Equipe Ecologie Quantitative et Evolutive des Communautés
Membres
Doctorante
UCBL
Professeure des universités
VetAgro-Sup
Tél : 33 04 72 43 27 56
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 27 57
Doctorant
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorant
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Post-doc
CNRS
Doctorante
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Professeur des universités
UCBL
Tél : 33 04 72 43 27 56
Professeur des universités
UCBL
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 27 56
Attaché temporaire à l'enseignement et à la recherche
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Maîtresse de conférences
UCBL
Tél : 33 04 72 43 29 02
Maître de conférences
UCBL
Tél : 33 04 72 43 29 02
Nos activités de recherche, centrées sur les interactions interspécifiques (écologie des communautés) visent à mieux comprendre les processus écologiques et évolutifs structurant les assemblages d’espèces et la biodiversité à différentes échelles temporelles et spatiales. Notre équipe aborde ces questions majeures à l’aide de modèles biologiques contrastés (communautés de grands mammifères africains, d’insectes, microbiote, plantes) sous 3 angles complémentaires :
- Nos travaux sont fortement ancrés dans le cadre conceptuel de la biologie évolutive en étudiant (i) la diversité des réponses adaptatives mises en œuvre par les organismes face aux pressions sélectives de leur environnement, (ii) leurs conséquences sur la démographie des populations et à terme (iii) la dynamique et la composition des communautés d’espèces.
- Notre recherche est étroitement liée à des questions sociétales de conservation et de gestion de la biodiversité en intégrant à la fois le fonctionnement des systèmes socio-écologiques et le contexte du changement climatique. Nous menons des études expérimentales, gérons et assurons le suivi à long terme de plusieurs réseaux d’observation de communautés.
- La problématique méthodologique occupe également une place centrale dans notre équipe, avec le développement de nouveaux outils de traitement statistique et de modélisation de données écologiques. Cette activité conduit à l’élaboration de méthodes et logiciels que nous développons et distribuons librement.
Les programmes de recherche de l’équipe:
Le fonctionnement des communautés des savanes africaines
Le programme de recherches interdisciplinaires à long terme mené dans la Zone Atelier Hwange, au Zimbabwe, s’intéresse au fonctionnement des communautés animales et végétales au sein du parc national de Hwange et aux interactions entre cette aire protégée et les humains vivant à sa périphérie. Les recherches s’articulent autour de trois axes : (1) Dynamique de la population d’éléphants et effets de celle-ci et de sa gestion sur le fonctionnement du socio-écosystème ; (2) Interactions au sein et entre niveaux trophiques et réponses de ces interactions aux actions de gestion (e.g. chasse sportive, gestion de l’eau) et aux changements climatiques ; (3) Ecologie humaine et mécanismes de coexistence humains-faune sauvage pour une conservation intégrée et un fonctionnement durable du socio-écosystème. Ces recherches sont complétées par des travaux plus récents dans le parc de Hluhluwe-iMfolozi et la réserve de Madikwe, en Afrique du Sud, qui portent sur le rôle des conditions environnementales sur le succès de chasse des grands carnivores africains. Nous travaillons en collaboration étroite avec l’IRL (International Research Lab) Rehabs.
Membres de l’équipe impliqués : Alice Bernard, Laura Lacomme, Aïssa Morin, Lisa Nicvert, Elie Pedarros, Yolan Richard, Marion Valeix*
La reproduction des plantes pérennes : comprendre ses mécanismes et ses conséquences à l'échelle des communautés
La reproduction des plantes pérennes est souvent caractérisée par des fructifications hautement fluctuantes dans le temps et synchronisées à l’échelle de la population (masting). Nos suivis interannuels menés sur les chênes tempérés (Quercus spp), combinés à des travaux de modélisation, visent à mieux comprendre les causes proximales et évolutives du masting et à proposer des scenarii sur le devenir de la régénération des chênaies dans le contexte du changement climatique (Programme ANR ‘FOREPRO’). Le masting a d’importants effets en cascade (dynamiques et assemblage des espèces de plantes pérennes, de consommateurs de graines -insectes, oiseaux, mammifères-, jusqu’à l’épidémiologie de certaines maladies humaines). La modélisation explicite du masting nous permettra alors d’évaluer certaines des conséquences écosystémiques du changement climatique dans les forêts de régions tempérées. Ce programme, piloté par notre équipe, se développe en collaboration avec deux autres équipes du département d’écologie évolutive (Ecoépidémiologie Evolutionniste, Biodémographie Evolutive), trois Universités (Montpellier-CNRS-, Bordeaux-INRAE-, Paris-Saclay) et l’Office National des Forêts.
Membres de l’équipe impliqués : Marie-Claude Bel-Venner*, Emilie Fleurot, Léa Keurinck, Jean Lobry, Samuel Venner
La propagation des gènes d’antibiorésistance chez les bactéries
L’antibiorésistance est reconnue comme l'une des plus grandes menaces actuelles pour la santé humaine, et les éléments génétiques mobiles (MGEs) qui circulent dans les populations et communautés bactériennes en sont les principaux véhicules. Pour comprendre la dynamique et la diversité des MGEs dans les pangénomes bactériens et l’émergence des gènes d’antibiorésistance, nous proposons de dépasser le cadre de la génomique conventionnelle en considérant les pangénomes comme des communautés écologiques complexes. Dans le programme Ab-One, nous mobilisons les concepts et outils développés en écologie des communautés en nous appuyant sur une approche intégrative (suivis de populations/communautés bactériennes évoluant dans des environnements contrastés -approches One-Health-, analyses pangénomiques, expérimentation en microbiologie moléculaire et cellulaire, modélisation mathématique). Ce programme est actuellement centré sur la dynamique des MGEs chez Acinetobacter baumannii, un micro-organisme antibiorésistant classé prioritaire par l'OMS. D’autres approches plus généralistes illustreront la pertinence de ce nouveau cadre conceptuel pour comprendre la dynamique et diversité des MGEs dans les pangénomes bactériens. Ce programme, co-piloté par notre équipe et une équipe du CIRI (Horigene) implique la participation de 9 organismes (6 lyonnais -LBBE, CIRI, MMSB, HCL, LEM, VetAgro Sup-, Institut Pasteur (Paris), LMGM (Toulouse), Robert Koch Institut (Allemagne)).
Membres de l’équipe impliqués : Stéphane Dray, Rémi Tuffet, Samuel Venner*
L’analyse statistique de données écologiques
L’étude de la structure et de la dynamique des assemblages d’espèces et la compréhension des processus qui en sont à l’origine nécessite la collecte de données dont la nature se complexifie avec les développements technologiques pour leur acquisition (e.g. GPS, loggers, imagerie satellite, données moléculaires). Les méthodes d'analyse de ces données offrent de nouvelles perspectives sur les processus écologiques à l'œuvre dans les communautés. Les méthodes d’analyse multivariée permettent ainsi d’analyser les structures spatiales, en intégrant des informations sur les espèces (traits fonctionnels, morphologie, phylogénie), la variation spatio-temporelle des relations espèces-environnement ou sur la diversité de la perception de la relation hommes-aires protégées. Nous modélisons aussi des données multi-’omiques’ de type dose-réponse au sein des communautés afin de mieux comprendre les chemins des effets adverses (Adverse Outcome Pathway) et mieux en apprécier les risques pour l’environnement. Ces innovations méthodologiques sont mises à la disposition de la communauté scientifique à travers le développement, la distribution et la maintenance de logiciels (librairies pour le langage R : ade4 , adegraphics , adephylo , ade4TkGUI , nlstools , fitdistrplus , DRomics , seqinr ).
Membres de l’équipe impliqués : Marie Laure Delignette-Muller, Stéphane Dray*, Jean Lobry, Jean Thioulouse.
Publications
Affichage des publications 121 à 150 sur 572 au total
How does increasing mast seeding frequency affect population dynamics of seed consumers? Wild boar as a case study
Ecological Applications . : 1-11
DOI: 10.1002/eap.2134
Article dans une revue
voir la publicationDeep learning for species identification of modern and fossil rodent molars
Pré-publication
voir la publicationDevelopmental variability channels mouse molar evolution
eLife .
DOI: 10.7554/eLife.50103
Article dans une revue
voir la publicationInvestigating microbial associations from sequencing survey data with co-correspondence analysis
Molecular Ecology Resources . 20 ( 2 ) : 468-480
Article dans une revue
voir la publicationCan an herbivore affect where a top predator kills its prey by modifying woody vegetation structure?
Oecologia . 192 ( 3 ) : 779-789
Article dans une revue
voir la publicationVaginal Tampon Colonization by Staphylococcus aureus in Healthy Women
Applied and Environmental Microbiology . 86 ( 18 ) : e01249-20
DOI: 10.1128/AEM.01249-20
Article dans une revue
voir la publicationEffect of interspecific competition on species sensitivity distribution models: Analysis of plant responses to chemical stress
Ecotoxicology and Environmental Safety . 200 : 110722
Article dans une revue
voir la publicationA new multi-species method to correct for sampling bias in presence only niche models, and its application to Pl@ntNet citizen science data in France
ESA 2019 - Annual Meeting of the Ecological Society of America .
Acte de congrès
voir la publicationDeterministic processes drive functional and phylogenetic temporal changes of woody species in temperate forests in Northeast China
Annals of Forest Science . 76 ( 2 ) : 42
Article dans une revue
voir la publicationPhylogenetic diversity in the Western Ghats biodiversity hotspot reflects environmental filtering and past niche diversification of trees
Journal of Biogeography . 46 ( 1 ) : 145-157
DOI: 10.1111/jbi.13464
Article dans une revue
voir la publicationWhat makes a weed a weed? A large-scale evaluation of arable weeds through a functional lens
American Journal of Botany . 106 ( 1 ) : 90-100
DOI: 10.1002/ajb2.1213
Article dans une revue
voir la publicationAssessment of diagnostic tests in the absence of a gold standard: a Bayesian approach simultaneously using latent class and mixture models for the diagnosis of bovine dictyocaulosis
BAYES2019 Lyon: Bayesian Biostatistics .
Acte de congrès
voir la publicationMicrobial cross-feeding promotes multiple stable states and species coexistence, but also susceptibility to cheaters
Journal of Theoretical Biology . 465 : 63-77
Article dans une revue
voir la publicationAssessing potential surrogates of macroinvertebrate diversity in North-African Mediterranean aquatic ecosystems
Ecological Indicators . 101 : 324-329
Article dans une revue
voir la publicationFlower phenology as a disruptor of the fruiting dynamics in temperate oak species
New Phytologist . 225 ( 3 ) : 1181-1192
DOI: 10.1111/nph.16224
Article dans une revue
voir la publicationApproche de Modélisation Hiérarchique pour la Description de l'Effet de la Compétition Interspécifique sur la Tolérance Chimique d'Herbacées
SEFA 2019 Lyon .
Acte de congrès
voir la publicationPhenotypic plasticity in the invasive pest Drosophila suzukii: activity rhythms and gene expression in response to temperature
Journal of Experimental Biology . 222 : jeb199398
DOI: 10.1242/jeb.199398
Article dans une revue
voir la publicationOutils d'observation des boiteries
Journées Nationales des Groupements Techniques Vétérinaires (JNGTV) . : np
Poster
voir la publicationTesting the Mantel statistic with a spatially‐constrained permutation procedure
Methods in Ecology and Evolution . 10 ( 4 ) : 532-540
Article dans une revue
voir la publicationPollen limitation as a main driver of fruiting dynamics in oak populations
Ecology Letters . 22 ( 1 ) : 98-107
DOI: 10.1111/ele.13171
Article dans une revue
voir la publicationImportance de la variabilité intraspécifique de la polluosensibilité pour l’évaluation du risque ecotoxicologique basée sur l’approche SSD (Species Sensitivity Distribution)
38ème colloque de l’Association des Diatomistes de Langue Française (ADLaF) .
Acte de congrès
voir la publicationNine Quick Tips for Analyzing Network Data
PLoS Computational Biology . 15 ( 12 ) : e1007434
Article dans une revue
voir la publicationDiversity indices for ecological networks: a unifying framework using Hill numbers
Ecology Letters . 22 ( 4 ) : 737-747
DOI: 10.1111/ele.13221
Article dans une revue
voir la publicationSpatial analyses of multi-trophic terrestrial vertebrate assemblages in Europe
Global Ecology and Biogeography . 28 ( 11 ) : 1636-1648
DOI: 10.1111/geb.12981
Article dans une revue
voir la publicationPollen limitation as a main driver of fruiting dynamics in oak populations
Ecology Letters . 22 ( 1 ) : 98-107
DOI: 10.1111/ele.13171
Article dans une revue
voir la publicationHow to implement functional responses of migroalgae in risk assessment processing ?
Congrès européen de la SETAC «Science and Technology for Environmental Protection» .
Acte de congrès
voir la publicationDefining simple toxicity values (EC, BMD) is not so simple
Congrès européen de la SETAC «Science and Technology for Environmental Protection» .
Poster
voir la publicationMultiple facets of rarity among rain forest trees in the Western Ghats of India
Biological Conservation . 228 : 110-119
Article dans une revue
voir la publicationTaxonomic and ecological database of trees of Western Ghats - TreeGhatsData
Pré-publication
voir la publicationHow teachers' attitudes on GMO relate to their environmental values
Journal of Environmental Psychology . 57 : 1-9
Article dans une revue
voir la publication