Equipe Modélisation et Ecotoxicologie Prédictives

Membres

Les activités de recherches de l’équipe MEPS visent à proposer des approches intégrées de modélisation mathématique et statistique pour prédire les effets de perturbations environnementales à différents niveaux d’organisation biologique, ainsi que leurs conséquences (fonctionnelles et évolutives), que ce soit sur la fitness individuelle, la dynamique des populations, des communautés et/ou des écosystèmes. Afin d’obtenir des modèles génériques à fort pouvoir prédictif, l’équipe s’attache en particulier à la compréhension du fonctionnement et pas seulement à la description extensive des systèmes complexes considérés. Ainsi, les modèles développés respectent le principe de parcimonie, pour veiller à rester suffisamment simples et donc limiter les effets « boîte noire ». Une attention particulière est donnée à la robustesse, et donc le caractère généralisable, des connaissances produites, dans l’objectif d’une meilleure acceptabilité de la modélisation pour aider à la prise de décision en évaluation du risque environnemental.

Cette réduction de la complexité des systèmes pour produire des modèles pertinents ne doit pas en occulter les éléments essentiels de fonctionnement, afin qu’ils restent des outils de compréhension des mécanismes sous-jacents aux processus de perturbation et aux effets observés sur les tissus, les organismes, les populations, les communautés et les écosystèmes. Ces modèles, mécanistes, doivent en outre intégrer la dimension temporelle, incontournable dès lors que l’on parle de processus dynamiques. En parallèle, il faut prendre en compte des critères complémentaires d’effet à court et à long terme pour répondre tout autant à des problématiques de remédiation et de restauration de milieux, que de prédiction dynamique et intégrative des effets sur plusieurs générations.

Dans ce contexte, les problématiques actuelles de l’équipe MEPS concernent :

  • Le développement de modèles mécanistes à base physiologique, de type et toxico-cinétique / toxico-dynamique (TKTD), pour proposer des outils de prédiction et de diagnostic de la qualité des milieux ;
  • La plasticité des réponses individuelles à un (ou une combinaison de) facteur(s) de stress (par ex., contamination et/ou réchauffement climatique) et des effets des phénomènes d’adaptation sur la dynamique à long terme des populations ;
  • La prédiction de la distribution de sensibilité d’une communauté d’espèces à des contaminants en intégrant la variabilité inter-espèces sur divers paramètres biologiques d’intérêt et pas uniquement sur une concentration critique ;
  • Le développement de la plateforme MOSAIC (MOdeling and StAtistical tools for ecotoxICology, http://mosaic.univ-lyon1.fr) qui propose une collection d’outils d’analyse et de modélisation de données en écotoxicologie.

Publications

Affichage des publications 181 à 210 sur 226 au total

Population dynamics of grayling : modelling temperature and discharge effects.

S. Charles, J.P. Mallet, Henri Persat

Mathematical Modelling of Natural Phenomena . 1 ( 1 ) : 33-48

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TESD : a transposable element dynamics simulation environment

G. Deceliere, Y. Letrillard, Sandrine Charles, C. Biémont

Bioinformatics . 22 : 2702-2703

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First step of a modeling approach to evalue spatial heterogeneity in fish (Cottus gobio) population dynamics

Arnaud Chaumot, N. Milioni, A. Abdoli, D. Pont, Sandrine Charles

Ecological Modelling . 197 : 263-273

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Un dispositif web pour l'enseignement des mathématiques à l'université : quels impacts sur la performance et la motivation des étudiants ?

Mônica Macedo-Rouet, Sandrine Charles, Muriel Ney, Christophe Batier, Lionel Humblot, Eddy Marquez...

STICEF (Sciences et Technologies de l'Information et de la Communication pour l'Éducation et la Formation) . 13 : 17 pages

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First step of a modeling approach to evaluate spatial heterogeneity in a fish (Cottus gobio) population dynamics

Arnaud Chaumot, Nadège Milioni, Asghar Abdoli, Didier Pont, Sandrine Charles

Ecological Modelling . 197 ( 3-4 ) : 263-273

DOI: 10.1016/j.ecolmodel.2006.03.024

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Population dynamics of grayling: Modelling temperature and discharge effects

Sandrine Charles, J.-P. Mallet, H. Persat

Mathematical Modelling of Natural Phenomena . 1 : 33-48

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Ecotoxicology and population dynamics: Using DEBtox models in a Leslie modeling approach

C. Lopes, A.R.R. Péry, Arnaud Chaumot, S. Charles

Ecological Modelling . 188 ( 1 ) : 30-40

DOI: 10.1016/j.ecolmodel.2005.05.004

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Ecotoxicology and population dynamics: on the use of DEBtox models in a Leslie modelling approach

C. Lopes, A. Pery, Arnaud Chaumot, S. Charles

Ecological Modelling . 188 : 30-40

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The Dynamics of Transposable Elements in Structured Populations

G. Décelière, Sandrine Charles, C. Biémont

Genetics . 169 : 467-474

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Are well-designed Web sites efficient for learning mathematics at the undergraduate level?

Muriel Ney, Mônica Macedo-Rouet, Sandrine Charles, Geneviève Lallich-Boidin

11th EARLI biennal conference . : 472

Acte de congrès

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Ecotoxicologie aquatique et modélisation des effets biologiques. Rapport final

A. Pery, Laurent Lagadic, S. Charles, M. Servia, Jeanne Garric

: 55

Rapport

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Food availability effect on population dynamics of the midge Chironomus riparius: a Leslie modeling approach

S. Charles, M. Ferreol, Arnaud Chaumot, A.R. Pery

Ecological Modelling . 175 ( 3 ) : 217-229

DOI: 10.1016/j.ecolmodel.2003.10.016

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Les modèles matriciels de type Leslie : Une approche couplée Mathématiques et Statistiques

S. Charles-Bajard

incollection . -- : 377-392

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Mathématiques et Informatique du Vivant " : une formation interdisciplinaire qui voit le jour grâce au LMD

Sandrine Charles

21ème congrès de l'AIPU (Association internationale de pédagogie universitaire) . : 1820-1822

Acte de congrès

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Un site web pour l`enseignement interdisciplinaire des Mathématiques en Biologie

Sandrine Charles, Michel Ney, Dominique Mouchiroud, L. Humblot, C. Batier

EIAH (Environnement Informatique d`Apprentissage Humain) . -- : 445-452

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Quelques problèmes statistiques rencontrés dans l`estimation de la température minimale de croissance de Listeria monocytogenes

S. Charles-Bajard, Jean-Pierre Flandrois, R. Tomassone

Revue de Statistique Appliquée . LI : 59-71

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Les étudiants en première année à l`Université des Sciences : innover pour motiver

Michel Ney, Sandrine Charles

20ème Congrès AIPU (Association Internationale de Pédagogie Universitaire) . : 157-165

Acte de congrès

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Ecotoxicology and spatial modeling in population dynamics: an illustration with brown trout

Arnaud Chaumot, Sandrine Charles, P. Flammarion, P. Auger

Environmental Toxicology and Chemistry . 22 : 958-969

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Do migratory or demographic disruptions rule the population impact of pollution in spatial networks?

Arnaud Chaumot, Sandrine Charles, P. Flammarion, P. Auger

Theoretical Population Biology . 64 : 473-480

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Un site web pour l'enseignement interdisciplinaire des mathématiques en biologie

Sandrine Charles, Muriel Ney, Dominique Mouchiroud, Lionel Humblot, Christophe Batier

EIAH 2003 (Environnements Informatiques pour l'Apprentissage Humain) . : 8 pages

Acte de congrès

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Un site web pour l'enseignement inter-disciplinaire des Mathématiques en Biologie

Sandrine Charles, Muriel Ney, Dominique Mouchiroud, Lionel Humblot, Christophe Batier

Environnements Informatiques pour l'Apprentissage Humain 2003 . http://atief.org ; http://www.inrp.fr : 445-452

Acte de congrès

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Using aggregation methods to assess toxicant effects on population dynamics in spatial systems

Arnaud Chaumot, Sandrine Charles, P. Flammarion, J. Garric, P. Auger

Ecological Applications . 12 : 1771-1784

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Host Patch Selection Induced by Parasitism: Basic Reproduction Ratio R0 and Optimal Virulence

Sandrine Charles, S. Morand, J.-L. Chassé, P. Auger

Theoretical Population Biology . 62 : 97-109

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A mathematical model describing the thermal virus inactivation

C. Noel, Sandrine Charles, A. Francon, Jean-Pierre Flandrois

Vaccine . 19 : 3575-3582

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Using variables aggregation methods to assess toxicant effects on fish populations in river networks

Arnaud Chaumot, S. Charles, Patrick Flammarion, Jeanne Garric, P. Auger

10th annual meeting of SETAC Europe, Brighton, GBR, 21-25 mai 1999 .

Acte de congrès

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Discussion et commentaires - La planification des expériences : choix des traitements et dispositif expérimental

R. Tomassone, S. Charles-Bajard, L. Bellanger

Journal de la Société Française de Statistique . 141 : 59-64

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Annual spawning migrations in modelling brown trout population dynamics inside an arborescent river network

Sandrine Charles, R. Bravo de La Parra, J.-P. Mallet, H. Persat, P. Auger

Ecological Modelling . 133 : 15-31

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Emergence of individual behaviour at the population level. Effects of density-dependent migration on population dynamics

P. Auger, J.-C. Poggiale, Sandrine Charles

Comptes rendus de l’Académie des sciences. Série III, Sciences de la vie . 323 : 119-127

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Aggregation and emergence in ecological modelling: integration of ecological levels

P. Auger, Sandrine Charles, M. Viala, J.-C. Poggiale

Ecological Modelling . 127 : 11-20

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Artificial intelligence and meaning--some philosophical aspects of decision-making

P. Acot, Sandrine Charles, Marie Laure Delignette-Muller

Acta Biotheoretica . 48 : 173-179

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