GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 421 à 450 sur 1415 au total
Représentation systémique multi-échelle des processus biologiques de la bactérie
IC2016 - Ingénierie des Connaissances .
Acte de congrès
voir la publicationReprésentation systémique multi-échelle des processus biologiques de la bactérie
IC201: 27es Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances .
Acte de congrès
voir la publicationHuman-Scale Metabolic Network of Central Carbon Metabolism: application to serine metabolism from glutamine in Cancer Cells
advances in Systems and Synthetic Biology .
Acte de congrès
voir la publicationDetection and interpretation of shared genetic influences on 42 human traits
Nature Genetics . 48 ( 7 ) : 709-717
DOI: 10.1038/ng.3570
Article dans une revue
voir la publicationDetection of Allelic Frequency Differences between the Sexes in Humans: A Signature of Sexually Antagonistic Selection
Genome Biology and Evolution . 8 ( 5 ) : 1489-1500
DOI: 10.1093/gbe/evw090
Article dans une revue
voir la publicationHow and how much does RAD-seq bias genetic diversity estimates?
BMC Evolutionary Biology . 16 : 240
Article dans une revue
voir la publicationMetabolic Investigation of the Mycoplasmas from the Swine Respiratory Tract
JOBIM 2016 .
Poster
voir la publicationA Combinatorial Algorithm for Microbial Consortia Synthetic Design
Scientific Reports .
DOI: 10.1038/srep29182
Article dans une revue
voir la publicationA Polynomial Delay Algorithm for Enumerating Minimal Dominating Sets in Chordal Graphs
WG 2015: Graph-Theoretic Concepts in Computer Science . : 138-153
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationAncestral Reconstruction: Theory and Practice
Encyclopedia of Evolutionary Biology . : 70–77
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationOxygen isotope fractionation between bird eggshell calcite and body water: application to fossil eggs from Lanzarote (Canary Islands)
The Science of Nature Naturwissenschaften . 103 ( 9-10 )
Article dans une revue
voir la publicationColib’read on galaxy: a tools suite dedicated to biological information extraction from raw NGS reads
GigaScience . 5 ( 1 )
Article dans une revue
voir la publicationGenome-wide analysis identifies gain and loss/change of function within the small multigenic insecticidal Albumin 1 family of Medicago truncatula
BMC Plant Biology . 16 ( 1 ) : 63
Article dans une revue
voir la publicationNovel genomic island modifies DNA with 7-deazaguanine derivatives
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America . 113 : e1452-e1459
Article dans une revue
voir la publicationEvolutionary history of the mammalian synaptonemal complex
Chromosoma Biology of the Nucleus . 125 : 355-60
Article dans une revue
voir la publicationClosing the gap between rocks and clocks using total-evidence dating
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 371 : 20150136
Article dans une revue
voir la publicationLower prevalence but similar fitness in a parasitic fungus at higher radiation levels near Chernobyl
Molecular Ecology . 25 ( 14 ) : 3370-83
DOI: 10.1111/mec.13675
Article dans une revue
voir la publicationThe changing view of eukaryogenesis - fossils, cells, lineages and how they all come together
Journal of Cell Science . 129 ( 20 ) : 3695-3703
DOI: 10.1242/jcs.178566
Article dans une revue
voir la publicationA mixed relaxed clock model
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 371 : 20150132
Article dans une revue
voir la publicationPolymorphic Microsatellite Markers for the Tetrapolar Anther-Smut Fungus Microbotryum saponariae Based on Genome Sequencing
PLoS ONE . 11 ( 11 ) : e0165656
Article dans une revue
voir la publicationSNP calling from RNA-seq data without a reference genome: identification, quantification, differential analysis and impact on the protein sequence
Nucleic Acids Research .
DOI: 10.1093/nar/gkw655
Article dans une revue
voir la publicationInsights on the virulence of swine respiratory tract mycoplasmas through genome-scale metabolic modeling
BMC Genomics . 17 ( 1 ) : 353
Article dans une revue
voir la publicationDegreeCox – a network-based regularization method for survival analysis
BMC Bioinformatics . 17 ( Suppl 16 ) : 109-121
Article dans une revue
voir la publicationEnumeration of minimal stoichiometric precursor sets in metabolic networks
Algorithms for Molecular Biology . 11 ( 1 ) : 25
Article dans une revue
voir la publicationRobustness of the Parsimonious Reconciliation Method in Cophylogeny
Lecture Notes in Computer Science . 9702 : 12
Article dans une revue
voir la publicationComputing and Listing st-Paths in Subway Networks
CSR 2016 - 11th International Computer Science Symposium in Russia . 9691 : 102-116
Acte de congrès
voir la publicationIntroduction to the Special Theme - Tackling Big Data in the Life Sciences
Autre publication
voir la publicationQualité des données NGS : de la séquence aux bases de données
La génomique environnementale . 978-1-78405-151-8 : 180 p.
Chapitre d'ouvrage
voir la publicationGene Acquisitions from Bacteria at the Origins of Major Archaeal Clades Are Vastly Overestimated
Molecular Biology and Evolution . 33 ( 2 ) : 305 - 310
Article dans une revue
voir la publicationRiboDB database: a comprehensive resource for prokaryotic systematics
Molecular Biology and Evolution . 33 ( 8 ) : 2170--2172
Article dans une revue
voir la publication