GECO Génomique Computationnelle et Evolutive
L'objectif principal du département GECO est de promouvoir et de renforcer l'intégration et les synergies entre les développements théoriques et méthodologiques pertinents. pour l'analyse des génomes (génomique dite computationnelle) et l'analyse empirique des données génomiques et multi-omiques (génomique évolutive et fonctionnelle). Le département est structuré en deux équipes, BAOBAB et BPGE.
BAOBAB est une équipe fondamentalement orientée vers l'informatique. Ses forces sont en algorithmique, en modélisation et en analyse mathématique des graphes et des réseaux, avec des applications à la transcriptomique et aux réseaux métaboliques.
BPGE conduit une recherche en bioinformatique, en phylogénie et en génomique évolutive. Ses projets de recherche couvrent une large gamme de problématiques, telles que le développement de méthodes d'inférence phylogénétique, l'application de la phylogénie à la reconstruction de l'évolution des bactéries ou des archées, le rôle des éléments génétiques mobiles dans l'évolution des bactéries et de l'antibio-résistance, et le rôle de la recombinaison, des réarrangements génomiques et des éléments transposables dans l'évolution des génomes eukaryotes.
Comme détaillé sur leurs pages respectives, la recherche menée dans les deux équipes intègre à la fois des développements théoriques et méthodologiques (algorithmiques et computationnels) avec l'analyse de données empiriques, elle-même motivée par des questions empiriques. Cette intégration est bi-directionnelle: les développements méthodologiques sont guidés par les questions empiriques et sont ensuite utilisés dans les applications aux données, tandis que la modélisation théorique aide à la clarification de la base conceptuelle des analyses empiriques subséquentes.
Publications
Affichage des publications 871 à 900 sur 1402 au total
Remote access to ACNUC nucleotide and protein sequence databases at PBIL
Biochimie . 90 ( 4 ) : 555-562
Article dans une revue
voir la publicationPolymorphism of the Staphylococcus aureus Panton-Valentine LeukocidinGenes and Its Possible Link with the Fitness of Community-Associated Methicillin-Resistant S. aureus
Journal of Infectious Diseases . 198 ( 5 ) : 792-794
DOI: 10.1086/590914
Article dans une revue
voir la publicationIdentification de motifs dans les réseaux métaboliques
incollection . -- : D1-D5
Article dans une revue
voir la publicationAcquisition of a bacterial RumA-type tRNA(uracil-54 C5)methyltransferase by Archaea through an ancient horizontal gene transfer
Molecular Microbiology . 67 : 323-335
Article dans une revue
voir la publicationGiant viruses giant chimeras: The multiple evolutionary histories of Mimivirus genes
BMC Evolutionary Biology . 8 : 1-7
Article dans une revue
voir la publicationAcquisition of a bacterial RumA-type tRNA(uracil-54, C5)-methyltransferase by Archaea through an ancient horizontal gene transfer.
Molecular Microbiology . 67 ( 2 ) : 323-35
Article dans une revue
voir la publicationExploring the FL-160-CRP gene family through sequence variability of the complement regulatory protein (CRP) expressed by the trypomastigote stage of Trypanosoma cruzi.
Infection, Genetics and Evolution . 8 ( 3 ) : 258-66
Article dans une revue
voir la publicationQuantitative predictions for DNA two-dimensional display according to size and nucleotide sequence composition
Electrophoresis . 29 ( 6 ) : 1264 - 1272
Article dans une revue
voir la publicationPhylogenetic Mixture Models for Proteins
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences . 363 : 3965-3976
Article dans une revue
voir la publicationBayesian Comparisons of Codon Substitution Models
Genetics . 180 ( 3 ) : 1579-1591
Article dans une revue
voir la publicationBayesian computation for statistical models with intractable normalizing constants
Pré-publication
voir la publicationImprovement of Molecular Phylogenetic Inference and the Phylogeny of Bilateria
Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological Sciences (1934–1990) . 363 ( 1496 ) : 1463-1472
Article dans une revue
voir la publicationUniformization for Sampling Realizations of Markov Processes: Applications to Bayesian Implementations of Codon Substitution Models
Bioinformatics . 24 ( 1 ) : 56-62
Article dans une revue
voir la publicationLosing helena: The extinction of a drosophila line-like element
BMC Genomics . 9 : 1-11
Article dans une revue
voir la publicationSequence variability and phylogenetic analyses of the Complement Regulatory Protein expressed by the trypomastigote stage of Trypanosoma cruzi identify a monophyletic group of CRP-like proteins
Xth European Multicolloquium of Parasitology .
Acte de congrès
voir la publicationPervasive positive selection on duplicated and nonduplicated vertebrate protein coding genes
Genome Research . 18 : 1393-1402
Article dans une revue
voir la publicationAnalysis of sequence variability in the macronuclear DNA of Paramecium tetraurelia: a somatic view of the germline.
Genome Research . 18 ( 4 ) : 585-96
Article dans une revue
voir la publicationThe Impact of Recombination on Nucleotide Substitutions in the Human Genome
PLoS Genetics . 4 : 1-19
Article dans une revue
voir la publicationNeutral Theory: The Null Hypothesis of Molecular Evolution
Nature Education . 1 ( 1 ) : 803-806
Article dans une revue
voir la publicationAnalysis of sequence variability in the macronuclear DNA of Paramecium tetraurelia: A somatic view of the germline
Genome Research . 18 : 585-596
Article dans une revue
voir la publicationAn introduction to metabolic networks and their structural analysis.
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics . 5 ( 4 ) : 594-617
DOI: 10.1109/TCBB.2008.79
Article dans une revue
voir la publicationEvolution des organismes bactériens
Journée INSA de Lyon "BioIngénierie / Sciences et Ingénierie du Vivant" . : 1-1
Acte de congrès
voir la publicationCaractérisation et modélisation de la « fonction symbiotique » de Buchnera aphidicola chez le puceron du pois Acyrthosiphon pisum
Séminaire INRA AgroBI . : 1-1
Acte de congrès
voir la publicationA multiple layer model to compare RNA secondary structures
Software: Practice and Experience . 38 ( 8 ) : 775-792
DOI: 10.1002/spe.846
Article dans une revue
voir la publicationIndexing gapped-factors using a tree
International Journal of Foundations of Computer Science . 19 ( 1 ) : 71-87
Article dans une revue
voir la publicationLossless filter for multiple repetitions with Hamming distance
Journal of Discrete Algorithms . 6 ( 3 ) : 497-509
Article dans une revue
voir la publicationPrecise detection of rearrangement breakpoints in mammalian chromosomes
BMC Bioinformatics . 9 ( 1 ) : 286
Article dans une revue
voir la publicationDevelopment of the Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc): from genome sequence to metabolic network analyses
Integrative Post-Genomics - IPG'08 . : 1-1
Acte de congrès
voir la publicationAnnotation of metabolism genes: towads the implementation of an Acyrthosiphon pisum Cyc database (ApsCyc) to perform metabolic network analyses
4th Meeting of the International Aphid Genomics Consortium "Pea Aphid Genome Annotation Workshop 1" . : 1-1
Acte de congrès
voir la publicationDémasquage des gènes spécifiques d'une espèce génomique du complexeAgrobacterium tumefaciens par AFLP et multicapteur à ADN
7. Colloque national du Bureau des Ressources Génétiques . 7
Acte de congrès
voir la publication