GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
Equipe Bioinformatique, Phylogénie et Génomique Evolutive
Lartillot Nicolas
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 04 72 44 84 87
Mon activité de recherche se développe principalement autour de la question générale de la modélisation de l'évolution des séquences génétiques et des génomes, avec des applications à l'inférence phylogénétique et à la compréhension des processus évolutifs plus généralement.
Pour l'inférence phylogénétique, mon travail s'appuie essentiellement sur l'inférence bayésienne: une fois défini un modèle stochastique de l'évolution des séquences, nous développons des algorithmes qui permettent d'inférer les valeurs probables des paramètres du modèle (dont la phylogénie) qui expliquent au mieux les données. Les modèles phylogénétiques que nous avons développés, au travers de diverses collaborations, ainsi qu'avec plusieurs étudiantes et étudiants en thèse, sont utilisés pour reconstruire l'histoire évolutive et les relations de parenté entre espèces, mais aussi pour caractériser les régimes adaptatifs des gènes codant pour les protéines: en particulier, quels sont les gènes qui sont soumis à de fortes pressions adaptatives, par exemple liées à des courses aux armements entre hôtes et pathogènes.
Plus récemment, je me suis intéressé à confronter les approches dites inter- et intra-spécifiques. La phylogénie est typiquement une approche inter-spécifique: elle s'intéresse aux différences entre espèces, et se focalise sur la grande échelle évolutive (à travers les millions d'années). La génétique des populations, quant à elle, s'intéresse à la diversité au sein de chaque espèce; de ce fait, elle s'intéresse à une échelle de temps plus courte (de l'ordre de quelques centaines de milliers d'année par exemple dans le cas de l'espèce humaine). Voir les travaux de deux étudiant(e)s ayant travaillé avec moi sur ce sujet: Latrille et al, 2023, et Bastian et al, 2025.
Enfin, je m'intéresse également à des modèles théoriques et basés sur des simulations. À la différence des modèles mentionnés plus haut, ces modèles n'ont pas vocation à être ajustés directement sur les données génétiques actuellement disponibles. Ils servent plutôt à explorer et à comprendre des phénomènes évolutifs qui peuvent émerger à partir de divers mécanismes de reproduction, de réplication et de recombinaison de l'ADN. Dans cette direction, nous nous intéressons particulièrement aux conséquences des mécanismes de mutation et de recombinaison sur l'évolution des génomes. Voir à ce sujet les travaux suivants, également effectués par des étudiantes: Luiselli et al, 2024, et Genestier et al, 2024
Publications
Affichage des publications 31 à 60 sur 74 au total
Closing the gap between rocks and clocks using total-evidence dating
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 371 : 20150136
Article dans une revue
voir la publicationA mixed relaxed clock model
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 371 : 20150132
Article dans une revue
voir la publicationReply to Halanych et al.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 113 ( 8 ) : E948-E949
Article dans une revue
voir la publicationRevBayes: Bayesian Phylogenetic Inference Using Graphical Models and an Interactive Model-Specification Language
Systematic Biology . 65 : 726-36
Article dans une revue
voir la publicationGenomic data do not support comb jellies as the sister group to all other animals
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 112 ( 50 ) : 15402-15407
Article dans une revue
voir la publicationProbabilistic models of eukaryotic evolution: time for integration
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 370 ( 1678 ) : 20140338
Article dans une revue
voir la publicationA phylogenetic Kalman filter for ancestral trait reconstruction using molecular data
Bioinformatics . 30 ( 4 ) : 488-96
Article dans une revue
voir la publicationSite-heterogeneous mutation-selection models within the PhyloBayes-MPI package
Bioinformatics . 30 ( 7 ) : 1020-1
Article dans une revue
voir la publicationMonte Carlo algorithms for Brownian phylogenetic models
Bioinformatics . 30 ( 21 ) : 3020-3028
Article dans une revue
voir la publicationReconstructing the Phylogenetic History of Long-Term Effective Population Size and Life-History Traits Using Patterns of Amino Acid Replacement in Mitochondrial Genomes of Mammals and Birds
Genome Biology and Evolution . 5 ( 7 ) : 1273 - 1290
DOI: 10.1093/gbe/evt083
Article dans une revue
voir la publicationLateral Gene Transfer from the Dead.
Systematic Biology . 62 ( 3 ) : 386-397
Article dans une revue
voir la publicationPhylogenetic Patterns of GC-Biased Gene Conversion in Placental Mammals and the Evolutionary Dynamics of Recombination Landscapes
Molecular Biology and Evolution . 30 ( 3 ) : 489-502
Article dans une revue
voir la publicationAn Experimentally Tested Scenario for the Structural Evolution of Eukaryotic Cys2His2 Zinc Fingers from Eubacterial Ros Homologs
Molecular Biology and Evolution . 30 ( 7 ) : 1504 - 1513
Article dans une revue
voir la publicationInteraction between Selection and Biased Gene Conversion in Mammalian Protein-Coding Sequence Evolution Revealed by a Phylogenetic Covariance Analysis
Molecular Biology and Evolution . 30 : 356 - 368
Article dans une revue
voir la publicationStatistical Potentials for Improved Structurally Constrained Evolutionary Models
Molecular Biology and Evolution . 27 ( 7 ) : 1546 - 1560
Article dans une revue
voir la publicationA Phylogenetic Model for Investigating Correlated Evolution of Substitution Rates and Continuous Phenotypic Characters
Molecular Biology and Evolution . 28 ( 1 ) : 729 - 744
Article dans une revue
voir la publicationA Dirichlet Process Covarion Mixture Model and Its Assessments Using Posterior Predictive Discrepancy Tests
Molecular Biology and Evolution . 27 ( 2 ) : 371-384
Article dans une revue
voir la publicationFast optimization of statistical potentials for structurally constrained phylogenetic models
BMC Evolutionary Biology . 9 ( 1 ) : 227
Article dans une revue
voir la publicationComputational Methods for Evaluating Phylogenetic Models of Coding Sequence Evolution with Dependence between Codons
Molecular Biology and Evolution . 26 ( 7 ) : 1663 - 1676
Article dans une revue
voir la publicationPhylogenetic Mixture Models for Proteins
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 363 : 3965-3976
Article dans une revue
voir la publicationBayesian Comparisons of Codon Substitution Models
Genetics . 180 ( 3 ) : 1579-1591
Article dans une revue
voir la publicationBayesian computation for statistical models with intractable normalizing constants
Pré-publication
voir la publicationImprovement of Molecular Phylogenetic Inference and the Phylogeny of Bilateria
Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences (1934–1990) . 363 ( 1496 ) : 1463-1472
Article dans une revue
voir la publicationUniformization for Sampling Realizations of Markov Processes: Applications to Bayesian Implementations of Codon Substitution Models
Bioinformatics . 24 ( 1 ) : 56-62
Article dans une revue
voir la publicationA Site- and Time-Heterogeneous Model of Amino Acid Replacement
Molecular Biology and Evolution . 25 ( 5 ) : 842-858
Article dans une revue
voir la publicationAdditional molecular support for the new chordate phylogeny.
Genesis - The Journal of Genetics and Development . 46 ( 11 ) : 592-604
DOI: 10.1002/dvg.20450
Article dans une revue
voir la publicationEmpirical Profile Mixture Models for Phylogenetic Reconstruction
Bioinformatics . 29 : 2317-2323
Article dans une revue
voir la publicationParallel Adaptations to High Temperatures in the Archean Eon
Nature . 456 ( 7224 ) : 942-945
DOI: 10.1038/nature07393
Article dans une revue
voir la publicationA General Comparison of Relaxed Molecular Clock Models
Molecular Biology and Evolution . 24 ( 12 ) : 2669-2680
Article dans une revue
voir la publication