GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 391 à 420 sur 1415 au total
On the rarity of dioecy in flowering plants
Molecular Ecology . 26 : 1225-1241
DOI: 10.1111/mec.14020
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voir la publicationIn vivo binding of PRDM9 reveals interactions with noncanonical genomic sites
Genome Research . 27 ( 4 ) : 580-590
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voir la publicationRecombination, meiotic expression and human codon usage
eLife . 6 : e27344
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voir la publicationPlaying hide and seek with repeats in local and global de novo transcriptome assembly of short RNA-seq reads
Algorithms for Molecular Biology . 12 ( 1 ) : 2
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voir la publicationOptPipe - a pipeline for optimizing metabolic engineering targets
BMC Systems Biology . 11 : 1-9
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voir la publicationOn Bubble Generators in Directed Graphs
WG 2017 - 43rd International Workshop on Graph-Theoretic Concepts in Computer Science . 10520 : 18-31
Acte de congrès
voir la publicationIsoSel: Protein Isoform Selector for phylogenetic reconstructions
PLoS ONE . 12 : e0174250
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voir la publicationRecord of Nile seasonality in Nubian neonates.
Isotopes in Environmental and Health Studies . 53 ( 3 ) : 223-242
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voir la publicationStrain-specific estimation of epidemic success provides insights into the transmission dynamics of tuberculosis
Scientific Reports . 7 : 45326
DOI: 10.1038/srep45326
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voir la publicationThe CO dehydrogenase accessory protein CooT is a novel nickel-binding protein.
Metallomics . 9 ( 5 ) : 575-583
DOI: 10.1039/c7mt00063d
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voir la publicationEvolutionary history of LTR-retrotransposons among 20 Drosophila species
Mobile DNA . 8 : 7
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voir la publicationA newly evolved W(olbachia) sex chromosome in pillbug!
Peer Community In Evolutionary Biology .
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voir la publicationContinental-level population differentiation and environmental adaptation in the mushroom Suillus brevipes
Molecular Ecology . 26 ( 7 ) : 2063-2076
DOI: 10.1111/mec.13892
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voir la publicationThe sunflower genome provides insights into oil metabolism, flowering and Asterid evolution
Nature . 546 ( 7656 ) : 148-152
DOI: 10.1038/nature22380
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voir la publicationIdentification of misexpressed genetic elements in hybrids between Drosophila-related species
Scientific Reports . 7 : 40618
DOI: 10.1038/srep40618
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voir la publicationThe Evolution of Sex Chromosomes and Dosage Compensation in Plants
Genome Biology and Evolution . 9 : 627-645
DOI: 10.1093/gbe/evw282
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voir la publicationToken Jumping in minor-closed classes
International symposium on fundamentals of computer theory (FCT 2017) . 10472 : 136-149
Acte de congrès
voir la publicationThe fitness cost of mis-splicing is the main determinant of alternative splicing patterns
Genome Biology . 18 : 208
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voir la publicationLess effective selection leads to larger genomes
Genome Research . 27 : 1016-1028
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voir la publicationHow Long Does Wolbachia Remain on Board?
Molecular Biology and Evolution . 34 ( 5 ) : 1183 - 1193
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voir la publicationNew Insights into the Classification and Integration Specificity of Streptococcus Integrative Conjugative Elements through Extensive Genome Exploration
Frontiers in Microbiology . 6 ( 6 ) : 1483
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voir la publicationA glimpse into an unexplored world: very high diversity of integrative and mobilizable elements in Streptococci
8th ASM conference on Streptococcal Genetics .
Poster
voir la publicationThe Complex Admixture History and Recent Southern Origins of Siberian Populations
Molecular Biology and Evolution . 33 ( 7 ) : 1777-1795
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voir la publicationRefining the Y chromosome phylogeny with southern African sequences
Human Genetics . 135 ( 5 ) : 541 - 553
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voir la publicationA genomic history of Aboriginal Australia
Nature . 538 ( 7624 ) : 207-214
DOI: 10.1038/nature18299
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voir la publicationHigh-Resolution Mapping of Crossover and Non-crossover Recombination Events by Whole-Genome Re-sequencing of an Avian Pedigree
PLoS Genetics . 12 ( 5 ) : e1006044
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voir la publicationDivergence in gene expression within and between two closely related flycatcher species
Molecular Ecology . 25 ( 9 ) : 2015-2028
DOI: 10.1111/mec.13596
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voir la publicationThe non-equilibrium allele frequency spectrum in a Poisson random field framework
Theoretical Population Biology . 111 : 51-64
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voir la publicationThe Redox Status of Cancer Cells Supports Mechanisms behind the Warburg Effect
Metabolites . 6 ( 4 ) : 12 p.
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voir la publicationMinimality of Metabolic Flux Modes under Boolean Regulation Constraints
12th International Workshop on Constraint-Based Methods for Bioinformatics WCB’16 .
Acte de congrès
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