COEVOL Coévolution Multi-Echelles
Equipe Génétique et Evolution des Interactions
Vavre Fabrice
Directeur de recherche
CNRS
Qui suis-nous ? Qui sommes-je ?
Ces deux étranges questions définissent parfaitement mes intérêts de recherche. J'étudie les relations interspécifiques, notamment les interactions symbiotiques, en utilisant comme modèle les interactions entre arthropodes et bactéries transmises principalement verticalement (de la mère à la descendance). L'objectif est de comprendre la dynamique de cet individu chimère, les facteurs qui orientent ces interactions vers le conflit ou la coopération, et leurs conséquences sur le phénotype étendu de l'individu et l'évolution de chacun des partenaires. La subtilité de ces interactions, qui naviguent continuellement entre intérêts égoïstes et partagés, est particulièrement importante à considérer et à intégrer dans l'étude à la mode de l'holobionte et du microbiote. Ce thème général est actuellement structuré autour de 3 projets principaux :
La co-adaptation au sein des holobiontes. Dans le cadre du projet ANR Hmicmac, nous cherchons, avec Laurence Mouton, à tester l'hypothèse selon laquelle les interactions hôte-microbiote devraient conduire à une co-adaptation entre les partenaires. Cette hypothèse est testée à l'aide d'une approche d’évolution expérimentale basée sur des situations où ces possibles co-adaptations sont initialement cassées puis laissées libres d'évoluer à nouveau. Cette approche est menée sur l'aleurode Bemisia tabaci et ses bactéries symbiotiques au LBBE, et est comparée à des expériences similaires menées sur le puceron du pois. Ce projet implique également les laboratoires IGEPP (Rennes) et BF2I (Lyon).
Réponse des symbioses au stress. Dans le cadre du projet RESIST (ANR JCJC, coord. Natacha Kremer, LBBE), nous cherchons à tester si la symbiose est un moteur ou une barrière à l'adaptation à de nouveaux stress environnementaux. Nous utilisons l'association entre Drosophila melanogaster et Wolbachia (souche wMelPop), qui est soumise à des stress ponctuels ou chroniques avec soit un agent pro-oxydant (l'herbicide paraquat), soit le virus C, soit les deux simultanément.
Dynamique des interactions symbiotiques obligatoires chez les tiques. Dans le cadre du projet MICROM (ANR, coord. O. Duron, MIVEGEC), nous cherchons à comprendre le pourquoi et le comment des remplacements récurrents des symbiotes nutritionnels obligatoires chez les tiques. En effet, ces arthropodes hématophages stricts dépendent de symbiotes nutritionnels leur apportant des vitamines B. Cependant, de multiples événements de remplacement ont eu lieu au cours de l'évolution des tiques. Les futurs travaux au LBBE seront consacrés à la génomique comparative des symbiotes de différentes espèces de tiques.
Enfin, dans le cadre de plusieurs projets (SBP MicroBeHave, 2 thèses CIFRE, une ANR et un projet région), nous avons développé avec Julien Varaldi et Natacha Kremer, en collaboration avec le laboratoire BF2I et la société Izinovation, un nouveau projet sur les punaises de lit, un ravageur ré-émergent du fait de sa résistance aux insecticides, strictement hématophage et totalement dépendant de symbiotes du genre Wolbachia pour l'apport en vitamines B. Nos travaux visent à caractériser les mécanismes génétiques de résistance et à mieux comprendre le dialogue génétique et métabolique entre l'insecte et son symbiote.
Développement des approches "One Health" à Lyon
Au-delà de ces aspects scientifiques, je suis également impliqué dans la construction de l'écosystème de recherche lyonnais sur les approches One Health. Cela m'a conduit à diriger le projet de plateforme Symbiotron pendant plus de 10 ans, et depuis 2021 à coordonner le projet Equipex+ Infectiotron, récemment financé et porté par l'Université Lyon 1. Ce projet vise à développer un ensemble d'outils coordonnés pour le développement opérationnel de projets sur les maladies infectieuses depuis leur environnement naturel jusqu'au laboratoire, avec un accent particulier sur les pathogènes de niveau 3. Je suis également activement impliqué dans la mise en œuvre et le développement du projet SHAPE-Med@Lyon, également coordonnée par l'Université de Lyon 1, et en particulier pour le développement de l'Institut Transdisciplinaire de Santé de Lyon.
Publications
Affichage des publications 1 à 30 sur 103 au total
Transcriptomic Response to Pyrethroid Treatment in Closely Related Bed Bug Strains Varying in Resistance
Genome Biology and Evolution . 16 ( 8 ) : evae158
DOI: 10.1093/gbe/evae158
Article dans une revue
voir la publicationDevelopment, feeding, and sex shape the relative quantity of the nutritional obligatory symbiont Wolbachia in bed bugs
Frontiers in Microbiology . 15 : 1386458
Article dans une revue
voir la publicationDynamics of endosymbionts in bed bugs during development
Groupe Régional de Recherche en Microbiologie des Interactions (G-RREMI) .
Poster
voir la publicationFunctional analysis of interactions between bed bugs and their nutritional symbiont Wolbachia
Rencontres du Réseau Ecologie des Interactions Durables 2023 .
Poster
voir la publicationGenomic changes during the evolution of the Coxiella genus along the parasitism-mutualism continuum
Peer Community Journal . 3 : e41
Article dans une revue
voir la publicationPlant choice for oviposition in the phytophagous insect Bemisia tabaci: cytotype, including symbionts, knows best!
Animal Behaviour . 200 : 147-157
Article dans une revue
voir la publicationStudy of host-symbionts coevolution in the whitefly Bemisia tabaci: an experimental evolution approach
13e Rencontre du Réseau Français de Biologie Adaptative des Pucerons et Organismes Associés (BAPOA) .
Acte de congrès
voir la publicationA major 6 Mb superlocus is involved in pyrethroid resistance in the common bed bug Cimex lectularius
Evolutionary Applications . 16 ( 5 ) : 1012 - 1028
DOI: 10.1111/eva.13550
Article dans une revue
voir la publicationAnalyses of symbiotic bacterial communities in the plant pest Bemisia tabaci reveal high prevalence of Candidatus Hemipteriphilus asiaticus on the African continent
Peer Community Journal . 2 ( e20 )
Article dans une revue
voir la publicationCytotype Affects the Capability of the Whitefly Bemisia tabaci MED Species To Feed and Oviposit on an Unfavorable Host Plant
mBio . 12 ( 6 ) : 1-16
Article dans une revue
voir la publicationWolbachia load variation in Drosophila is more likely caused by drift than by host genetic factors
Peer Community In Evolutionary Biology .
Article dans une revue
voir la publicationEndosymbiont diversity in natural populations of Tetranychus mites is rapidly lost under laboratory conditions
Heredity . 124 ( 4 ) : 603-617
Article dans une revue
voir la publicationStress & Symbiosis: Heads or Tails?
Frontiers in Ecology and Evolution . : 1-9
Article dans une revue
voir la publicationExperimental evolution of virulence and associated traits in a Drosophila melanogaster - Wolbachia symbiosis
Peer Community In Evolutionary Biology . : e9
DOI: 10.24072/pcjournal.9
Article dans une revue
voir la publicationStudy of insect-bacteria symbiotic interactions by dual RNAseq
Journée Transcriptomique Complexe des GDR GE et BIM .
Acte de congrès
voir la publicationTick-Bacteria Mutualism Depends on B Vitamin Synthesis Pathways
Current Biology . 28 ( 12 ) : 1896 - 1902.e5
Article dans une revue
voir la publicationCancer Is Not (Only) a Senescence Problem
Trends in Cancer . 4 ( 3 ) : 169 - 172
Article dans une revue
voir la publicationAbundance of Bemisia tabaci Gennadius (Hemiptera: Aleyrodidae) and its parasitoids on vegetables and cassava plants in Burkina Faso (West Africa)
Ecology and Evolution . 8 ( 12 ) : 6091-6103
DOI: 10.1002/ece3.4078
Article dans une revue
voir la publicationBack and forth Wolbachia transfers reveal efficient strains to control spotted wing drosophila populations
Journal of Applied Ecology . 55 ( 5 ) : 2408-2418
Article dans une revue
voir la publicationImpact of pest management practices on the frequency of insecticide resistance alleles in Bemisia tabaci (Hemiptera: Aleyrodidae) populations in three countries of West Africa
Crop Protection . 104 : 86 - 91
Article dans une revue
voir la publicationThe Importance of Revisiting Legionellales Diversity
Trends in Parasitology . 34 ( 12 ) : 1027 - 1037
Article dans une revue
voir la publicationInfluence of Microbial Symbionts on Plant-Insect Interactions
Insect-Plant Interactions in a Crop Protection Perspective . 81 : 225-257
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationObligate dependence does not preclude changing partners in a Russian dolls symbiotic system
Peer Community In Evolutionary Biology . : 1-2
Article dans une revue
voir la publicationEvolutionary changes in symbiont community structure in ticks
Molecular Ecology . 26 ( 11 ) : 2905–2921
DOI: 10.1111/mec.14094
Article dans une revue
voir la publicationImpact of Wolbachia on oxidative stress sensitivity in the parasitic wasp Asobara japonica
PLoS ONE . 5 : 10
Article dans une revue
voir la publicationSNP calling from RNA-seq data without a reference genome: identification, quantification, differential analysis and impact on the protein sequence
Nucleic Acids Research .
DOI: 10.1093/nar/gkw655
Article dans une revue
voir la publicationInfluence of oxidative homeostasis on bacterial density and cost of infection in Drosophila–Wolbachia symbioses
Journal of Evolutionary Biology . 29 : 1211-1222
DOI: 10.1111/jeb.12863
Article dans une revue
voir la publicationTwo Host Clades, Two Bacterial Arsenals: Evolution through Gene Losses in Facultative Endosymbionts.
Genome Biology and Evolution . 7 ( 3 ) : 839-855
DOI: 10.1093/gbe/evv030
Article dans une revue
voir la publicationGenome reduction and potential metabolic complementation of the dual endosymbionts in the whitefly Bemisia tabaci
BMC Genomics . 16 : 226
Article dans une revue
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