Equipe Baobab
Membres
Doctorante
INRIA
Doctorant
UCBL
Doctorant
UCBL
Ingénieur de recherche
INRIA
Tél : 04 72 44 81 42
Maître de conférences
UCBL
Tél : 33 04 72 43 15 52
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 15 52
Professeur des universités
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Technicienne
INRIA
Tél : 04 72 44 81 54
Directrice de recherche
INRIA
Tél : 33 04 72 44 82 38
Doctorante
UCBL
Baobab est une équipe de recherche française du Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive, et en même temps représente le noyau d'une équipe de recherche européenne Inria appelée Erable. Outre les membres de Baobab, Erable compte ainsi des membres dans trois institutions en Italie (Université Sapienza et Université Luiss de Rome, et Université de Pise) et deux institutions aux Pays-Bas (CWI et Université Libre d'Amsterdam).
Baobab a deux grands ensembles d'objectifs de recherche qui couvrent actuellement quatre axes:
- Objectifs :
- Le premier est lié aux domaines d'expertise originaux de l'équipe, à savoir la modélisation combinatoire et statistique et les algorithmes, bien que plus récemment l'équipe ait également été rejointe par des membres issus de la biologie, y compris expérimentale.
- Le deuxième ensemble d'objectifs concerne son principal intérêt en Sciences de la Vie qui est de mieux comprendre les interactions entre les systèmes vivants et leur environnement. Cela inclut les interactions étroites et souvent persistantes entre deux systèmes vivants (symbiose), les interactions entre les systèmes vivants et les virus, et les interactions entre les systèmes vivants et les composés chimiques.
- Axes :
- la (pan)génomique et la transcriptomique en général,
- le métabolisme et la régulation (post)transcriptionnelle,
- la (co)evolution,
- la santé, en général, des systèmes vivants et de l'environnement.
Un objectif à plus long terme de l'équipe est de devenir capable dans certains cas de suggérer les moyens de contrôler ou de rétablir l'équilibre dans une communauté en interaction en agissant sur son environnement ou sur ses joueurs, comment ils jouent et qui joue.
Deux étapes majeures sont constamment impliquées dans la recherche effectuée par l'équipe: une première de modélisation (c'est-à-dire de traduction) d'un problème des Sciences de la Vie en un problème mathématique, et une seconde d'analyse et de conception d'algorithmes. Les algorithmes développés sont ensuite appliqués aux questions d'intérêt en Sciences de la Vie à partir de données issues de la littérature ou de collaborateurs. Plus récemment, grâce au recrutement de jeunes chercheuses et chercheurs (doctorants et post-doctorants) en biologie, l'équipe a pu commencer à faire des expérimentations et produire des données ou valider par elle-même certains des résultats obtenus.
D'un point de vue méthodologique, la principale caractéristique de l'équipe est de considérer qu'une fois qu'un modèle est sélectionné, les algorithmes pour explorer ce modèle doivent, dans la mesure du possible, être exacts dans la réponse apportée et exhaustifs lorsqu'il en existe plusieurs pour une interprétation plus précise des résultats. Plus récemment, l'équipe s'est intéressée à l'exploration de l'interface entre les algorithmes exacts d'une part et les algorithmes probabilistes ou statistiques d'autre part, tels qu'utilisés dans les approches d'apprentissage automatique. Plus particulièrement, l'équipe s'intéresse à l'étude d'un domaine de recherche appelé « apprentissage automatique interpretable » qui s'est développé plus récemment et à ses relations potentielles avec des approches combinatoires exactes.
En plus d'être au cœur d'une équipe européenne, Baobab possède un certain nombre d'autres collaborations au niveau international.
L’équipe Baobab est également fortement impliquée dans l'enseignement à l'Université de Lyon et à l'Insa-Lyon, ainsi que dans d'autres institutions de recherche en Europe, directement ou à travers les membres d'Erable qui ne sont pas en France.
Pour plus d'informations, vous pouvez également visiter le site de l'équipe Inria Erable ici : http://team.inria.fr/erable/fr/.
Publications
Affichage des publications 61 à 90 sur 298 au total
Hydrogen peroxide production and myo-inositol metabolism as important traits for virulence of Mycoplasma hyopneumoniae
Molecular Microbiology . : 1-45
DOI: 10.1111/mmi.13957
Article dans une revue
voir la publicationA fast and agnostic method for bacterial genome-wide association studies: bridging the gap between k-mers and genetic events
PLoS Genetics . 14 ( 11 ) : 1-28
Article dans une revue
voir la publicationComplementarity of assembly-first and mapping-first approaches for alternative splicing annotation and differential analysis from RNAseq data
Scientific Reports . 8 ( 1 )
Article dans une revue
voir la publicationGeometric medians in reconciliation spaces
Information Processing Letters . 136 : 96 - 101
Article dans une revue
voir la publicationReconfiguration of graphs with connectivity constraints
WAOA 2018 - International Workshop on Approximation and Online Algorithms . 11312 : 295-309
Acte de congrès
voir la publicationFast-SG: an alignment-free algorithm for hybrid assembly
GigaScience . 7 ( 5 ) : 1 - 15
Article dans une revue
voir la publicationA dynamic metabolic flux analysis of ABE (acetone-butanol-ethanol) fermentation by Clostridium acetobutylicum ATCC 824, with riboflavin as a by-product
Biotechnology and Bioengineering . 114 ( 12 ) : 2907 - 2919
DOI: 10.1002/bit.26393
Article dans une revue
voir la publicationComputing EFMs consistent with equilibrium constants
Metabolic Pathway Analysis MPA 2017 .
Acte de congrès
voir la publicationHSM a reduced model of Central Carbon Metabolism: a dynamical approach
advances in Systems and Synthetic Biology .
Acte de congrès
voir la publicationHow important is thermodynamics for identifying elementary flux modes?
PLoS ONE . 12 ( 2 ) : e0171440
Article dans une revue
voir la publicationBacHBerry: BACterial Hosts for production of Bioactive phenolics from bERRY fruits
Phytochemistry Reviews . : 1-36
Article dans une revue
voir la publicationAlgorithms for k-meet-semidistributive lattices
Theoretical Computer Science . 658 : 391 - 398
Article dans une revue
voir la publicationAnnotation and differential analysis of alternative splicing using de novo assembly of RNAseq data
DOI: 10.1101/074807
Pré-publication
voir la publicationPlaying hide and seek with repeats in local and global de novo transcriptome assembly of short RNA-seq reads
Algorithms for Molecular Biology . 12 ( 1 ) : 2
Article dans une revue
voir la publicationOptPipe - a pipeline for optimizing metabolic engineering targets
BMC Systems Biology . 11 : 1-9
Article dans une revue
voir la publicationOn Bubble Generators in Directed Graphs
WG 2017 - 43rd International Workshop on Graph-Theoretic Concepts in Computer Science . 10520 : 18-31
Acte de congrès
voir la publicationIdentification of misexpressed genetic elements in hybrids between Drosophila-related species
Scientific Reports . 7 : 40618
DOI: 10.1038/srep40618
Article dans une revue
voir la publicationToken Jumping in minor-closed classes
International symposium on fundamentals of computer theory (FCT 2017) . 10472 : 136-149
Acte de congrès
voir la publicationHow Long Does Wolbachia Remain on Board?
Molecular Biology and Evolution . 34 ( 5 ) : 1183 - 1193
Article dans une revue
voir la publicationThe Redox Status of Cancer Cells Supports Mechanisms behind the Warburg Effect
Metabolites . 6 ( 4 ) : 12 p.
Article dans une revue
voir la publicationMinimality of Metabolic Flux Modes under Boolean Regulation Constraints
12th International Workshop on Constraint-Based Methods for Bioinformatics WCB’16 .
Acte de congrès
voir la publicationReprésentation systémique multi-échelle des processus biologiques de la bactérie
IC2016 - Ingénierie des Connaissances .
Acte de congrès
voir la publicationReprésentation systémique multi-échelle des processus biologiques de la bactérie
IC201: 27es Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances .
Acte de congrès
voir la publicationHuman-Scale Metabolic Network of Central Carbon Metabolism: application to serine metabolism from glutamine in Cancer Cells
advances in Systems and Synthetic Biology .
Acte de congrès
voir la publicationMetabolic Investigation of the Mycoplasmas from the Swine Respiratory Tract
JOBIM 2016 .
Poster
voir la publicationA Combinatorial Algorithm for Microbial Consortia Synthetic Design
Scientific Reports .
DOI: 10.1038/srep29182
Article dans une revue
voir la publicationA Polynomial Delay Algorithm for Enumerating Minimal Dominating Sets in Chordal Graphs
WG 2015: Graph-Theoretic Concepts in Computer Science . : 138-153
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationColib’read on galaxy: a tools suite dedicated to biological information extraction from raw NGS reads
GigaScience . 5 ( 1 )
Article dans une revue
voir la publicationSNP calling from RNA-seq data without a reference genome: identification, quantification, differential analysis and impact on the protein sequence
Nucleic Acids Research .
DOI: 10.1093/nar/gkw655
Article dans une revue
voir la publicationInsights on the virulence of swine respiratory tract mycoplasmas through genome-scale metabolic modeling
BMC Genomics . 17 ( 1 ) : 353
Article dans une revue
voir la publication