Equipe Ecologie Quantitative et Evolutive des Communautés
Membres
Doctorante
UCBL
Professeure des universités
VetAgro-Sup
Tél : 33 04 72 43 27 56
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 27 57
Doctorant
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorant
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Post-doc
CNRS
Doctorante
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Professeur des universités
UCBL
Tél : 33 04 72 43 27 56
Professeur des universités
UCBL
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 27 56
Attaché temporaire à l'enseignement et à la recherche
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Maîtresse de conférences
UCBL
Tél : 33 04 72 43 29 02
Maître de conférences
UCBL
Tél : 33 04 72 43 29 02
Nos activités de recherche, centrées sur les interactions interspécifiques (écologie des communautés) visent à mieux comprendre les processus écologiques et évolutifs structurant les assemblages d’espèces et la biodiversité à différentes échelles temporelles et spatiales. Notre équipe aborde ces questions majeures à l’aide de modèles biologiques contrastés (communautés de grands mammifères africains, d’insectes, microbiote, plantes) sous 3 angles complémentaires :
- Nos travaux sont fortement ancrés dans le cadre conceptuel de la biologie évolutive en étudiant (i) la diversité des réponses adaptatives mises en œuvre par les organismes face aux pressions sélectives de leur environnement, (ii) leurs conséquences sur la démographie des populations et à terme (iii) la dynamique et la composition des communautés d’espèces.
- Notre recherche est étroitement liée à des questions sociétales de conservation et de gestion de la biodiversité en intégrant à la fois le fonctionnement des systèmes socio-écologiques et le contexte du changement climatique. Nous menons des études expérimentales, gérons et assurons le suivi à long terme de plusieurs réseaux d’observation de communautés.
- La problématique méthodologique occupe également une place centrale dans notre équipe, avec le développement de nouveaux outils de traitement statistique et de modélisation de données écologiques. Cette activité conduit à l’élaboration de méthodes et logiciels que nous développons et distribuons librement.
Les programmes de recherche de l’équipe:
Le fonctionnement des communautés des savanes africaines
Le programme de recherches interdisciplinaires à long terme mené dans la Zone Atelier Hwange, au Zimbabwe, s’intéresse au fonctionnement des communautés animales et végétales au sein du parc national de Hwange et aux interactions entre cette aire protégée et les humains vivant à sa périphérie. Les recherches s’articulent autour de trois axes : (1) Dynamique de la population d’éléphants et effets de celle-ci et de sa gestion sur le fonctionnement du socio-écosystème ; (2) Interactions au sein et entre niveaux trophiques et réponses de ces interactions aux actions de gestion (e.g. chasse sportive, gestion de l’eau) et aux changements climatiques ; (3) Ecologie humaine et mécanismes de coexistence humains-faune sauvage pour une conservation intégrée et un fonctionnement durable du socio-écosystème. Ces recherches sont complétées par des travaux plus récents dans le parc de Hluhluwe-iMfolozi et la réserve de Madikwe, en Afrique du Sud, qui portent sur le rôle des conditions environnementales sur le succès de chasse des grands carnivores africains. Nous travaillons en collaboration étroite avec l’IRL (International Research Lab) Rehabs.
Membres de l’équipe impliqués : Alice Bernard, Laura Lacomme, Aïssa Morin, Lisa Nicvert, Elie Pedarros, Yolan Richard, Marion Valeix*
La reproduction des plantes pérennes : comprendre ses mécanismes et ses conséquences à l'échelle des communautés
La reproduction des plantes pérennes est souvent caractérisée par des fructifications hautement fluctuantes dans le temps et synchronisées à l’échelle de la population (masting). Nos suivis interannuels menés sur les chênes tempérés (Quercus spp), combinés à des travaux de modélisation, visent à mieux comprendre les causes proximales et évolutives du masting et à proposer des scenarii sur le devenir de la régénération des chênaies dans le contexte du changement climatique (Programme ANR ‘FOREPRO’). Le masting a d’importants effets en cascade (dynamiques et assemblage des espèces de plantes pérennes, de consommateurs de graines -insectes, oiseaux, mammifères-, jusqu’à l’épidémiologie de certaines maladies humaines). La modélisation explicite du masting nous permettra alors d’évaluer certaines des conséquences écosystémiques du changement climatique dans les forêts de régions tempérées. Ce programme, piloté par notre équipe, se développe en collaboration avec deux autres équipes du département d’écologie évolutive (Ecoépidémiologie Evolutionniste, Biodémographie Evolutive), trois Universités (Montpellier-CNRS-, Bordeaux-INRAE-, Paris-Saclay) et l’Office National des Forêts.
Membres de l’équipe impliqués : Marie-Claude Bel-Venner*, Emilie Fleurot, Léa Keurinck, Jean Lobry, Samuel Venner
La propagation des gènes d’antibiorésistance chez les bactéries
L’antibiorésistance est reconnue comme l'une des plus grandes menaces actuelles pour la santé humaine, et les éléments génétiques mobiles (MGEs) qui circulent dans les populations et communautés bactériennes en sont les principaux véhicules. Pour comprendre la dynamique et la diversité des MGEs dans les pangénomes bactériens et l’émergence des gènes d’antibiorésistance, nous proposons de dépasser le cadre de la génomique conventionnelle en considérant les pangénomes comme des communautés écologiques complexes. Dans le programme Ab-One, nous mobilisons les concepts et outils développés en écologie des communautés en nous appuyant sur une approche intégrative (suivis de populations/communautés bactériennes évoluant dans des environnements contrastés -approches One-Health-, analyses pangénomiques, expérimentation en microbiologie moléculaire et cellulaire, modélisation mathématique). Ce programme est actuellement centré sur la dynamique des MGEs chez Acinetobacter baumannii, un micro-organisme antibiorésistant classé prioritaire par l'OMS. D’autres approches plus généralistes illustreront la pertinence de ce nouveau cadre conceptuel pour comprendre la dynamique et diversité des MGEs dans les pangénomes bactériens. Ce programme, co-piloté par notre équipe et une équipe du CIRI (Horigene) implique la participation de 9 organismes (6 lyonnais -LBBE, CIRI, MMSB, HCL, LEM, VetAgro Sup-, Institut Pasteur (Paris), LMGM (Toulouse), Robert Koch Institut (Allemagne)).
Membres de l’équipe impliqués : Stéphane Dray, Rémi Tuffet, Samuel Venner*
L’analyse statistique de données écologiques
L’étude de la structure et de la dynamique des assemblages d’espèces et la compréhension des processus qui en sont à l’origine nécessite la collecte de données dont la nature se complexifie avec les développements technologiques pour leur acquisition (e.g. GPS, loggers, imagerie satellite, données moléculaires). Les méthodes d'analyse de ces données offrent de nouvelles perspectives sur les processus écologiques à l'œuvre dans les communautés. Les méthodes d’analyse multivariée permettent ainsi d’analyser les structures spatiales, en intégrant des informations sur les espèces (traits fonctionnels, morphologie, phylogénie), la variation spatio-temporelle des relations espèces-environnement ou sur la diversité de la perception de la relation hommes-aires protégées. Nous modélisons aussi des données multi-’omiques’ de type dose-réponse au sein des communautés afin de mieux comprendre les chemins des effets adverses (Adverse Outcome Pathway) et mieux en apprécier les risques pour l’environnement. Ces innovations méthodologiques sont mises à la disposition de la communauté scientifique à travers le développement, la distribution et la maintenance de logiciels (librairies pour le langage R : ade4 , adegraphics , adephylo , ade4TkGUI , nlstools , fitdistrplus , DRomics , seqinr ).
Membres de l’équipe impliqués : Marie Laure Delignette-Muller, Stéphane Dray*, Jean Lobry, Jean Thioulouse.
Publications
Affichage des publications 361 à 390 sur 572 au total
Ecomic - RMQs : Cartographie de la diversité microbienne des sols à l'échelle de la France
4ème Colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne (AFEM) . : 1 p.
Acte de congrès
voir la publicationDiversité des communautés microbiennes telluriques à l'échelle du territoire national
Journées d'Etude des Sols . : 151-152
Acte de congrès
voir la publicationRhizosphere microbiota interfers with plant-plant interactions
Plant and Soil . ( 321 ) : 259-278
Article dans une revue
voir la publicationMultivariate analysis of the spatial patterns of 8 trace elements using the French soil monitoring network data
Science of the Total Environment . 407 : 5644-5652
Article dans une revue
voir la publicationResponses of Pinus halepensis growth soil microbial catabolic functions and phosphate-solubilizing bacteria after rock phosphate amendment and ectomycorrhizal inoculation
Plant and Soil . 320 (1-2) : 169-179
Article dans une revue
voir la publicationResponses of Pinus halepensis growth, soil microbial catabolic functions and phosphate-solubilizing bacteria after rock phosphate amendment and ectomycorrhizal inoculation.
Plant and Soil . 320 : 169-179
Article dans une revue
voir la publicationMultivariate analysis of the spatial patterns of 8 trace elements using the French soil monitoring network data
Science of the Total Environment . 407 : 5644–5652
Article dans une revue
voir la publicationBeta diversity in spatially implicit neutral models: a new way to assess species migration.
The American Naturalist . 172 ( 1 ) : 116-27
DOI: 10.1086/587842
Article dans une revue
voir la publicationEquation against Al-gorithm : Which differences and which one to choose ?
European conference on Computing And Philosophy E-CAP 2008 .
Acte de congrès
voir la publicationOrganisation spatiale de la diversité des arbres des forêts tropicales aux échelles régionales : enjeux méthodologiques et application dans les Ghâts occidentaux de l’Inde
: p. 149-163
Rapport
voir la publicationThe exotic legume tree species Acacia holosericea alters microbial soil functionalities and the structure of the arbuscular mycorrhizal community
Applied and Environmental Microbiology . 74 : 1485-1493
Article dans une revue
voir la publicationUnexpected male choosiness for mates in a spider
Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences . 275 : 77-82
Article dans une revue
voir la publicationUse of the library fitdistrplus to specify distribution from non-censored or censored data
Rapport
voir la publicationOn the number of principal components: A test of dimensionality based on measurements of similarity between matrices
Computational Statistics and Data Analysis . 52 : 2228-2237
Article dans une revue
voir la publicationSerotyping of Toxoplasma gondii: striking homogeneous pattern between symptomatic and asymptomatic infections within Europe and South America.
Microbes and Infection . 10 ( 7 ) : 742-7
Article dans une revue
voir la publicationQuantitative risk assessment for Escherichia coli O157:H7 in frozen ground beef patties consumed by young children in French households
International Journal of Food Microbiology . 128 : 77-84
Article dans une revue
voir la publicationPersistence of Shiga toxin-producing Escherichia coli O26 in various manure-amended soil types
Journal of Applied Microbiology . 104 : 296-304
Article dans une revue
voir la publicationFrom W.S. Gosset`s pieces of card (1908) to R software : analysing Macdonell`s dataset of 3000 criminals
Biométrie Humaine et Anthropologie - revue de la Société de biométrie humaine . 26 : 33-39
Article dans une revue
voir la publicationAn agent-based model for predicting the prevalence of Trypanosoma cruzi I and II in their host and vector populations
Journal of Theoretical Biology . 255 : 307-315
Article dans une revue
voir la publicationSpatial ordination of vegetation data using a generalization of Wartenberg's multivariate spatial correlation
Journal of Vegetation Science . 19 : 45-56
Article dans une revue
voir la publicationAssessing phylogenetic dependence of morphological traits using co-inertia prior to investigate character evolution in Loricariinae catfishes
Molecular Phylogenetics and Evolution . 46 : 986-1002
Article dans une revue
voir la publicationAnalyzing or explaining beta diversity ? comment
Ecology . 89 : 3227-3232
Article dans une revue
voir la publicationTesting the species traits-environment relationships : the fourth-corner problem revisited
Ecology . 89 : 3400-3412
Article dans une revue
voir la publicationMicrobial-biogeography of France by the use of molecular tools applied to the French soil quality monitoring network (RMQS)
Eurosoil 2008 Book of Abstracts . : 59-60
Acte de congrès
voir la publicationBacterial taxa associated with the hematophagous mite Dermanyssus gallinae detected by 16S rRNA PCR amplification and TTGE fingerprinting
Research in Microbiology . 160 ( 1 ) : 63-70
Article dans une revue
voir la publicationA bayesian approach to analyse ecotoxicological data
Environmental Science and Technology . 42 ( 23 ) : 8978-8984
DOI: 10.1021/es801418x
Article dans une revue
voir la publicationLes conceptions d'enseignants du primaire et du secondaire sur le déterminisme biologique de la personnalité humaine dans 12 pays d’Europe, d'Afrique et du Moyen Orient.
Congrès international AREF 2007 (Actualité de la Recherche en Education et en Formation) .
Acte de congrès
voir la publicationLe projet ECOMIC-RMQS ou comment faire de la microbiogéographie à l'échelle de la France
Journées d'animations scientifiques des ORE ACBB . : n.p.
Acte de congrès
voir la publicationArbuscular mycorrhizas and ectomycorrhizas of Uapaca bojeri L. (Euphorbiaceae): sporophore diversity patterns of root colonization and effects on seedling growth and soil microbial catabolic diversity
Mycorrhiza . 17 : 195-208
Article dans une revue
voir la publicationSoil functional diversity and P solubilization from rock phosphate after inoculation whith native or allochtonous arbuscular mycorrhizal fungi
Forest Ecology and Management . 241 ( 1-3 ) : 200-208
Article dans une revue
voir la publication