Lartillot Nicolas

Directeur de recherche

CNRS

Adresse : 43 bd du 11 novembre 1918
69622 VILLEURBANNE cedex

Mon activité de recherche se développe principalement autour de la question générale de la modélisation de l'évolution des séquences génétiques et des génomes, avec des applications à l'inférence phylogénétique et à la compréhension des processus évolutifs plus généralement.

Pour l'inférence phylogénétique, mon travail s'appuie essentiellement sur l'inférence bayésienne: une fois défini un modèle stochastique de l'évolution des séquences, nous développons des algorithmes qui permettent d'inférer les valeurs probables des paramètres du modèle (dont la phylogénie) qui expliquent au mieux les données. Les modèles phylogénétiques que nous avons développés, au travers de diverses collaborations, ainsi qu'avec plusieurs étudiantes et étudiants en thèse, sont utilisés pour reconstruire l'histoire évolutive et les relations de parenté entre espèces, mais aussi pour caractériser les régimes adaptatifs des gènes codant pour les protéines: en particulier, quels sont les gènes qui sont soumis à de fortes pressions adaptatives, par exemple liées à des courses aux armements entre hôtes et pathogènes.

Plus récemment, je me suis intéressé à confronter les approches dites inter- et intra-spécifiques. La phylogénie est typiquement une approche inter-spécifique: elle s'intéresse aux différences entre espèces, et se focalise sur la grande échelle évolutive (à travers les millions d'années). La génétique des populations, quant à elle, s'intéresse à la diversité au sein de chaque espèce; de ce fait, elle s'intéresse à une échelle de temps plus courte (de l'ordre de quelques centaines de milliers d'année par exemple dans le cas de l'espèce humaine). Voir les travaux de deux étudiant(e)s ayant travaillé avec moi sur ce sujet: Latrille et al, 2023, et Bastian et al, 2025.

Enfin, je m'intéresse également à des modèles théoriques et basés sur des simulations. À la différence des modèles mentionnés plus haut, ces modèles n'ont pas vocation à être ajustés directement sur les données génétiques actuellement disponibles. Ils servent plutôt à explorer et à comprendre des phénomènes évolutifs qui peuvent émerger à partir de divers mécanismes de reproduction, de réplication et de recombinaison de l'ADN. Dans cette direction, nous nous intéressons particulièrement aux conséquences des mécanismes de mutation et de recombinaison sur l'évolution des génomes. Voir à ce sujet les travaux suivants, également effectués par des étudiantes: Luiselli et al, 2024, et Genestier et al, 2024

Publications

Affichage des publications 61 à 74 sur 74 au total

Exploring Fast Computational Strategies for Probabilistic Phylogenetic analysis

Nicolas Rodrigue, Herve Philippe, Nicolas Lartillot

Hervé Philippe, Frédéric Delsuc, Henner Brinkmann, Nicolas Lartillot

Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics . 36 : 541-562

2005

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Site Interdependence Attributed to Tertiary Structure in Amino Acid Sequence Evolution

N. Rodrigue, Nicolas Lartillot, D. Bryant, H. Philippe

Gene . 347 ( 2 ) : 207-217

DOI: 10.1016/j.gene.2004.12.011

2005

Article dans une revue

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A Bayesian Mixture Model for Across-Site Heterogeneities in the Amino-Acid Replacement Process

Nicolas Lartillot, Herve Philippe

Molecular Biology and Evolution . 21 ( 6 ) : 1095-1109

DOI: 10.1093/molbev/msh112

2004

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CAT : Un Modèle Phylogénétique Bayésien permettant de prendre en compte l'Hétérogénéité des Processus de Substitution entre Sites dans les Alignements Protéiques

Nicolas Lartillot, Herve Philippe

Biosystema 22 . 22 : 97-104

2004

Chapitre d'ouvrage

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