Equipe Ecologie Quantitative et Evolutive des Communautés
Membres
Doctorante
UCBL
Professeure des universités
VetAgro-Sup
Tél : 33 04 72 43 27 56
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 27 57
Doctorant
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Doctorant
CNRS
Tél : 04 72 44 81 42
Post-doc
CNRS
Doctorante
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Maître de conférences
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Professeur des universités
UCBL
Tél : 33 04 72 43 27 56
Professeur des universités
UCBL
Directeur de recherche
CNRS
Tél : 33 04 72 43 27 56
Attaché temporaire à l'enseignement et à la recherche
UCBL
Tél : 04 72 44 81 42
Maîtresse de conférences
UCBL
Tél : 33 04 72 43 29 02
Maître de conférences
UCBL
Tél : 33 04 72 43 29 02
Nos activités de recherche, centrées sur les interactions interspécifiques (écologie des communautés) visent à mieux comprendre les processus écologiques et évolutifs structurant les assemblages d’espèces et la biodiversité à différentes échelles temporelles et spatiales. Notre équipe aborde ces questions majeures à l’aide de modèles biologiques contrastés (communautés de grands mammifères africains, d’insectes, microbiote, plantes) sous 3 angles complémentaires :
- Nos travaux sont fortement ancrés dans le cadre conceptuel de la biologie évolutive en étudiant (i) la diversité des réponses adaptatives mises en œuvre par les organismes face aux pressions sélectives de leur environnement, (ii) leurs conséquences sur la démographie des populations et à terme (iii) la dynamique et la composition des communautés d’espèces.
- Notre recherche est étroitement liée à des questions sociétales de conservation et de gestion de la biodiversité en intégrant à la fois le fonctionnement des systèmes socio-écologiques et le contexte du changement climatique. Nous menons des études expérimentales, gérons et assurons le suivi à long terme de plusieurs réseaux d’observation de communautés.
- La problématique méthodologique occupe également une place centrale dans notre équipe, avec le développement de nouveaux outils de traitement statistique et de modélisation de données écologiques. Cette activité conduit à l’élaboration de méthodes et logiciels que nous développons et distribuons librement.
Les programmes de recherche de l’équipe:
Le fonctionnement des communautés des savanes africaines
Le programme de recherches interdisciplinaires à long terme mené dans la Zone Atelier Hwange, au Zimbabwe, s’intéresse au fonctionnement des communautés animales et végétales au sein du parc national de Hwange et aux interactions entre cette aire protégée et les humains vivant à sa périphérie. Les recherches s’articulent autour de trois axes : (1) Dynamique de la population d’éléphants et effets de celle-ci et de sa gestion sur le fonctionnement du socio-écosystème ; (2) Interactions au sein et entre niveaux trophiques et réponses de ces interactions aux actions de gestion (e.g. chasse sportive, gestion de l’eau) et aux changements climatiques ; (3) Ecologie humaine et mécanismes de coexistence humains-faune sauvage pour une conservation intégrée et un fonctionnement durable du socio-écosystème. Ces recherches sont complétées par des travaux plus récents dans le parc de Hluhluwe-iMfolozi et la réserve de Madikwe, en Afrique du Sud, qui portent sur le rôle des conditions environnementales sur le succès de chasse des grands carnivores africains. Nous travaillons en collaboration étroite avec l’IRL (International Research Lab) Rehabs.
Membres de l’équipe impliqués : Alice Bernard, Laura Lacomme, Aïssa Morin, Lisa Nicvert, Elie Pedarros, Yolan Richard, Marion Valeix*
La reproduction des plantes pérennes : comprendre ses mécanismes et ses conséquences à l'échelle des communautés
La reproduction des plantes pérennes est souvent caractérisée par des fructifications hautement fluctuantes dans le temps et synchronisées à l’échelle de la population (masting). Nos suivis interannuels menés sur les chênes tempérés (Quercus spp), combinés à des travaux de modélisation, visent à mieux comprendre les causes proximales et évolutives du masting et à proposer des scenarii sur le devenir de la régénération des chênaies dans le contexte du changement climatique (Programme ANR ‘FOREPRO’). Le masting a d’importants effets en cascade (dynamiques et assemblage des espèces de plantes pérennes, de consommateurs de graines -insectes, oiseaux, mammifères-, jusqu’à l’épidémiologie de certaines maladies humaines). La modélisation explicite du masting nous permettra alors d’évaluer certaines des conséquences écosystémiques du changement climatique dans les forêts de régions tempérées. Ce programme, piloté par notre équipe, se développe en collaboration avec deux autres équipes du département d’écologie évolutive (Ecoépidémiologie Evolutionniste, Biodémographie Evolutive), trois Universités (Montpellier-CNRS-, Bordeaux-INRAE-, Paris-Saclay) et l’Office National des Forêts.
Membres de l’équipe impliqués : Marie-Claude Bel-Venner*, Emilie Fleurot, Léa Keurinck, Jean Lobry, Samuel Venner
La propagation des gènes d’antibiorésistance chez les bactéries
L’antibiorésistance est reconnue comme l'une des plus grandes menaces actuelles pour la santé humaine, et les éléments génétiques mobiles (MGEs) qui circulent dans les populations et communautés bactériennes en sont les principaux véhicules. Pour comprendre la dynamique et la diversité des MGEs dans les pangénomes bactériens et l’émergence des gènes d’antibiorésistance, nous proposons de dépasser le cadre de la génomique conventionnelle en considérant les pangénomes comme des communautés écologiques complexes. Dans le programme Ab-One, nous mobilisons les concepts et outils développés en écologie des communautés en nous appuyant sur une approche intégrative (suivis de populations/communautés bactériennes évoluant dans des environnements contrastés -approches One-Health-, analyses pangénomiques, expérimentation en microbiologie moléculaire et cellulaire, modélisation mathématique). Ce programme est actuellement centré sur la dynamique des MGEs chez Acinetobacter baumannii, un micro-organisme antibiorésistant classé prioritaire par l'OMS. D’autres approches plus généralistes illustreront la pertinence de ce nouveau cadre conceptuel pour comprendre la dynamique et diversité des MGEs dans les pangénomes bactériens. Ce programme, co-piloté par notre équipe et une équipe du CIRI (Horigene) implique la participation de 9 organismes (6 lyonnais -LBBE, CIRI, MMSB, HCL, LEM, VetAgro Sup-, Institut Pasteur (Paris), LMGM (Toulouse), Robert Koch Institut (Allemagne)).
Membres de l’équipe impliqués : Stéphane Dray, Rémi Tuffet, Samuel Venner*
L’analyse statistique de données écologiques
L’étude de la structure et de la dynamique des assemblages d’espèces et la compréhension des processus qui en sont à l’origine nécessite la collecte de données dont la nature se complexifie avec les développements technologiques pour leur acquisition (e.g. GPS, loggers, imagerie satellite, données moléculaires). Les méthodes d'analyse de ces données offrent de nouvelles perspectives sur les processus écologiques à l'œuvre dans les communautés. Les méthodes d’analyse multivariée permettent ainsi d’analyser les structures spatiales, en intégrant des informations sur les espèces (traits fonctionnels, morphologie, phylogénie), la variation spatio-temporelle des relations espèces-environnement ou sur la diversité de la perception de la relation hommes-aires protégées. Nous modélisons aussi des données multi-’omiques’ de type dose-réponse au sein des communautés afin de mieux comprendre les chemins des effets adverses (Adverse Outcome Pathway) et mieux en apprécier les risques pour l’environnement. Ces innovations méthodologiques sont mises à la disposition de la communauté scientifique à travers le développement, la distribution et la maintenance de logiciels (librairies pour le langage R : ade4 , adegraphics , adephylo , ade4TkGUI , nlstools , fitdistrplus , DRomics , seqinr ).
Membres de l’équipe impliqués : Marie Laure Delignette-Muller, Stéphane Dray*, Jean Lobry, Jean Thioulouse.
Publications
Affichage des publications 181 à 210 sur 572 au total
Sensitivity of community-level trait-environment relationships to data representativeness: a test for functional biogeography
Global Ecology and Biogeography . 26 ( 6 ) : 729 - 739
DOI: 10.1111/geb.12573
Article dans une revue
voir la publicationfunrar: An R package to characterize functional rarity
Diversity and Distributions . 23 ( 12 ) : 1365 - 1371
DOI: 10.1111/ddi.12629
Article dans une revue
voir la publicationTwo disjunct Pleistocene populations and anisotropic postglacial expansion shaped the current genetic structure of the relict plant Amborella trichopoda
PLoS ONE . 12 ( 8 ) : e0183412
Article dans une revue
voir la publicationPlant community structure and nitrogen inputs modulate the climate signal on leaf traits
Global Ecology and Biogeography . 26 ( 10 ) : 1138-1152
DOI: 10.1111/geb.12623
Article dans une revue
voir la publicationNumerical Modeling of Friction Stir (FSW) and Linear Friction (LFW) Welding Processes
FSWP 2017 - 5th International Conference on Scientific and Technical Advances on Friction Stir Welding & Processing .
Acte de congrès
voir la publicationNew insights from niche theory on plant adaptation and ecosystem functioning
Thèse
voir la publicationEnseigner les recueil des données : explorer la variabilité biologique ... au chaud, dans une salle de cours
Statistique et Enseignement . 8 ( 2 ) : 79-85
Article dans une revue
voir la publicationManagement of the mycorrhizal soil infectivity with Crotalaria ochroleuca, an indigenous wild legume in the tropics: Impacts on microbial functional diversity involved in phosphorus mobilization processes in a sahelian soil
Ecological Engineering . 101 : 130-136
Article dans une revue
voir la publicationIncreasing Spring temperature favors oak seed production in temperate areas
EGU General Assembly 2017 . 19 : np
Poster
voir la publicationRaisonner l'utilisation des légumineuses ligneuses pour réhabiliter des sols dégradés en milieu méditerranéen et tropical
Innovations Agronomiques . 60 : 125-131
Article dans une revue
voir la publicationResponse to Comment on "Robust Fit of Toxicokinetic-Toxicodynamic Models Using Prior Knowledge Contained in the Design of Survival Toxicity Tests
Environmental Science and Technology . 51 : 8202-8203
Article dans une revue
voir la publicationRobust Fit of Toxicokinetic-Toxicodynamic Models Using Prior Knowledge Contained in the Design of Survival Toxicity Tests
Environmental Science and Technology . 51 : 4038-4045
Article dans une revue
voir la publicationadegraphics: An S4 Lattice-Based Package for the Representation of Multivariate Data
The R Journal . 9 ( 2 ) : 198-212
DOI: 10.32614/RJ-2017-042
Article dans une revue
voir la publicationA critical issue in model-based inference for studying trait-based community assembly and a solution
PeerJ . 5 : e2885
DOI: 10.7717/peerj.2885
Article dans une revue
voir la publicationEcological networks to unravel the routes to horizontal transposon transfers
PLoS Biology . 15 ( 2 ) : np
Article dans une revue
voir la publicationIncreasing spring temperatures favor oak seed production in temperate areas
Scientific Reports . 7 ( 1 ) : 1-8
Article dans une revue
voir la publicationThe use of STATICO and COSTATIS, two exploratory three-ways analysis methods: an application to the ecology of aquatic heteroptera in the Medjerda watershed (Tunisia)
Environmental and Ecological Statistics . 24 ( 2 ) : 269 - 295
Article dans une revue
voir la publicationUsing the past to predict the future: the case of French Mediterranean orchids
The Mediterranean Region under Climate Change: A scientific update . 978-2-7099-2219-7 : p. 377-386
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationThe DISCO-WEED project : disentangling the role of anthropic DISturbances and eCOlogical processes on WEED community assembly
Sfécologie-2016, International Conference of Ecological Sciences . : np
Poster
voir la publicationStabilisation of soil aggregates along a plant community succession: indirect positive effects of root biomass and root diameter diversity
Sfécologie-2016, International Conference of Ecological Sciences . : np
Acte de congrès
voir la publicationPlant diversity loss forces shift in ecological strategies for wild bees - Insights from historical time series at a country-wide scale
Sfécologie-2016, International Conference of Ecological Sciences . : np
Acte de congrès
voir la publicationEcological, biogeographical and evolutionary drivers of tree rarity in Indian rainforests
5th International EcoSummit Congress "EcoSummit 2016 - Ecological Sustainability: Engineering Change .
Acte de congrès
voir la publicationUnderstanding plant community successional dynamics: Exploring the role of fine root morphological heterogeneity
EcoSummit 2016, The 5th International EcoSummit Congress on Ecological Sustainability: Engineering Change .
Acte de congrès
voir la publicationInfluence of long-term biogeography and evolution on current patterns of rarity: consequence for conservation strategies
The 5th International EcoSummit Congress on Ecological Sustainability: Engineering Change (EcoSummit 2016) .
Acte de congrès
voir la publicationCushion plants in high-elevation peatlands of Andes determines the functional and taxonomic composition of associated plant communities under intense herbivory and abiotic stress
EcoSummit 2016, The 5th International EcoSummit Congress on Ecological Sustainability: Engineering Change .
Acte de congrès
voir la publicationInto the functional ecology of ectomycorrhizal communities: environmental filtering of enzymatic activities
Journal of Applied Ecology . 13 ( 8 ) : 1585-1598
Article dans une revue
voir la publicationGrowth rings in tropical trees: role of functional traits, environment, and phylogeny
Trees - Structure and Function .
Article dans une revue
voir la publicationDynamics of trace element accumulation at the plant communauty level along mediterranean roadside secondary succession
10th ISEB conference . : np
Acte de congrès
voir la publicationCSR ecological strategies and plant mating systems: outcrossing increases with competitiveness but stress-tolerance is related to mixed mating
Oikos . 125 ( 9 ) : 1296-1303
DOI: 10.1111/oik.02328
Article dans une revue
voir la publicationEvolution microstructurale en soudage par friction malaxage - Application à la prédiction des propriétés mécaniques dans les tôles AA2024
‘La métallurgie, quel avenir !’ – Session ST1 : Procédés de fabrication innovants : Fabrication Voie Solide .
Acte de congrès
voir la publication