GECO Génomique Computationnelle et Evolutive

Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Évolutive

Equipe Baobab

L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.

BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.

BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.

Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.

Publications

Affichage des publications 1351 à 1380 sur 1402 au total

Comparison of estimates of Monod's growth model from the same data set

J.R. Lobry, Jean-Pierre Flandrois

Binary . 3 : 20-23

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Time-killing curves of Pseudomonas aeruginosa strains exposed to polymyxin B

M. Peyret, Jean-Pierre Flandrois, G. Fardel

Pathologie Biologie . 39 : 446-450

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Etude sur quatre ans des cas de yersiniose dans un service d'hépato-gastro-entérologie de la région lyonnaise

Jean-Pierre Flandrois, F. Bailly, M. Peyret, L. Descos

Médecine et Maladies Infectieuses (1971-2020) . 21 : 371-375

DOI: 10.1016/S0399-077X(05)81308-3

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[Influence of the culture medium (Isosensitest or Mueller-Hinton) on the results of antibiotics susceptibility testing and its interpretation].

Jean-Pierre Flandrois, M. Peyret, J Zindel

Pathologie Biologie . 39 ( 5 ) : 455-60

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[Time-killing curves of Pseudomonas aeruginosa strains exposed to polymyxin B].

M. Peyret, Jean-Pierre Flandrois, G. Fardel

Pathologie Biologie . 39 ( 5 ) : 446-50

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Biphasic kinetics of bacterial killing by quinolones

G. Carret, Jean-Pierre Flandrois, Jean R Lobry

Journal of Antimicrobial Chemotherapy . 27 ( 3 ) : 319-327

DOI: 10.1093/jac/27.3.319

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Preparation of a Latex Reagent for the Detection of Anti-Staphylococcus aureus Ribitol Teichoic Acid Antibodies

Michèle de Montclos, Jean-Pierre Flandrois

Zentralblatt fur Bakteriologie, Mikrobiologie, und Hygiene. Series A, Medical microbiology, infectious diseases, virology, parasitology . 274 ( 1 ) : 50-60

DOI: 10.1016/S0934-8840(11)80974-6

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[Mathematical study of the sensitivity curves of Escherichia coli exposed to polymyxins].

M. Peyret, G. Carret, C. Carré, G. Fardel, Jean-Pierre Flandrois

Pathologie Biologie . 38 ( 5 ) : 441-5

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Mathematical study of the sensitivity curves of Escherichia coli exposed to polymyxins

M. Peyret, Jean-Pierre Flandrois, G. Fardel

Pathologie Biologie . 38 : 441-445

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Molecular phylogeny of Rodentia Lagomorpha Primates Artiodactyla and Carnivora and molecular clocks

W.-H. Li, Manolo Gouy, P.M. Sharp, C. O'Huigin, Y.W. Yang

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 87 ( 17 ) : 6703-6707

DOI: 10.1073/pnas.87.17.6703

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Isolation ofSporosarcina ureae from a bronchial biopsy in a child with cystic fibrosis

Jean-Pierre Flandrois, M. Chomarat, M. Montclos, F. Breysse

European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases . 9 ( 4 ) : 302-303

DOI: 10.1007/bf01968068

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Phylogenetic analysis based on rRNA sequences supports the archaebacterial rather than the eocyte tree

Manolo Gouy, W.-H. Li

Nature . 339 : 145-147

DOI: 10.1038/339145a0

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[Value of enzymuria during antibacterial therapy].

C Flandrois, Jean-Pierre Flandrois, D Coullioud, I Maire

Pathologie Biologie . 37 ( 5 Pt 2 ) : 657-63

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Bacterial Strain Characterization Using Mathematical Modelling of Growth

Marie-Joëlle Rochet, Jean-Pierre Flandrois

Zentralblatt fur Bakteriologie, Mikrobiologie, und Hygiene. Series A, Medical microbiology, infectious diseases, virology, parasitology . 271 ( 1 ) : 2-10

DOI: 10.1016/S0934-8840(89)80047-7

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Date of the monocot-dicot divergence estimated from chloroplast DNA sequence data

K.H. Wolfe, Manolo Gouy, Y.W. Yang, P.M. Sharp, W.-H. Li

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 86 ( 16 ) : 6201-6205

DOI: 10.1073/pnas.86.16.6201

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[Interpretative reading and quality control of an antibiotic sensitivity test using an expert system. Application to the API ATB system and Enterobacteriaceae].

M. Peyret, Jean-Pierre Flandrois, G. Carret, C. Pichat

Pathologie Biologie . 37 ( 5 Pt 2 ) : 624-8

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[Bacteriostatic and bactericidal antibiotics: differences in subinhibitory concentration effects on the growth of Escherichia coli].

S Comby, G. Carret, A. Pavé, Jean-Pierre Flandrois, C. Pichat

Pathologie Biologie . 37 ( 5 ) : 335-40

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Mathematical modelling of growth of Escherichia coli at subinhibitory levels of chloramphenicol or tetracyclines

Jean-Pierre Flandrois, S. Comby, J.P. Flandrois, G. Carret, C. Pichat

Research in Microbiology . 140 ( 3 ) : 243-254

DOI: 10.1016/0923-2508(89)90079-X

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RPA190 the gene coding for the largest subunit of yeast RNA polymerase A

S. Memet, Manolo Gouy, C. Marck, A. Sentenac, J.M. Buhler

Journal of Biological Chemistry . 263 ( 6 ) : 2830-2839

DOI: 10.1016/S0021-9258(18)69144-6

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Mathematical modelling of bacterial growth at subinhibitory levels of aminoglycosides

Jean-Pierre Flandrois, S Comby, G. Carret, C. Pichat

Annales de l'Institut Pasteur / Microbiologie . 139 ( 5 ) : 613-629

DOI: 10.1016/0769-2609(88)90159-7

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[An expert system as an aid to the validation of results of the antibiogram. Feasibility study based on the example of Staphylococcus aureus].

S Comby, Jean-Pierre Flandrois, A. Pavé

Pathologie Biologie . 36 ( 5 ) : 381-5

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[Demonstration of an inoculum effect on the estimation of the minimal inhibitory concentration of LY 146032].

Jean-Pierre Flandrois, G. Carret, M. Peyret, Catherine Pichat

Pathologie Biologie . 36 ( 5 ) : 377-80

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[A mathematical study of the mortality curve of Escherichia coli exposed to aminoglycosides].

Jean-Pierre Flandrois, G. Carret, G. Fardel

Pathologie Biologie . 36 ( 5 ) : 446-51

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Study of staphylococcus aureus teichoic acid immunodominant site by help of synthetic haptens

Michèle Pérouse de Montclos, Paul Boullanger, Jean-Pierre Flandrois

Zentralblatt fur Bakteriologie, Mikrobiologie, und Hygiene. Series A, Medical microbiology, infectious diseases, virology, parasitology . 267 ( 3 ) : 414-424

DOI: 10.1016/S0176-6724(88)80058-0

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Corynebacterium JK: surgical infections in non-immunosuppressed patients

Jean-Pierre Flandrois, A. Lepape, P.Y. Carry, M. Chomarat, J.P. Perdrix, J.M. Grozel...

Intensive Care Medicine . 15 ( 1 )

DOI: 10.1007/bf00255631

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[Use of an expert system as a tool to carry out urinary cyto-bacteriologic tests].

S Comby, G. Carret, Jean-Pierre Flandrois, A. Pavé, M Perouse de Montclos

Annales de Biologie Clinique . 46 ( 8 ) : 669-72

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Early stages of in vitro killing curve of LY146032 and vancomycin for Staphylococcus aureus.

Jean-Pierre Flandrois, Ghislaine Fardel, G. Carret

Antimicrobial Agents and Chemotherapy . 32 ( 4 ) : 454-457

DOI: 10.1128/AAC.32.4.454

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