GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 421 à 450 sur 1399 au total
The changing view of eukaryogenesis - fossils, cells, lineages and how they all come together
Journal of Cell Science . 129 ( 20 ) : 3695-3703
DOI: 10.1242/jcs.178566
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voir la publicationA mixed relaxed clock model
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 371 : 20150132
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voir la publicationPolymorphic Microsatellite Markers for the Tetrapolar Anther-Smut Fungus Microbotryum saponariae Based on Genome Sequencing
PLoS ONE . 11 ( 11 ) : e0165656
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voir la publicationSNP calling from RNA-seq data without a reference genome: identification, quantification, differential analysis and impact on the protein sequence
Nucleic Acids Research .
DOI: 10.1093/nar/gkw655
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voir la publicationInsights on the virulence of swine respiratory tract mycoplasmas through genome-scale metabolic modeling
BMC Genomics . 17 ( 1 ) : 353
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voir la publicationDegreeCox – a network-based regularization method for survival analysis
BMC Bioinformatics . 17 ( Suppl 16 ) : 109-121
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voir la publicationEnumeration of minimal stoichiometric precursor sets in metabolic networks
Algorithms for Molecular Biology . 11 ( 1 ) : 25
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voir la publicationRobustness of the Parsimonious Reconciliation Method in Cophylogeny
Lecture Notes in Computer Science . 9702 : 12
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voir la publicationComputing and Listing st-Paths in Subway Networks
CSR 2016 - 11th International Computer Science Symposium in Russia . 9691 : 102-116
Acte de congrès
voir la publicationIntroduction to the Special Theme - Tackling Big Data in the Life Sciences
Autre publication
voir la publicationQualité des données NGS : de la séquence aux bases de données
La génomique environnementale . 978-1-78405-151-8 : 180 p.
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationGene Acquisitions from Bacteria at the Origins of Major Archaeal Clades Are Vastly Overestimated
Molecular Biology and Evolution . 33 ( 2 ) : 305 - 310
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voir la publicationRiboDB database: a comprehensive resource for prokaryotic systematics
Molecular Biology and Evolution . 33 ( 8 ) : 2170--2172
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voir la publicationCombined Genotypic, Phylogenetic, and Epidemiologic Analyses of Mycobacterium tuberculosis Genetic Diversity in the Rhône Alpes Region, France
PLoS ONE . 11 ( 4 ) : e0153580
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voir la publicationSplicing misregulation of SCN5A contributes to cardiac-conduction delay and heart arrhythmia in myotonic dystrophy
Nature Communications . 7 : 11067
DOI: 10.1038/ncomms11067
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voir la publicationSilencing of natural transformation by an RNA chaperone and a multitarget small RNA
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 113 ( 31 ) : 8813-8818
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voir la publicationTranscriptional start site turnover in the evolution of bacterial paralogous genes - the pelE-pelD virulence genes in Dickeya
FEBS Journal . 283 ( 22 ) : 4192-4207
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voir la publicationStrong phylogenetic inertia on genome size and transposable element content among 26 species of flies
Biology Letters . 12 ( 8 )
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voir la publicationSEX-DETector: a probabilistic approach to study sex chromosomes in non-model organisms
Genome Biology and Evolution . 8 : 2530-2543
DOI: 10.1093/gbe/evw172
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voir la publicationPhylogenomic analysis supports the ancestral presence of LPS-outer membranes in the Firmicutes.
eLife . 5 : e14589
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voir la publicationCell division of Streptococcus pneumoniae: think positive!
Current Opinion in Microbiology . 34 : 18-23
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voir la publicationMultiPus: Conception de communautés microbiennes pour la production de composés d'intérêt
Jobim .
Poster
voir la publicationReply to Halanych et al.
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 113 ( 8 ) : E948-E949
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voir la publicationRevBayes: Bayesian Phylogenetic Inference Using Graphical Models and an Interactive Model-Specification Language
Systematic Biology . 65 : 726-36
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voir la publicationThe transposable element environment of human genes is associated with histone and expression changes in cancer
BMC Genomics . 17 ( 1 )
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voir la publicationLife Histories, Axes of Variation in
The Encyclopedia of Evolutionary Biology . 2 : 480-492
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationEfficient Enumeration of Solutions Produced by Closure Operations
33rd Symposium on Theoretical Aspects of Computer Science, STACS 2016 . 47
Acte de congrès
voir la publicationOn Maximal Chain Subgraphs and Covers of Bipartite Graphs
Combinatorial Algorithms - 27th International Workshop, IWOCA 2016 . 9843 : 137-150
Acte de congrès
voir la publicationMycoplasma non-coding RNA: identification of small RNAs and targets
BMC Genomics . 23 : 1289 - 26
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voir la publicationEvolution of sex-biased gene expression in a dioecious plant
Nature Plants . 2 : 16168
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voir la publication