GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 271 à 300 sur 1378 au total
Efficient enumeration of solutions produced by closure operations
Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science . : 1-30
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voir la publicationThe phytopathogenic nature of Dickeya aquatica 174/2 and the dynamic early evolution of Dickeya pathogenicity
Environmental Microbiology . 21 ( 8 ) : 2809-2835
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voir la publicationNew insights into minor splicing-a transcriptomic analysis of cells derived from TALS patients
RNA . : 1-21
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voir la publicationAdvances in Analyzing Virus-Induced Alterations of Host Cell Splicing
Trends in Microbiology . 27 ( 3 ) : 268-281
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voir la publicationFrancisella tularensis: FupA mutation contributes tofluoroquinolone resistance by increasing vesicle secretion and biofilm formation
Emerging microbes & infections . 8 ( 1 ) : 808-822
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voir la publicationComparative genomics and proteogenomics highlight key molecular players involved in Frankia sporulation
Research in Microbiology . 170 ( 4-5 ) : 202-213
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voir la publicationEvolutionary placement of Methanonatronarchaeia
Nature Microbiology .
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voir la publicationGeneSpy, a user-friendly and flexible genomic context visualizer
Bioinformatics . 35 ( 2 ) : 329-331
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voir la publicationArticle 5. L’émergence des eucaryotes : une mosaïque d’ADN
101 secrets de l’ADN. CNRS Éditions, Paris, pp 39-41 . : 39-41
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationRepeat in genomes: how and why you should consider them in genome analyses
Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology . 2 : 210-220
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationEarly Sex-Chromosome Evolution in the Diploid Dioecious Plant Mercurialis annua
Genetics . 212 ( 3 ) : 815-835
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voir la publicationDetecting adaptive convergent amino acid evolution
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 374 ( 1777 ) : 1-11
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voir la publicationTranscriptome profiling of mouse samples using nanopore sequencing of cDNA and RNA molecules
Scientific Reports . 9 ( 1 ) : 14908
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voir la publicationEvolution of Young Sex Chromosomes in Two Dioecious Sister Plant Species with Distinct Sex Determination Systems
Genome Biology and Evolution . 11 ( 2 ) : 350-361
DOI: 10.1093/gbe/evz001
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voir la publicationMetabolic Games
Frontiers in Applied Mathematics and Statistics . 5 : 1-13
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voir la publicationGenomic imprinting mediates dosage compensation in a young plant XY system.
DOI: 10.1101/179044
Pré-publication
voir la publicationComplete human mtDNA genome sequences from Vietnam and the phylogeography of Mainland Southeast Asia
Scientific Reports . 8 ( 1 )
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voir la publicationGenetic structure and sex-biased gene flow in the history of southern African populations
American Journal of Physical Anthropology . 167 ( 3 ) : 656-671
DOI: 10.1002/ajpa.23694
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voir la publicationMatriclans shape populations: Insights from the Angolan Namib Desert into the maternal genetic history of southern Africa
American Journal of Physical Anthropology . 165 ( 3 ) : 518-535
DOI: 10.1002/ajpa.23378
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voir la publicationHigh-resolution mitochondrial DNA analysis sheds light on human diversity, cultural interactions, and population mobility in Northwestern Amazonia
American Journal of Physical Anthropology . 165 ( 2 ) : 238-255
DOI: 10.1002/ajpa.23345
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voir la publicationStrong selection during the last millennium for African ancestry in the admixed population of Madagascar
Nature Communications . 9 ( 1 ) : 932
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voir la publicationThe Comoros Show the Earliest Austronesian Gene Flow into the Swahili Corridor
American Journal of Human Genetics . 102 ( 1 ) : 58-68
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voir la publicationCultural Innovations Influence Patterns of Genetic Diversity in Northwestern Amazonia
Molecular Biology and Evolution . 35 ( 11 ) : 2719-2735
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voir la publicationBiased Inference of Selection Due to GC-Biased Gene Conversion and the Rate of Protein Evolution in Flycatchers When Accounting for It
Molecular Biology and Evolution . 35 ( 10 ) : 2475-2486
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voir la publicationSex‐biased gene expression, sexual antagonism and levels of genetic diversity in the collared flycatcher ( Ficedula albicollis ) genome
Molecular Ecology . 27 ( 18 ) : 3572-3581
DOI: 10.1111/mec.14789
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voir la publicationPositive selection on human gamete-recognition genes
PeerJ . 6 : e4259
DOI: 10.7717/peerj.4259
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voir la publicationThermodynamic constraints for identifying elementary flux modes
Biochemical Society Transactions . 46 ( 3 ) : 641-647
DOI: 10.1042/BST20170260
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voir la publicationIdentifying Biomarkers of Wharton’s Jelly Mesenchymal Stromal Cells Using a Dynamic Metabolic Model: The Cell Passage Effect
Metabolites . 8 ( 1 ) : 18
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voir la publicationMetabolic view of tumor growth: a kinetic model to screen potential therapeutic targets
Computational systems biology for cancer .
Acte de congrès
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