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RésuméJe profiterai de ce séminaire pour présenter aux différentes équipes mes travaux de recherche et les projets sur lesquels j'ai l'intention de m'investir à court et moyen terme.Dans un premier temps, j'expliquerai le contexte applicatif de mon travail, à savoir la recherche d'aberrations chromosomiques à l'aide de la technologie des microarrays CGH. C'est une technologie qui a été principalement développée pour ses applications à l'étude des génomes tumoraux, mais sa disponilibité a rendu possible l'investigation des défauts chromosomiques de petite taille sur les populations humaines. Ces études de génétique humaine ont permis la découverte de nouveaux marqueurs génétiques, les CNV pour Copy Number Variants qui concerneraient 12% du génome humain. En plus d'avoir permis d'établir de véritable portraits moléculaires des tumeurs, les microarrays CGH ont donné un éclairage nouveau à toutes les études classique de génétique humaine (association/liaison).D'un point de vue statistique, les modèles sur lesquels je travaille sont des modèles de segmentation, ou de détection de ruptures dans un signal gaussien. La difficulté nouvelle étant de segmenter plusieurs signaux simultanément afin de prendre en compte plusieurs patients. Cette problématique soulève deux questions majeures : une question de modélisation, comment modéliser des segmentations jointes, et une question algorithmique, comment estimer la position des ruptures en une complexité raisonnable.Dans un dernier temps, j'évoquerai l'application croissante de la technologie des tiling arrays aux CGH, et discuterai les problèmes méthodologiques posés par cette nouvelle technologie.
La révolution technologique que vit depuis ces 10 dernières années la recherche biomédicale permet de mettre à disposition de la communauté scientifique et médicale des outils très puissants pour appréhender de manière agnostique l'ensemble des mécanismes génétiques et épigénétiques associées aux maladies humaines, qu'elles soient fréquentes ou rares. Les premières technologies de puces à ADN ou à ARN ("micro-array") ont tout d'abord permis la réalisation des études d'association génome-entier ("GWAS") et des études transcriptomiques dont les succès sont désormais légions. Depuis 3 ans, la technologie des puces fait petit à petit place aux outils de séquençage haut-débit ("Next Generation Sequencing" ou "NGS") permettant non seulement de déterminer de manière exhaustive la variabilité génétique de l'ADN mais également, à partir d'un type cellulaire donné ou un échantillon de fluides (plasma, sérum, urine), de quantifier précisément l'ensemble des isoformes d'un gène exprimé, de détecter et de quantifier l'ensemble des ARNs non codants, mais également de mesurer le degré de méthylation de l'ADN.L'objectif de cette présentation est de présenter les grandes stratégies de recherches actuelles basées sur les différentes technologies haut-débit dans le domaine des maladies cardiovasculaires. Une attention toute particulière sera portée aux besoins en biostatistique et en bioinformatique que requièrent l'application de ces nouvelles technologies à la recherche en génétique et épigénétique.
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Thèse de Martin Wannagat - Lundi 4 juillet 2016 - 14:00 - Amphi Lavoisier
The LBBE supports the 12th Symposium de Morphométrie et Evolution des Formes, which will take place in Dijon on June 5-7, 2024.
The local protein composition of chromatin controls important processes such as transcription, replication and DNA repair, yet the diversity of chromatin and its distribution along chromosomes is still poorly characterized.Using DamID in Drosophila Kc cells, we generated high-resolution genome-wide binding maps of 53 chromatin proteins from a wide range of functional categories. For most of those proteins, no binding data was previously available.By constructing a non supervised classifier, we find that there are five principal chromatin types defined by unique yet overlapping combinations of proteins.Two types correspond to Polycomb and HP1-bound regions, respectively. The novel 'BLACK' chromatin type covers half of the genome and induces strong transcriptional repression on inserted transgenes. Remarkably, this chromatin type is devoid of the classic 'heterochromatin' proteins Polycomb and HP1. Thus, our data reveal the existence of a prominent repressive chromatin type that has largely been overlooked.Active genes are associated with one of the other two remaining combinations of proteins. H3K36 methylation is associated with only one of them, yet it was previously thought to mark every transcribed gene. In addition, active genes involved in growth and cell proliferation, and those involved in signal transduction are located in a distinct chromatin types.The five chromatin types modulate the interactions of transcription factors with DNA. We observe that most transcription factors bind their cognate motif only if it sits in the favored chromatin context. Our data rule out a simple exclusion mechanism but support a model whereby synergistic interactions target transcription factors to their binding site.Finally, genomic regions in the 5 chromatin types follow different evolutionary processes. The vast majority of synteny breaks with Drosophila pseudoobscura occurs in only one of the transcriptionally active types. Besides, the speed of evolution of genes located in that chromatin type is higher than for other types.In summary, our integrative approach identifies five major chromatin types, which are defined by unique combinations of proteins and have distinct functional properties.
The reduction of DNA sequencing costs over recent years has enabled whole genome sequencing to become relatively affordable for most organisms. However, sequencing many individuals, from multiple populations can still be financially limiting and require extensive computational power. Since its development in 2008, restriction-site associated DNA (RAD) sequencing has offered an effective method for sampling non-random, interspersed sequences across a genome. In brief, the approach involves digesting genomic DNA with a restriction enzyme, ligating adapters to these sites and sequencing the fragments with illumina technology. Publications based on the RAD method have addressed many biological questions ranging from population genetics to linkage mapping and phylogeography, using 10's or 100's of individuals from broods or wild collections. Here I will provide an overview of the RAD method, and highlight various approaches to analyze RAD datasets. Data generated by myself and colleagues, from tropical butterflies, pest moths and polymorphic ladybirds, will be presented to demonstrate our approach for assembling genetic linkage maps (with and without a reference genome), bulked segregant analysis, genome wide phylogenies and comparative genomics. Although there are both benefits and drawbacks to RAD sequencing, it is a universal genetic approach that could be considered for many organisms.