Equipe Baobab
Membres
Stagiaire
UCBL
Doctorante
INRIA
Doctorant
UCBL
Doctorant
UCBL
Ingénieur de recherche
INRIA
Tél : 04 72 44 81 42
Maître de conférences
UCBL
Tél : 33 04 72 43 15 52
Stagiaire
UCBL
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 15 52
Technicienne
INRIA
Tél : 04 72 44 81 54
Professeur des universités
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Directrice de recherche
INRIA
Tél : 33 04 72 44 82 38
Doctorante
UCBL
Baobab est une équipe de recherche française du Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive, et en même temps représente le noyau d'une équipe de recherche européenne Inria appelée Erable. Outre les membres de Baobab, Erable compte ainsi des membres dans trois institutions en Italie (Université Sapienza et Université Luiss de Rome, et Université de Pise) et deux institutions aux Pays-Bas (CWI et Université Libre d'Amsterdam).
Baobab a deux grands ensembles d'objectifs de recherche qui couvrent actuellement quatre axes:
- Objectifs :
- Le premier est lié aux domaines d'expertise originaux de l'équipe, à savoir la modélisation combinatoire et statistique et les algorithmes, bien que plus récemment l'équipe ait également été rejointe par des membres issus de la biologie, y compris expérimentale.
- Le deuxième ensemble d'objectifs concerne son principal intérêt en Sciences de la Vie qui est de mieux comprendre les interactions entre les systèmes vivants et leur environnement. Cela inclut les interactions étroites et souvent persistantes entre deux systèmes vivants (symbiose), les interactions entre les systèmes vivants et les virus, et les interactions entre les systèmes vivants et les composés chimiques.
- Axes :
- la (pan)génomique et la transcriptomique en général,
- le métabolisme et la régulation (post)transcriptionnelle,
- la (co)evolution,
- la santé, en général, des systèmes vivants et de l'environnement.
Un objectif à plus long terme de l'équipe est de devenir capable dans certains cas de suggérer les moyens de contrôler ou de rétablir l'équilibre dans une communauté en interaction en agissant sur son environnement ou sur ses joueurs, comment ils jouent et qui joue.
Deux étapes majeures sont constamment impliquées dans la recherche effectuée par l'équipe: une première de modélisation (c'est-à-dire de traduction) d'un problème des Sciences de la Vie en un problème mathématique, et une seconde d'analyse et de conception d'algorithmes. Les algorithmes développés sont ensuite appliqués aux questions d'intérêt en Sciences de la Vie à partir de données issues de la littérature ou de collaborateurs. Plus récemment, grâce au recrutement de jeunes chercheuses et chercheurs (doctorants et post-doctorants) en biologie, l'équipe a pu commencer à faire des expérimentations et produire des données ou valider par elle-même certains des résultats obtenus.
D'un point de vue méthodologique, la principale caractéristique de l'équipe est de considérer qu'une fois qu'un modèle est sélectionné, les algorithmes pour explorer ce modèle doivent, dans la mesure du possible, être exacts dans la réponse apportée et exhaustifs lorsqu'il en existe plusieurs pour une interprétation plus précise des résultats. Plus récemment, l'équipe s'est intéressée à l'exploration de l'interface entre les algorithmes exacts d'une part et les algorithmes probabilistes ou statistiques d'autre part, tels qu'utilisés dans les approches d'apprentissage automatique. Plus particulièrement, l'équipe s'intéresse à l'étude d'un domaine de recherche appelé « apprentissage automatique interpretable » qui s'est développé plus récemment et à ses relations potentielles avec des approches combinatoires exactes.
En plus d'être au cœur d'une équipe européenne, Baobab possède un certain nombre d'autres collaborations au niveau international.
L’équipe Baobab est également fortement impliquée dans l'enseignement à l'Université de Lyon et à l'Insa-Lyon, ainsi que dans d'autres institutions de recherche en Europe, directement ou à travers les membres d'Erable qui ne sont pas en France.
Pour plus d'informations, vous pouvez également visiter le site de l'équipe Inria Erable ici : http://team.inria.fr/erable/fr/.
Publications
Affichage des publications 91 à 120 sur 308 au total
Metabolic Investigation of the Mycoplasmas from the Swine Respiratory Tract
JOBIM 2016 .
Poster
voir la publicationA Combinatorial Algorithm for Microbial Consortia Synthetic Design
Scientific Reports .
DOI: 10.1038/srep29182
Article dans une revue
voir la publicationA Polynomial Delay Algorithm for Enumerating Minimal Dominating Sets in Chordal Graphs
WG 2015: Graph-Theoretic Concepts in Computer Science . : 138-153
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationColib’read on galaxy: a tools suite dedicated to biological information extraction from raw NGS reads
GigaScience . 5 ( 1 )
Article dans une revue
voir la publicationSNP calling from RNA-seq data without a reference genome: identification, quantification, differential analysis and impact on the protein sequence
Nucleic Acids Research .
DOI: 10.1093/nar/gkw655
Article dans une revue
voir la publicationInsights on the virulence of swine respiratory tract mycoplasmas through genome-scale metabolic modeling
BMC Genomics . 17 ( 1 ) : 353
Article dans une revue
voir la publicationDegreeCox – a network-based regularization method for survival analysis
BMC Bioinformatics . 17 ( Suppl 16 ) : 109-121
Article dans une revue
voir la publicationEnumeration of minimal stoichiometric precursor sets in metabolic networks
Algorithms for Molecular Biology . 11 ( 1 ) : 25
Article dans une revue
voir la publicationRobustness of the Parsimonious Reconciliation Method in Cophylogeny
Lecture Notes in Computer Science . 9702 : 12
Article dans une revue
voir la publicationComputing and Listing st-Paths in Subway Networks
CSR 2016 - 11th International Computer Science Symposium in Russia . 9691 : 102-116
Acte de congrès
voir la publicationIntroduction to the Special Theme - Tackling Big Data in the Life Sciences
Autre publication
voir la publicationSplicing misregulation of SCN5A contributes to cardiac-conduction delay and heart arrhythmia in myotonic dystrophy
Nature Communications . 7 : 11067
DOI: 10.1038/ncomms11067
Article dans une revue
voir la publicationMultiPus: Conception de communautés microbiennes pour la production de composés d'intérêt
Jobim .
Poster
voir la publicationEfficient Enumeration of Solutions Produced by Closure Operations
33rd Symposium on Theoretical Aspects of Computer Science, STACS 2016 . 47
Acte de congrès
voir la publicationOn Maximal Chain Subgraphs and Covers of Bipartite Graphs
Combinatorial Algorithms - 27th International Workshop, IWOCA 2016 . 9843 : 137-150
Acte de congrès
voir la publicationMycoplasma non-coding RNA: identification of small RNAs and targets
BMC Genomics . 23 : 1289 - 26
Article dans une revue
voir la publicationCell cycle progression is regulated by intertwined redox oscillators
Theoretical Biology and Medical Modelling . 12 ( 1 ) : 10
Article dans une revue
voir la publicationGenome reduction and potential metabolic complementation of the dual endosymbionts in the whitefly Bemisia tabaci
BMC Genomics . 16 : 226
Article dans une revue
voir la publicationTwo Host Clades, Two Bacterial Arsenals: Evolution through Gene Losses in Facultative Endosymbionts.
Genome Biology and Evolution . 7 ( 3 ) : 839-855
DOI: 10.1093/gbe/evv030
Article dans une revue
voir la publicationMeDuSa: A multi-draft based scaffolder.
Bioinformatics . : pii: btv171 [Epub ahead of print]
Article dans une revue
voir la publicationA polynomial delay algorithm for the enumeration of bubbles with length constraints in directed graphs
Algorithms for Molecular Biology . : 10
Article dans une revue
voir la publicationMitochondrial respiration and genomic analysis provide insight into the influence of the symbiotic bacterium on host trypanosomatid oxygen consumption.
Parasitology . 142 ( 2 ) : 352-362
Article dans une revue
voir la publicationPolynomial Delay Algorithm for Listing Minimal Edge Dominating Sets in Graphs
Algorithms and Data Structures (WADS) . 9214 : 446-457
Acte de congrès
voir la publicationIncremental complexity of a bi-objective hypergraph transversal problem
Fundamentals of Computation Theory (FCT2015) . 9210 : 202-213
Acte de congrès
voir la publicationEUCALYPT: efficient tree reconciliation enumerator
Algorithms for Molecular Biology . 10 ( 1 ) : 11
Article dans une revue
voir la publicationMirinho: An efficient and general plant and animal pre-miRNA predictor for genomic and deep sequencing data
BMC Bioinformatics . 16 ( 1 ) : 179
Article dans une revue
voir la publicationCophylogeny Reconstruction via an Approximate Bayesian Computation
Systematic Biology . 64 ( 3 ) : 416-431
Article dans une revue
voir la publicationAn average study of hypergraphs and their minimal transversals
Theoretical Computer Science . 596 : 124-141
Article dans une revue
voir la publicationSAT-Based Metabolics Pathways Analysis without Compilation
CMSB 2014 .
Acte de congrès
voir la publicationSystematic study of a metabolic network
advances in Systems and Synthetic Biology . 978-2-7598-1201-1 : 173 p.
Acte de congrès
voir la publication