GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 511 à 540 sur 1402 au total
Why Time Matters: Codon Evolution and the Temporal Dynamics of dN/dS
Molecular Biology and Evolution . 31 ( 1 ) : 212-231
Article dans une revue
voir la publicationSAT-Based Metabolics Pathways Analysis without Compilation
CMSB 2014 .
Acte de congrès
voir la publicationSystematic study of a metabolic network
advances in Systems and Synthetic Biology . 978-2-7598-1201-1 : 173 p.
Acte de congrès
voir la publicationPreserving immune diversity through ancient inheritance and admixture
Current Opinion in Immunology . 30 : 79-84
Article dans une revue
voir la publicationDeterminants of Mutation Rate Variation in the Human Germline
Annual Review of Genomics and Human Genetics . 15 ( 1 ) : 47-70
Article dans une revue
voir la publicationTroX: a new method to learn about the genesis of aneuploidy from trisomic products of conception
Bioinformatics . 30 ( 14 ) : 2035-2042
Article dans une revue
voir la publicationMicrosatellite data show recent demographic expansions in sedentary but not in nomadic human populations in Africa and Eurasia
European Journal of Human Genetics . 22 ( 10 ) : 1201-1207
DOI: 10.1038/ejhg.2014.2
Article dans une revue
voir la publicationA call for benchmarking transposable element annotation methods.
Mobile DNA . 6 : 13
Article dans une revue
voir la publicationSubcellular Localization of ENS-1/ERNI in Chick Embryonic Stem Cells
PLoS ONE . 9 ( 3 ) : e92039
Article dans une revue
voir la publicationThe spatiotemporal program of DNA replication is associated with specific combinations of chromatin marks in human cells.
PLoS Genetics . 10 ( 5 ) : e1004282
Article dans une revue
voir la publicationThe Red Queen Model of Recombination Hotspots Evolution in the Light of Archaic and Modern Human Genomes
PLoS Genetics . 10 : e1004790
Article dans une revue
voir la publicationStrong heterogeneity in mutation rate causes misleading hallmarks of natural selection on indel mutations in the human genome
Molecular Biology and Evolution . 31 : 23-36
Article dans une revue
voir la publicationAnnotating arthropods genome to study and compare their metabolism: the ArthropodaCyc collection of Cyc databases powered by CycADS
13. European Conference on Computational Biology (ECCB) . : 1 p.
Poster
voir la publicationAmortized Õ(\textbarV)-Delay Algorithm for Listing Chordless Cycles in Undirected Graphs
Lecture Notes in Computer Science . 8737 : 418-429
Article dans une revue
voir la publicationOn the Enumeration of Minimal Dominating Sets and Related Notions
SIAM Journal on Discrete Mathematics . 28 ( 4 ) : 1916 - 1929
DOI: 10.1137/120862612
Article dans une revue
voir la publicationDiet of ancient Egyptians inferred from stable isotope systematics
Journal of Archaeological Science . 46 : 114-124
Article dans une revue
voir la publicationMUBII-TB-DB: a database of mutations associated with antibiotic resistance in Mycobacterium tuberculosis.
BMC Bioinformatics . 15 ( 1 ) : 107
Article dans une revue
voir la publicationMycobacterium Species Related to M. leprae and M. lepromatosis from Cows with Bovine Nodular Thelitis
Emerging Infectious Diseases . 20 : 2111-4
Article dans une revue
voir la publicationReference-free detection of isolated SNPs
Nucleic Acids Research . 43 ( 2 ) : e11
DOI: 10.1093/nar/gku1187
Article dans une revue
voir la publicationPromiscuous Nickel Import in Human Pathogens: Structure, Thermodynamics, and Evolution of Extracytoplasmic Nickel-Binding Proteins
Structure . 22 ( 10 ) : 1421-1432
Article dans une revue
voir la publicationProtein SYCP2 Is an Ancient Component of the Metazoan Synaptonemal Complex
Cytogenetic and genome research . 144 : 299-305
DOI: 10.1159/000381080
Article dans une revue
voir la publicationPlant, animal, and fungal micronutrient queuosine is salvaged by members of the DUF2419 protein family
ACS Chemical Biology . 9 ( 8 ) : 1812-1825
DOI: 10.1021/cb500278k
Article dans une revue
voir la publicationAil and PagC-Related Proteins in the Entomopathogenic Bacteria of Photorhabdus Genus
PLoS ONE . 9 ( 10 ) : e110060
Article dans une revue
voir la publicationContribution of graphs to the analysis of bacterial genome architecture
BioNetVisA workshop, ECCB'14, the 13th European Conference on Computational Biology .
Acte de congrès
voir la publicationChromosome formation in bacteria
EMBO Conference "Microbiology after the genomics revolution : Genomes 2014" .
Acte de congrès
voir la publicationMonte Carlo algorithms for Brownian phylogenetic models
Bioinformatics . 30 ( 21 ) : 3020-3028
Article dans une revue
voir la publicationA phylogenetic Kalman filter for ancestral trait reconstruction using molecular data
Bioinformatics . 30 ( 4 ) : 488-96
Article dans une revue
voir la publicationSite-heterogeneous mutation-selection models within the PhyloBayes-MPI package
Bioinformatics . 30 ( 7 ) : 1020-1
Article dans une revue
voir la publicationHijacking of Host Cellular Functions by an Intracellular Parasite, the Microsporidian Anncaliia algerae
PLoS ONE . 9 ( 6 ) : e100791
Article dans une revue
voir la publication