Equipe Modélisation et Ecotoxicologie Prédictives

Membres

Les activités de recherches de l’équipe MEPS visent à proposer des approches intégrées de modélisation mathématique et statistique pour prédire les effets de perturbations environnementales à différents niveaux d’organisation biologique, ainsi que leurs conséquences (fonctionnelles et évolutives), que ce soit sur la fitness individuelle, la dynamique des populations, des communautés et/ou des écosystèmes. Afin d’obtenir des modèles génériques à fort pouvoir prédictif, l’équipe s’attache en particulier à la compréhension du fonctionnement et pas seulement à la description extensive des systèmes complexes considérés. Ainsi, les modèles développés respectent le principe de parcimonie, pour veiller à rester suffisamment simples et donc limiter les effets « boîte noire ». Une attention particulière est donnée à la robustesse, et donc le caractère généralisable, des connaissances produites, dans l’objectif d’une meilleure acceptabilité de la modélisation pour aider à la prise de décision en évaluation du risque environnemental.

Cette réduction de la complexité des systèmes pour produire des modèles pertinents ne doit pas en occulter les éléments essentiels de fonctionnement, afin qu’ils restent des outils de compréhension des mécanismes sous-jacents aux processus de perturbation et aux effets observés sur les tissus, les organismes, les populations, les communautés et les écosystèmes. Ces modèles, mécanistes, doivent en outre intégrer la dimension temporelle, incontournable dès lors que l’on parle de processus dynamiques. En parallèle, il faut prendre en compte des critères complémentaires d’effet à court et à long terme pour répondre tout autant à des problématiques de remédiation et de restauration de milieux, que de prédiction dynamique et intégrative des effets sur plusieurs générations.

Dans ce contexte, les problématiques actuelles de l’équipe MEPS concernent :

  • Le développement de modèles mécanistes à base physiologique, de type et toxico-cinétique / toxico-dynamique (TKTD), pour proposer des outils de prédiction et de diagnostic de la qualité des milieux ;
  • La plasticité des réponses individuelles à un (ou une combinaison de) facteur(s) de stress (par ex., contamination et/ou réchauffement climatique) et des effets des phénomènes d’adaptation sur la dynamique à long terme des populations ;
  • La prédiction de la distribution de sensibilité d’une communauté d’espèces à des contaminants en intégrant la variabilité inter-espèces sur divers paramètres biologiques d’intérêt et pas uniquement sur une concentration critique ;
  • Le développement de la plateforme MOSAIC (MOdeling and StAtistical tools for ecotoxICology, http://mosaic.univ-lyon1.fr) qui propose une collection d’outils d’analyse et de modélisation de données en écotoxicologie.

Publications

Affichage des publications 151 à 180 sur 226 au total

A temperature-dependent von Bertalanffy growth model applied to bullhead (Cottus gobio)

J. Kielbassa, M.L. Delignette-Müller, Didier Pont, S. Charles

RIF .

Acte de congrès

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Matrix population models as relevant modeling tools in ecotoxicology

S. Charles, Elise Billoir, C. Lopes, Arnaud Chaumot, James Devillers

Ecotoxicology Modeling, Emerging Topics in Ecotoxicology: Principles, Approaches and Perspectives 2 . : 261-298

Chapitre d'ouvrage

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Toxicity of ivermectin on cladocerans: comparison of toxic effects on Daphnia and Ceriodaphnia species

C. Lopes, S. Charles, B. Vollat, Jeanne Garric

Environmental Toxicology and Chemistry . 28 ( 10 ) : 2160-2166

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DEBtox theory and matrix population models as helpful tools in understanding the interaction between toxic cyanobacteria and zooplankton

E. Billoir, A. da Silva Ferrão-Filho, Marie Laure Delignette-Muller, Sandrine Charles

Journal of Theoretical Biology . 258 : 380-388

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Comparison of spatially implicit and explicit approaches to model plant infestation by insect pests

Christelle Lopes, Thierry Spataro, Roger Arditi

Ecological Complexity . 7 ( 1 ) : 1 - 12

DOI: 10.1016/j.ecocom.2009.03.006

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À propos de la biométrie

Sandrine Charles, Joanna Jongwane

Interstices .

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Des espèces en nombre

Sandrine Charles, Hubert Charles

Interstices .

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Student's Performance and Satisfaction with Web vs. paper-based practice quizzes and lecture notes

Mônica Macedo-Rouet, Muriel Ney, Sandrine Charles, Geneviève Lallich-Boidin

Computers and Education . 53 ( 2 ) : 375-384

DOI: 10.1016/j.compedu.2009.02.013

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DEBtox theory and matrix population models as helpful tools in understanding the interaction between toxic cyanobacteria and zooplankton

Elise Billoir, Aloysio da Silva Ferrão-Filho, Marie Laure Delignette-Muller, Sandrine Charles

Journal of Theoretical Biology . 258 ( 3 ) : 380

DOI: 10.1016/j.jtbi.2008.07.029

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Toxicity of ivermectin on cladocerans: comparison of toxic effects on daphnia and ceriodaphnia species

Christelle Lopes, Sandrine Charles, B. Vollat, J. Garric

Environmental Toxicology and Chemistry . 28(10) : 2160-2166

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Matrix Population Models as Relevant Modeling Tools in Ecotoxicology

Sandrine Charles, E. Billoir, Christelle Lopes, Arnaud Chaumot

incollection . 2 : 261-298

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Chronic effects of ivermectin on Daphnia magna and Ceriodaphnia dubia: between-species and between-strains comparisons

C. Lopes, S. Charles, Arnaud Chaumot, B. Vollat, Jeanne Garric

SETAC Europe 18th Annual Meeting . : 1

Poster

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Chronic effects of ivermectin chronic effects of ivermectin on daphnia magna and ceriodaphnia dubia: between-species and between-strains comparisons

C. Lopes, S. Charles, Arnaud Chaumot, B. Vollat, Jeanne Garric

SETAC Europe 18th Annual Meeting . : 1

Poster

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Statistical cautions when estimating DEBtox parameters

Elise Billoir, M.L. Delignette-Müller, A. Pery, Olivier Geffard, S. Charles

Journal of Theoretical Biology . 254 ( 1 ) : 55-64

DOI: 10.1016/j.jtbi.2008.05.006

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An individual-based model to describe a Bullhead population dynamic including temperature variations

S. Charles, F. Subtil, J. Kielbassa, Didier Pont

Ecological Modelling . 215 : 377-392

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Pollution, stochasticity and spatial heterogeneity in the dynamics of an age-structured population of brown trout living in a river network

Arnaud Chaumot, S. Charles, H.R. Akçakaya, J.D. Stark, T.S. Bridges

Demographic toxicity: Methods in ecological risk assessment . 978-0-19-533296-4 : 168-183

Chapitre d'ouvrage

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Population Dynamics of Grayling: Modelling Temperature and Discharge Effects

Sandrine Charles, J.-P. Mallet, H. Persat

Mathematical Modelling of Natural Phenomena . 1 ( 1 ) : 31-48

DOI: 10.1051/mmnp:2006002

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An individual-based model to describe a bullhead population dynamics including temperature variations

Sandrine Charles, F. Subtil, J. Kielbassa, D. Pont

Ecological Modelling . 215 : 377-392

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Do vertically transmitted symbionts co-existing in a single host compete or cooperate? A modelling approach

E. Vautrin, S. Genieys, Sandrine Charles, F. Vavre

Journal of Evolutionary Biology . 21 : 145-161

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Optimal release strategies for the biological control of aphids in melon greenhouses

Christelle Lopes, Thierry Spataro, Laurent Lapchin, Roger Arditi

Biological Control . 48 ( 1 ) : 12 - 21

DOI: 10.1016/j.biocontrol.2008.09.011

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A bayesian approach to analyse ecotoxicological data

Elise Billoir, Marie Laure Delignette-Muller, Alexandre R.R. Pery, Sandrine Charles

Environmental Science and Technology . 42 ( 23 ) : 8978-8984

DOI: 10.1021/es801418x

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Dynamic energy budget as a basis to model population-level effects of zinc-spiked sediments in the gastropod valvata piscinalis

Virginie Ducrot, A. Pery, R. Mons, H. Quéau, S. Charles, Jeanne Garric

Environmental Toxicology and Chemistry . 26 ( 8 ) : 1774-1783

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Integrating the lethal and sublethal effects of toxic compounds into the population dynamics of Daphnia magna: A combination of the DEBtox and matrix population models

Elise Billoir, A. Pery, S. Charles

Ecological Modelling . 203 ( 3-4 ) : 204-214

DOI: 10.1016/j.ecolmodel.2006.11.021

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Stochasticity and spatial heterogeneity in population dynamics: implications for ecotoxicological risk assessment

Arnaud Chaumot, Elise Billoir, S. Charles

SETAC Europe 17th Annual Meeting, Porto, Portugal, PRT, 20-24 May 2007 . : 1

Acte de congrès

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Evolution and invasion dynamics of multiple infections with Wolbachia investigated using matrix based models.

E. Vautrin, Sandrine Charles, S. Genieys, F. Vavre

Journal of Theoretical Biology . 245 : 197-209

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An individual-based model for describing the bullhead population dynamics in a river network

S. Charles, F. Subtil, Didier Pont

The 6th european conference on ecological modelling ECEM 07, Trieste, ITA, 27-30 novembre 2007 . : 1

Acte de congrès

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An implicit approach to model plant infestation by insect pests

Christelle Lopes, Thierry Spataro, Christophe Doursat, Laurent Lapchin, Roger Arditi

Journal of Theoretical Biology . 248 ( 1 ) : 164 - 178

DOI: 10.1016/j.jtbi.2007.05.010

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Dynamic energy budget as a basis to model population-level effects of zinc-spiked sediments in the gastropod Valvata piscinalis.

Virginie Ducrot, Alexandre R.R. Pery, R. Mons, H. Quéau, Sandrine Charles, J. Garric

Environmental Toxicology and Chemistry . 26 ( 8 ) : 1774-1783

DOI: 10.1897/06-556R.1

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Integrating the lethal and sublethal effects of toxic compounds into the population dynamics of Daphnia magna : A combinaison of the DEBtox and matrix population models

E. Billoir, Alexandre R.R. Pery, Sandrine Charles

Ecological Modelling . 203 : 207-214

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Dynamique d'un système hôte-parasitoïde en environnement spatialement hétérogène et lutte biologique Application au puceron Aphis gossypii et au parasitoïde Lysiphlebus testaceipes en serre de melons

Christelle Lopes

Thèse

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