GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 301 à 330 sur 1377 au total
Close inbreeding and low genetic diversity in Inner Asian human populations despite geographical exogamy
Scientific Reports . 8 : 9397
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voir la publicationBounding the Order of a Graph Using Its Diameter and Metric Dimension: A Study Through Tree Decompositions and VC Dimension
SIAM Journal on Discrete Mathematics . 32 ( 2 ) : 902 - 918
DOI: 10.1137/16M1097833
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voir la publicationA novel subfamily of bacterial AAT-fold basic amino acid decarboxylases and functional characterization of its first representative: Pseudomonas aeruginosa LdcA
Genome Biology and Evolution . 10 ( 11 ) : 3058-3075
DOI: 10.1093/gbe/evy228
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voir la publicationProgress and Prospects in Gender Visibility at SMBE Annual Meetings
Genome Biology and Evolution . 10 ( 3 ) : 901-908
DOI: 10.1093/gbe/evy056
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voir la publicationUnbiased Estimate of Synonymous and Nonsynonymous Substitution Rates with Nonstationary Base Composition
Molecular Biology and Evolution . 35 ( 3 ) : 734-742
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voir la publicationExploring and Visualising Spaces of Tree Reconciliations
Systematic Biology . : 1-36
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voir la publicationPierce's Disease of Grapevines: A Review of Control Strategies and an Outline of an Epidemiological Model
Frontiers in Microbiology . 9 : 1-23
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voir la publicationHydrogen peroxide production and myo-inositol metabolism as important traits for virulence of Mycoplasma hyopneumoniae
Molecular Microbiology . : 1-45
DOI: 10.1111/mmi.13957
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voir la publicationA fast and agnostic method for bacterial genome-wide association studies: bridging the gap between k-mers and genetic events
PLoS Genetics . 14 ( 11 ) : 1-28
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voir la publicationComplementarity of assembly-first and mapping-first approaches for alternative splicing annotation and differential analysis from RNAseq data
Scientific Reports . 8 ( 1 )
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voir la publicationLoss-of-Function Mutations in UNC45A Cause a Syndrome Associating Cholestasis, Diarrhea, Impaired Hearing, and Bone Fragility
American Journal of Human Genetics . 102 ( 3 ) : 364 - 374
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voir la publicationPASTA repeats of the protein kinase StkP interconnect cell constriction and separation of Streptococcus pneumoniae
Nature Microbiology . 3 ( 2 ) : 197-209
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voir la publicationObligate sugar oxidation in Mesotoga spp., phylum Thermotogae , in the presence of either elemental sulfur or hydrogenotrophic sulfate-reducers as electron acceptor
Environmental Microbiology . 20 ( 1 ) : 281-292
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voir la publicationConditional Approximate Bayesian Computation: A New Approach for Across-Site Dependency in High-Dimensional Mutation–Selection Models
Molecular Biology and Evolution . 35 ( 11 ) : 2819-2834
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voir la publicationPopulation specific dynamics and selection patterns of transposable element insertions in European natural populations
Molecular Ecology . : 1-17
DOI: 10.1111/mec.14963
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voir la publicationLife History Traits Impact the Nuclear Rate of Substitution but Not the Mitochondrial Rate in Isopods
Molecular Biology and Evolution . 35 ( 12 ) : 2900-2912
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voir la publicationPRDM9 Methyltransferase Activity Is Essential for Meiotic DNA Double-Strand Break Formation at Its Binding Sites
Molecular Cell . 69 ( 5 ) : 853 - 865.e6
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voir la publicationCodon Usage Bias in Animals: Disentangling the Effects of Natural Selection, Effective Population Size, and GC-Biased Gene Conversion
Molecular Biology and Evolution . 35 ( 5 ) : 1092 - 1103
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voir la publicationGeometric medians in reconciliation spaces
Information Processing Letters . 136 : 96 - 101
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voir la publicationReconfiguration of graphs with connectivity constraints
WAOA 2018 - International Workshop on Approximation and Online Algorithms . 11312 : 295-309
Acte de congrès
voir la publicationGenomic study of a novel magnetotactic Alphaproteobacteria uncovers the multiple ancestry of magnetotaxis
Environmental Microbiology .
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voir la publicationExtreme halophilic archaea derive from two distinct methanogen Class II lineages
Molecular Phylogenetics and Evolution . 127 : 46-54
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voir la publicationHighly Reduced Genome of the New Species Mycobacterium uberis, the Causative Agent of Nodular Thelitis and Tuberculoid Scrotitis in Livestock and a Close Relative of the Leprosy Bacilli
MSphere . 3 ( 5 ) : e00405-18
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voir la publicationChanging patterns of human migrations shaped the global population structure of Mycobacterium tuberculosis in France
Scientific Reports . 8 ( 1 ) : 5855
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voir la publicationTsunami sedimentary deposits of Crete records climate during the ‘Minoan Warming Period’ (≈3350 yr BP)
The Holocene .
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voir la publicationMultiple convergent supergene evolution events in mating-type chromosomes
Nature Communications . 9 ( 1 ) : 2000
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voir la publicationThe sunflower genome provides insights into Asterid evolution and relationships between paleoploidization and the genetic architecture of a major breeding trait
Second Joint Congress on Evolutionary Biology .
Acte de congrès
voir la publicationThe Rosa genome provides new insights into the domestication of modern roses
Nature Genetics . 50 ( 6 ) : 772-777
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voir la publicationSex gap in aging and longevity: can sex chromosomes play a role?
Biology of Sex Differences . 9 ( 1 ) : 1-14
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voir la publicationA Survey and a Positive Psychology Intervention on French PhD Student Well-being
International Journal of Doctoral Studies . 13 : 109-138
DOI: 10.28945/3948
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