jean Lobry, Jean Thioulouse.
Publications
Affichage des publications 61 à 90 sur 545 au total
Unveiling ecological assembly rules from commonalities in trait distributions
Ecology Letters . 24 ( 8 ) : 1668-1680
DOI: 10.1111/ele.13789
Article dans une revue
voir la publicationImprints of Past Habitat Area Reduction on Extant Taxonomic, Functional, and Phylogenetic Composition
Frontiers in Ecology and Evolution . 9
Article dans une revue
voir la publicationConvolutional neural networks improve species distribution modelling by capturing the spatial structure of the environment
PLoS Computational Biology . 17 ( 4 ) : e1008856
Article dans une revue
voir la publicationFunctional biogeography of weeds reveals how anthropogenic management blurs trait–climate relationships
Journal of Vegetation Science . 32 ( 2 ) : 1-12
DOI: 10.1111/jvs.12999
Article dans une revue
voir la publicationJointly estimating spatial sampling effort and habitat suitability for multiple species from opportunistic presence‐only data
Methods in Ecology and Evolution . 12 ( 5 ) : 933-945
Article dans une revue
voir la publicationHow Do Deep Convolutional SDM Trained on Satellite Images Unravel Vegetation Ecology ?
ICPR 2020 - 25th International Conference on Pattern Recognition . 12666 : 148-158
Acte de congrès
voir la publicationDesigning sampling protocols for plant-pollinator interactions - timing, meteorology, flowering variations and failed captures matter
Botany Letters . 168 ( 3 ) : 324-332
Article dans une revue
voir la publicationDo ecological specialization and functional traits explain the abundance–frequency relationship? Arable weeds as a case study
Journal of Biogeography . 48 ( 1 ) : 37-50
DOI: 10.1111/jbi.13980
Article dans une revue
voir la publicationCanopy and understory tree guilds respond differently to the environment in an Indian rainforest
Journal of Vegetation Science . 32 ( 5 )
DOI: 10.1111/jvs.13075
Article dans une revue
voir la publicationSmall-Scale Variability in Bacterial Community Structure in Different Soil Types
Microbial ecology . 82 ( 2 ) : 470-483
Article dans une revue
voir la publicationResource Competition and Host Feedbacks Underlie Regime Shifts in Gut Microbiota
The American Naturalist . 198 ( 1 ) : 1-12
DOI: 10.1086/714527
Article dans une revue
voir la publicationFrom competition to facilitation and mutualism: a general theory of the niche
Ecological monographs . 91 ( 3 )
DOI: 10.1002/ecm.1458
Article dans une revue
voir la publicationDeterminants of genetic diversity and species richness of North American amphibians
Journal of Biogeography . 49 ( 11 ) : 2005-2015
Article dans une revue
voir la publicationCounter‐gradient variation of reproductive effort in a widely distributed temperate oak Quercus petraea
Functional Ecology . : 1-11
Article dans une revue
voir la publicationWater Quality Shapes Freshwater Macroinvertebrate Communities in Northern Tunisia
Recent Advances in Environmental Science from the Euro-Mediterranean and Surrounding Regions (2nd Edition) . : 1915-1919
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationWithin-host genetic micro-diversity of Mycobacterium tuberculosis and the link with tuberculosis disease features
Pré-publication
voir la publicationHow does interspecific competition modify the response of grass plants against herbicide treatment? A hierarchical concentration-response approach
Science of the Total Environment . 778 : 146108
Article dans une revue
voir la publicationEvaluation using latent class models of the diagnostic performances of three ELISA tests commercialized for the serological diagnosis of Coxiella burnetii infection in domestic ruminants
Gemeinsamen Arbeitstagung der Nationalen Referenzlabore Chlamydiose, Q-Fieber, Paratuberkulose und Tuberkulose der Rinder - Online-Tagung veranstaltet . : 17 slides
Acte de congrès
voir la publicationEvaluation using latent class models of the diagnostic performances of three ELISA tests commercialized for the serological diagnosis of Coxiella burnetii infection in domestic ruminants
Veterinary Research . 52 ( 1 )
Article dans une revue
voir la publicationPhenotypic and Transcriptomic Responses to Stress Differ According to Population Geography in an Invasive Species
Genome Biology and Evolution . 13 ( 9 ) : evab208
DOI: 10.1093/gbe/evab208
Article dans une revue
voir la publicationOvercoming the Spurious Groups Problem in Between-Group PCA
Evolutionary Biology .
Article dans une revue
voir la publicationAre human natal sex ratio differences across the world adaptive? A test of Fisher's principle
Biology Letters . 17 ( 3 )
Article dans une revue
voir la publicationEvaluation, à l’aide de modèles à classes latentes, des performances diagnostic des tests ELISA commercialisés pour le diagnostic sérologique des infections par Coxiella burnetii chez les ruminants domestiques
17ème Rencontre des Microbiologistes du Pôle Clermontois .
Acte de congrès
voir la publicationRifampicin exposure reveals within-host Mycobacterium tuberculosis diversity in patients with delayed culture conversion
PLoS Pathogens . 17 ( 6 ) : e1009643
Article dans une revue
voir la publicationLong‐term high densities of African elephants clear the understorey and promote a new stable savanna woodland community
Journal of Vegetation Science . 32 ( 6 )
DOI: 10.1111/jvs.13101
Article dans une revue
voir la publicationImages, écologie et deep learning
Regards sur la biodiversité .
Article dans une revue
voir la publicationParticipation of LIRMM / Inria to the GeoLifeCLEF 2020 challenge
Pré-publication
voir la publicationAssessing metacommunity processes through signatures in spatiotemporal turnover of community composition
Ecology Letters . 23 ( 9 ) : 1330-1339
DOI: 10.1111/ele.13523
Article dans une revue
voir la publicationEcological Specialization and Rarity of Arable Weeds: Insights from a Comprehensible Survey in France
Plants . 9 ( 7 ) : 824
Article dans une revue
voir la publicationWeeds: Against the Rules?
Trends in Plant Science . 25 ( 11 ) : 1107-1116
Article dans une revue
voir la publication