Equipe Ecologie Quantitative et Evolutive des Communautés
Membres
Doctorante
UCBL
Professeure des universités
VetAgro-Sup
Tél : 33 04 72 43 27 56
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 27 57
Doctorant
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorant
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Post-doc
CNRS
Doctorante
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Professeur des universités
UCBL
Tél : 33 04 72 43 27 56
Professeur des universités
UCBL
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 27 56
Attaché temporaire à l'enseignement et à la recherche
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Maîtresse de conférences
UCBL
Tél : 33 04 72 43 29 02
Maître de conférences
UCBL
Tél : 33 04 72 43 29 02
Nos activités de recherche, centrées sur les interactions interspécifiques (écologie des communautés) visent à mieux comprendre les processus écologiques et évolutifs structurant les assemblages d’espèces et la biodiversité à différentes échelles temporelles et spatiales. Notre équipe aborde ces questions majeures à l’aide de modèles biologiques contrastés (communautés de grands mammifères africains, d’insectes, microbiote, plantes) sous 3 angles complémentaires :
- Nos travaux sont fortement ancrés dans le cadre conceptuel de la biologie évolutive en étudiant (i) la diversité des réponses adaptatives mises en œuvre par les organismes face aux pressions sélectives de leur environnement, (ii) leurs conséquences sur la démographie des populations et à terme (iii) la dynamique et la composition des communautés d’espèces.
- Notre recherche est étroitement liée à des questions sociétales de conservation et de gestion de la biodiversité en intégrant à la fois le fonctionnement des systèmes socio-écologiques et le contexte du changement climatique. Nous menons des études expérimentales, gérons et assurons le suivi à long terme de plusieurs réseaux d’observation de communautés.
- La problématique méthodologique occupe également une place centrale dans notre équipe, avec le développement de nouveaux outils de traitement statistique et de modélisation de données écologiques. Cette activité conduit à l’élaboration de méthodes et logiciels que nous développons et distribuons librement.
Les programmes de recherche de l’équipe:
Le fonctionnement des communautés des savanes africaines
Le programme de recherches interdisciplinaires à long terme mené dans la Zone Atelier Hwange, au Zimbabwe, s’intéresse au fonctionnement des communautés animales et végétales au sein du parc national de Hwange et aux interactions entre cette aire protégée et les humains vivant à sa périphérie. Les recherches s’articulent autour de trois axes : (1) Dynamique de la population d’éléphants et effets de celle-ci et de sa gestion sur le fonctionnement du socio-écosystème ; (2) Interactions au sein et entre niveaux trophiques et réponses de ces interactions aux actions de gestion (e.g. chasse sportive, gestion de l’eau) et aux changements climatiques ; (3) Ecologie humaine et mécanismes de coexistence humains-faune sauvage pour une conservation intégrée et un fonctionnement durable du socio-écosystème. Ces recherches sont complétées par des travaux plus récents dans le parc de Hluhluwe-iMfolozi et la réserve de Madikwe, en Afrique du Sud, qui portent sur le rôle des conditions environnementales sur le succès de chasse des grands carnivores africains. Nous travaillons en collaboration étroite avec l’IRL (International Research Lab) Rehabs.
Membres de l’équipe impliqués : Alice Bernard, Laura Lacomme, Aïssa Morin, Lisa Nicvert, Elie Pedarros, Yolan Richard, Marion Valeix*
La reproduction des plantes pérennes : comprendre ses mécanismes et ses conséquences à l'échelle des communautés
La reproduction des plantes pérennes est souvent caractérisée par des fructifications hautement fluctuantes dans le temps et synchronisées à l’échelle de la population (masting). Nos suivis interannuels menés sur les chênes tempérés (Quercus spp), combinés à des travaux de modélisation, visent à mieux comprendre les causes proximales et évolutives du masting et à proposer des scenarii sur le devenir de la régénération des chênaies dans le contexte du changement climatique (Programme ANR ‘FOREPRO’). Le masting a d’importants effets en cascade (dynamiques et assemblage des espèces de plantes pérennes, de consommateurs de graines -insectes, oiseaux, mammifères-, jusqu’à l’épidémiologie de certaines maladies humaines). La modélisation explicite du masting nous permettra alors d’évaluer certaines des conséquences écosystémiques du changement climatique dans les forêts de régions tempérées. Ce programme, piloté par notre équipe, se développe en collaboration avec deux autres équipes du département d’écologie évolutive (Ecoépidémiologie Evolutionniste, Biodémographie Evolutive), trois Universités (Montpellier-CNRS-, Bordeaux-INRAE-, Paris-Saclay) et l’Office National des Forêts.
Membres de l’équipe impliqués : Marie-Claude Bel-Venner*, Emilie Fleurot, Léa Keurinck, Jean Lobry, Samuel Venner
La propagation des gènes d’antibiorésistance chez les bactéries
L’antibiorésistance est reconnue comme l'une des plus grandes menaces actuelles pour la santé humaine, et les éléments génétiques mobiles (MGEs) qui circulent dans les populations et communautés bactériennes en sont les principaux véhicules. Pour comprendre la dynamique et la diversité des MGEs dans les pangénomes bactériens et l’émergence des gènes d’antibiorésistance, nous proposons de dépasser le cadre de la génomique conventionnelle en considérant les pangénomes comme des communautés écologiques complexes. Dans le programme Ab-One, nous mobilisons les concepts et outils développés en écologie des communautés en nous appuyant sur une approche intégrative (suivis de populations/communautés bactériennes évoluant dans des environnements contrastés -approches One-Health-, analyses pangénomiques, expérimentation en microbiologie moléculaire et cellulaire, modélisation mathématique). Ce programme est actuellement centré sur la dynamique des MGEs chez Acinetobacter baumannii, un micro-organisme antibiorésistant classé prioritaire par l'OMS. D’autres approches plus généralistes illustreront la pertinence de ce nouveau cadre conceptuel pour comprendre la dynamique et diversité des MGEs dans les pangénomes bactériens. Ce programme, co-piloté par notre équipe et une équipe du CIRI (Horigene) implique la participation de 9 organismes (6 lyonnais -LBBE, CIRI, MMSB, HCL, LEM, VetAgro Sup-, Institut Pasteur (Paris), LMGM (Toulouse), Robert Koch Institut (Allemagne)).
Membres de l’équipe impliqués : Stéphane Dray, Rémi Tuffet, Samuel Venner*
L’analyse statistique de données écologiques
L’étude de la structure et de la dynamique des assemblages d’espèces et la compréhension des processus qui en sont à l’origine nécessite la collecte de données dont la nature se complexifie avec les développements technologiques pour leur acquisition (e.g. GPS, loggers, imagerie satellite, données moléculaires). Les méthodes d'analyse de ces données offrent de nouvelles perspectives sur les processus écologiques à l'œuvre dans les communautés. Les méthodes d’analyse multivariée permettent ainsi d’analyser les structures spatiales, en intégrant des informations sur les espèces (traits fonctionnels, morphologie, phylogénie), la variation spatio-temporelle des relations espèces-environnement ou sur la diversité de la perception de la relation hommes-aires protégées. Nous modélisons aussi des données multi-’omiques’ de type dose-réponse au sein des communautés afin de mieux comprendre les chemins des effets adverses (Adverse Outcome Pathway) et mieux en apprécier les risques pour l’environnement. Ces innovations méthodologiques sont mises à la disposition de la communauté scientifique à travers le développement, la distribution et la maintenance de logiciels (librairies pour le langage R : ade4 , adegraphics , adephylo , ade4TkGUI , nlstools , fitdistrplus , DRomics , seqinr ).
Membres de l’équipe impliqués : Marie Laure Delignette-Muller, Stéphane Dray*, Jean Lobry, Jean Thioulouse.
Publications
Affichage des publications 271 à 300 sur 572 au total
Functional traits reveal processes driving natural afforestation at large spatial scales
PLoS ONE . 8 : e75219
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voir la publicationReciprocal modulation of internal and external factors determines individual movements
Journal of Animal Ecology . 82 : 290--300
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voir la publicationDoes local habitat fragmentation affect large-scale distributions? The case of a specialist grassland bird
Diversity and Distributions . 19 : 423--432
DOI: 10.1111/ddi.12019
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voir la publicationThe exotic legume tree species, Acacia mearnsii, alters microbial soil functionalities and the early development of a native tree species, Quercus suber, in North Africa
Soil Biology and Biochemistry . 65 : 172--179
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voir la publicationEctomycorrhizal diversity enhances growth and nitrogen fixation of Acacia mangium seedlings
Soil Biology and Biochemistry . 57 : 468-476
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voir la publicationAustralian acacia introduction to rehabilitate degraded ecosystems is it free of environmental risks?
Bois et Forêts des Tropiques . 318 ( 4 ) : 59-65
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voir la publicationEcophylogenetics: advances and perspectives
Biological Reviews . 87 ( 4 ) : 769-785
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voir la publicationMultivariate analyses in soil microbial ecology: a new paradigm
Environmental and Ecological Statistics . 19 ( 4 ) : 499--520
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voir la publicationResponse of native soil microbial functions to the controlled mycorrhization of an exotic tree legume, Acacia holosericea in a Sahelian ecosystem
Mycorrhiza . 22 ( 3 ) : 175--187
Article dans une revue
voir la publicationRestoring native forest ecosystems after exotic tree plantation in Madagascar: combination of the local ectotrophic species Leptolena bojeriana and Uapaca bojeri mitigates the negative influence of the exotic species Eucalyptus camaldulensis and Pinus pat
Biological Invasions . 14 ( 11 ) : 2407--2421
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voir la publicationPutative endosymbiont-mediated coexistence of weevil sibling species competing with each other
7. International Symbiosis Society (ISS) Congress "The earth’s vast symbiosphere" .
Poster
voir la publicationContrasted breeding strategies in four sympatric sibling insect species: when a proovigenic and capital breeder copes with a stochastic environment
Functional Ecology . 26 ( 1 ) : 198-206
Article dans une revue
voir la publicationModeling of Clostridium perfringens vegetative cell inactivation in beef-in-sauce products: A meta-analysis using mixed linear models
International journal of food microbiology . 154 : 44--51
Article dans une revue
voir la publicationWhat to do with NOECS/NOELS - prohibition or innovation?
Integr Environ Assess Manag . 8 : 764--766
DOI: 10.1002/ieam.1350
Article dans une revue
voir la publicationAssessing species and community functional responses to environmental gradients: which multivariate methods?
Journal of Vegetation Science . 23 : 805--821
Article dans une revue
voir la publicationDisentangling plant trait responses to livestock grazing from spatio-temporal variation: the partial RLQ approach
Journal of Vegetation Science . 23 : 98-113
Article dans une revue
voir la publicationPredator-prey spatial game as a tool to understand the effects of protected areas on harvester-wildlife interactions
Ecological Applications . 22 : 648-657
DOI: 10.1890/11-0422.1
Article dans une revue
voir la publicationAssessing the effects of spatial contingency and environmental filtering on metacommunity phylogenetics
Ecology . 93 : S14-S30
DOI: 10.1890/11-0494.1
Article dans une revue
voir la publicationImproved testing of species traits-environment relationships in the fourth-corner problem
Ecology . 93 : 1525--1526
DOI: 10.1890/12-0126.1
Article dans une revue
voir la publicationSpatial processes driving soil microbial community assembly on a wide scale
4. International Congress Eurosoil 2012 - Soil Science for the Benefit of Mankind and Environment .
Acte de congrès
voir la publicationA handbook for uncovering the complete energetic budget in insects: the van Handel's method (1985) revisited
Physiological Entomology . 37 ( 3 ) : 295-302
Article dans une revue
voir la publicationComparison of bioassays with different exposure time patterns: The added value of dynamic modelling in predictive ecotoxicology
Ecotoxicology and Environmental Safety . 75 : 80-86
Article dans une revue
voir la publicationFitting a lognormal distribution to enumeration and absence/presence data
International Journal of Food Microbiology . 155 ( 3 ) : 146 - 152
Article dans une revue
voir la publicationModeling of Clostridium perfringens vegetative cell inactivation in beef-in-sauce products: A meta-analysis using mixed linear models
International Journal of Food Microbiology . 154 : 44-51
Article dans une revue
voir la publicationSurvival data analyses in ecotoxicology: critical effect concentrations, methods and models. What should we use?
Ecotoxicology . 21 : 1072--1083
Article dans une revue
voir la publicationAnalyse de (K+1) tableaux avec le logiciel ade4. Application en épidémiologie.
1ères Rencontres R .
Acte de congrès
voir la publicationVisualisation de données multivariées: réimplémentation des fonctionnalités graphiques de la librairie ade4
1ères Rencontres R .
Acte de congrès
voir la publicationHow to measure and test phylogenetic signal
Methods in Ecology and Evolution . 3 : 743-756
Article dans une revue
voir la publicationThe Harttiini (Siluriformes, Loricariidae) from the Guianas: a multi-table approach to assess their diversity, evolution, and distribution
Cybium : Revue Internationale d’Ichtyologie . 36 ( 1 ) : 115-161
Article dans une revue
voir la publicationCommunity ecology in the age of multivariate multiscale spatial analysis
Ecological monographs . 82 ( 3 ) : 257 - 275
DOI: 10.1890/11-1183.1
Article dans une revue
voir la publication