GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 931 à 960 sur 1402 au total
Efficient learning of Bayesian network classifiers:An extension to the TAN classifie
20th Australian Joint Conference on Artificial Intelligence . 4830 : 16-25
Acte de congrès
voir la publicationThe solution space of sorting by reversals
3rd International Symposium on Bioinformatics Research and Applications (ISBRA 2007) . 4463 : 293-304
Acte de congrès
voir la publicationEvolution under Reversals: Parsimony and Conservation of Common Intervals
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics . 4 : 301-309
Article dans une revue
voir la publicationRegulation of expression following nutritional stresses in the reduced genome of Buchnera aphidicola, "Is there any life left?
Seminarios del Institut Cavanilles de Biodiversitat i Biologia Evolutiva (ICBiBE) - Univ. Valencia (ESP) . : 1-1
Acte de congrès
voir la publicationMetabolic network visualization eliminating node redundance and preserving metabolic pathways
BMC Biology . 1 - n°29 : 1-19
Article dans une revue
voir la publicationAdvances on sorting by reversals
Discrete Applied Mathematics . 155 : 881-888
Article dans une revue
voir la publicationIdentification of Mycobacterium using the EF-Tu encoding (tuf) gene and the tmRNA encoding (ssrA) gene
Journal of Medical Microbiology . 56 ( 8 ) : 1033-1041
Article dans une revue
voir la publicationIn vitro detection of the enzymatic activity of folate-dependent tRNA(U54 C5)methyltransferase
Methods in Enzymology . 25 : 103-19
Article dans une revue
voir la publicationIn vitro detection of the enzymatic activity of folate-dependent tRNA (Uracil-54,-C5)-methyltransferase: evolutionary implications.
Methods in Enzymology . 425 : 103-19
Article dans une revue
voir la publicationComparative RNomics and modomics in mollicutes: prediction of gene function and evolutionary implications
IUBMB Life . 59 : 634-58
Article dans une revue
voir la publicationGrinding up wheat: A massive loss of nucleotide diversity since domestication
Molecular Biology and Evolution . 24 ( 7 ) : 1506-1517
Article dans une revue
voir la publicationA General Comparison of Relaxed Molecular Clock Models
Molecular Biology and Evolution . 24 ( 12 ) : 2669-2680
Article dans une revue
voir la publicationExploring Fast Computational Strategies for Probabilistic Phylogenetic analysis
Systematic Biology . 56 : 711-726
Article dans une revue
voir la publicationInfluence of the transposable element neighborhood on human gene expression in normal and tumor tissues
Gene . 396 : 303-311
Article dans une revue
voir la publicationHorizontal Gene Transfer Regulation in Bacteria as a ‘‘Spandrel'' of DNA Repair Mechanisms
PLoS ONE . 2 ( 10 ) : e1055-e1066
Article dans une revue
voir la publicationMareyMap: an R-based tool with graphical interface for estimating recombination rates
Bioinformatics . 23 : 2188-2189
Article dans une revue
voir la publicationAdaptation or biased gene conversion? Extending the null hypothesis of molecular evolution
Trends in Genetics . 23 ( 6 ) : 273-277
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voir la publicationUnexpected observations after mapping LongSAGE tags to the human genome.
BMC Bioinformatics . 8 : 154
Article dans une revue
voir la publicationRepetition-free longest common subsequence
IV Latin-American Algorithms, Graphs and Optimization Symposium (LAGOS) . 30 : 243-248
Acte de congrès
voir la publicationThe maximum agreement forest problem: Approximation algorithms and computational experiments
Theoretical Computer Science . 374 : 91-110
Article dans une revue
voir la publicationEnumerating precursor sets of target metabolites in a metabolic network
8th Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI) . 5251 : 233-244
Acte de congrès
voir la publicationRecherche de précurseurs dans un réseau métabolique
Réseaux d'interaction : analyse, modélisation et simulation (RIAMS) . : 1-1
Acte de congrès
voir la publicationAll Maximal Pairs in Step-Leap Representation of Melodic Sequences
Information Sciences . 177 ( 9 ) : 1954-1962
Article dans une revue
voir la publicationSymBioCyc: Metabolic data on endosymbiotic, parasitic and free bacteria
Integrative Post-Genomics - IPG'07 . : 1-1
Acte de congrès
voir la publicationIntegrating transcription factor binding site information with gene expression datasets
Bioinformatics . 23 : 298-305
Article dans une revue
voir la publicationAn archaeal orthologue of the universal protein Kae1 is an iron metalloprotein which exhibits atypical DNA-binding properties and apurinic-endonuclease activity in vitro.
Nucleic Acids Research . 35 ( 18 ) : 6042-51
DOI: 10.1093/nar/gkm554
Article dans une revue
voir la publicationEarly archives of genetically-restricted proviral DNA in the female genital tract after heterosexual transmission of HIV-1
AIDS. Official journal of the international AIDS Society . 21 : 153--162
Article dans une revue
voir la publicationPhylogenomics of the archaeal flagellum: rare horizontal gene transfer in a unique motility structure
BMC Evolutionary Biology . 7 : 53-70
Article dans une revue
voir la publicationGrinding up wheat: a massive loss of nucleotide diversity since domestication
Molecular Biology and Evolution . 24 : 1506-1517
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