GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 331 à 360 sur 1377 au total
Amphioxus functional genomics and the origins of vertebrate gene regulation
Nature . 564 ( 7734 ) : 64-70
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voir la publicationFast-SG: an alignment-free algorithm for hybrid assembly
GigaScience . 7 ( 5 ) : 1 - 15
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voir la publicationGenomic imprinting mediates dosage compensation in a young plant XY system
Nature Plants . 4 ( 9 ) : 677-680
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voir la publicationIntegrative Mobilizable Element (IMEs): a reservoir of antibiotic resistance genes in the zoonotic pathogen Streptococcus suis
GDR 3546 - Les elements mobiles du mécanisme aux populations, une approche intégrative .
Acte de congrès
voir la publicationL'exploration des génomes par l'outil ICEFinder révèle la forte prévalence et l'extrême diversité des ICE et des IME de streptocoques
Thèse
voir la publicationA Glimpse into the World of Integrative and Mobilizable Elements in Streptococci Reveals an Unexpected Diversity and Novel Families of Mobilization Proteins
Frontiers in Microbiology . 8 : 16
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voir la publicationThe obscure world of integrative and mobilizable elements
Genes . 8 ( 11 ) : 337
DOI: 10.3390/genes8110337
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voir la publicationThe palaeolatitudinal distribution of fossil wood genera as a proxy for European Jurassic terrestrial climate
Palaeogeography, Palaeoclimatology, Palaeoecology . 466 ( 373–381 )
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voir la publicationGenomic landscape of human diversity across Madagascar
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 114 ( 32 ) : E6498-E6506
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voir la publicationWhole‐genome patterns of linkage disequilibrium across flycatcher populations clarify the causes and consequences of fine‐scale recombination rate variation in birds
Molecular Ecology . 26 ( 16 ) : 4158-4172
DOI: 10.1111/mec.14197
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voir la publicationCovariation in levels of nucleotide diversity in homologous regions of the avian genome long after completion of lineage sorting
Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences . 284 ( 1849 ) : 20162756
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voir la publicationGenomic distribution and estimation of nucleotide diversity in natural populations: perspectives from the collared flycatcher ( Ficedula albicollis ) genome
Molecular Ecology Resources . 17 ( 4 ) : 586-597
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voir la publicationA dynamic metabolic flux analysis of ABE (acetone-butanol-ethanol) fermentation by Clostridium acetobutylicum ATCC 824, with riboflavin as a by-product
Biotechnology and Bioengineering . 114 ( 12 ) : 2907 - 2919
DOI: 10.1002/bit.26393
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voir la publicationComputing EFMs consistent with equilibrium constants
Metabolic Pathway Analysis MPA 2017 .
Acte de congrès
voir la publicationHSM a reduced model of Central Carbon Metabolism: a dynamical approach
advances in Systems and Synthetic Biology .
Acte de congrès
voir la publicationHow important is thermodynamics for identifying elementary flux modes?
PLoS ONE . 12 ( 2 ) : e0171440
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voir la publicationSimulation-based estimation of branching models for LTR retrotransposons
Bioinformatics . 33 ( 3 ) : 320 - 326
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voir la publicationGut Protozoa: Friends or Foes of the Human Gut Microbiota?
Trends in Parasitology . 33 ( 12 ) : 925-934
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voir la publicationMicrobiome intestinal ancien et problématiques médicales contemporaines
Médecine/Sciences . 33 : 984-990
Autre publication
voir la publicationOn the Evolution of Lactase Persistence in Humans
Annual Review of Genomics and Human Genetics . 18 ( 1 ) : 297-319
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voir la publicationSex-specific genetic diversity is shaped by cultural factors in Inner Asian human populations
American Journal of Physical Anthropology . 162 ( 4 ) : 627-640
DOI: 10.1002/ajpa.23151
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voir la publicationLatitude as a co-driver of human gut microbial diversity?
BioEssays . 39 ( 3 ) : 1600145
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voir la publicationMareyMap online: A user-friendly web application and database service for estimating recombination rates using physical and genetic maps
Genome Biology and Evolution . 9 ( 10 ) : 2506-2509
DOI: 10.1093/gbe/evx178
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voir la publicationThe global impact of Wolbachia on mitochondrial diversity and evolution
Journal of Evolutionary Biology . 30 ( 12 ) : 2204-2210
DOI: 10.1111/jeb.13186
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voir la publicationThe Red Queen model of recombination hot-spot evolution: a theoretical investigation
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences .
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voir la publicationBacHBerry: BACterial Hosts for production of Bioactive phenolics from bERRY fruits
Phytochemistry Reviews . : 1-36
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voir la publicationAlgorithms for k-meet-semidistributive lattices
Theoretical Computer Science . 658 : 391 - 398
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voir la publicationd18O-Derived incubation temperatures of oviraptorosaur eggs.
Palaeontology . : 1-15
DOI: 10.1111/pala.12311
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voir la publicationAnnotation and differential analysis of alternative splicing using de novo assembly of RNAseq data
DOI: 10.1101/074807
Pré-publication
voir la publicationThe growing tree of Archaea: new perspectives on their diversity, evolution and ecology
The International Society of Microbiologial Ecology Journal . 11 ( 11 ) : 2407-2425
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