Equipe Baobab
Membres
Doctorante
INRIA
Doctorant
UCBL
Doctorant
UCBL
Ingénieur de recherche
INRIA
Tél : 04 72 44 81 42
Maître de conférences
UCBL
Tél : 33 04 72 43 15 52
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 43 15 52
Professeur des universités
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Technicienne
INRIA
Tél : 04 72 44 81 54
Directrice de recherche
INRIA
Tél : 33 04 72 44 82 38
Doctorante
UCBL
Baobab est une équipe de recherche française du Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive, et en même temps représente le noyau d'une équipe de recherche européenne Inria appelée Erable. Outre les membres de Baobab, Erable compte ainsi des membres dans trois institutions en Italie (Université Sapienza et Université Luiss de Rome, et Université de Pise) et deux institutions aux Pays-Bas (CWI et Université Libre d'Amsterdam).
Baobab a deux grands ensembles d'objectifs de recherche qui couvrent actuellement quatre axes:
- Objectifs :
- Le premier est lié aux domaines d'expertise originaux de l'équipe, à savoir la modélisation combinatoire et statistique et les algorithmes, bien que plus récemment l'équipe ait également été rejointe par des membres issus de la biologie, y compris expérimentale.
- Le deuxième ensemble d'objectifs concerne son principal intérêt en Sciences de la Vie qui est de mieux comprendre les interactions entre les systèmes vivants et leur environnement. Cela inclut les interactions étroites et souvent persistantes entre deux systèmes vivants (symbiose), les interactions entre les systèmes vivants et les virus, et les interactions entre les systèmes vivants et les composés chimiques.
- Axes :
- la (pan)génomique et la transcriptomique en général,
- le métabolisme et la régulation (post)transcriptionnelle,
- la (co)evolution,
- la santé, en général, des systèmes vivants et de l'environnement.
Un objectif à plus long terme de l'équipe est de devenir capable dans certains cas de suggérer les moyens de contrôler ou de rétablir l'équilibre dans une communauté en interaction en agissant sur son environnement ou sur ses joueurs, comment ils jouent et qui joue.
Deux étapes majeures sont constamment impliquées dans la recherche effectuée par l'équipe: une première de modélisation (c'est-à-dire de traduction) d'un problème des Sciences de la Vie en un problème mathématique, et une seconde d'analyse et de conception d'algorithmes. Les algorithmes développés sont ensuite appliqués aux questions d'intérêt en Sciences de la Vie à partir de données issues de la littérature ou de collaborateurs. Plus récemment, grâce au recrutement de jeunes chercheuses et chercheurs (doctorants et post-doctorants) en biologie, l'équipe a pu commencer à faire des expérimentations et produire des données ou valider par elle-même certains des résultats obtenus.
D'un point de vue méthodologique, la principale caractéristique de l'équipe est de considérer qu'une fois qu'un modèle est sélectionné, les algorithmes pour explorer ce modèle doivent, dans la mesure du possible, être exacts dans la réponse apportée et exhaustifs lorsqu'il en existe plusieurs pour une interprétation plus précise des résultats. Plus récemment, l'équipe s'est intéressée à l'exploration de l'interface entre les algorithmes exacts d'une part et les algorithmes probabilistes ou statistiques d'autre part, tels qu'utilisés dans les approches d'apprentissage automatique. Plus particulièrement, l'équipe s'intéresse à l'étude d'un domaine de recherche appelé « apprentissage automatique interpretable » qui s'est développé plus récemment et à ses relations potentielles avec des approches combinatoires exactes.
En plus d'être au cœur d'une équipe européenne, Baobab possède un certain nombre d'autres collaborations au niveau international.
L’équipe Baobab est également fortement impliquée dans l'enseignement à l'Université de Lyon et à l'Insa-Lyon, ainsi que dans d'autres institutions de recherche en Europe, directement ou à travers les membres d'Erable qui ne sont pas en France.
Pour plus d'informations, vous pouvez également visiter le site de l'équipe Inria Erable ici : http://team.inria.fr/erable/fr/.
Publications
Affichage des publications 121 à 150 sur 298 au total
Rime: Repeat identification
Discrete Applied Mathematics . 163 ( 3 ) : 275–286
Article dans une revue
voir la publicationTelling metabolic stories to explore metabolomics data: a case study on the yeast response to cadmium exposure
Bioinformatics . 30 ( 1 ) : 61-70
Article dans une revue
voir la publicationAmortized Õ(|V|) -Delay Algorithm for Listing Chordless Cycles in Undirected Graphs
22th Annual European Symposium on Algorithms . 8737 : 418-429
Acte de congrès
voir la publicationElementary Flux Modes Analysis of Functional Domain Networks Allows a Better Metabolic Pathway Interpretation
PLoS ONE . 8 ( 10 )
Article dans une revue
voir la publicationAnalysis of metabolic networks using elementary flux modes
Advances in systems and synthetic biology . : 165--170
Acte de congrès
voir la publicationOn the genetic architecture of cytoplasmic incompatibility: inference from phenotypic data
The American Naturalist . 182 ( 1 ) : 15-24
DOI: 10.1086/670612
Article dans une revue
voir la publicationA polynomial delay algorithm for the enumeration of bubbles with length constraints in directed graphs and its application to the detection of alternative splicing in RNA-seq data
Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI) .
Acte de congrès
voir la publicationTelling Stories Fast
12th International Symposium Experimental Algorithms (SEA) . 7933 : 200-211
Acte de congrès
voir la publicationPredicting the proteins of Angomonas deanei, Strigomonas culicis and their respective endosymbionts reveals new aspects of the trypanosomatidae family
PLoS ONE . 8 ( 4 ) : e60209
Article dans une revue
voir la publication« ArthropodaCyc » : une collection de bases de données enrichies à l’aide de CycADS pour étudier et comparer le métabolisme des arthropodes.
17. Colloque de Biologie de l’Insecte - CBI-2013 .
Poster
voir la publicationProcédé de fabrication de Gaz Naturel de Synthèse par couplage d'une méthanation avec une électrolyse de vapeur d'eau à haute température
XIVeme congrès SFGP . 104 : 2012214
Acte de congrès
voir la publicationNew developments in KisSplice: Combining local and global transcriptome assemblers to decipher splicing in RNA-seq data
Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM) .
Acte de congrès
voir la publicationEndosymbiosis in trypanosomatids: the genomic cooperation between bacterium and host in the synthesis of essential amino acids is heavily influenced by multiple horizontal gene transfers
BMC Evolutionary Biology . 13 ( 1 ) : 190
Article dans une revue
voir la publicationBiosynthesis of vitamins and cofactors in bacterium-harbouring trypanosomatids depends on the symbiotic association as revealed by genomic analyses
PLoS ONE . 8 ( 11 ) : e79786
Article dans une revue
voir la publicationShort and long-term genome stability analysis of prokaryotic genomes
BMC Genomics . 14 ( 1 ) : 309
Article dans une revue
voir la publicationEfficient Bubble Enumeration in Directed Graphs
String Processing and Information Retrieval (SPIRE) . 7608 : 118-129
Acte de congrès
voir la publicationMinimum ratio cover of matrix columns by extreme rays of its induced cone
Proceedings of the Second international Symposium on Combinatorial Optimization (ISCO) . 7422 : 165--177
Acte de congrès
voir la publicationSampling solution traces for the problem of sorting permutations by signed reversals
Algorithms for Molecular Biology . 7 ( 1 ) : 18
Article dans une revue
voir la publicationKISSPLICE: de-novo calling alternative splicing events from RNA-seq data
BMC Bioinformatics . 13 ( Suppl 6 ) : S5
Article dans une revue
voir la publicationModelling and simulating generic RNA-Seq experiments with the flux simulator.
Nucleic Acids Research . 40 ( 20 ) : 10073-10083
DOI: 10.1093/nar/gks666
Article dans une revue
voir la publicationThe CycADS annotation database system to support the development and update of enriched BioCyc databases. Development of ad hoc BioCyc DB : AcypiCyc, ArthopodaCyc
5. Réunion Réseau BAPOA .
Poster
voir la publicationNavigating the unexplored seascape of pre-miRNA candidates in single-genome approaches.
Bioinformatics . 28 ( 23 ) : 3034-3041
Article dans une revue
voir la publicationAnalysis of RNA Transcripts by High-Throughput RNA Sequencing
Alternative pre-mRNA Splicing: Theory and Protocols . 9783527636778
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationMod/Resc Parsimony Inference: Theory and application
Information and Computation . 213 : 23-32
Article dans une revue
voir la publicationAlgorithms and complexity of enumerating minimal precursor sets in genome-wide metabolic networks.
Bioinformatics . 28 ( 19 ) : 2474-2483
Article dans une revue
voir la publicationThe CycADS annotation database system to support the development and update of enriched BioCyc databases. Development of ad hoc BioCyc DB : AcypiCyc, ArthopodaCyc
13. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques . 978-2-7261-1301-1 : Pagination multiple
Acte de congrès
voir la publicationTelling stories: Enumerating maximal directed acyclic graphs with a constrained set of sources and targets
Theoretical Computer Science . 457 : 1--9
Article dans une revue
voir la publicationExploration of the core metabolism of symbiotic bacteria
BMC Genomics . 13 ( 1 ) : 438
Article dans une revue
voir la publicationChiTaRS: a database of human, mouse and fruit fly chimeric transcripts and RNA-sequencing data.
Nucleic Acids Research . 41 ( D1 ) : D142-D151
DOI: 10.1093/nar/gks1041
Article dans une revue
voir la publicationChimeras taking shape: potential functions of proteins encoded by chimeric RNA transcripts.
Genome Research . 22 ( 7 ) : 1231-1242
Article dans une revue
voir la publication