Equipe Ecologie Quantitative et Evolutive des Communautés
Membres
Doctorante
UCBL
Stagiaire
UCBL
Professeure des universités
VetAgro-Sup
Tél : 33 04 72 43 27 56
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 27 57
Doctorant
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorant
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Post-doc
CNRS
Stagiaire
UCBL
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Professeur des universités
UCBL
Tél : 33 04 72 43 27 56
Professeur des universités
UCBL
Stagiaire
UCBL
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 27 56
Attaché temporaire à l'enseignement et à la recherche
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Maîtresse de conférences
UCBL
Tél : 33 04 72 43 29 02
Maître de conférences
UCBL
Tél : 33 04 72 43 29 02
Nos activités de recherche, centrées sur les interactions interspécifiques (écologie des communautés) visent à mieux comprendre les processus écologiques et évolutifs structurant les assemblages d’espèces et la biodiversité à différentes échelles temporelles et spatiales. Notre équipe aborde ces questions majeures à l’aide de modèles biologiques contrastés (communautés de grands mammifères africains, d’insectes, microbiote, plantes) sous 3 angles complémentaires :
- Nos travaux sont fortement ancrés dans le cadre conceptuel de la biologie évolutive en étudiant (i) la diversité des réponses adaptatives mises en œuvre par les organismes face aux pressions sélectives de leur environnement, (ii) leurs conséquences sur la démographie des populations et à terme (iii) la dynamique et la composition des communautés d’espèces.
- Notre recherche est étroitement liée à des questions sociétales de conservation et de gestion de la biodiversité en intégrant à la fois le fonctionnement des systèmes socio-écologiques et le contexte du changement climatique. Nous menons des études expérimentales, gérons et assurons le suivi à long terme de plusieurs réseaux d’observation de communautés.
- La problématique méthodologique occupe également une place centrale dans notre équipe, avec le développement de nouveaux outils de traitement statistique et de modélisation de données écologiques. Cette activité conduit à l’élaboration de méthodes et logiciels que nous développons et distribuons librement.
Les programmes de recherche de l’équipe:
Le fonctionnement des communautés des savanes africaines
Le programme de recherches interdisciplinaires à long terme mené dans la Zone Atelier Hwange, au Zimbabwe, s’intéresse au fonctionnement des communautés animales et végétales au sein du parc national de Hwange et aux interactions entre cette aire protégée et les humains vivant à sa périphérie. Les recherches s’articulent autour de trois axes : (1) Dynamique de la population d’éléphants et effets de celle-ci et de sa gestion sur le fonctionnement du socio-écosystème ; (2) Interactions au sein et entre niveaux trophiques et réponses de ces interactions aux actions de gestion (e.g. chasse sportive, gestion de l’eau) et aux changements climatiques ; (3) Ecologie humaine et mécanismes de coexistence humains-faune sauvage pour une conservation intégrée et un fonctionnement durable du socio-écosystème. Ces recherches sont complétées par des travaux plus récents dans le parc de Hluhluwe-iMfolozi et la réserve de Madikwe, en Afrique du Sud, qui portent sur le rôle des conditions environnementales sur le succès de chasse des grands carnivores africains. Nous travaillons en collaboration étroite avec l’IRL (International Research Lab) Rehabs.
Membres de l’équipe impliqués : Alice Bernard, Laura Lacomme, Aïssa Morin, Lisa Nicvert, Elie Pedarros, Yolan Richard, Marion Valeix*
La reproduction des plantes pérennes : comprendre ses mécanismes et ses conséquences à l'échelle des communautés
La reproduction des plantes pérennes est souvent caractérisée par des fructifications hautement fluctuantes dans le temps et synchronisées à l’échelle de la population (masting). Nos suivis interannuels menés sur les chênes tempérés (Quercus spp), combinés à des travaux de modélisation, visent à mieux comprendre les causes proximales et évolutives du masting et à proposer des scenarii sur le devenir de la régénération des chênaies dans le contexte du changement climatique (Programme ANR ‘FOREPRO’). Le masting a d’importants effets en cascade (dynamiques et assemblage des espèces de plantes pérennes, de consommateurs de graines -insectes, oiseaux, mammifères-, jusqu’à l’épidémiologie de certaines maladies humaines). La modélisation explicite du masting nous permettra alors d’évaluer certaines des conséquences écosystémiques du changement climatique dans les forêts de régions tempérées. Ce programme, piloté par notre équipe, se développe en collaboration avec deux autres équipes du département d’écologie évolutive (Ecoépidémiologie Evolutionniste, Biodémographie Evolutive), trois Universités (Montpellier-CNRS-, Bordeaux-INRAE-, Paris-Saclay) et l’Office National des Forêts.
Membres de l’équipe impliqués : Marie-Claude Bel-Venner*, Emilie Fleurot, Léa Keurinck, Jean Lobry, Samuel Venner
La propagation des gènes d’antibiorésistance chez les bactéries
L’antibiorésistance est reconnue comme l'une des plus grandes menaces actuelles pour la santé humaine, et les éléments génétiques mobiles (MGEs) qui circulent dans les populations et communautés bactériennes en sont les principaux véhicules. Pour comprendre la dynamique et la diversité des MGEs dans les pangénomes bactériens et l’émergence des gènes d’antibiorésistance, nous proposons de dépasser le cadre de la génomique conventionnelle en considérant les pangénomes comme des communautés écologiques complexes. Dans le programme Ab-One, nous mobilisons les concepts et outils développés en écologie des communautés en nous appuyant sur une approche intégrative (suivis de populations/communautés bactériennes évoluant dans des environnements contrastés -approches One-Health-, analyses pangénomiques, expérimentation en microbiologie moléculaire et cellulaire, modélisation mathématique). Ce programme est actuellement centré sur la dynamique des MGEs chez Acinetobacter baumannii, un micro-organisme antibiorésistant classé prioritaire par l'OMS. D’autres approches plus généralistes illustreront la pertinence de ce nouveau cadre conceptuel pour comprendre la dynamique et diversité des MGEs dans les pangénomes bactériens. Ce programme, co-piloté par notre équipe et une équipe du CIRI (Horigene) implique la participation de 9 organismes (6 lyonnais -LBBE, CIRI, MMSB, HCL, LEM, VetAgro Sup-, Institut Pasteur (Paris), LMGM (Toulouse), Robert Koch Institut (Allemagne)).
Membres de l’équipe impliqués : Stéphane Dray, Rémi Tuffet, Samuel Venner*
L’analyse statistique de données écologiques
L’étude de la structure et de la dynamique des assemblages d’espèces et la compréhension des processus qui en sont à l’origine nécessite la collecte de données dont la nature se complexifie avec les développements technologiques pour leur acquisition (e.g. GPS, loggers, imagerie satellite, données moléculaires). Les méthodes d'analyse de ces données offrent de nouvelles perspectives sur les processus écologiques à l'œuvre dans les communautés. Les méthodes d’analyse multivariée permettent ainsi d’analyser les structures spatiales, en intégrant des informations sur les espèces (traits fonctionnels, morphologie, phylogénie), la variation spatio-temporelle des relations espèces-environnement ou sur la diversité de la perception de la relation hommes-aires protégées. Nous modélisons aussi des données multi-’omiques’ de type dose-réponse au sein des communautés afin de mieux comprendre les chemins des effets adverses (Adverse Outcome Pathway) et mieux en apprécier les risques pour l’environnement. Ces innovations méthodologiques sont mises à la disposition de la communauté scientifique à travers le développement, la distribution et la maintenance de logiciels (librairies pour le langage R : ade4 , adegraphics , adephylo , ade4TkGUI , nlstools , fitdistrplus , DRomics , seqinr ).
Membres de l’équipe impliqués : Marie Laure Delignette-Muller, Stéphane Dray*, Jean Lobry, Jean Thioulouse.
Publications
Affichage des publications 61 à 90 sur 652 au total
Quantifying the overall effect of biotic interactions on species distributions along environmental gradients
Ecological Modelling . 483 : 110424
Article dans une revue
voir la publicationDiagnostic sérologique de la fièvre Q chez les petits ruminants : faut-il et comment prendre en compte l'imperfection des tests ?
Webinaire, coanimé par l’UMT PSR « Pilotage de la Santé des Ruminants » et l’OMACAP « Observatoire des Maladies Caprines » .
Acte de congrès
voir la publicationEffects of Habitat and Competition on Niche Partitioning and Community Structure in Neotropical Ants
Frontiers in Ecology and Evolution . 10 : 863080
Article dans une revue
voir la publicationFunctionally distinct tree species support long-term productivity in extreme environments
Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences . 289 ( 1967 ) : 20211694
Article dans une revue
voir la publicationPlant community impact on productivity: Trait diversity or key(stone) species effects?
Ecology Letters . 25 ( 4 ) : 913-925
DOI: 10.1111/ele.13968
Article dans une revue
voir la publicationPerfusion imaging in deep prostate cancer detection from mp-MRI: can we take advantage of it?
19th IEEE International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI) . : 1-5
Acte de congrès
voir la publicationLearning to segment prostate cancer by aggressiveness from scribbles in bi-parametric MRI
SPIE Medical Imaging 2022: Image Processing . : 178-184
DOI: 10.1117/12.2607502
Acte de congrès
voir la publicationProstAttention-Net: A deep attention model for prostate cancer segmentation by aggressiveness in MRI scans
Medical Image Analysis . 77 : 102347
Article dans une revue
voir la publicationDisturbance‐driven alteration of patch connectivity determines local biodiversity recovery within metacommunities
Ecography . 2022 ( 12 )
DOI: 10.1111/ecog.06199
Article dans une revue
voir la publicationVery High Resolution Species Distribution Modeling Based on Remote Sensing Imagery: How to Capture Fine-Grained and Large-Scale Vegetation Ecology With Convolutional Neural Networks?
Frontiers in Plant Science . 13
Article dans une revue
voir la publicationDeep Species Distribution Modeling From Sentinel-2 Image Time-Series: A Global Scale Analysis on the Orchid Family
Frontiers in Plant Science . 13 : 839327
Article dans une revue
voir la publicationHow to evaluate and interpret the contribution of species turnover and interaction rewiring when comparing ecological networks?
Peer Community In Ecology . : 100092
Autre publication
voir la publicationUsing Partial Triadic Analysis (PTA) to Assess Spatiotemporal Variation in Water Quality
Recent Advances in Environmental Science from the Euro-Mediterranean and Surrounding Regions (4th Edition) . 978-3-031-51903-1 : 1063-1066
Acte de congrès
voir la publicationThe morphological allometry of four closely related and coexisting insect species reveals adaptation to the mean and variability of the resource size
Oecologia . 200 ( 1-2 ) : 159-168
Article dans une revue
voir la publicationHow public can public goods be? Environmental context shapes the evolutionary ecology of partially private goods
PLoS Computational Biology . 18 ( 11 ) : e1010666
Article dans une revue
voir la publicationA general framework for species‐abundance distributions: Linking traits and dispersal to explain commonness and rarity
Ecology Letters . 25 ( 11 ) : 2359-2371
DOI: 10.1111/ele.14094
Article dans une revue
voir la publicationThe global spectrum of plant form and function: enhanced species-level trait dataset
Scientific Data . 9 ( 1 ) : 755
Article dans une revue
voir la publicationDeep learning in veterinary medicine, an approach based on CNN to detect pulmonary abnormalities from lateral thoracic radiographs in cats
Scientific Reports . 12 ( 1 ) : 11418
Article dans une revue
voir la publicationStrain- and serotype-dependent affinity of Shiga toxin-producing Escherichia coli for bovine milk fat globules
Journal of Dairy Science . 105 ( 11 ) : 8688-8704
Article dans une revue
voir la publicationAssessment of the French colistin action plan
Third International Conference AACTING: Quantification, Benchmarking and Stewardship of Veterinary Antimicrobial Usage .
Poster
voir la publicationMeta-transcriptomics reveals stress adaptation processes in microbial communities differing in exposure history
"Ecology and Evolution: New perspectives and societal challenges" SFE2-GfÖ-EEF joint meeting, International conference on ecological sciences .
Acte de congrès
voir la publicationMycobacterium tuberculosis genetic features associated with pulmonary tuberculosis severity
International Journal of Infectious Diseases . 125 : 74-83
Article dans une revue
voir la publicationInterpretation of the results of ELISA tests commercialized for the serological diagnosis of Coxiella burnetii infection in domestic ruminants: a user-friendly Shiny application based on latent class models in a Bayesian framework
31st WORLD BUIATRICS CONGRESS .
Acte de congrès
voir la publicationEvaluation using latent class models of the diagnostic performances of three ELISA tests commercialized for the serological diagnosis of Coxiella burnetii infection in domestic ruminants
31st World Buitatrics congress .
Acte de congrès
voir la publicationInterbacterial Transfer of Carbapenem Resistance and Large Antibiotic Resistance Islands by Natural Transformation in Pathogenic Acinetobacter
mBio . 13 ( 1 ) : e02631-21
Article dans une revue
voir la publicationUnravelling the environmental correlates influencing the seasonal biodiversity of aquatic Heteropteran assemblages in northern Africa
Limnologica . : 126021
Article dans une revue
voir la publicationEditorial: Advances in Statistical Ecology: New Methods and Software
Frontiers in Ecology and Evolution . 9
Article dans une revue
voir la publicationInterpretation of the results of Q fever ELISA tests in domestic ruminants : a user-friendly Shiny appli-cation based on latent class models in a Bayesian framework
ESCCAR International congress on Rickettsiae and 9th Meeting of the European Society for Chlamydia Research (ESCR) .
Acte de congrès
voir la publicationEvaluation using latent class models of the diagnostic performances of three ELISA tests commercialized for the serological diagnosis of Coxiella burnetii infection in domestic ruminants
ESCCAR International congress on Rickettsiae and 9th Meeting of the European Society for Chlamydia Research (ESCR) . : #231
Poster
voir la publicationCoxiella burnetii within- and between-herd true seroprevalence assessment in domestic ruminants in France accounting for diagnostic uncertainty with latent class
ESCCAR International congress on Rickettsiae and 9th Meeting of the European Society for Chlamydia Research (ESCR) . : #232
Poster
voir la publication